天启四年正月二十日，内阁颁布了当年第一号政令。内容是由内阁大臣徐光启暂代兵部尚书，讨河套有功的甘宁巡按李若星回朝就任兵部右侍郎，主要负责京军编练工作；丁忧期满的原顺天府府丞毕懋康升任兵部左侍郎，由其接手大明兵器研发司的研发工作。
紧接着，第二条政令几乎同时颁布。这条政令主要针对的是军队，他对军制进行了变革，颁布了最新的军队军衔。
首先，成立三军大元帅府，朱由校亲任大元帅，属于超品，明朝军队实际的最高统帅。大元帅府下辖三军都督府。
大元帅以下为：上将军衔，正一品，中将军衔从一品，少将军衔正二品，准将军衔从二品，大校军衔正三品，上校军衔从三品，中校军衔正四品，少校军衔从四品，上尉军衔正五品，中尉军衔从五品，少尉军衔正六品，准尉军衔从六品。
三军都督府左、右都督为元帅军衔，都督府政委更名为参谋长为上将军衔。各省提督为中将编制，各府都司（地方政府守备力量）为上校编制。
陆军成立非常设军级编制，最高指挥称军长，中将军衔；副手称为副军长，少将军衔；政委同样更名为参谋长，少将军衔。
军级以下为常设师，称呼少将师长，准将、大校副师长、参谋长；常设师下辖三个团九个营。每个常设师总兵力为一万人。
师级以下新设团级单位，称上校团长，中校副团长、参谋长；下辖三个营，每个团兵力为三千三百人。
团级以下称营，由少校营长，上尉副营长、参谋组成；下辖三个连，每个营兵力为一千零五十人。
营级以下称连，由上尉连长、中尉副连长、参谋组成；下辖三个排，每个连为三百余人。
连级以下称排，由少尉排长、副排长组成，下辖三个队，每个排一百余人。
新军六个师和皇家近卫师统一命名为皇家近卫军，原近卫一师两万骑兵，扩编为两个师，分别授予近卫一师和近卫二师，分别由满桂、赵率教为师长。满桂兼任近卫军中将军长一职。
原一至六师，更名为近卫三至八师，暂时维持满员八千人马不变。
京营十三万人马与辽东六万骑兵将在第一时间开始整编，剔除年老、体弱者，新加入一些皇庄青壮，完成整编后，将留下十二万人马，组建九到二十师。
近卫军整编工作计划将在天启五年底顺利完成，完成之后就要动手整编全国其他十六个省的兵马，同时授予其师级番号，额定兵马人数等等工作，计划将在天启七年底前完成整编工作。
也就是说，顺利的话要等到天启八年，朱由校才能发动大规模对外战争，以此来实现他的远大抱负。
军制改革同样涉及到了海军，朱由校也对海军的军衔进行了编制。
首先，他在欧罗巴人的配合下，先是统一了战船的吨位，由明朝称呼的石变为了欧罗巴的吨。与陆军一样，从上将至少尉，品级同样是一致的，这也方便了朝廷管理。
首先，三支海军舰队司令为上将，副司令、参谋长为中将。两千吨以上吨位的战船为一级战舰配置了，舰长为中将；一千吨至两千吨以下为二级战舰，舰长为少将；五百吨至一千吨为三级战舰，舰长为上校；两百吨至五百吨为四级战舰，舰长为中校；一百吨至两百吨为五级战舰，舰长为少校；百吨以下的属于辅助船只，舰长为上尉。
经过如此一番的整编之后，三支海军舰队，仅有四级战舰三十艘，五级战舰三百六十艘，辅助船只六百一十艘。兵源也精简下来一万多人，被充实到了浙江、山东、广东等沿海造船厂。
经过换算，大明海军的四级战船均为三百吨的中式帆船，装备有前后两门新型四十二磅炮；五级战船均为一百吨的中式帆船，装备有前后两门新型二十四磅炮。与欧洲几大海军强国相比，大明海军不光船小，炮小且还少，可以说是全面落后了几十年。
不光是现有的船只落后几十年，造船业落后的更加明显。
山东等沿海五省，每年仅能造出三百吨的中式帆船二十艘，一百吨帆船六十艘。辅助船只倒还好，如果开足马力可造出两百艘，但这不是朱由校想要的。
他要的海军并不是近海防御型海军，而是远洋攻击型的海军。可一来五省船厂仅有一万五千名造船工匠，二来也没有大型船只的建造图纸及所需材料。
前文曾经提到，欧洲的盖伦船的主梁使用的是橡木，龙骨的木材通常是榆木，榆木黄河沿岸到处都有不难解决，可橡木在大明现有的国土上根本就没有。不过，朱由校并没放弃，为此，他特意下达了一道圣旨，要求全国各地寻找橡木，为此他不惜送上丰厚的赏赐。
等材料是肯定不行的，既然没有现成的橡木，那就用同等类型的其他木材来替换就是最好的选择了。为此，他停下了三大殿的重建工程，将上好的主梁——杉木几百根全部送到了山东、江苏等省份的船厂，依托葡萄牙人提供的荷兰武装商船的图纸，开始在明朝的第一次建造试验。
荷兰武装商船，吨位一般在二百至五百吨，船舷上下两层各安置了五到十五门火炮。欧式战船素来有船小炮多的美名，盖因其建造业发达，造船、火炮锻造速度明显快于此时的大明朝，这点是不争的事实。
正所谓挨打要立正，朱由校认了。既然知道自己落后了，那么奋起直追是应有之义。他给五省船厂下达了年产四级战舰（中式武装商船）五十艘，五级战船一百艘的造舰计划。
为配套这些战舰，他给兵仗局，各省军械局下达了年产各类大小三千门火炮的生产计划。
自从皇室、勋贵们开始缴纳田赋，每年朝廷在军费上的开支开始猛然暴涨。
天启二年开销三千万两，天启三年增至四千万两。当朱由校下达造舰令之后，预计天启四年军费开支将会达到恐怖的五千万两。
天启三年，全国六亿亩纳税田亩产八石（甘薯平均亩产二十石）。为此，朱由校下令将田赋税率从十七税一下降到了三十税一（3%），主打的就是一个与民生息。当年田赋收入为四千万两和三百亿元龙币，共计出产食盐一千二百万石，盐税收入为一百八十亿元，商税收入为一千五百万两，加上其他杂七杂八的收入，整年财政收入折合白银一亿零六百万两。
开支方面，军费开支四千万两；赈灾、重建开支两千万两；物资采购一百亿元；官员俸禄五百万两加一百亿元；宗室、皇室开销五十亿元；其他杂七杂八开支约为一百亿元，整年开支折合白银一亿两。
全年财政盈余仅有六百万两。
这份财报被送到朱由校的案前，朝臣们就知道，有人要倒霉了。