河干逢岁暮，雪意满梁园。
古木群鸦集，寒云大纛翻。
黄埃余艮岳，青堞绕夷门。
却有孤吟客，焚香坐不喧。
进入腊月，各省官署除了封账之事，却也无甚要务。阮元既署任了河南巡抚，也在河南抚院将马慧裕未完庶务一一主持办理完毕。只是想着数日之后，便是嘉庆十三年，自己只是署任河南，又不知下一年将要归于何处，寂寥之下，自也多了几分惆怅。
然而，嘉庆十二年的最后时日，却是不得太平。
这时李长庚追击蔡牵，已有一月有余，蔡牵一路向南逃窜，渐渐过了闽洋，进入粤洋，李长庚兀自穷追不舍，蔡牵自然清楚，粤洋亦非久居之地，便即让自己残部折向西南，进入了黑水洋内。所谓黑水洋，乃是清代对于外海的一种泛称，自广东洋面而入黑水洋，顺风不过数日，便可抵达顺化，若能和阮光缵残部会合，蔡牵仍有东山再起的可能。
只是李长庚一路追击之下，到了这时，蔡牵也只剩下了最后三艘战船，李长庚这边也有几艘兵船中途掉队，但李长庚看着麾下尚有可战之船七艘，只要可以上前接战，便可一举歼灭蔡牵，也是咬紧牙关，毫不放松地追了过来。十二月二十五日拂晓，蔡牵最后的三艘船终于进入了李长庚船队的射程，最后那艘船狰狞的鱼眼，也在冬日的熹光之下，清晰可见。
“张见升的船队现在在哪，你等可有情报？”李长庚一边看着眼前的海盗船只，一边向后面一名参将问道。
“提督大人，昨日我们已经得到了陈副将的快报，张提督现在亲率福建大船十艘，就在四十里外海上！”那参将立刻向李长庚汇报道。
“四十里吗……那只要他们快些，还是能赶上的。可现在这个样子……”李长庚看得清楚，最后那艘海盗船，已经逐渐进入自己船队攻击范围，如果不能在这里一举歼灭蔡牵，这场仗再拖延下去，还不知会有什么困难，于是，他也当机立断道：“不等了，传令下去，所有船只备齐火具，听我号令，直接轰击最后那艘贼船！”
“是！”参将应声而去，不过片刻，李长庚坐舰之上，各种火具便已准备齐全。
“投！”随着李长庚一声令下，官军这边，无数火罐火球，一起向那艘海盗船掷了过去！
“砰砰砰砰！”海盗船顿时陷入一片火海。
“快！让前面的船转向，快！”蔡牵看着最后的那艘船渐渐被火焰吞没，也清楚自己这时根本无力救援，只得先行弃船，准备带着最后两艘船冲出重围，也只有这样，他们还有最后一线希望。
而这一切，也完全处于李长庚预料之内。
“所有船只，听我号令，不得在此恋战，看着前面那两艘船，其中大的那艘，就是蔡牵主舰，全体火炮预备，只要那艘船进入射程，便即开火！”李长庚号令之下，七艘兵船当即折而向西，紧追蔡牵主舰不放，过得片刻，蔡牵的主舰也已经清楚的出现在了李长庚等人视野之内。
“机会到了！”饶是李长庚风雨一生，大小战役经历无数，这时眼看蔡牵最后的旗舰已经无从逃遁，想着只要击溃这艘旗舰，东海海盗，便可望风而定，而蔡牵这个横行闽浙七年的海上霸主，也只有败亡一途，李长庚又如何按捺得住内心喜悦？激动之下，便即亲自走到船舷之侧，看着对面的蔡牵旗舰，号令道：“全体火炮预备，开火！”
