二月十一日凌晨，白莲教徒，连同不堪忍受压迫的农民百姓，齐集郓城六家屯，一时旌旗招展，刀枪如林，呼声震天，群情激昂。起义将士以红巾为头帕，手持大刀、长矛，首先发兵包围魏家庄，又攻战梁家楼。为减轻将士的后顾之忧，徐鸿儒把起义军家属安置到当年宋末农民起义的根据地水泊梁山，这里山高水阔，易守难攻，很大程度上缓解了义军的后顾之忧。
二月中旬，徐鸿儒挥军进攻郓城，知县余子翼闻风丧胆，仓皇逃遁。义军迅速占领郓城，并向巨野发起进攻，锋芒所指，所向披靡。义军所到之处，开仓放粮，救济百姓，农民百姓纷纷“子报父仇，妻衔夫恨”。义军秋毫无犯，纪律严明，短短几天，便发展到五万余人，各地官僚地主惊恐万状，纷纷逃亡。
三月初，徐鸿儒派出沈智、夏仲进、张柬白、侯五、周念庵、孟先汉等将领，领叛军三万挥师东进，渡过运河，攻克邹县，署印通判郑一杰携家而逃。接着，义军挥师滕县，知县姚之胤望风而遁，义军声威大振，队伍发展到几十万人。值得一提的是，孟子六十代孙孟承光也带领乡勇协助官军攻城，被义军打退。义军攻破孟府时，将孟承光及其长子孟宏略等家眷杀死，差点绝了亚圣孟子一系。
邹、滕二县北邻济宁，南接徐州，是运河漕运的重要地段，为明朝统治者经济命脉上的要点，邹滕二县失守对大明王朝是个很大的威胁，义军大有乘机占领山东整个兖州府辐射苏豫二省之势。
由于朝廷一直在辽东用兵，几乎是抽调了内陆十几个省所有的精兵强将，导致刚发生叛乱时，山东省根本一时无力剿灭这股叛军。
封在兖州的鲁王朱寿鋐和曲阜的孔氏家族吓了个半死，他们一边严令两地官府紧闭城门，一边又向巡抚衙门、朝廷求救。鲁王朱寿鋐更是提出，想要去济南躲避战乱，结果自然是被山东巡抚何士晋给婉拒了。
笑话不是，你作为朱家亲王，敌人刚到你就想跑路，那让兖州的官兵和百姓如何看待朝廷？他们还会奋力守城以击退来犯之敌？何士晋严令朱寿鋐死也要死在兖州城，不得踏出府城半步。无奈的鲁王只得开库房拿出一千两银子来激励兖州守军，希望他们能抵挡住叛军的攻城。
守军将领也很无奈，要不是自己家眷都在城中，谁特么的想要你这区区一千两银子啊，打发乞丐呢？
......
很多人不明白了，你朱由校不是早有准备吗？怎么还能让叛军队伍扩大到了几十万呢？因为这次叛乱逃难到临近诸省的难民、商贾、士绅更是数不胜数，你这不是自掘坟墓吗？
实际上，翻开地图，诸位就能看到，这白莲教起义的地区正是孔孟两位圣人照耀下的鲁南地区。这里的士绅、大地主无不是与这两家有着千丝万缕的联系，太平岁月，朱由校要想对这些人动手，那是千难万难。可现在好了，被义军洗劫一遍，那些不义之财就成了剿灭叛军时缴获的战利品。那些恶劣士绅的良田、地契同样会成为战利品。这些都会在战后以皇帝恩赏的形式真正发给黎民百姓。
这事还没完呢，不等起义军攻占孔子老家曲阜，朱由校的新军，以及登莱援军是不会轻易踏足该地的。否则一个小小的景州县，不至于需要新军两个师一万六千人花费三个月去彻查白莲教余孽了。
当然，平叛工作还是要做的，毕竟运河山东段被截断，也影响了漕粮运输。为此，除了让山东巡抚赵彦召募兵丁，汇集乡勇，加紧训练。同时，命‘归家养病’的山东沂州人，大同镇总兵杨肇基为山东省提督，集结济南府周边几个州府的官兵八千人与济南府泰安州；山东都司杨国盛、廖栋集结青州府卫所兵五千余集结于青州府蒙阴县，两路兵马随时准备进入兖州府。
同时，江苏省精简过后的京军两万余在后军都督魏国公徐弘基、前军都督怀远侯常胤绪等勋贵的率领下，沿运河挥师北进，进驻徐州府。防止义军向南进入江苏地界。
三月末，准备就绪的南京京军进入山东地界，四月初，京军攻下藤县，歼敌五千余，俘虏六万。诛叛军首领周念庵、孟先汉二人。
义军南进之路被堵，于是徐鸿儒派沈智率领万余义军西进济宁州、金乡县等地，逼近河南地域，准备到河南再拉一支义军起来。
被驻守二地的官兵击败，无奈退回巨野、郓城二地。西南道路被堵，加上义军中部分将领的怂恿，徐鸿儒在四月中旬领兵三十万北上进攻兖州府、曲阜县。几乎可以说是倾巢而出，不给自己留退路。
义军一路北上，沿途再次吸纳了数万百姓，使得义军兵力达到了三十五万之多。兖州的参将张榜，曲阜知县孔闻礼，纷纷封死城门，据城固守待援。
攻占藤县的江南京军并没有第一时间北上，而是在藤县开始了剿匪行动，势必要将当地的每一寸土地上的白莲教都连根拔起。气的困守兖州府和曲阜县的鲁王和孔家火冒三丈，又无可奈何。
守城战持续到了六月，曲阜县率先告破，孔府遭到了灭顶之灾。全府上下连同投降义军的家眷共计一千余被叛军全部处决，县令孔闻礼以下数十名官吏全被斩首，嫡系继承人孔胤植亦死于乱军之中。
七月初，在兖州城堪堪将破之时，援军终于姗姗来迟。总兵杨肇基领都司杨国盛、廖栋率鲁军三万一日便解了兖州之围；江南京军攻破邹县，新军一、二师，联手夺回了巨野、郓城二县，三路大军在八月份将二十余万叛军包围在了曲阜。
与此同时，为了响应徐鸿儒的起义，泽县的康傅夫率众起事；河南汝宁府固始县李恩贤起义，声援徐鸿儒，四川白莲教徒也纷纷起义。可惜都在早有准备的朝廷手上没有讨到好处，第一时间就被官军给镇压了下来。