1999 年 6 月 23 日深夜
东京铁塔顶端的风暴仍未平息。陈默跪坐在满是裂痕的金属地板上，机械表的蓝光在齿轮怪物的阴影下显得格外微弱。他望着突然苏醒的父亲，喉咙像被齿轮卡住般发不出声音。记忆里模糊的父亲形象与眼前这个浑身散发着冰冷金属气息的男人重叠，胸口的主齿轮传来阵阵刺痛，分不清是身体的创伤还是内心的震撼。
“小默？” 陈父的声音带着电流杂音，冰封多年的声带发出干涩的摩擦声。他的手指微微颤抖着想要触碰儿子，却在半空停住 —— 那双布满机械纹路的手，早已不再是记忆中温暖的模样。林小羽握紧钢笔，笔尖闪烁的电流照亮她湿润的眼眶，少女想起陈玉华日记里对丈夫的描述，此刻却只能将同情的目光投向陈默。
张晨艰难地撑起身体，拍立得的挂绳在剧烈动作中缠住手臂。少年望着远处的齿轮怪物，壹号的威胁言犹在耳，绷带下的伤口又渗出鲜血。“现在怎么办？” 他的声音带着喘息，扳手在掌心转了两圈，“那家伙的胸口肯定是弱点，但我们根本近不了身！” 他的眼神扫过张审计，老人正倚着沙漏喘息，手中的注射器早已空空如也。
张审计摘下眼镜擦拭镜片，雾气在玻璃上凝成水珠。他望着陈父，嘴唇翕动了几下才开口：“当年玉华将你封进时间锚点时，就料到会有今天。” 老人的声音沙哑，“这个怪物是三叶草组织用初代实验体残骸拼凑的‘终末齿轮’，只有集齐十二座城市的齿轮密钥，才能彻底摧毁它。”
陈默的机械表突然剧烈震动，表盘上的十二片叶子开始依次亮起。他望着齿轮怪物胸口的三叶草标记，想起格陵兰天文台留下的坐标线索，指甲深深掐进掌心：“东京的齿轮密钥一定就在这里。” 他的目光扫过扭曲的塔尖，那里悬浮的沙漏正在缓慢逆向转动，“父亲，你知道密钥的位置吗？”
陈父的机械瞳孔闪烁了几下，记忆芯片开始过载发热。他的脑海中闪过 1981 年实验室的火光，陈玉华将齿轮塞进他怀里的温度，还有被冰封前最后的画面 —— 壹号戴着银色面具冷笑的脸。“地下三层...” 他的声音断断续续，“有个被齿轮藤蔓缠绕的保险库，里面的...” 话未说完，齿轮怪物突然发出震天怒吼，无数齿轮从它背部弹射而出，如暴雨般袭来。
“小心！” 林小羽拽着张晨翻滚躲避，钢笔释放的电流在金属地板上炸开火花。少女望着漫天飞舞的齿轮，突然想起父亲日记里夹着的东京地图 —— 某个地铁站的标识旁，画着与保险库描述相似的藤蔓图案。“陈默！” 她大喊，“我知道密钥在哪了！”
陈默的机械表自动展开成盾牌，蓝光与齿轮碰撞出刺耳的声响。他望着父亲逐渐透明的身影，心中涌起强烈的不安：“你撑住！我们马上回来！” 转身时，却看见张审计偷偷将一块齿轮状的金属片塞进陈父手中，老人的眼神里藏着深深的愧疚与决绝。
地下三层的空气弥漫着机油与铁锈的混合气味，陈默的手电筒光束扫过墙壁，那些由齿轮组成的藤蔓正在缓慢蠕动。他的机械表指针疯狂转动，指向走廊尽头的保险库。当他将零号留下的半枚齿轮嵌入锁孔时，整个空间突然亮起猩红的灯光，保险库大门缓缓升起，露出里面悬浮的水晶柱 —— 柱中，一枚刻着东京铁塔图案的齿轮密钥正在旋转。
“终于找到你了。” 陈默的声音带着颤抖，伸手触碰水晶柱的瞬间，无数记忆碎片涌入脑海：壹号在废弃钟表店调试机械装置，张审计与神秘人秘密会面，还有母亲在实验室最后一次微笑的模样。他的手指在水晶柱上摸索，突然摸到一行小字：“当双生齿轮共鸣时，真相将浮出水面。”
就在这时，地面突然剧烈震动，齿轮怪物的嘶吼声从头顶传来。陈默抬头，看见天花板的金属板被利爪撕开，壹号的银色面具出现在裂痕中：“太晚了，陈默。你以为拿到密钥就能逆转局势？” 他的袖扣与水晶柱产生共鸣，整个保险库开始扭曲，“看看你身后 —— 你的朋友，还有你亲爱的父亲，都将成为齿轮的祭品！”
林小羽的钢笔突然发出警报，少女的目光扫过保险库角落的监控屏幕 —— 画面里，张审计正独自面对齿轮怪物，怀表链在风中摇晃。“张审计他...” 她的声音发颤，“他想独自拖住怪物！”
张晨握紧扳手，绷带下的伤口疼得钻心，却挡不住眼中的怒火：“我们不能让他一个人送死！” 少年转身冲向门口，拍立得的镜头在混乱中捕捉到一个细节 —— 保险库墙壁的齿轮藤蔓上，刻着与张审计怀表相同的三叶草纹路。
陈默望着手中的齿轮密钥，机械表的红光与水晶柱交相辉映。他想起母亲的遗言，想起零号消散前的笑容，心中涌起一股坚定的力量。“走！” 他将密钥收入怀中，“这次，我们要让齿轮按照我们的意志转动！”
当三人冲出保险库时，上方传来齿轮怪物的怒吼，而在东京铁塔的阴影中，那个持有神秘怀表的男人正缓缓转动表盘，嘴角勾起一抹冷笑：“游戏才刚刚开始，陈默。下一个齿轮密钥，就在巴黎的钟声里...”