然而大运河的水情却并无丝毫改善，进入嘉庆十九年，江淮依然处于干旱少雨的困境。二月之初，新一年的漕船北上也已经迫在眉睫，阮元虽清楚河道难行，却也只好再度出发，北上督漕。
可这一次，阮元行船刚刚抵达黄河，便即得到前方漕船来报，邳宿一带，百余里之内运河积水渐显不足，担心漕船难以如期前进。阮元得了信报，也是担忧不已。他素来精习天文，能观天象，眼看青天之上，晴朗无云，正是上一年北上时的天色，自也清楚，嘉庆十九年的江淮，只怕一场大旱又是在所难免了。无奈之下，也只得派了下属，前往通知清河的黎世序，希望他能够立即下令，将微山湖、骆马湖湖水泻 出，以保运道畅通。
谁知黎世序得了阮元传令，并没有当即决定放水，而是亲自率了数十随从，与阮元行船一并北上到了宿迁河道。一行人在宿迁停靠之后，黎世序便即派遣下属，取了测水器具，前往勘测河水深浅。半个时辰之后，听着下属的上报，黎世序也对阮元答道：“阮漕帅，我等方才已经将此处水深测量得当，现在宿迁这里水道，水深均不低于一丈二尺，储水尚属充足，依定例，下官不能开闸。”
“黎总河，我所念开闸引水之事，不仅是为了这次行船，也是为了这一年的漕船着想。”阮元自然清楚这时水深情况，只是他这次请黎世序开闸，本也不是只为这一次行船之用：“去年豫东之乱，漕船虽能如数南归，可不少船只其实误了一月归期，是以今年我等不能再如往年一般计议北上之事，今年要北上的漕船，一共分了三次。可黎总河，您看如今这天气，与去年情形相似，多半今年江淮之地，又将有一场大旱了。如今咱们看着，河水尚不到开闸之量，可之后呢？半个月之内若是不下雨，后面的行船就又要拉纤而进，若是第二批漕船北上了，总河再去开闸，那后面行船，也要被耽搁至少半个月。所以我也想着，与其日后为之，不如先行开闸，充足运道，这样咱们行船也就方便了。”
“阮漕帅，您这番言语，恕下官不能接受。”黎世序这时只有三品顶戴，故而名义上河督漕督品级一般，他却依然以“下官”自称：“阮漕帅方才言及，今年必有大旱，大旱则运道必断，如此之语，并无实据，下官不能信服。难道，漕帅仅凭今时天气与去年此时相同这 一条，便要坚称今年也是大旱之年么？如此推论，未免有些武断吧？”
“黎总河，我自幼学习天文数算，虽不能有所成就，数月之内的天象如何，雨雪阴晴之状，我还是看得清楚的。”阮元听黎世序坚称不见旱情，便不能开闸，自然也有了好胜之心，便继续劝黎世序道：“如今这天象，我敢肯定，三个月之内这里都不会下雨，如此到了夏天，河中积水只会更少。黎总河，如今运道之上，水手多不愿行拉纤之事，去年也是我们以纤代赈，方才临时化解危机，可我所督运，本是天庾正供，不能轻易处之啊？这里距离骆马湖已经不远，还请黎总河行个方便，现在就下令骆马湖开闸，充足运道，这对于总河而言，又有何不便呢？”
“阮漕帅，下官身为南河总督，无故开闸引水，那下官不就失职了吗？”看来阮元这番解释黎世序还是不能信服，继续对阮元辩道：“更何况，下官先前也遣人打探过这里蓄水湖的情况，微山湖、骆马湖如今蓄水都不多，若是下官贸然开闸，致使周边湖水枯竭，若是后半年再有个万一之事，下官也担待不起啊？”
“黎总河，这微山湖骆马湖蓄水所为何事？正是先前治漕之人，念及运道或有枯竭之虞，方才筑了如此二湖，以备旱季之用！如今总河引骆马湖之水入此河道，正是物尽其用，总河又何必犹豫呢？”阮元继续对黎世序辩道。
“阮漕帅，这沿河蓄水之湖又不是只有引水之用，更何况现在各湖蓄水本就不足，下官不能因漕帅一面之词，就甘冒如此大险！”黎世序依然力主己见，二人谁也不能说服对方，一时竟僵在了河道之上，不能移步。
“伯元，不好了！”就在阮黎二人僵持不下之际，忽然间杨吉的声音出现在了阮元身旁，阮元惊异之下，连忙回头望去，只见杨吉一路小跑，沿着北向河道跑了回来。杨吉看到阮元，也连忙对阮元说道：“伯元，方才骆马湖水闸那边，咱们的兵跟河道卫兵为了开闸的事，吵了起来，之后……之后就打起来了！”
“黎大人，黎大人！”就在阮元尚且不知杨吉所言因由之时，河道一侧，又有一名把总跑了过来，这人却似对阮元视若不见，方才驻足，便对一旁的黎世序拜道：“黎大人，方才水闸那边的护漕官兵，把咱们的河大人给打了！他们……他们非要咱们的人开闸，下官……下官拦不住啊！”
“这……这都是怎么回事啊？！”阮元和黎世序听着二人下属竟然在水闸之处大打出手，也都大惊失色。
