在毛利侦探事务所里，气氛凝重而压抑。柯南、灰原哀、毛利小五郎以及少年侦探团的成员们围坐在一起，商讨着应对黑衣组织的下一步计划。
“我们从星耀科技救出那些企业高层后，黑衣组织肯定会更加谨慎行事。但这也是个契机，他们之前的行动暴露出不少线索，我们可以顺着这些线索深挖。”柯南双手托着下巴，目光坚定地说道。
灰原哀微微点头，纤细的手指轻轻敲击着桌面，思索道：“从在星耀科技发现的文件来看，黑衣组织对能量转换和人体实验的研究极为深入，这背后一定有着不可告人的目的。也许我们能从相关的科研领域入手，查找有没有其他异常的研究项目。”
毛利小五郎摸了摸下巴上的胡茬，嘟囔着：“可是科研领域那么广，我们要从哪里开始查起呢？而且那些研究资料大多都很专业，我们普通人也看不懂啊。”
“叔叔，我们可以从星耀科技的业务范围和合作对象入手。既然他们打着科技公司的幌子为黑衣组织做事，那相关的合作方说不定也牵涉其中。”柯南分析道。
光彦眼睛一亮，兴奋地说道：“对呀，我们可以调查星耀科技的财务往来，看看他们和哪些公司有大额资金流动，说不定能发现新的线索。”
“好，就这么办。光彦、元太、步美，你们三个去调查星耀科技的公开资料，看看能不能找到更多关联企业。我和灰原哀、毛利叔叔去拜访一些科研领域的专家，了解一下能量转换和人体实验方面的情况。”柯南迅速做出分工。
少年侦探团的三人立刻领命，开始在网上和图书馆查阅星耀科技的资料。而柯南、灰原哀和毛利小五郎则来到了米花大学，拜访一位在能源研究领域颇有建树的教授——藤井博士。
藤井博士的办公室里摆满了各种科研书籍和实验报告。当柯南等人说明来意后，藤井博士的脸色变得十分凝重。
“能量转换和人体实验结合的研究，在科学界一直是个禁忌领域。这种研究不仅违背伦理道德，而且一旦失控，后果不堪设想。”藤井博士推了推鼻梁上的眼镜，忧心忡忡地说道。
“博士，那您有没有听说过近期有哪些科研团队在进行类似的研究呢？哪怕是一些私下里的传闻也好。”柯南急切地问道。
藤井博士沉思片刻，缓缓说道：“倒是有一些小道消息，说在城市边缘的一个废弃工厂里，最近常有一些神秘的科研人员出入。而且据说他们的研究项目保密性极高，连周围的居民都被警告不要靠近。”
“废弃工厂？博士，您知道具体位置吗？”柯南追问道。
藤井博士在纸上写下一个地址，递给柯南：“这是我听说的大致位置，但具体情况我也不太清楚。你们去的时候一定要小心，这种涉及禁忌领域的研究，背后可能隐藏着巨大的危险。”
柯南等人谢过藤井博士，立刻朝着废弃工厂的方向赶去。一路上，灰原哀的表情愈发凝重。
“柯南，这个废弃工厂的情况听起来很可疑。如果真的是黑衣组织在那里进行秘密研究，我们贸然前去，很可能会陷入危险之中。”灰原哀担忧地说道。
“我知道，但这可能是我们揭开黑衣组织阴谋的重要线索。我们小心行事，应该不会有问题。而且，我们还有少年侦探团在后方支援。”柯南安慰道。
与此同时，少年侦探团在调查星耀科技的过程中也有了重大发现。他们通过分析星耀科技的财务报表，发现了一家名为“瑞丰贸易”的公司与星耀科技有频繁且大额的资金往来。但奇怪的是，这家瑞丰贸易公司在工商登记信息里几乎没有太多实际业务记录。
“柯南哥哥他们去调查废弃工厂了，我们要不要去看看这家瑞丰贸易公司呢？”步美看着电脑屏幕上的信息，转头问光彦和元太。
“我觉得可以，说不定这家公司也是黑衣组织的掩护。我们去看看，说不定能找到重要线索。”光彦推了推眼镜说道。
元太拍着胸脯：“好呀，我们走，要是遇到黑衣组织的坏蛋，我就把他们统统打倒。”
于是，少年侦探团三人朝着瑞丰贸易公司的地址出发。而柯南、灰原哀和毛利小五郎则来到了废弃工厂附近。
这座废弃工厂看上去破败不堪，周围杂草丛生，围墙的铁栏杆也锈迹斑斑。但柯南敏锐地察觉到，工厂周围有明显的巡逻痕迹，而且围墙的一些角落还安装了隐藏的摄像头。
“看来这里确实有问题，我们得想办法悄悄潜入进去。”柯南小声说道。
他们小心翼翼地绕开摄像头和巡逻人员，从工厂后方一处较为隐蔽的排水管道进入了工厂内部。工厂内部昏暗潮湿，弥漫着一股刺鼻的化学药品味道。机器的轰鸣声从远处传来，似乎在进行着某种实验。
三人沿着通道慢慢前行，突然听到了一阵激烈的争吵声。他们悄悄靠近声源，发现是两个穿着白大褂的科研人员在争论。
