嘉庆十年之冬，阮元也暂时告别了家人，自行前往雷塘为父亲守墓。这时阮元并无公事，想着父亲临终嘱托，便也将自己在杭州时，托李锐、臧庸等人校勘的《十三经注疏》文稿搬到了雷塘，结合家中古本注疏，为校勘内容做最后的整理和总结。
这日孔璐华意外的到了雷塘墓庐，看着阮元这狭小的墓庐之内，竟有大半都是书稿，不觉对阮元笑道：“夫子现下神色，倒是比回扬 州前轻松多了。不过夫子也真是的，做巡抚每日忙个不停，这回了家，还要亲为编书之事。夫子，你可别把自己累着啊？”
“夫人就放心吧。”阮元也不禁笑道：“爹爹临终之时，对我说归家之后，修书之事不可废绝。现在想来，确是如此，这些日子我尽心经术，心绪反倒比归扬之前要安稳了许多。还有啊，我自己修书，却又与外人不同，学生中多有才识不足之人，又是为我所使，所以有些学生把修书当作苦差事，我也能理解。但我自己修书，就是我自己的事了，自己办自己的事，怎么会累呢？”
“话是这样说没错……可是这十三经的校勘，我听你说在杭州的时候，你那些学生朋友，就已经校订了八九成了，就算这样，你还要如此一一亲阅吗？这不是浪费时间吗？”孔璐华又问道。
“夫人，这怎么是浪费时间呢？这也是精益求精之道啊。”阮元道：“我这些学生、朋友，我还是清楚的，精研一经有余，兼通诸经者却是罕有，是以虽然他们已经校勘大半，最后这统筹全篇之事，却是只有我能做了。在杭州的时候，公事太多，治学之事未免有些荒废，现在也正是重拾此道的最好时候啊？”
“嘻嘻，爹爹当年跟我说，夫子你是天下间至傲之人，这样看啊，还是爹爹他老人家最懂你啊？”孔璐华不禁揶揄道。只是想着阮承信平日慈爱，自己入阮府之后，竟是十年如一日的视自己为亲女，昔言犹在，人已不存，却也不觉叹了口气。
阮元看着妻子神色，只见她双目澄澈之余，犹有几分红肿，看来到自己墓庐之前，孔璐华已经到阮承信墓上祭拜过了，她也果然再掩不住自己心绪，为父亲痛哭了一场。想到这里，心中对她也是说不出的怜惜，只道：“夫人，这一路过来，你也辛苦了，不如就暂时歇息片刻，待天色尚早，就回去吧。”
“回去，今日我不想回去了啊？”孔璐华忽道：“今日我都和家里说好啦，就来这里陪你住几日，也好尽些孝心，你说好不好啊？”
“夫人，这……”阮元听她言语真挚，竟又要主动来这里相陪，自然有些过意不去，忙劝慰道：“夫人又是何苦呢？这雷塘墓庐，到了冬天，最是潮寒，我为了尽孝，方才暂居于此，而且我自己衣物准备，却也不少了。夫人这样突然过来，万一夜间受了凉怎么办？再说了，孔厚在家里还需要你这个娘呢，夫人就不要如此倔强了，还是快些回去吧？”
“夫子，爹爹在我心中，却也和亲生父亲一般无二啊？”孔璐华道：“夫子以为自己多备了衣物，这墓庐便住得，那你出去看看，夫人为了在这里暂住几日，也备了不少东西呢。至于孔厚，家中有书之姐姐和月庄，自然没问题的。怎么，这尽孝之仪，就只有夫子能行，夫人就不能了吗？”
“这……”阮元看着妻子样子，却也是真心愿意与自己同守墓庐，一时也不好意思拒绝，可墓庐冬天情况如何，自己却比孔璐华清楚得多，思忖再三，也只得折中道：“既然如此，夫人在这里暂住一日，却也无妨，不过夫人，这雷塘我十九岁的时候，就因为守制之故前来住过几日，其间情况，可要比你想得苦多了，夫人身子是耐不得如此寒苦的，就别再这样坚持了，住过这一日，夫人就还是回扬州去吧。毕竟照顾孔厚的事，更多还要你这个亲娘来做啊？”
“嗯……好吧，不过今日你可要好好陪陪我。”孔璐华知道丈夫爱意，便也同意了这个建议。
“好，今天也多陪陪夫人。”
