1999 年 3 月 24 日，清晨六点十五分。
货轮在海浪中剧烈摇晃，陈默被 “守门人” 的力量压得单膝跪地，机械表零件在体内翻涌的能量几乎要冲破皮肤。他望着大屏幕上张审计的身影，记忆突然闪回钟楼决战后那个雨夜 —— 老审计员递给他一杯热茶，杯沿的热气模糊了对方的表情，“小默，有些真相，要等时机成熟...”
“张审计是在利用你！” 林小羽护着昏迷的张晨，钢笔尖闪烁着电流，“他明知道三叶草组织的目标是你，却还...” 她的声音被货轮警报声打断，天花板的洒水系统突然启动，冰冷的水流浇在众人身上。
“不。” 陈默突然笑了，笑声中带着解脱与苦涩，“他在保护我。” 他想起父亲笔记里夹着的泛黄剪报，报道的是 1981 年生物节律实验事故，照片里站在最前排的年轻审计员，分明就是张审计。“二十年前他就开始追查三叶草组织，这些年故意让我们涉险，是为了...”
“为了让你觉醒。” 张审计的声音突然从广播里传来，画面切换到货轮甲板，老审计员正持枪对峙另一群黑衣人，警徽在晨光中闪烁，“陈默，你父亲用自己的基因做实验，把对抗三叶草组织的密钥藏在你的生物节律里！”
“守门人” 的脸色骤变，他手腕翻转，水晶棺中的机械表发出刺耳的蜂鸣：“原来你一直在演戏！但太晚了，货轮的自毁程序已经启动，还有...” 他的目光扫过陈默，“你的身体根本承受不住零件的力量，再强行使用，就会...”
陈默感觉鼻腔涌出温热的血，机械表零件在体内疯狂转动，每一次震颤都像有无数根钢针扎进心脏。他想起母亲临终前塞给他的纸条，上面用铅笔写着：“小默，你的心跳，就是最强大的武器。”“我试试。” 他低声对林小羽说，少女眼中的担忧几乎要溢出来，却还是坚定地点头。
服务器机房的门突然被撞开，三叶草组织的黑衣人蜂拥而入。林小羽举起钢笔，电流噼里啪啦地击倒数人，张晨不知何时醒来，抄起地上的拍立得碎片，像匕首一样刺向最近的敌人。“陈默哥！别管我们！” 少年的呐喊混着枪声，“去毁掉服务器！”
陈默冲向控制台，机械表零件与服务器的共鸣让整个房间开始扭曲。他的视线逐渐模糊，却在这时，父亲的声音在脑海中响起：“记住，齿轮的转动需要平衡。” 记忆如潮水般涌来 —— 小时候父亲总爱摸着他的手腕数心跳，说这是世界上最精准的时钟；钟楼里父亲留下的影像，最后那个意味深长的眼神...
“我懂了！” 陈默将零件狠狠插入服务器，鲜血顺着手臂流下，在键盘上晕开。屏幕上的倒计时停止跳动，转而显示出一个三叶草图案，每片叶子都对应着他、林小羽、张晨和张审计的心跳频率。“原来所谓的‘时间锚点’，是...”
“是人心的共鸣！” 张审计的声音穿透硝烟传来，老审计员浑身是血地撞进机房，“当年你父亲发现，只有用爱与信任编织的生物节律，才能破解三叶草组织的控制！”
“守门人” 发出怒吼，他胸前的机械表爆发出强光，整个货轮开始倾斜。陈默感觉自己的意识正在消散，却看见林小羽和张晨一左一右握住他的手，三人的心跳声逐渐重合。“我们一起。” 林小羽的声音温柔而坚定，“就像小时候在梧桐树下那样。”
服务器突然迸发出耀眼的白光，所有的三叶草数据流开始逆向运转。“守门人” 的身体在光芒中逐渐透明，他最后的嘶吼回荡在机房：“你们以为这就结束了？三叶草的根... 在每个人的欲望里！”
货轮的自毁倒计时还剩 30 秒，陈默望着逐渐熄灭的服务器，突然发现地面上出现了新的刻痕 —— 那是比母亲船票上更完整的三叶草图案，第五片叶子的位置，刻着 “希望” 二字。张审计踉跄着走来，从怀里掏出个信封：“这是你父亲最后的信，还有...”
爆炸声响起的瞬间，陈默感觉身体被巨大的力量托举。他最后看到的画面，是林小羽抱着张晨跃入海中，而张审计将信封塞进他的口袋，自己却被气浪掀向货轮深处。海水灌进鼻腔的刹那，他握紧父亲的信，在黑暗中听见自己的心跳，一下，又一下，如同永不停止的战鼓。
当陈默在救生筏上醒来时，阳光正刺破云层。他颤抖着打开信封，父亲的字迹在潮湿的纸上晕染：“小默，当你看到这封信时，或许已经成为了自己的光。记住，真正的齿轮中心，不是冰冷的机械，而是...” 信纸的后半部分被海水浸湿，模糊不清。
远处的海面上，一艘快艇正破浪而来。林小羽和张晨挥舞着衣服，少年的绷带重新包扎过，脸上却挂着灿烂的笑容。但陈默的目光被快艇后方的黑影吸引 —— 那是另一艘货轮，船舷上巨大的三叶草标志在阳光下泛着冷光，甲板上，一个戴着兜帽的身影正举起望远镜，望向他们的方向。