南宋年间，有一处名为桃源村的地方。原本这里山清水秀，村民们安居乐业，过着与世无争的日子。村子四周青山环绕，中间是一片肥沃的田野。每到收获季节，金黄的稻穗在微风中摇曳，仿佛一片金色的海洋。村边还有一条清澈的小溪潺潺流过，溪水清凉甘甜，滋养着一代又一代的村民。
然而，一场突如其来的灾难打破了这份宁静与美好。不知从何时起，村子里开始有人染上了一种怪病。得病的人先是浑身乏力、头痛发热，接着便上吐下泻，脸色苍白如纸，身体迅速消瘦下去。没过多久，整个村子都笼罩在瘟疫的阴影之下，家家户户都有人卧病在床，凄惨的哭声和痛苦的呻吟声不绝于耳。
村里的郎中们使出了浑身解数，开了各种药方，但都无济于事。村民们人心惶惶，纷纷开始准备后事。一些年轻人甚至打算逃离村子，以躲避这场可怕的瘟疫。但是官家已经封闭了附近的道路，只能进不能出。无奈之下，大家只能绝望地待在村里，等待着命运的宣判。
就在村民们陷入绝境的时候，一个衣衫褴褛、疯疯癫癫的和尚摇着破蒲扇走进了村子。他正是济公。只见他头发蓬乱，满脸污垢，身上的僧袍破旧不堪，还打着许多补丁，脚上蹬着一双露出脚趾的草鞋，浑身散发着一股酸臭味。村民们看到他这副模样，都纷纷皱眉躲避，以为是个疯子。
但济公却毫不在意，他大摇大摆地在村子里走来走去，仔细观察着患病村民的症状。突然，他停在了一位老大爷的床前。老大爷已经奄奄一息，气息微弱。济公伸出手，摸了摸老大爷的额头，又号了号脉，然后皱着眉头说：“这病虽凶，但并非无药可医。”
村民们听了，半信半疑。一位年轻的村民忍不住问道：“你这疯和尚，能有什么办法？村里的郎中都治不好，你难道比他们还厉害？”济公哈哈一笑，说：“贫僧虽疯，但自有妙方。”说完，他便转身离开了村子，去了村子后面的山上。
村民们见济公走了，都以为他是在说大话，纷纷摇头叹息。然而，没过多久，济公又回来了，手里还抓着一把草药。
济公一边走，一边对村民们说：“大喜，大喜。这山上正好长有这一种神奇的草药，名叫‘清瘟草’。它就是治疗这场瘟疫的关键。”村民们将信将疑，但没有更好办法，决定相信济公，去山里寻找这种看似普通柴草的清瘟草。
济公又上了村子后面的山。他身后还跟着一群村民。这些村民手里都拿着镰刀、篮子、背篓等工具。
山上有茂密的树林，树林里生长着许多不知名的草药。在济公的带领下，找了大半天，村民们终于找到了足够的清瘟草。济公又指挥大家把草药带回村子，然后架起大锅，将清瘟草放入锅中，加入清水，开始熬煮。不一会儿，锅里就飘出了阵阵清香。
济公让村民们把熬好的药汤分给患病的人喝。一开始，大家都不太相信这药汤能有效果，但看到济公那自信满满的样子，还是硬着头皮喝了下去。没想到，喝下药汤后不久，患病村民们的症状竟然渐渐减轻了。头痛发热的感觉消失了，呕吐和腹泻也止住了，脸色也逐渐恢复了红润。
村民们欣喜若狂，纷纷对济公感恩戴德。济公却笑着说：“这清瘟草虽好，但若要彻底根治瘟疫，还需大家注意卫生，保持村子的清洁。”原来，这场瘟疫是由于村子里长期不注重卫生，垃圾堆积如山，污水横流，滋生了大量的病菌和蚊虫，才导致了瘟疫的爆发。
于是，济公带领村民们开始了一场大扫除。他们清理了村子里的垃圾，疏通了排水沟，还把家里的物品都整理得井井有条。经过一番努力，村子变得干净整洁，焕然一新。
从那以后，桃源村再也没有发生过瘟疫。村民们过上了健康、幸福的生活，而济公巧治瘟疫村的故事，也在十里八乡流传开来，成为了人们口中传颂的佳话。每当人们提起济公，都会竖起大拇指，称赞他是一位心地善良、法力高强的活佛。