既然福建官府愿意主动出力解决海汉力有不逮的后勤运输问题，那么海汉这边也的确就没什么其他的后顾之忧了。剩下来需要讨论的，就是双方如何在行动当中能协调一致，做到令行禁止。
这种跨阵营的指挥体系在大规模作战中无疑是一个难题，而且此次战场是无边无际的大海，各支部队之间的联络通信手段往往只能依靠旗语和烟火，战场上的沟通效率也会受其影响。去年两次在南日岛海域作战期间，海汉海军和福建水师多数时候都是分开行动，一个很重要的原因就是因为双方在指挥体系上的差异没办法在短时间内得到融合。
不过南日岛战役之后的半年多时间里，福建水师倒是有了不少机会和驻金门岛的民团海军一起合练。加上福建明军中本来就有不少将官曾经接受过海汉的短期军事培训，合练起来进度倒也不慢。时至今日，提前数月到金门岛与海汉海军合练的数艘海汉造战船已经基本能够跟上海汉的节奏了。
但这也仅仅只是福建官府此次参战的其中一支军队而已，此次将要出动参战的船只将多达三百余艘，与海汉海军提前进行过合练的不过十之二三。当然了，福建水师并没有这么多战船可用，其中有一多半是从漳泉两州临时征调的民船，在战时充当运送士兵和物资的工具。而这些临时征调的船只在此之前并没有经过专门的训练，福建水师所能做的也就只是派出一些水兵到这些船上去担任领航和指挥。
如果在海上爆发大规模的混战，这些船只未必能如臂指使地发挥出应有的作用，反倒是容易因为沟通不畅而拖了自己人的后腿。因此在开战之前，双方就必须要先商定一些战时沟通、辨识身份以及处理突发状况的办法。
4月17日，福建明军的参战部队也基本完成了集结，水陆两军都已经在中左所做好了开战前的准备。而福建官府为此所调集的各种作战物资，也正源源不断地送抵中左所和金门岛两处军事基地。
近日漳州泉州的大规模人员物资调动并没有进行掩饰，而这样的¤¤¤¤，m.⊥.co→m大动作也瞒不过海峡对面的澎湖。事实上在海汉大部队开进福建当天，就已经有消息传回到澎湖。
海汉民团大部队的到来对于十八芝来绝对是一个坏到不能再坏的消息，尽管在此之前郑芝龙等人对于局势恶化到这样的程度已经有了一定的预计，但心里难免都还存有一丝侥幸，认为海汉的动作或许不会这么快。当这天真正来到的时候，十八芝上上下下还是陷入到了难以抑制的恐慌之中。
在消息传开的当天晚上，就有三艘船无缘无故地从马公港消失了。虽然这些人没有在离开前留下只言片语，但留下的人却在纷纷传离开者就是为了逃避海汉人即将发动的进攻。十八芝的头目们并没有及时对这样的传闻进行管制，然而过了一夜之后，马公港又少了几条船，而这次偷偷溜走的家伙不但带走了船，还打着郑芝豹的名号从岛上的粮仓提走了三千斤粮食。
郑芝龙得知之后自然是大发雷霆，一面派船追捕逃走的属下，一面将郑芝豹叫到书房狠狠地训斥了一通。训完自己兄弟之后，郑芝龙倒也没忘了亡羊补牢，下令澎湖所有港口码头进行管制，没有郑芝龙的手令，任何人不得驾乘百料以上的海船出航。
郑芝龙现在的处境的确十分艰难，虽然已经与各个大头目商定了撤往海外，但撤退计划一直未能完全定下来。毫无疑问，对岸如果知道十八芝选择撤离，很有可能会衔尾而至，趁十八芝撤退期间发动进攻。而十八芝在澎湖有上万属下，加上家属足足有三万人上下，并不是一朝一夕就能全部撤走的。留下来垫后的，很可能就会被对岸的大军给堵在澎湖。
