刘沉香除了对军制进行了改革，他的出发点是好的，为了加强中央军权，但他低估了朝鲜国情，使得过于了理想化。虽然他的方案通过了朝议，可向全国颁布之后，引得一片哗然。
朝鲜太祖立国时，定下了朝鲜王朝社会结构四层框架：王室家族居首，其次为贵族，平民位列第三，最底层为奴隶。五家作统制由中央政府钦定的五大家族构成，涵盖世袭的宗室、文官及武将家族，它们历经数代，与朝鲜王室保持着紧密的关联。
五家作统制起源于朝鲜英宗时期，他实施政治改革，将政权交由庆安金氏、全州尹氏、南原李氏、镇川杨氏和安东韩氏这五大贵族家族掌控。
五家作统制旨在强化中央集权，防王室权力过度集中致内乱，它确立了贵族家族的地位与特权，使其成为高层统治者，掌管地方行政与军事。
然而，五家作统制亦面临难题，贵族家族权力日盛，渐趋滥用，剥削百姓，引发社会不公与民怨四起，加剧了朝鲜王朝末期的动荡局势。
此次军事改革，几乎将朝鲜国所有的兵权全部收入了原明人的手中。而朝鲜诸将直接被踢出了实权岗位，加上绫阳君李倧的头号马仔李曙的兄弟李晫、李昈，部将李起筑、李义培等四人未能及时处理。
四人于五月初十这一天，在江源道的原州城中毅然决然地举起了反旗！他们义愤填膺，打着为绫阳君李倧复仇的鲜明旗帜，振臂一呼，引得众人纷纷响应。而被众人公推为首领的，则是绫阳君李倧的长子——李??。此人只是个十岁幼童，但是很快便吸引了众多志同道合之士前来投奔。于是乎，短短数日之间，这支义军就如滚雪球一般迅速壮大，竟然聚拢了一万余名叛军。
无独有偶，就在五月十三日的时候，忠清道的防御使李仁居也在忠州揭竿而起。他亦是高举义旗，不过其所打的旗号却是要拥立宣祖的第十个儿子兴安君李瑅为主。此消息一经传出，当地百姓群情激昂，纷纷加入到李仁居的队伍之中。不出几日功夫，这支叛军竟也发展得声势浩大，人数多达两万之众。
令人惊奇的是，这两路大军仿佛心有灵犀一般，居然不约而同地选择在五月十六日这天，同时向着汉城进军。一时间，旌旗蔽日，喊杀声震耳欲聋。
待到五月十八日时，朝廷方面终于接到了关于这两路反叛军起义的消息。刹那间，整个朝堂都陷入了一片恐慌之中。大臣们面面相觑，皆被这突如其来的变故吓得不知所措。李瑛更是勃然大怒，急召群臣商议应对之策。
此时，虽然军制改革已经颁布了半月余，众将也已经开始奔赴自己的新岗位，但是距离他们掌控军权还为时尚早，就更别提进京护驾了。
最终对付这两路义军，还得看跟着李瑛反正的原明朝将领手中掌握的四千精锐老兵。这四千老兵被刘沉香第一时间打散，编入了神枢营（重甲骑兵营）和禁卫营。
李瑛为此发出勤王令，号召各地方军队阻挡义军的步伐，结果并不理想，义军势如破竹，一路攻城掠地，六月初三，两路义军兵峰直逼汉城。李瑛无奈，于六月初八夜，奉仁穆大妃并率宗亲百官仓皇逃往开州避难，刘沉香作为领议政被任命为汉城留守。
六月十一日，李晫、李昈兄弟率领的义军抵达汉城以东。
六月十二日，李仁居率领的义军抵达汉城以南。
东路叛军已经发展到了两万人，而南路叛军已经发展到了三万人。而城中，除却了神机营、神枢营、禁卫营，还有中营（义兴营）也已经完成了部分整编工作，四营合计一万六千五百人，在兵力上双方差距巨大。
但是，战争从来不是看人数多寡，而是看领军的将领能力，士兵的令行禁止。在这两方面上，刘沉香手中的一万多人那绝对是能率叛军六条街的。
刘沉香与众将商议过后，在六月十三日清晨，汉城东门缓缓开启，神枢营一千五百名士兵在指挥使刘亿寿的率领下，冲出东门直接对两万叛军发动了冲锋。在刘亿寿眼里，这些乌合之众压根就不需要后面的神机营压阵。
一千五百名身披重甲的骑兵跟随着自己的主将嗷嗷叫的挥舞着战刀，不断加速冲向叛军。从他们兴奋的眼神中可以看出，他们仿佛回想起了二十年前与丰臣秀吉率领的日本军队战斗时候的荣光。
然而，事实证明他们的期望注定会落空。东路那两万叛军大部分在起义之前不过是一群失业的农民和受尽压迫的奴隶罢了，这些人何曾目睹过如此威风凛凛且装备精良的重甲骑兵部队呢？就在双方刚刚交锋之际，只见那些手持锄头和木棍作为武器的叛军瞬间便被全副武装、武装到牙齿的骑兵如狂风暴雨般冲击得七零八落，整个队伍立刻呈现出溃败之势，完全无法组织起有效的抵抗。
而当施文用率领着两千名神机营的火枪兵们气势汹汹地冲出城门，满心欢喜地准备端起火枪展开射击之时，他们惊讶地发现，原本应该与之激烈对抗的叛军此刻早已乱成一团糟，四处逃窜，口中不停地发出“阿西吧”之类的惊呼声，仿佛见到了极为恐怖的景象一般，眨眼间便已作鸟兽散，消失得无影无踪。
与此同时，南城这边的战况却与东城截然不同。由贾琛和石潭东所统领的那支刚刚完成整编但尚未接受充分训练的七千余名中营官兵，遭遇了人数多达三万之众的叛军。面对数量远多于自己的敌人，这七千名官兵毫不畏惧，奋勇作战，但由于实力差距以及缺乏足够的战斗经验，他们很快就陷入了一场艰苦卓绝的鏖战之中。
好在这路叛军同样大部分是由穷苦百姓组成的，真正有威胁的只有忠清道的防御使李仁居手中的三千所谓的精锐。
很快，焦灼的战局就出现了转机。完成突击任务的神枢营转道南门，对这里的叛军发起了冲锋。同样不到一个回合，叛军溃不成军，裹挟着李仁居往忠州方向逃去。
六月十六日，李晫和李昈被神机营火枪射死在了逃跑的路上，十七日，李起筑、李义培及李??三人被反正的部下活捉，随后就被赶来的施文用枪杀当场。
六月十八日，李仁居死于逃难中。同日，李瑛率百官从开州返回汉城。
六月二十日，反叛军彻底被清剿干净。