然而，阮家之中这般安闲的时日，却也终有结束的一天。就在这年十二月，嘉庆同意了翁方纲的致仕一事，而翁方纲之前的预言竟也意外成真，阮元果然补了他内阁学士之缺，回到了二品要员之列。
这一日，阮元也带着其余的《四库未收书》前来养心殿中，主动将书献与嘉庆。阮元在浙搜寻四库未收之书十年，前后共计得书一百七十四部，自己也一一仿纪昀《四库全书总目提要》之例，将其提要撰写完毕。嘉庆见阮元献书勤勉，自也大喜，当即决定将这次阮元进献之书，也一并归入《宛委别藏》之内。
“阮元啊，这次你能为朝廷充实图书，自也是大功一件了，这些书，朕就收在这养心殿里，严加看管。从此以后，这一百七十余部罕见古籍，也总是能够留存百世了。”嘉庆看着阮元的献书成果，也满意的对他说道。
“皇上，这些古籍确是抄本不多，若是果然失传，则臣身为读书之人，亦自痛心，如今能得皇上谕旨，长存秘阁，臣自感念皇上恩德，如此寻书之事，乃臣应尽之谊，臣不敢居功。”阮元也自谦辞道。
“好了，阮元，你有功也好，无功也罢，这几日朕回想起来，当年刘凤诰一案，你当是一时失察，并非有心徇隐。刘凤诰连号之事，当时就连陆言都不清楚，要你寻出他连号之弊，未免难为你了。这样说来，朕当时革除你官职，本就处罚重了，如今重新拔擢你为内阁学士，亦是公允之举，你可清楚了？”嘉庆也对阮元解释道，这番言语，自然也是在提醒阮元，不得将进献书籍视为升迁捷径。
“皇上，臣清楚了，皇上能够记得臣旧日辛劳，对臣破格擢用，臣自当实心任事，为皇上尽心竭力。”阮元当即答道。
“实心任事……阮元，朕相信你，可这天下军机卿贰，督抚藩臬，能真正实心任事的，又有几个呢？”不想嘉庆方听阮元言毕，竟然长叹了一声，又对阮元道：“又或许，便是他们果然实心任事，有些事，也一样办不成啊。前几日，江浙三名督抚将海运一事的上疏送到了朕这里，依他们之见，这海运何止是不可行，乃是大不可行之事啊。勒保、章煦、蒋攸铦三人，前后列举海运不可行之见十二条……唉，就算其中一半都是凑数的，可另一半，朕不能不看啊？其中一条便是，如今行海运，不能保证其必成，可另一方面，也不能仅因行了海运，便将漕运弃而不顾了啊？可这样一来，朝廷漕运上的用度，一时减不下来，可海运又要增加新的用度。浙江尚有旧亏未补，你也知道，而江苏亏空之事，看来比浙江严重数倍不止，朕就算想要试行海运，又上哪里去寻这些钱来呢？其实你的想法朕也清楚，无论能不能成，这件事总要先试错吧？可如今，朕连试错的开支，都没有啊？今年安徽又有水患，还要拨款赈灾，黄河……”阮元自然清楚，上一年钱楷从广西改任了安徽巡抚，这一年仅仅为了救灾，便在安徽耗去大半心力，又听到嘉庆之语，一时心中也是酸涩，不知海运一事应该从何说起。
“黄河的事，你也该有所耳闻，这些年来，治河动辄耗去百万开支，可河堤呢？却是无年不决，所不同者，只在决堤严重与否。所以今年朕也不想再姑息了，遣了托津南下，清理河工账目，朕也想看看，究竟是不是果然如他们所言，下面有些人克扣河工公帑，以至于修筑堤坝用银，竟而不够用了？可这一查，结果却是两年来账目，全然不差，吴璥和徐端，确是把河工用银用到了河防工事上，怎么……怎么还会有这些问题呢？”
“只是这样一来，吴璥和徐端，花费公帑却依然不能保黄河安澜，那便是他们失职了，所以朕只好撤了他们的河督之职。可他二人才能，朕是清楚的啊，吴璥定立河工条例，朝中皆以为良法，徐端更是多年亲赴河道视察，南河水道，他从来了然于胸，可即便如此，却还是治不得黄河吗？”嘉庆说到这里，阮元看嘉庆时，竟也是一片黯淡神色，看来河工漕运之事，实在是给了他不小的打击。
