明军夺取南京、虏首多铎兵败身亡的消息，如同长了翅膀一样，传遍大江南北。
徽军李定国部得此消息后，士气大振，随即出安庆，南北两路分击江北清军和湖北清军。
原来，两万徽军与江北清军鏖战半月有余，期间，李定国曾用计引诱护军统领扬善的五千八旗铁骑进入芦苇荡中，正待“火攻”之时，偏偏身后冒出了一支清军，李定国不明虚实，只得放弃了这次围歼八旗铁骑的良机。
而这支出现在徽军背后的一万清军，便是多铎和洪承畴苦盼已久的鄂兵。
李定国探明军情后，判断出了清军意图，遂令徽军固守安庆，意将江北两路清军牢牢吸附在此。
之后，江北的明清两军，围绕安庆大战十余日，安庆乃是坚城，双方又势均力敌，谁也奈何不了谁，局势因此僵持，直到南京清军覆灭的消息传来。
清军官将一时哗然，又遇安庆明军出击，两路清军的军势瞬间崩溃。无奈之下，只好各回各家，各找各妈。
护军统领扬善直接放弃江北大营，率五千八旗铁骑头也不回的往北狂奔；湖北绿营副将金声桓则令部队抛弃所有无用物资，发足脚力，轻装西撤。
两军跑得倒是够快，明军发猛追击都没追得上，只是坑惨了还在坚守江北大营的汉军旗。
恭顺王孔有德听到南京城破、扬善带着八旗铁骑北奔的消息后，气得三尸神都要跳出来了。旬月以来，他率麾下两万嫡系汉军苦守江北大营和乌江关，与敌军长江水师缠斗多日，等来的却是这样一个结果。
可他再气恼也无用，战争的结果并不以他的个人意志为转移。为了防止被明军包围，孔有德急令汉军弃营北逃，包括“乌真超哈”和乌江关所有轻重火炮在内的一切淄重，全部被汉军一把火焚毁在了营关之内。
即使如此，孔有德也没有逃脱败亡的命运。
正当两万汉军仓皇北顾之际，李定国亲率本部兵马衔尾追击，终于在泗水成功撵上了孔有德部的后军，随后李定国命四弟刘文秀和鲲鹏军主将焦涟分兵侧击孔有德部两翼，并自领标营八百人猛攻汉军后队。此时，汉军正值缺甲少粮、士气低迷之时，何以挡得住徽军的倾力一击，大撤退很快就演变成了大溃败，两万汉军在徽军的冲击下，被打得丢盔弃甲、伏尸盈野。
孔有德见部众溃散，目眦欲裂，可眼下保命要紧，他也顾不得许多了，随即在部将的劝说下，换上了一身布衣，欲趁乱突围。
忽有一天庭饱满、地阁方圆的雄武大将领兵直冲自己而来，麾下部将、亲卫竟不是其一合之敌，一时大惊！
反之，李定国则是喜不胜收，他老远就看到乱军丛中，唯有孔有德身边亲兵环绕，加之其身上一身布衣崭新洁净，在这战场上格外醒目，遂猜出眼前之人便是朝思暮想的恭顺王孔有德。随后他左手驭缰，右手持偃月刀，朝虏首闪击而来，直至一刀斩落。
在一片惊呼中，恭顺王的大好头颅，于此斫之。
……
淮安。
清廷冀鲁豫三省总督马光辉，为了彻底平定民变，将贼军主力围困在淮安一隅，清军遂于此实行焦土政策，以期彻底抹去贼军的生存土壤。
“屋漏偏逢连夜雨”，正欲继续南下转进的义军，又遇希尔艮部八旗铁骑突袭，义军将士死伤惨重，主帅丁克泽战死，余众只得在副帅谢之遴率领下，退守淮安城。
于是，又如同回到了淄川那般，义军被清军围困在了淮安城。在历经了长达二十余日的高强度大战后，淮安几成焦土，百姓十室九空，义军兵力更是折损严重，仅存五千人，谢之遴、张顺等义军将领之所以还在苦苦支撑，就是在等明军的来援。
谢之遴等人的坚守没有白费，终于在一日黄昏时分，明军的日月大旗出现在了淮安城的西面。
领命前来接应义军的明军主将白文选，并未急着下令出击，而是令部众隔着里运河远远扎营，作出一副隔岸观火之状，实则秘密打造木筏，准备强渡淮河。
一连几天，明军都在淮安对岸撒网打鱼，没有任何渡河的意图，清军由此松了一口气，总督马光辉以为对面又是一支见死不救的明军部队，于是仅以三千清军临河防御，其余大军继续围攻淮安城。
白文选眼见清军上当，当即命部将顾清石率本部五千徽州兵，趁夜色从里运河上游秘密强渡淮安，待清军反应过来时，徽州兵已经登陆。随后顾清石领兵一路冲杀，成功冲破清军封锁线，到达了淮安城天衢门下，与义军会师。
两军会师后，淮南局势登时大变，义军再也不是困守孤城的残兵，而是外有援军游走，内有生力军支撑，士气大振。
马光辉见破城受阻，清军一时奈何不得贼军，也只好令部众停止攻城，重新调整作战方略，他打算以深挖沟壑、密布铁蒺藜和拒马的方式，彻底将淮安城困死饿死。但此举却遭到了希尔艮的强烈反对，原因就是南京危在旦夕，淮安城必须速破，以打通清军南下增援通道，解除腹心之患。
从军事战略上来说，希尔艮的看法是正确的，但他却忽略了残酷的政治斗争。马光辉早就从朝中收到了江南总督洪承畴弹劾他的讯息，在这种情况下，马岂会在乎洪的生死，他还巴不得南京早日被攻破呢。
于是，马光辉并未将希尔艮的意见放在心上，依旧是打算和淮安贼军硬耗到底，直到南京最终胜负决出，马光辉终于意识到情况不对，但已为时晚矣。
适逢李定国于泗水大破孔有德部，河水上到处都漂浮着死难士卒的尸首，以至于淮安清军人心惶惶，马光辉再也待不下去了，遂率大军仓惶撤回山东境内。
一时之间，右军都指挥使、安徽总兵李定国，阵斩恭顺王、惊退冀鲁豫鄂四省清军的威名，传遍天下！
至此，这场明清国运之争，终于落下帷幕。