嘉庆十年的冬天，与寻常年份一般寒冷，但这时居于寒庐的阮元夫妇，却在对方的照拂之下，自觉温暖无限。很快，清安泰的书信也到了扬州，言及这一年秋粮亦是大有收获，被雨灾侵袭两年的杭州，终于安稳了下来，阮元得知杭州渐归太平，自也放下了心。
只是这时的东海，却再次陷入了战火之中。
嘉庆十年之秋，听闻阮元因丧离任，蔡牵自然大喜，很快便重整旗鼓，一路北上福建，开始对台湾海道商船大加劫掠。到了冬天，蔡牵已连续夺下十余艘粮船，一时声势大振，朱濆眼看蔡牵船上有粮，也只好再行依附蔡牵，蔡牵会集各帮船只，竟已有百余艘之多。同时，蔡牵对过往商船也变本加厉，竭力勒索，每大船一艘过台湾海，只要被蔡牵劫到，便需交银四百两，蔡牵又用这些银钱走私船炮，招揽亡命，很快台湾海上，便出现了一个庞大的海盗舰队。
对于蔡牵这种疯狂扩张声势的行为，即便是吕姥，也都看不明白。
“蔡牵，这几个月，你这样子，却比以前大胆多了。”这日吕姥也不禁向蔡牵问道：“这些时日下来，咱们前后经手的银钱，都有好几万两了，每艘大船收银四百，你到底在想什么啊？”
“妈，这有了钱，不是好事吗？去年在顺化的时候，咱们的日子，哪有今天这般快意啊？去年我就说过，那朱濆迟早有一日要来我船上要饭，结果呢，哈哈哈哈！他要饭的样子，看着多有意思啊？”蔡牵笑道。
“你少说这些玩笑话，我知道，你这次准备这许多钱，肯定不是光想着让朱濆要饭这种事了。”吕姥道：“前两日，我看你派了蔡粼去台湾那边，看样子，他去联系的也不像海上的人，你下一步的打算，到底是什么？”
“哈哈，还是妈眼神好啊。”蔡牵大笑道：“不错，这一次我想好了，待得蔡粼回来，只要对面情况如我所料，咱们就北上淡水登陆，然后……杀进台湾！”
“进台湾？蔡牵，你……”吕姥当然清楚，蔡牵这些年来，虽然也主动与官府交手多次，却从未主动进攻清朝府县，而这次蔡牵的样子，竟是想要进攻台湾城池，一时之间，自也大惑不解。
“妈，我这一年也想明白了。”蔡牵道：“咱们就这样一直在海上，靠商人和渔市吃饭，总不是长久之策，官府毕竟根基雄厚，想要限制我们，他们有的是办法。所以，不如我这次干一票大的，直接攻进台湾，去打朝廷的府城县城！若是办得好，咱们就索性称了王，以后有整个台湾岛在手，这辈子是不愁了。就算再不济，只要攻下台湾府城，里面钱粮，也够咱们吃上一段时日！所以我遣了蔡粼到台湾，是去联系山中宿盗洪老四，那人在台湾山里颇有声势，识得台湾地形，若是他能够与我们合兵一处……哈哈，现在阮元回了老家，玉德是个废物，台湾能战之兵不过一两千人，你说，这粮米木材之乡，是不是就要换个主了？”
“哈哈，这个主意不错啊？成日在海上跟朝廷捉迷藏，这种日子我也不想过了，就听你的，若是菩萨果然庇佑我等，就让咱们夺了台湾，以后，就能和朝廷分庭抗礼了！”吕姥毕竟也是海盗脾气，重利在前，不惜以命相赌，听蔡牵这样一说，自是一拍即合。
“哈哈哈哈，这一次，老子就跟他们赌一把大的！”蔡牵肆无忌惮的笑道。
嘉庆十年十二月，蔡牵船队突然从淡水登陆，随即一路南下，与洪老四在台中 山区的匪帮会合，开始攻掠台湾村寨，为了扩大声势，这一次蔡牵索性自立王号，称镇海王。十二月中，蔡牵所部抵达台南，台南凤山县城受到蔡牵万余人进攻，根本无力抵挡，很快沦陷。凤山之战，也是蔡牵第一次攻占清朝县城。
紧接着，蔡牵大举北上，将台湾府城团团包围，玉德眼看台湾危殆，只得上疏求救。嘉庆得知凤山被蔡牵攻陷，自也是勃然大怒，一面命令台湾总兵爱新泰死守台湾府城，一边调动广州八旗东进，同时令德楞泰率军南下支援福建。在海上，李长庚也得到了围剿蔡牵之令，点齐浙江水师，一路南下澎湖，只等福建水师与自己会合，便全军东进，在海上进攻蔡牵船队。