“砰砰砰！”事实上，这时官军战船相距蔡牵旗舰尚有一定距离，火炮施放，未必便能击中蔡牵旗舰。然而，抱着可以一试希望，李长庚还是选择了提前开炮。而蔡牵看着官军战船安放炮弹，双手也不禁颤抖了起来，他也清楚，如果抵挡不住这一轮炮击，那这一天的黑水外洋，便要成为自己的葬身之地。
“开炮，开炮！跟他们拼了！”绝望之下，蔡牵也发出了最后的怒吼！
“开炮！你们都聋了吗？你给我起来，开炮！”吕姥在一旁看着情势不妙，也亲自冲到了炮位之前，一把推开身旁一名尚在犹豫的帮众，亲自调了炮位，向着官军战船呼喝道。
“砰砰砰砰！”这是蔡牵最后的挣扎！
“不要怕，全体趴下！”李长庚看着蔡牵船上升起的烟雾，对于蔡牵火力如何，也当即有了判断：“蔡逆火力不济，全体顶住，准备下一轮炮击，预备……”
然而，就在这时，李长庚忽然感觉到了一丝异状，身旁的火药气息，就在这一瞬间，突然浓烈了起来……
“不好！”
“砰！”就在这时，李长庚面前丈余之处，一颗炮弹在火药裹挟之下，炸出无数碎片！
“大人，大人！”
这时，官军旗舰上的所有兵士，都齐齐看向了李长庚的方向，就连对面的蔡牵，似乎也感觉到了官军船上的异状，忙抓起望远镜，向官军船上看去。那一刻，似乎所有海上之人，都在等待着李长庚的下一个动作……
“砰！”
李长庚倒下了！
“大人，大人！”参将看着李长庚中炮倒地，当即冲了过来，好容易扶住了李长庚。可他看向李长庚时，却只剩下了惊惶的神色，炮弹就在李长庚眼前爆炸，弹片四溅之下，李长庚咽喉、颈部，这时都已经血流如注，这般伤势，已是无力回天了。
“大人，大人！您坚持住，坚持住啊！”参将慌乱之下，再也克制不住，竟哭了出来。
李长庚剧痛之下，此时还有最后一口气，看着殷红的鲜血淹没眼眶，看着远处的海上，蔡牵的旗舰已经渐渐模糊，李长庚自然清楚，这一次，他回不去了……
“不，不要管我，追上去，一定……一定不能让蔡逆跑了……”李长庚最后的判断，是正确的。
可是，说着说着，李长庚已经听不清自己在说什么了……
“大人，大人！快，快把大人扶回去，快给大人包扎啊！”一片混乱之下，李长庚的旗舰竟停在了海上，一动不动。只有船边的几名士兵，看到了蔡牵旗舰正逐渐向西驶去，最终，不见了影子……
而这一切，李长庚却再也听不到，再也看不到了。
嘉庆十二年十二月二十五日，李长庚在追击蔡牵的黑水洋面，被蔡牵火炮击中，至当日黄昏，终于伤重不治，时年五十七岁。
而李长庚至死也没能想到的是，福建水师提督张见升，本是庸懦之人，这日中午听到李长庚重伤的消息，当即带着自己麾下船只撤回了福建。眼看蔡牵船队远去，后方又无援军，浙江水师也只得撤离黑水洋。蔡牵却带着自己的最后两艘船，成功逃脱了官军的追击。
李长庚殉难的消息，直到嘉庆十三年正月，才传回了京城。嘉庆见了军报，一时也是又惊又怒，当即召集了四名军机大臣议事。看着眼前写着“殉国”字句的军报，嘉庆竟也克制不住，对几位大臣道：