“这个实验已经超出了我们能控制的范围，再继续下去，整个城市都可能陷入危险！”一个戴着眼镜的科研人员激动地说道。
“住口！这是组织的命令，我们必须完成。如果实验成功，我们都将成为新世界的功臣。”另一个身材魁梧的科研人员反驳道。
“功臣？这根本就是疯狂的举动！你知道一旦‘混沌源力’被释放出来，会造成什么样的后果吗？”眼镜科研人员愤怒地吼道。
柯南听到“混沌源力”这个词，心中一惊。看来黑衣组织的实验远比他们想象的还要危险。
就在这时，毛利小五郎不小心踩到了一块生锈的铁片，发出了清脆的声响。两个科研人员立刻警觉起来，朝着他们的方向望来。
“谁在那里？”魁梧的科研人员大声喝道。
柯南知道已经暴露，索性站了出来：“我们是来阻止你们的疯狂行为的。黑衣组织的阴谋不会得逞。”
两个科研人员看到柯南等人，先是一愣，随后露出了狰狞的笑容。
“就凭你们几个？简直是自寻死路。”魁梧的科研人员说着，按下了身边的一个按钮。顿时，警报声在工厂内响起，一群黑衣组织成员从四面八方冲了过来。
“动手！”柯南喊道。他迅速踢飞一个靠近的黑衣组织成员，灰原哀则利用手中的特制麻醉枪，将几个敌人放倒。毛利小五郎也不甘示弱，凭借着多年的柔道功底，与敌人展开搏斗。
然而，黑衣组织成员人数众多，他们渐渐陷入了困境。就在这时，柯南突然发现工厂的操作台上有一个装置，似乎是控制整个实验的核心设备。
“灰原，我去破坏那个装置，你和叔叔帮我掩护！”柯南喊道。
“好，你小心！”灰原哀一边应对着敌人，一边回应道。
柯南趁着敌人的包围圈出现一丝破绽，朝着操作台冲了过去。但就在他快要接近装置时，一个黑衣组织成员举起枪，瞄准了他。
“柯南！”灰原哀见状，心急如焚。
千钧一发之际，少年侦探团三人赶到了工厂。元太捡起一块石头，朝着拿枪的黑衣组织成员砸去，正中他的手腕，枪掉落在地。
“柯南哥哥，我们来帮你啦！”步美开心地喊道。
光彦则迅速跑到控制台前，和柯南一起研究如何破坏装置。经过一番努力，他们终于找到了装置的弱点，成功将其破坏。
随着装置被破坏，工厂内的机器逐渐停止运转，黑衣组织成员们见状，纷纷四散而逃。柯南等人没有去追，而是开始在工厂内寻找关于“混沌源力”和黑衣组织计划的更多线索。
在一个隐蔽的办公室里，他们找到了一些文件和磁盘。文件中详细记录了黑衣组织关于“混沌源力”的研究进展，以及他们企图利用“混沌源力”重塑世界秩序，让黑衣组织成为世界主宰的疯狂计划。
“这个计划太可怕了，如果让他们得逞，世界将陷入无尽的黑暗。”灰原哀看着文件，脸色苍白。
柯南紧紧握着拳头：“我们绝不能让这种事情发生。这些文件和磁盘里的信息非常重要，我们得带回去好好分析。”
众人带着找到的线索离开了废弃工厂。回到毛利侦探事务所后，他们立刻对文件和磁盘进行深入研究。然而，就在他们以为逐渐接近真相的时候，又一个新的难题摆在了面前。磁盘被设置了复杂的加密程序，以他们现有的技术，很难破解。
“看来黑衣组织早有防备，这个加密程序十分复杂，短时间内很难破解。”阿笠博士看着电脑屏幕上不断闪烁的代码，无奈地摇了摇头。
“难道我们的努力就这样白费了吗？”元太有些沮丧地说道。
“不，一定有办法的。我们再想想，也许能找到破解加密程序的关键线索。”柯南没有放弃，他的眼神中依然充满了坚定。
此时，灰原哀突然想起了在星耀科技发现的那些奇怪符号，它们与磁盘加密程序中的一些代码似乎有着某种相似之处。
“柯南，你说有没有可能，星耀科技留下的那些符号就是破解这个加密程序的关键？”灰原哀说道。
柯南眼睛一亮：“很有可能！我们重新梳理一下在星耀科技和废弃工厂发现的所有线索，看看能不能找到符号与代码之间的联系。”
于是，众人再次投入到紧张的线索分析中。他们仔细比对每一个符号和代码，试图找出其中隐藏的规律。时间在紧张的氛围中悄然流逝，每一个人都全神贯注，丝毫不敢懈怠。因为他们知道，破解这个加密程序，或许就能彻底揭开黑衣组织的阴谋，阻止他们即将实施的疯狂计划。但摆在他们面前的困难依然重重，他们能否成功破解加密程序？又将如何应对黑衣组织接下来更加疯狂的报复？一切都还是未知数，而柯南和他的伙伴们，已经做好了迎接一切挑战的准备，在追寻真相的道路上继续前行......