为了能够早日定下撤退的计划，郑芝龙不得不自己先站出来，从他的直属人马中抽出一千人负责垫后，而其他各家头目则通过抽签的形式，抽出四家来再凑一千人，总计两千人留在澎湖主岛上，作为最后一批撤离的人员。同时郑芝龙也特地派了数艘快船前往漳泉附近海域，监视联军的动向。
而海峡对面的联军自然也没有闲着，加紧了在海峡内的巡航力度，双方在四月中旬的短短数天之中，就在海上交手了好几次。不过十八芝一方明显吃亏多一些，因为联军派出来巡航的船只几乎都装备了产自海汉的火炮，而十八芝的侦察船为求轻快，船上基本不会配备任何重武器，双方一旦接近到一定的距离，联军一方的火炮就会让十八芝的海船尝到只能挨打不能还手的滋味。
到四月下旬，十八芝的船已经不敢在白天靠近金门岛附近海域进行抵近侦察，只能选择入夜之后才从比较远的地方驶到近处进行观察。这样的侦察效果自然好不到哪里去，只能大致地判断出联军一方的舰队规模。郑芝龙所获得的报告，也只是三百到五百艘船这样一个比较模糊的数字。
尽管十八芝手头可用的船远远不止三五百艘，但郑芝龙也明白自家的船跟对手的船比起来并不在一个实力层面上，南日岛的教训已经充分表明了双方的实力差距，郑芝龙也并不打算再用自家的海船和儿郎白白去给对手刷战绩了。
四月底，去琉球和浙江考察环境的两支船队也先后回到了澎湖。浙江方面传回来的消息让十八芝的大头目都是心中发凉，沿海岛屿较多的台州府、宁波府都加强了对近海的防御力度，甚至要求岛上的住民暂时回迁到大陆上，避过这段风头再。而浙江方面的反应如此之大，据就是来自于福建官府向其提供的资料，表明了十八芝将在四五月之间攻打两省的松门卫、昌国卫、观海卫等地。
郑芝龙当时就在书房里摔了价值数百两银子的海汉制崇祯元年限量纪念版五彩玻璃砚台，大骂海汉人心狠手辣不是东西。作为当事者，他当然很清楚十八芝并没有在近期大举攻打浙江海岸的计划，虽然派出了船队前往浙江勘察，但目的也仅仅只是希望能在浙江近海拿下一两个无人岛，以作今后贸易中转所用。然而海汉人制造出的这个虚假消息，却使得浙江官府神经紧张，加紧了对沿海地区的防御部署，使得十八芝很难再在浙江沿海顺利立足——至少在近两个月是不太可能了。
十八芝当然也可以选择强行攻打，但问题就在于已经输不起，一旦战事不利，连后退的地方都没了。郑芝龙不敢冒这个风险，所以只能把注意力投向琉球，那里基本算是十八芝的最后一丝希望了。
琉球群岛所在的位置位于台湾岛和日本之间，有大岛屿一百余座，在元末分为中山、山南、山北三个独立的政权，其中以中山国的势力最为强大。
明洪武五年，即公元17年，明王朝派出使臣杨载出使琉球三国，并分别册封了三国的国王。而三个国也都明确表示向大明称臣纳贡，成为大明的藩属国。149年中山国兴兵灭了另外两国，定都首里城，统一了整个琉球。
不过因为琉球王国自身的实力虚弱，在此之后仍多次遭受外部势力的入侵。17世纪初日本德川幕府让萨摩藩率军入侵朝鲜，萨摩藩的藩主岛津氏向琉球敲诈军费，遭到拒绝之后，岛津氏派出大将桦山久高率部入侵琉球，俘虏了琉球国王尚宁，并迫使其答应了每年向萨摩藩输送粮食8000石的条件，从此琉球也开始向日本的萨摩藩和江户幕府朝贡，成为了“一国两属”的状态。
