我在年轻的时候，也曾和宝可梦一起巡游了整个卡洛斯地区。
对于那些因为没有拥有足够的生存资料而受苦的人们，我也曾对他们施以援手。
最初，他们非常感激，但渐渐地，索取就变得理所当然了。
还向我提出更过分的要求……
难道就这样容许那种愚蠢之徒慢慢将卡洛斯地区侵蚀殆尽吗？
世界上的人类和宝可梦的数量，都在稳定地慢慢增长。
但是，在这世上存在的，金钱及能源的数量是有限的。
是失去一切，还是拯救少数生命。
下决定的，并不是人类。
那么，就去使用神明的道具吧。
......
在研究所的资料室内，直树和希特隆找到了弗拉达利的笔记，也找到了一些有关卡洛斯地区过去的记录。
群山不会相交，但人们总会相见。
人类和宝可梦亦会交流。
很久以前，人类和宝可梦通力合作，催生出很多事物。
因此，在人类当中，出现了领导者。
在领袖的领导下，人们又创造出了更多的宝藏。
渐渐地，在人们当中，也出现了等级之分。
王之名为az，意为起始，亦是终结。
他利用超越时代的技术，第一次统一了卡洛斯。
但是，富饶的卡洛斯再一次成为了争端的目标。
王也无法避免战争。
就连自己喜爱的宝可梦，他也不得不将其派上战场，参加这场混乱又丑恶的战争。
王也不得不把自己那令人骄傲的，过去曾让卡洛斯富饶起来的技术，以并非本意的形式，用在并非本意的地方……
曾经的国王，az离开了。
az有一位弟弟……
据说这位弟弟为了夺取卡洛斯，将觊觎着卡洛斯的外人，引入了自己的故土。
但是，当他在看到遭受战火摧残的卡洛斯之后，便将兄长az的造物，掩埋到了地下。
曾经的王者，az离开时，带走了一把钥匙。
这正是让最终兵器运作，所必须的物件。
而王的弟弟，将最终兵器的位置传达给子孙后，便离开了人间。
“那是神明所用之物，常人不可触碰。
我们能够做的，便是建立起一个，不需要此物的世界。”
az在悲伤当中建造最终兵器的时候，留下了这样一段话。
“让所爱的宝可梦重生有何不可！为了令其复生，其他的宝可梦的生命也就毫无意义！”
......
“必须要阻止他们才行。”
“当然，我们不就是为了这个才来的吗？”
无论是弗拉达利还是AZ，直树都不在意，他们有他们的想法，直树有直树的想法。
这个世界虽然也有很多的瑕疵，但是瑕不掩瑜，和别的世界相比，这个拥有宝可梦的世界简直就美好得像是童话故事一样。绝对不能允许这些偏执狂毁灭这个美好的世界。
“啊哈哈！是卡洛斯发电厂那时候的那个有趣的训练家呢。和说好的一样，我们又见面啦！”拥有一头橙色头发的阿可碧挡住了两人的去路。她身边跟着一头大狼犬和一头赤面龙，她没有被小雪直接干掉大概就是托了大狼犬的福。
“抱歉，我现在可没有时间和你叙旧，前往下一层的电梯钥匙在谁身上？”
在游戏剧情中，电梯钥匙是在直树目前还没有见过的茉蜜姬身上的，只不过茉蜜姬在冰结洞窟被结成真重伤了，现在根本就不在这个研究所里。
“抱歉，这就不能告诉你了。”
“啧，沙奈朵，用魔法闪耀解决掉它们！”
“没关系的直树，我很快就能破解掉这座电梯的。”希特隆对于能不能拿到钥匙根本没有在意。
直树想起了每一代游戏的新手村里面的一个胖子的话：科学的力量真伟大！
乘坐电梯向下，直树和希特隆来到了弗拉达利研究所的底层。
“哦？来了意想不到的人呢！”
直树和弗拉达利的首次见面以这句话为开端。弗拉达利是一个面相威严的人，有一头火焰一样的红发，让人莫名想到火炎狮这只宝可梦。
“密阿雷道馆的现任道馆主希特隆，还有最近这段时间一直在阻碍闪焰队行动的少年，佐藤博士的儿子佐藤直树。”
“欢迎你们。世界终将走向终结……想要拯救所有生命是不可能的。只有被选中者才能获得通往明天的车票。你们是想要车票呢，还是想要阻止我呢？”
“可怜的疯子。”直树叹了一口气。
“希特隆，这边就拜托你了。”
“放心好了！”
直树的目标当然不可能是弗拉达利，一切的关键是闪焰队五名科学家中的唯一一名男性，也就是到目前为止一直都没有露面过的库瑟洛斯奇，他手里掌握着最终兵器的开关，他才是一切的关键。
“收到的 精灵球，收集的 宝可梦,全部 运送，等于 一切 准备 就绪。”
“哦哦！传闻中的你准备好了吗！对你的调查开始了！”
“精神病！”直树骂了一句，直接让小雪用冰息冻住了他。
“按钮在什么地方！”
“呵呵，遥控器 按下 开关 启动。”
“你看 显示器 显示器！你看了吗！诞生了！最终兵器 绽放了！有毒的花！抹消掉闪焰队以外的人！你看 石林镇 石林镇 开花了！老大的梦 实现了 美丽的世界 诞生了！就等于 我们的科学 的胜利！”
“......”
这个疯子，直树皱起了眉头，示意小雪弄晕他。
“来不及了，我们必须立刻赶往石林镇！”
“沙奈朵，准备好使用瞬间移动，我们回去找希特隆！”
现在只能指望石林镇那边的行动顺利了。最终兵器的启动需要吸收大量的能量，距离发射还有一段时间。直树让结城夫妇和爷爷奶奶尽量驱散了周围的人和宝可梦，吸收能量的时间应该会稍微长一些。
不过最关键的还是闪焰队捕捉并存放在秘密基地中的宝可梦，以及卡洛斯地区的两只传说级宝可梦。
哲尔尼亚斯和伊裴尔塔尔。
“希特隆，计划失败了，快走！”
“......”
“启动了吗？”
弗拉达利的脸上浮现起狂热分子的神情，他没有理会借助瞬间移动逃走的两人，收回了自己的宝可梦，朝着研究所的深处走去。