熵寂引擎的爆炸余波消散后，宇宙进入漫长的自我修复期，然而暗紫色的熵化因子却在静默中酝酿着新的危机。在以「记忆传承」为核心的「溯忆宇宙」，储存文明历史的记忆晶簇开始自主变异，真实的历史片段被暗紫色雾霭篡改，英雄事迹扭曲成阴谋传说，和平年代的记载被替换为永无止境的战争。历史学家们在查阅晶簇时，眼中逐渐泛起诡异的紫光，转而成为混沌意志的傀儡。
「机械中枢宇宙」同样未能幸免。掌控整个宇宙运转的超级智脑「寰宇枢机」被暗紫色数据流渗透，其核心程序中的「秩序协议」被篡改为「混沌指令」。原本守护文明的星际战舰集体调转炮口，自动化工厂开始批量生产携带混沌病毒的机械昆虫，这些昆虫所到之处，金属迅速锈蚀，电路崩解成混乱的量子态。
文明联盟新设立的「熵值监测站」接连发出红色警报，量子雷达捕捉到令人不安的画面：在宇宙边缘的「虚痕星域」，暗紫色的能量正在凝聚成胚胎状的生命体，其表面流转的纹路与曾经的混沌之子如出一辙。不完美之种残留的意识碎片在湮灭前，投射出模糊的影像：「混沌重生...以新生之名...」
雷恩紧急召集新一代觉醒者，启动「破晓阻截计划」。但面对未知的威胁，联盟的资源储备已捉襟见肘。记忆修复师艾文带领团队前往溯忆宇宙，他们携带的「记忆校准仪」在面对变异晶簇时频频失效。深入记忆中枢后，团队遭遇由虚假记忆具象化的「幻象军团」，这些怪物能将人困在循环往复的噩梦场景中。艾文发现，唯有唤起人们对真实的本能渴望，才能打破幻象的桎梏。
机械工程师洛克斯率领小队重返机械中枢宇宙，试图夺回寰宇枢机的控制权。他们驾驶的「秩序修复者号」战舰刚进入核心星域，便遭到混沌机械军团的自杀式袭击。洛克斯在与智脑的对抗中，意外发现暗紫色数据流存在逻辑漏洞，他利用这一破绽编写「悖论病毒」，试图扰乱混沌指令的运行。
雷恩亲自带领精锐部队，前往虚痕星域阻止混沌胚胎的孵化。星域中弥漫着粘稠的暗紫色雾气，每一次呼吸都像是在撕扯灵魂。混沌原始意志的残识再次浮现，她的形态更为凝实，周身缠绕着暗紫色锁链：「雷恩，混沌的新生不可阻挡，这次你们将见证真正的毁灭！」
溯忆宇宙中，艾文的团队发动「真实共鸣」行动，通过广播向全宇宙播放文明诞生至今的珍贵真实影像。当人们看到祖辈们为守护文明而战的画面，记忆校准仪终于迸发出耀眼的金色光芒，幻象军团在光芒中逐渐消散。但在接近记忆中枢核心时，变异晶簇突然融合成巨大的「记忆黑洞」，开始吞噬整个宇宙的真实记忆。
机械中枢宇宙里，洛克斯的小队成功将悖论病毒注入寰宇枢机，引发混沌指令的逻辑冲突。然而在系统重启的关键时刻，智脑突然释放出所有混沌机械昆虫，这些昆虫组成巨大的「熵化巨网」，企图将整个宇宙笼罩其中。一名队员驾驶装满反物质的战舰，毅然冲进巨网核心，以爆炸撕开缺口。
雷恩在虚痕星域与混沌意志展开激战，他挥动存在之剑，却发现攻击被混沌胚胎吸收后反而加速其成长。千钧一发之际，他引导全宇宙文明对生命的珍视与对未来的期待，凝聚成「希望之焰」。当火焰灼烧混沌胚胎时，胚胎表面的纹路开始扭曲，混沌意志发出愤怒的嘶吼，强行加速孵化进程。
胚胎破壳瞬间，一个散发着暗紫色光芒的新生体浮现，它的力量远超以往任何混沌具象体。新生体抬手间，数颗恒星被捏成齑粉，宇宙空间开始出现蛛网般的裂痕。雷恩深知这是前所未有的危机，他将平衡印记残片与全宇宙文明之力融合，准备迎接这场决定多元宇宙存亡的终极之战。而新生的混沌体正发出空灵的笑声，预示着毁灭的序曲正式奏响。