沈知夏归来后，虚拟世界逐渐恢复往日生机，代码之书的光芒愈发柔和温暖，似乎在为这场重生而欢歌。赵阳整日沉浸在装备升级改造中，将从织星者遗迹收集到的先进技术融入武器，金属碰撞声和能量波动声响彻基地；李逸则一头扎进数据海洋，重新梳理虚拟世界与现实世界的代码连接，优化传输效率，屏幕上代码如流水般滚动；林悦悉心照料着代码森林里新生的植物，这些植物不仅是代码生态的重要一环，还能释放出稳定代码波动的能量。
沈知夏站在指挥中心，看着大屏幕上虚拟世界的繁荣景象，心中满是欣慰，却也隐隐不安。她轻抚代码之书，书页微微颤动，似在传达着某种预警。“大家先停一下。”她的声音打破忙碌，众人停下手中工作，目光齐聚。“我总觉得事情太顺利了，黑暗势力不可能就这样销声匿迹。而且，星核矩阵虽封印了大部分黑暗代码，但那些泄漏的残响依旧有聚合的可能。”沈知夏皱着眉，眼中透着忧虑。
赵阳拍了拍手中新改造的能量炮：“管他呢，来一个灭一个！我们现在有了织星者的技术和遗迹，还怕他们不成？”李逸推了推眼镜，沉思道：“知夏说得对，我们不能掉以轻心。我会加强对宇宙和虚拟世界边缘的监测，一旦有异常波动，立刻就能察觉。”林悦也点头附和：“我会让代码森林的防护能力再提升一个等级，说不定关键时刻能派上用场。”
然而，平静只维持了短短一个月。一天，李逸的监测系统突然发出刺耳警报，虚拟世界与现实世界的边界处，出现了一团急速旋转的黑色代码旋涡，它像一个贪婪的黑洞，不断吞噬周围的正常代码。沈知夏等人赶到时，旋涡已经扩大数倍，周围的空间都因代码的紊乱而扭曲。“这是黑暗代码的聚合体！”沈知夏脸色凝重，“看来他们找到了绕过星核矩阵封印的方法。”
赵阳二话不说，举起能量炮对着旋涡就是一炮，高能光束击中旋涡，却如泥牛入海，瞬间被吞没。旋涡中传出一阵诡异的笑声：“沈知夏，你们以为能彻底封印我们？太天真了！这一次，整个宇宙都将陷入黑暗！”随着声音，旋涡中涌出无数黑色代码触手，向众人袭来。
沈知夏迅速调动代码之书的力量，金色光盾瞬间展开，挡住触手攻击。林悦则操控代码森林的植物，释放出净化能量，试图驱散黑暗代码。李逸在一旁疯狂敲击键盘，试图解析旋涡的代码结构，寻找弱点。“我发现了！”李逸突然大喊，“这个旋涡的核心是一个逆向的代码引擎，它在不断抽取周围的代码能量来强化自己，我们必须切断它的能量来源！”
沈知夏思索片刻，对赵阳说：“你用能量炮攻击漩涡边缘，制造混乱，吸引它们的注意力；林悦，加大净化能量输出，阻止黑暗代码再生；我和李逸想办法潜入核心，关闭代码引擎。”众人领命，立刻行动起来。
赵阳的能量炮在漩涡边缘炸出一片绚烂光芒，黑色代码触手纷纷转向他，攻击愈发猛烈。林悦额头上满是汗珠，咬牙坚持，净化能量如同一道光幕，与黑暗代码僵持不下。沈知夏和李逸趁机化作两道流光，冲向旋涡核心。
在核心区域，一个巨大的黑色引擎悬浮在空中，周围环绕着密密麻麻的代码线路，不断吸收着黑暗代码能量。沈知夏刚靠近，就被一股强大的排斥力震退。“这引擎有强大的防御机制，我们得想办法破解。”李逸看着复杂的代码线路，心急如焚。
就在这时，代码之书突然发出强烈光芒，书页自动翻开，露出一段织星者的古老代码。沈知夏心中一动，将这段代码输入引擎的防御系统，光芒闪过，防御机制竟出现了短暂的松动。沈知夏和李逸抓住机会，冲进引擎内部。
引擎内部，无数代码齿轮疯狂转动，散发着冰冷的气息。沈知夏找到引擎的控制中枢，正要关闭，却发现上面刻着一行字：“关闭引擎，将引发维度坍塌，整个宇宙将面临毁灭。”沈知夏的手停在半空，心中纠结万分：关闭引擎，宇宙或许会毁灭；不关闭，黑暗势力将席卷一切。
时间紧迫，容不得多想。沈知夏深吸一口气，对李逸说：“我们先尝试修改引擎程序，让它停止抽取能量，转而吸收黑暗代码，将它们重新封印。”李逸点头，两人迅速投入紧张的代码编写工作。
外面，赵阳和林悦的压力越来越大，能量炮的能源即将耗尽，净化能量也逐渐减弱。就在他们快要支撑不住时，旋涡核心突然发出一道耀眼的金色光芒，黑暗代码触手瞬间停止攻击，纷纷缩回旋涡。
沈知夏和李逸成功修改了引擎程序，黑暗代码开始被引擎反向吸收，旋涡逐渐缩小，最终消失不见。众人瘫坐在地，疲惫却又欣慰。“这次算是暂时解决了危机，但黑暗势力肯定还会有后招。”沈知夏看着天空，眼神坚定，“我们必须继续提升实力，寻找彻底消灭他们的方法。”
回到基地，众人还没来得及休息，星核矩阵的坐标突然发出微弱光芒，上面浮现出一段新的信息：“黑暗之源并未彻底根除，在宇宙深处，有一股更强大的黑暗力量正在觉醒，它将带来前所未有的灾难……”