回到羊村后，羊儿们还没来得及好好分享这次奇妙冒险的点点滴滴，慢羊羊村长又神色凝重地把大家召集到了一起。原来，自从那神秘孤岛的古老文明复苏后，羊村的监测仪器就开始频繁捕捉到一些奇异的能量波动，这些波动和之前神秘信号的波动虽有不同，但似乎又有着某种微妙的联系。
为了弄清楚这背后的缘由，喜羊羊和伙伴们再次踏上征程。这次，他们循着能量波动的方向来到了一片寸草不生的荒漠。炽热的阳光毫无遮拦地照射下来，地面滚烫，每走一步都扬起一阵沙尘。
在荒漠的深处，他们发现了一座被风沙掩埋了大半的遗迹。遗迹中隐隐散发着与那能量波动相同的气息。当他们靠近遗迹时，突然从地下钻出一群巨大的沙虫。这些沙虫皮糙肉厚，行动迅速，在沙地里穿梭自如，不断向小羊们发起攻击。
沸羊羊挥舞着拳头，试图击退沙虫，但沙虫数量众多，前赴后继。美羊羊着急地为大家治疗伤口，可沙虫的攻击让她应接不暇。灰太狼拿出新发明的武器，向沙虫发射强力射线，然而射线对沙虫造成的伤害有限。
这时，喜羊羊发现沙虫似乎对某种特定频率的声音十分敏感。他连忙让懒羊羊吹响随身携带的笛子，尝试不同的音调。经过一番摸索，终于找到了让沙虫畏惧的频率，沙虫们纷纷退回到沙地之下。
解决了沙虫危机，小羊们进入遗迹内部。里面阴暗潮湿，墙壁上刻满了奇怪的图案和文字。在遗迹的最深处，他们发现了一个巨大的能量核心，散发着诡异的光芒，正是它发出了那些奇异的能量波动。
就在他们准备进一步研究能量核心时，遗迹突然剧烈震动起来，原来，他们的到来触发了遗迹的防御机制，整个遗迹即将坍塌。喜羊羊当机立断，和伙伴们一起将能量核心小心翼翼地搬出遗迹。
刚走出遗迹，身后就传来一阵巨响，整个遗迹在漫天沙尘中轰然倒塌。带着能量核心回到羊村后，小羊们开始了漫长的研究过程。他们发现，这个能量核心和之前孤岛文明有着千丝万缕的联系，似乎是解开某个更大谜团的关键线索。 而随着研究的深入，一个更为惊人的秘密也逐渐浮出水面，在遥远的宇宙深处，一股黑暗势力正在悄然崛起，他们似乎察觉到了小羊们的行动，正朝着羊村所在的方向蠢蠢欲动 。
小羊们得知黑暗势力蠢蠢欲动，丝毫不敢懈怠，日夜研究能量核心，希望能从中找到应对之策。在一次深入分析中，能量核心突然释放出一道神秘影像，画面中出现一位智者，他的声音在羊村回荡：“欲抗黑暗，需寻三神器，于三地，蕴三力，合而为一，方可破敌。”
还没等小羊们细问，影像便消失了。根据智者留下的模糊线索，他们踏上寻找神器的旅途。第一站是极寒之地，这里冰天雪地，狂风呼啸，温度极低，每一次呼吸都仿佛能结成冰碴。在一座高耸入云的冰山之巅，他们发现了散发着冰寒之气的“寒霜之剑”。刚触碰到剑，一股刺骨寒意袭来，灰太狼连忙用特制的手套握住剑柄，收入囊中。
第二站是炽热火山。火山口岩浆翻滚，热浪滚滚，稍有不慎就会被高温吞噬。沸羊羊凭借强壮的体魄和无畏的勇气，率先攀爬进火山内部。在一处岩浆池边，他发现了闪烁着火焰光芒的“炎阳之盾”。当他拿起盾牌的瞬间，周围的岩浆像是受到召唤，汹涌翻涌，好在沸羊羊及时逃出，与伙伴会合。
最后，他们来到神秘森林。这里弥漫着奇异的迷雾，充满未知危险。森林深处有一棵古老巨树，树洞中有个闪烁着神秘光芒的“生命之戒”。懒羊羊本想偷懒，却被一阵神秘力量牵引，走进树洞拿到戒指。戒指入手，森林里的迷雾瞬间消散，花草树木焕发出蓬勃生机。
集齐三神器后，小羊们回到羊村。此时，黑暗势力已兵临城下，遮天蔽日的黑暗军团压境，羊村被笼罩在一片阴霾之中。黑暗势力首领狂妄大笑，释放出黑暗能量，向羊村发起攻击。