“你们都看到了吗？浙江提督李长庚，我大清海上最可倚靠的柱石，就这样……就这样……是，朕也知道，你们现在想问朕，朕见过李长庚吗？朕所有对李长庚的了解，都是靠着这些奏报，他死了，朕值得这样吗？朕告诉你们，朕确实没有见过李长庚，他相貌如何，声音如何，朕一概不知。可朕的奏报，朕看得清楚，何人在奏折里诚心实意，何人在奏折里虚词敷衍，朕一清二楚！李长庚的奏折，朕看过不少了，他笔迹如何，朕心里有数，只因他所有奏折，都是自己亲笔，偶有代笔，也定会据实上报于朕。即便他不在宁波，只要有可能，奏折也都是亲自撰写，那奏折上的字体，朕是辨认得出的！李长庚和很多绿营之人不同，每次剿贼平寇，战事如何，击沉贼船多少，自己有无伤亡，一应据实，偶尔一两次战事，自己麾下兵士阵亡得多了，也定然在奏折里向朕请罪。朕是没上过战场，可什么样的人是在真打仗，什么样的人是在邀功敷衍，朕看了十三年奏报，总也该清楚了！朕知道，眼下绿营将弁，在西有杨遇春，在东便是李长庚，他们，是朕的股肱之臣，是大清真正的栋梁啊！朕本来想着，只要李长庚能打败蔡牵，只要东海能重现太平，朕就给李长庚封爵，封伯爵！一个伯爵之位，朕拿得起，他也配得上！可惜啊，蔡逆只剩最后两艘贼船，眼看便可成擒，李长庚却……这是为什么，为什么上天就这样……就这样对朕不公，对大清朝廷不公啊……”说着说着，嘉庆感怀之下，竟渐渐落下泪来。一旁的几个军机大臣，也不觉为之落泪。
“皇上，眼下浙江之事，当早作决断啊。”董诰垂泪之余，也渐渐清醒过来，率先向嘉庆进言道。
“决断？朕要决断，也总该有能用之人啊？”嘉庆不觉感叹道：“朕清楚，闽浙各镇之内，海战之能，无人可出李长庚之右，是以闽浙设立总 统帅一事，朕都准了。可如今，没了李长庚，你们让朕去补任何人啊？”
“皇上，臣以为，如今浙江形势，应当文武并用，绿营之中，应遣一擅海战之人，补为提督，同时浙江陆上，也当慎择一巡抚，总制浙江沿海三镇。”戴衢亨也在一旁进言道：“臣听闻，福建总兵王得禄，与李长庚一样精通海战之法，前年台湾之役，王得禄随李长庚出师，多有战功，兼之资历足够，补任浙江提督，自可有力节制沿海绿营水师。是以提督一职，臣以为非王得禄莫属。至于巡抚，现浙江巡抚清安泰，文治有余，然不擅兵事，是以臣认为，眼下浙江巡抚一职，只有之前曾任浙江巡抚，与李长庚一并主持沿海战事的兵部侍郎阮元可以担任！皇上，臣此番举荐，绝非徇私，臣不识王得禄，仅闻其名，与阮元也素无来往，只是眼下浙江形势，用此二人，乃是最好的办法，此用人之议，还请皇上三思！”
“好，此补任之事，朕……朕议定之后，便即下发上谕！”嘉庆这样说，也是为了保证最后决策之人，仍是自己。但尽管如此，这时嘉庆心中，也已经定下了这两个人选。
很快，嘉庆便对浙江、福建人事作出了调整，福建水师提督张见升，眼看李长庚水师追击海盗，却未能及时相救，着令革职，发往前线效力。李长庚宣力海疆多年，为国捐躯，其情可悯，着令赐李长庚三等壮烈伯，谥曰忠毅。李长庚膝下无子，以族子李廷钰为嗣，然李廷钰此时年幼，诏令待李廷钰成年，便即袭封伯爵。
此外，王得禄改任浙江提督，节制三镇水师。调浙江巡抚清安泰为河南巡抚，署河南巡抚阮元为浙江巡抚。在给阮元的上谕之内，嘉庆也特意提及阮元此次赴任，乃是再抚浙江，先前百姓万人相送之事，自己亦有耳闻，望阮元无负君恩民意，到达杭州之后，务要全力平寇，以海疆防务为优先之事。