在春日部宁静的午后，野原家的院子里像往常一样洒满阳光。小新正和小白在院子里追逐嬉戏，小白欢快地奔跑着，时不时跳起来去够小新手中的小树枝。突然，一阵“簌簌”的声响从院子角落的草丛里传来，打破了这份欢乐与宁静。
小新和小白都停下了动作，好奇地看向草丛。只见一只模样奇特的小动物从草丛里钻了出来，它身形圆胖，耳朵小小的，尾巴也短短的，模样有些像老鼠，但体型却比普通老鼠大上许多。小新惊讶地瞪大了眼睛，指着这只小动物喊道：“小白，你看，那是什么？长得好奇怪呀！”小白也警惕地竖起耳朵，对着小动物“汪汪”叫了两声。
这只小动物似乎被小白的叫声吓到了，它愣在原地，小眼睛滴溜溜地转着，看上去十分慌张。小新慢慢地靠近它，蹲下身子，轻声说：“小家伙，你别怕，我不会伤害你的。你怎么会跑到我们家院子里来呀？”小动物像是听懂了小新的话，紧张的神情缓和了一些，它“吱吱”叫了两声，似乎在回应小新。
这时，美伢听到动静从屋里走了出来。“小新，发生什么事了？小白怎么叫得这么凶？”美伢一边说着，一边看到了那只陌生的小动物，也不禁吃了一惊，“这是什么动物啊？怎么从来没见过。”小新站起身，挠挠头说：“妈妈，我也不知道，它突然就从草丛里钻出来了。”
正当他们疑惑的时候，小新突然眼睛一亮，兴奋地说：“妈妈，我知道了，它一定是卡皮巴拉鼠！我在电视上看到过，和它长得一模一样。”美伢有些怀疑：“小新，你是不是看错了？这真的是卡皮巴拉鼠吗？”小新坚定地点点头：“肯定没错，妈妈，你看它圆滚滚的样子，还有那小耳朵小尾巴，就是卡皮巴拉鼠。”
美伢无奈地笑了笑，说：“好吧，就算它是卡皮巴拉鼠，那我们该拿它怎么办呢？它可能是迷路了，我们得想办法帮它找到家。”小新却不乐意了，他一把抱起卡皮巴拉鼠，撒娇道：“妈妈，就让它留在我们家吧，我会照顾好它的。你看它多可爱呀，小白也需要一个小伙伴呢。”小白似乎听懂了小新的话，凑过来闻了闻卡皮巴拉鼠，然后友好地摇了摇尾巴。
美伢看着小新期待的眼神，又看看那只萌萌的卡皮巴拉鼠，心软了下来：“好吧，不过你要负责照顾它，不能让它把家里弄得乱七八糟。”小新开心地跳了起来：“好耶！妈妈，你真好。从今天起，你就是我们家的一员啦，卡皮巴拉鼠！”
于是，卡皮巴拉鼠就这样在野原家安顿了下来。小新对它照顾得无微不至，给它准备了一个温暖的小窝，还拿出自己的零食和它分享。卡皮巴拉鼠也很快熟悉了新环境，变得活泼起来。它和小白成了好朋友，经常一起在院子里玩耍。小白会带着卡皮巴拉鼠追逐蝴蝶，而卡皮巴拉鼠则会在一旁“吱吱”叫着为小白加油。
然而，卡皮巴拉鼠的到来也给野原家带来了一些小麻烦。这只小家伙特别喜欢啃东西，家里的一些家具和电线都遭了殃。美伢看着被啃坏的椅子腿，无奈地对小新说：“小新，你看卡皮巴拉鼠又闯祸了，你得想办法让它改掉这个坏毛病。”小新看着被破坏的家具，有些不好意思地说：“妈妈，我会想办法的。”
小新想来想去，想到了一个主意。他在院子里给卡皮巴拉鼠做了一个专属的“啃咬区”，用一些树枝和木块搭建起来，还在旁边放了一些专门给它啃咬的玩具。卡皮巴拉鼠很快就被这个新地方吸引住了，不再去啃家里的家具。
日子一天天过去，卡皮巴拉鼠在野原家生活得越来越自在。小新每天放学回家，第一件事就是和卡皮巴拉鼠还有小白一起玩耍。可是，有一天，卡皮巴拉鼠突然生病了，它无精打采地趴在窝里，不吃也不喝。小新急得像热锅上的蚂蚁，眼泪在眼眶里打转：“妈妈，卡皮巴拉鼠怎么了？它会不会死呀？”
美伢也很担心，她安慰小新说：“小新，别着急，我们带它去看兽医。”于是，美伢和小新带着卡皮巴拉鼠来到了兽医诊所。兽医仔细检查后，告诉他们卡皮巴拉鼠只是吃坏了肚子，吃点药就会好起来。小新听了，这才松了一口气。
在小新的细心照顾下，卡皮巴拉鼠很快就恢复了健康。经过这次事件，小新更加珍惜和卡皮巴拉鼠在一起的时光。然而，好景不长，卡皮巴拉鼠的主人找到了野原家。原来，卡皮巴拉鼠是附近一个科研所饲养的实验动物，不小心跑了出来。科研所的工作人员对野原一家表示了感谢，并准备带走卡皮巴拉鼠。
小新看着要被带走的卡皮巴拉鼠，心里十分不舍，眼泪忍不住流了下来：“不要带走它，它是我们家的一员。”工作人员看着小新难过的样子，也有些不忍心，但这毕竟是科研所的动物，有规定要带回去。这时，美伢走过来，抱住小新说：“小新，卡皮巴拉鼠有它自己的家，它在那里会生活得更好。我们可以去看它呀。”
小新听了妈妈的话，虽然还是很伤心，但还是懂事地点了点头。卡皮巴拉鼠似乎也感受到了离别的悲伤，它“吱吱”叫着，蹭了蹭小新的手。科研所的工作人员承诺，以后会经常邀请小新去看望卡皮巴拉鼠。
卡皮巴拉鼠被带走后，小新有好长一段时间都很失落。但他知道，卡皮巴拉鼠在科研所会得到更好的照顾。而和卡皮巴拉鼠在一起的这段日子，也成为了小新童年生活中一段难忘而又美好的回忆，每当他想起卡皮巴拉鼠，心中都会涌起一股温暖。
随着时间的推移，小新渐渐习惯了卡皮巴拉鼠不在身边的日子。但他对小动物的喜爱丝毫未减，经常会和小白一起去公园，看望那些在公园里生活的小动物们。有一天，小新在公园遇到了一个同样喜欢小动物的小朋友，名叫阳太。阳太家里养了一只可爱的小兔子，小新看到后，忍不住和阳太聊了起来。
“哇，你的小兔子好可爱呀！它叫什么名字？”小新好奇地问道。阳太笑着回答：“它叫雪球，是我过生日的时候爸爸送给我的。你呢，你家里养了什么小动物？”小新兴致勃勃地给阳太讲起了小白和曾经在他家生活过一段时间的卡皮巴拉鼠的故事。阳太听得津津有味，对卡皮巴拉鼠也充满了好奇。
从那以后，小新和阳太成为了好朋友，他们经常一起带着小白和雪球在公园玩耍，分享彼此和小动物之间的趣事。小新也从和阳太的交往中，渐渐走出了失去卡皮巴拉鼠的失落，重新感受到了和小动物相处的快乐。而小白，也因为有了雪球这个新朋友，变得更加活泼开朗。野原家的生活，因为这些可爱的小动物，继续充满着欢乐与温馨的故事。