关键时刻，喜羊羊带领伙伴们拿出三神器。灰太狼挥动寒霜之剑，释放出冰寒之气冻结黑暗能量；沸羊羊举起炎阳之盾，炽热光芒驱散黑暗阴霾；懒羊羊戴上生命之戒，为羊村的防御罩注入生机。三股力量相互呼应，形成一道坚不可摧的屏障。
喜羊羊集中精神，引导三神器力量融合，一道璀璨光芒直冲云霄，黑暗势力在光芒照耀下节节败退，最终灰飞烟灭。羊村再次恢复安宁，小羊们也因这次冒险变得更加勇敢和团结，准备迎接未来更多的挑战。
羊村的危机解除后，小羊们本以为能过上一段平静的日子。然而，不久之后，慢羊羊村长在对三神器和能量核心进行深度研究时，发现它们之间产生了一种奇特的共鸣，并且开始源源不断地释放出一种前所未有的波动。这股波动越来越强烈，甚至引起了周边地区的气候异常，原本平静的草原时常出现诡异的风暴和闪电。
为了探寻波动产生的原因，也为了避免引发更大的灾难，喜羊羊和伙伴们决定再次踏上冒险之旅。根据村长的推测，这种异常波动可能与宇宙中某个神秘的能量节点有关，而要找到这个节点，必须借助一种古老的星图。传说中，这张星图被守护在一座位于云端之上的天空之城。
小羊们驾驶着灰太狼改良后的超级飞行器，朝着天空之城的方向进发。一路上，他们遭遇了各种极端天气和神秘力量的阻挠。强大的气流让飞行器剧烈颠簸，神秘的电磁风暴干扰着飞行器的导航系统。但凭借着大家的智慧和勇气，他们还是成功抵达了天空之城的外围。
天空之城被一层神秘的能量护盾所笼罩，任何试图靠近的物体都会被强大的斥力弹开。喜羊羊观察到护盾的能量波动存在一定规律，他和伙伴们经过一番研究，利用三神器的力量，巧妙地制造出与护盾波动频率相同但相位相反的能量波，成功抵消了护盾的斥力，进入了天空之城。
天空之城中寂静无声，古老的建筑散发着神秘的气息。他们在城中四处寻找，终于在一座宏伟的神殿中发现了那幅古老的星图。当喜羊羊触碰到星图的瞬间，星图突然发出耀眼的光芒，一幅幅奇异的画面在他们眼前浮现，指引着他们前往宇宙深处的一个神秘星系。
来不及休息，小羊们便驾驶飞行器朝着神秘星系飞去。经过漫长的星际旅行，他们终于来到了这个星系。在一颗巨大的气态行星周围，他们发现了一个悬浮着的奇异装置，正是这个装置与三神器和能量核心产生了共鸣。
就在他们准备靠近研究这个装置时，一群来自宇宙深处的机械生命体突然出现。这些机械生命体声称，这个装置是宇宙平衡的关键，小羊们的行为已经干扰了宇宙的秩序，他们要阻止小羊们继续探索。双方一言不合便展开了激烈的战斗。
机械生命体拥有强大的科技武器，火力凶猛。灰太狼和沸羊羊驾驶着飞行器正面迎敌，美羊羊在后方为他们提供能量补给和医疗支持，懒羊羊则运用生命之戒的力量，为飞行器施加保护屏障。喜羊羊则集中三神器的力量，试图找到机械生命体的弱点。
在激烈的交火中，喜羊羊发现机械生命体的能量核心对某种特殊频率的能量十分敏感。他和伙伴们经过紧急商议，利用三神器制造出这种特殊频率的能量波，发射向机械生命体。机械生命体的能量核心受到干扰，纷纷失灵，最终撤退。
解决了机械生命体后，小羊们终于得以靠近那个神秘装置。经过研究，他们发现这个装置竟然是一个古老的宇宙能量调节器，它与地球上的三神器和能量核心有着千丝万缕的联系，共同维持着宇宙的能量平衡。由于之前的一系列冒险，导致这几个关键节点的能量出现了紊乱，所以才引发了各种异常现象。
喜羊羊和伙伴们小心翼翼地调整着装置的参数，让它与三神器和能量核心重新建立起稳定的联系。随着能量的重新平衡，宇宙中的异常现象逐渐消失，地球也恢复了往日的平静。
完成使命后，小羊们带着满满的收获和成长，返回了羊村。他们知道，宇宙中还有无数的奥秘等待着他们去探索，未来的冒险或许会更加艰难，但只要他们团结一心，就没有什么能够阻挡他们前进的步伐。