“皇上，河工之事，臣亦有所耳闻。”阮元看嘉庆如此神情，也只好劝慰嘉庆道：“黄河近年履决，其根本之患，在于南河泥沙淤积过甚，至河道日高，极易成灾，而且相比于前朝靳辅治河之际，如今河道，已东行数百里，彼时河口，今日已成内地，而今日河口，又无当年堤坝，所以……”
“是啊，可是又有什么办法呢？”嘉庆又感叹道：“黄河淤积，其实吴璥是挑挖过的，可挖出的淤沙不过百分之一二，又能济得甚事？河口之事，一直有人建议，将黄河河口改道，从马港口入海。可朕也让百龄查看过了，马港口河道狭窄，若是贸然改道，只怕河患更重……唉，这河漕之事，真是进也进不得，退也退不得啊。”
说到这里，嘉庆似乎又想起了什么，便对阮元道：“阮元，朕记得上次经筵之时，你所讲之一篇，便是《周易》之中‘穷则变，变则通，通则久’一句，朕记得没错吧？”
“回皇上，臣所讲正是此章。”阮元自然不敢怠慢。
“可如今朝廷弊病，根本在于天灾履起，百官因循，旧制之中，良法尚不能立，所以阮元，你觉得，眼下这大清，真的便是‘穷则变’的时候吗？至于‘变则通，通则久’二句，原先朕也是信的，可回想汉之武帝征伐，终致海内虚耗，唐之多立藩镇，而有安史之祸，宋之熙宁改制，竟成党争不止，明之万历辍朝，以至亡国无日，你说这变了，果然就能通吗？通了，果然就能久吗？”不想嘉庆之言，竟是处处针对这三句话：“阮元啊，这些年你未经政事，或许有些事你还不知道吧。其实这两年里，无论朝廷中的言官御史，还是民间士人，上疏言政的都不少，可是他们之言，又有多少是可行的？朕看着他们，虽有一二果然是为了朝廷天下着想，可十之七八，却也不过是想着趁朕海运、河道二事未定之际，上疏妄言，借以取名罢了。他们总是说，这河漕旧制，多有积弊，所以将河漕旧制改了，就能保河漕安澜，亏空渐补。哈哈，改了旧制，新制果然便是毫无弊病吗？新制之弊，如今的河漕之上，还能承受得起吗？你看前朝这些典故，妄改旧制，以至天下丧乱之事，难道还少吗？若是不能寻出更加妥善之法，那朕看着，还不如先行旧制呢。阮元，这件事，你意下如何呢？”
阮元听着嘉庆之言，心中也是一半无奈，一半惊惧，无奈的是，黄河、海运这些问题，自己确也只有一时之策，而无治本之法。惊惧的是，或许嘉庆对自己这样说，也是希望自己言行谨慎，不准他复官之后，多行冒进之举。
思忖之下，阮元也只好对嘉庆道：“回皇上，臣也以为，如今天灾频繁，国库亏空尚不能尽补，河漕之事，亦无根治之法，不如先行延缓数年，待风调雨顺，民无灾祸之际，再做打算。”
只是，那“风调雨顺”的时日，却也不知何时方能到来。
数日之后，嘉庆又将自己新着《守成论》公之于天下，其中言道：
夫成者，列圣所遗之成规也，守者，世世子孙守而不易也。盖创业之君，继前朝弊坏之余，开盛世兴隆之业，殚心竭虑，陈纪立纲，法意良美无不详尽，后世子孙，当谨循法则，以祖宗之心为心，以祖宗之政为政……历观汉唐宋元明，载之史册，皆中叶之主，不思开创艰难，自作聪明，妄更成法，人君存心改革，即有贪功幸进之臣从而怂恿，纷纭更易，多设科条，必至旧章全失，新法无成，家国板荡，可不戒哉？……守成大旨，在于勤修欲废之章程，莫为无益之新图，成法不变不坏，履更履敝……亡国之君，皆由于不肯守成也，守成二字，所系至重，敬天法祖，勤政爱民，大本在是，岂浅鲜哉！
阮元看着这样的一篇文章，一时心中也是五味杂陈，不知作何言语。
这样的嘉庆，还是自己最初所期望的嘉庆吗？
可若不是这样的嘉庆，他还能做得更好吗？
不过，阮元的命运却依然顺遂，冬去春来，嘉庆十七年，阮元再补任工部右侍郎，管理钱法堂事务。就这样，在因故革职两年半之后，阮元终于官复原级，重新回到了正二品的位置。
可这时的阮元，却也已经四十九岁了。