许愿四叶草在阿哦小镇安家后，魔法海洋与人类世界迎来了一段相对平静的时光。然而，这份平静却被突如其来的时空异象打破。某天清晨，阿哦小镇的居民们一觉醒来，惊恐地发现时间仿佛停滞了——太阳高悬在天空中纹丝不动，街道上的行人、行驶的车辆全都定格在某一瞬间，连空中飞舞的蝴蝶都保持着振翅的姿态，宛如一幅诡异的静物画。
林小星等人赶到时，发现整个小镇都被一层透明的琥珀状物质包裹，他们的魔法在触碰到这层屏障时，竟如同泥牛入海般消散无形。陆野的量子魔方疯狂闪烁，发出刺耳的警报：“这是...时间凝固场！能量波动显示，源头来自小镇东边的废弃钟楼！”
众人迅速赶往钟楼，却在途中遇到了重重阻碍。街道上不断涌现出他们过去的敌人残影——龙虾怪人塔克、黑袍科学家、悲叹主宰……这些虚影虽然没有实体，却能释放出与本尊相同的攻击魔法。“小心！这些残影似乎是利用我们的记忆具象化而成的！”苏糖挥动月咏权杖，月光却穿透虚影毫无作用。
夏乐彤握紧短笛，吹奏出生命协奏的旋律，试图扰乱虚影的形成。悠扬的笛声响起，部分残影开始变得模糊，但新的虚影又不断涌现。林小星突然意识到：“它们是根据我们内心的恐惧和愧疚生成的！我们必须直面过去，才能突破！”
她率先冲向由塔克形成的虚影，星光战甲光芒大盛：“巴啦啦能量——星光无畏！”在与虚影的对抗中，林小星回想起与塔克战斗时的紧张与害怕，但此刻她不再逃避，坚定的信念让星光变得愈发强大，虚影在光芒中渐渐消散。苏糖也鼓起勇气面对黑袍科学家的虚影，用月光魔法直面曾经被欺骗的痛苦，虚影同样不堪一击。
当众人终于抵达废弃钟楼时，眼前的景象让他们震惊不已。钟楼顶端，一个身着银色长袍、手持巨大怀表的神秘人正操控着散发幽蓝光芒的时间锁链，这些锁链缠绕在小镇上空，维持着时间凝固场。而在他身旁，赫然悬浮着一颗破碎的四叶草，叶片上布满了裂痕，散发着不祥的灰黑色光芒。
“你们终于来了。”神秘人转过身，声音低沉而冰冷，“我是时间守望者的叛徒——克洛诺斯，曾经，我们守护着时间的秩序，直到我发现了时间的残酷。那些消逝的美好、无法挽回的遗憾，都不该被时间掩埋！”他疯狂地挥舞怀表，时间锁链化作利刃，朝着众人袭来。
陆野一边躲避攻击，一边分析：“他在利用扭曲的四叶草力量，强行改写时间法则！如果让他继续下去，整个世界的时间线都会崩溃！”夏乐彤看着破碎的四叶草，泪水在眼眶中打转：“一定是有人恶意许愿，才让它变成这样...”
战斗中，克洛诺斯突然打开怀表，众人只觉一阵天旋地转，竟被卷入了各自的记忆时空。林小星回到了第一次与塔克战斗的场景，看着曾经慌乱无措的自己，她不再后悔：“过去的经历让我成长，我不会再逃避！”星光凝聚，打破了记忆的禁锢。苏糖则回到了被黑袍科学家欺骗的时刻，她用月光照亮了黑暗的记忆角落，挣脱了内心的枷锁。
而夏乐彤的记忆时空最为特殊，她看到了星植族灭亡的真相。原来，在远古时期，正是因为有人滥用许愿之力，试图逆转星植族灭绝的命运，才导致时空紊乱，引发了那场灾难。“原来，过度执着于过去，真的会带来灾难...”夏乐彤喃喃自语，眼中满是悲伤与坚定。
众人从记忆时空归来，力量变得更加强大。他们齐心协力，用星光、月光、生命协奏之力等多种魔法，共同攻击克洛诺斯的时间锁链。克洛诺斯见势不妙，将全部力量注入破碎的四叶草，试图发动最后的攻击。千钧一发之际，夏乐彤挺身而出，将自己的生命协奏之力与四叶草共鸣：“四叶草啊，回归最初的纯净吧！”
耀眼的光芒中，四叶草恢复了往日的生机，而克洛诺斯的魔法也被彻底瓦解。他绝望地跪在地上：“我只是不想再失去...为什么连这点愿望都不能实现...”林小星走上前，轻声说道：“过去固然美好，但正是因为有遗憾，我们才会更加珍惜现在，勇敢走向未来。”
危机解除后，时间重新开始流动，阿哦小镇恢复了往日的生机。众人将修复后的四叶草带回心愿花园，在它周围设立了严格的许愿规则，防止类似的事件再次发生。而克洛诺斯，则被带到魔仙堡接受教导，学习如何正确看待时间与遗憾。
从那以后，每当夜幕降临，阿哦小镇的居民们看着天空中闪烁的繁星，都会想起这段与时间对抗的经历。他们明白，过去虽然美好，但一味沉溺其中只会迷失方向，只有带着对过去的怀念，勇敢地拥抱现在，才能走向充满希望的明天。而小魔仙们与星缘少女团，也将继续守护着这片充满魔法与梦想的世界，迎接未知的挑战。