对于十八芝来，琉球王国所拥有的防御力量比起早几年被动挨打的福建水师尚有不如，要直接攻打琉球岛也并非不可能的事情。只是琉球岛距离澎湖的距离太过遥远，航程是澎湖到漳泉两州的六七倍之多，直接向当地发动攻击的难度还是稍显大了一些。而且还有一个让十八芝不能忽视的顾忌，就是琉球也是日本幕府的藩属国，焦头烂额的大明或许并没有心情来顾及海外藩属国的状况，但日本萨摩藩可不会对这个地方的得失坐视不理，毕竟这里每年进贡给萨摩藩的粮食和财物，对岛津氏而言都是一笔不菲的财富。
如果十八芝正面攻打琉球国，那萨摩藩介入战争的可能性将非常大。虽郑芝龙也不是那么畏惧萨摩藩，但在逃亡的状况下，能够避免交战就还是尽量避免比较妥当，毕竟十八芝可供战争消耗的资源已经十分有限了。
另外考虑到迁居过去之后，今后还要设法和日本幕府保持贸易关系，冒然与萨摩藩产生摩擦也并不是一个明智的选择。因此郑芝龙的考察目标并不是琉球王朝所在的主岛，而是在琉球岛西南约140海里处的宫古岛。
宫古岛位于琉球群岛西南部，距离福建约00海里，岛上地势平坦，加上周围临近的伊良部岛、下地岛、来间岛、池间岛、大神岛的陆地面积，已经超过了00平方公里，而其中主岛上的有一半以上的土地都可以作为耕地进行开发。其陆地面积和土地条件，都远远超过了陆地总面积不到100平方公里的澎湖列岛。另外岛屿西侧有多处天然港湾可供开发，对于靠海吃饭的十八芝来，绝对是一个不错的落脚之地。
当然最重要的一，是琉球王国对这里的统治影响力极为有限，岛上几乎没有驻扎像样的武装力量，大概琉球国王也根本就没想过会有谁会冒着得罪大明和日本两个大国的风险，来抢占这么一个没什么特别物产的地方。如果十八芝打算占下这里，只要直接驾船前往当地，然后展示一下自己的武力，基本不用作战就可以顺利地接收当地的统治权了。
从澎湖前往宫古岛需要从台湾岛北部绕过，航程近四百海里。以十八芝旗下的海船平均航速来计算，大概五六天就能抵达当地。不过对于十八芝来，要将宫古岛作为目标的话，留给他们的行动时间就已经不多了。这不仅仅是因为海峡对面咄咄逼人的对手，而且还因为宫古岛每年5月中旬到6月中旬都是梅雨季节，海况也将会比较糟糕，对于大规模迁徙的船队而言并不是一个适合的自然环境。
在经过仔细盘算之后，郑芝龙将出发的日子定在了农历立夏这天，即16年五月五日，争取赶在梅雨季节到来之前完成这次大规模的逃亡行动。
郑芝龙没有急于公开宣布这个消息，因为他也知道手下龙蛇混杂，岛上肯定会有福建官府的奸细，也保不齐有那贪图富贵之徒，听到消息之后就会叛逃报信。因此他定下计划之后，也只是告知了大头目当中的郑芝豹、郑芝莞、郑芝凤、洪旭、甘辉、施大瑄等几个家人和亲信。类似李魁奇、何斌、郭怀一等貌合神离的头目，郑芝龙连半口风都没有露。
不过世上没有不透风的墙，尽管郑芝龙试图将秘密保守到出发之前两三天才公开宣布，但由于十八芝内部的保密制度并不严格，相关的消息还是在几天后就传扬开了。对于前途惶惶不安的海盗们在得知郑芝龙已经下定决心不作抵抗就放弃澎湖之后，人心更是难以再凝聚到一起。
4月8日，海盗头目何斌、郭怀一率部叛逃，一下子拉走了六十多条船和近千人。他们并没有选择前往福建投降，而是去往了大员港，选择投靠荷兰人。在他们看来，荷兰人在大员港所兴建的热兰遮城已经初具规模，远比跑到千里之外的陌生荒岛上可靠得多。