很快，阮黎二人到了骆马湖水闸现场，方才将两队人马分开，这时阮元也听下属官兵解释清楚，原来，就在阮元和黎世序争论是否应该开闸引水之时，漕标兵士与守卫水闸的河标绿营，也为了是否需要开闸一事争论了起来，阮元下属的漕标游击潘遇龙一时性急，竟带着下属兵士想要强行开闸。这里河标归淮海道道员河洲管辖，河洲这时也在现场，当然不想听凭潘遇龙指手画脚，当即率队上前阻拦，混乱之中，河洲被推到水里，摔断了右腿。如此一来，倒是阮元的漕标官兵在道理上吃了亏。
这河洲本是黎世序亲信，是以黎世序眼看他受伤，当即写了奏折，遣人快马送往京中。嘉庆听闻阮元在河水尚属充足之时，一再要求黎世序开闸引水，又是漕标官兵打人在先，也当即大怒，将潘遇龙革职查办，就连阮元也未能幸免，被嘉庆降一级留任。想着任命阮元做漕运总督的旧事，嘉庆也不觉有些气馁，感叹道：
“阮元啊阮元，你做这个漕运总督还不到两年，怎么在你自己的省里，还能闹出这么多事端啊？先是筑闸之事，今年又是引水，唉……难道朕用你做漕运总督，还是用错了人不成？”
想着阮元任用之事，嘉庆一时也是无计可施，便顺手取下了身旁的另一本奏折，这封奏折是江西巡抚先福所寄，看奏折密封之状，似是要紧密奏。嘉庆拆了奏折，只看得数行，便即怒气上涌。只是联想起方才阮元之事，嘉庆竟没有当即发作，反倒陷入了沉思。
“江西逆党……也罢，如此看来，江西也确实需要一个能臣坐镇啊……”就在这时，嘉庆开始有了改任阮元的念头。
清时河漕分治，本是为了各尽其长，漕运总督专督漕粮北上，河道总督则专司治河引水，若如此繁复之任皆由一人专职，则往往不能兼顾。可河漕分治至此百年，却也渐生弊端，漕运总督任职，以如期运送漕粮抵达通州为第一要务，如此则河道、沿漕各湖引水之事，必须以漕运为先。河道总督则以治水为本，凡所用水，俱以河道安澜，沿河水道不致泛滥为要。一旦各行其是，便极易在用水之事上有所龃龉，以致各不相能。
阮元自也清楚，黎世序并非有意与自己为敌，只是职分有别而已，故而对于黎世序拒不开闸之事，阮元也并无怨言。果然入夏之后，一连数月无雨，江淮再次陷入大旱之中，这一次黎世序再无异议，主动将微山湖和骆马湖打开为运河注水。可即便如此，因蓄水湖本身积水不多，六月的运道之上，阮元依然只能动用大量纤夫前来帮助行船。
这日漕船行抵台庄，阮元也收到了嘉庆新的一份上谕。
“伯元，看来这黎总河倒也是个厚道人啊。”黄昏之际，阮元和杨吉已然寻了驿馆，安置完毕，想着闲来无事，便一起走到了驿馆之外，来看运河水势，想着入春之时，黎世序和阮元争执不休，到了这六月盛夏，态度却已经截然不同，杨吉也不觉感叹道：“虽说这水量还是不够，但他能够不计旧怨，主动出手相助于你，照我说来，却也是个好官，只是这人为人未免拘执了些，有些时候，让人看着不快。”
“黎总河治河之才，当下也是海内屈指可数了。不说别的，就说嘉庆十六年以前，这南河决堤了多少次？可黎总河治河两年，南河竟无一次决口，也是难得了。他所不足之处，乃是不通天象，不能提前预判雨量，可这门功夫，现在国朝之内会的人也不多啊？能通天象之人，多数又潜心学问，做不得督抚这般高官，所以遇到这些咱们可以预先警觉之事，竟是曲高和寡啊。”阮元也点了点头，向杨吉感慨道。
“伯元，你这是夸黎总河呢，还是夸你自己啊？”杨吉见阮元神色渐渐轻松，却也笑了出来，对阮元打趣道。
“哈哈，不过话说回来，或许我这漕运总督，这一任也就到头了啊。”看起来阮元之所以大发感慨，竟还有另一重原因。
“伯元，这……这怎么可能呢？”听着阮元这样一说，杨吉也不禁纳闷起来，问道：“是，皇上春天的时候，因为那潘遇龙擅自打人的事，把你也责备了一番，可如今呢？一连数月不能下雨，你的预测，已经应验了啊？这件事归根究底，你猜对了，皇上和黎总河猜错了啊？怎么，现在皇上已经变了，只顾着自己面子，不敢承认错误了吗？”
“杨吉，我先前与你说过，今年漕运，因去年变乱之故，粮船只得分三次北上，这是第二次，可皇上来的那封密谕之内，却告诉我，这次漕粮交兑之后，便即北上京城，皇上要……召对于我。这漕粮之事未尽，却让我北上面圣，我思来想去，多半也是要改任了。”阮元想着漕运总督一任，其实尚不足两年，虽已经力行更革，整肃吏治，但许多清除漕弊之法，或仅能有所小成，或碍于上任之时不多，尚无长久之策，这时若是离开漕运，这些办法能否继续实行下去，都再也不可想象。尤其是嘉庆授任自己之时，还亲口承诺若自己办事得当，可以长期任用，如今忆起这些，阮元自然更为失落。但回想督漕两年，阮元却也叹道：“皇上的意思，我倒是也清楚，漕运可以不用我，但眼下南河离不开黎总河啊，权衡之下，走的那个人，当然就是我了。”