随着案件的审理工作不断推进，耶稣会更多的阴谋诡计逐渐浮出水面。
包括使用铅箱护送鲜鱼的阴谋吓得朱由校出了一身的汗，这条毒计不光想制造他这位皇帝死于非命的假象，同样的，也影响到了他的后宫安危。
不敢有丝毫懈怠的朱由校心急如焚地赶忙传旨，请来了皇家医学院德高望重的祭酒武之望。接到旨意后的武之望深知事情紧急，片刻也不敢耽误，迅速召集了张介宾、万机、吴有性、李中梓。‘药圣’李时珍的众多儿子，户部主事李树初，医者李树本、李树宗、李树声、李树勋这些精通药理之人也一同被邀请而来，共同为皇帝陛下以及后宫的诸位嫔妃、乳娘还有皇子公主们进行全面而细致的会诊。
经过一番紧张忙碌的诊断之后，众多医者终于得出了一个令人稍感宽慰的好消息：原来，那看似可怕的金属铅仅仅是作为一种载体存在而已，宫廷中的贵人们并未真正将铅吞入腹中，因此中毒状况尚不算太过严重。听到这个结论，一直提心吊胆的朱由校长舒了一口气，心中暗自庆幸道：“还好，只要有得救便好！”然而，还没等他完全放下心来，医者们紧接着却又给他泼了一盆冷水——当头一棒般的坏消息传来。
原来，问题出在了乳娘们身上。由于乳娘所提供的乳汁乃是四位幼小皇嗣的主要食物来源，再加上孩子们年龄实在太小，身体各项机能都尚未发育完善，对于毒素的抵抗力极为脆弱。恐怕这些小生命的身体健康会受到极大的损害，甚至可能会对他们未来的整个人生造成难以挽回的影响，也就是说这些脆弱的生命很有可能会夭折。
这个结论让朱由校怒火中烧，为了保住这几个子嗣，他是花费了无数的心血，服侍他们的内侍、宫女、乳娘无不是他亲手精挑细选而出的。
没想到最终还是遭了这些人的毒手。让他更加生气的是，这些人妄想着通过绝了他的子嗣，来推信王朱由检为帝，这摆明着是想借自己的手彻底断绝大明王朝正统。
朱由校没有比这一刻更加的拥有杀心，吩咐了武之望尽力挽救皇嗣们的生命之后，他离开了后宫，来到了上书房，并屏退了所有侍者，并下旨关闭宫门，今夜他谁也不想见，特别是可能涉案的几位朝廷重臣。
这才有了前文朱由校彻夜未眠的查看卷宗，也才有了第二日下旨召见叶向高、徐光启、李之藻以及艾儒略的场面。
艾儒略虽然并非犹太人，然而他却是不折不扣的耶稣会传教士，更是在华的耶稣会分支的首脑，当这真凭实据摆在眼前，艾儒略纵使巧舌如簧也毫无辩驳之机，紧接着便被朱由校下令打入了阴森恐怖的诏狱之中。
而徐光启和李之藻乃是首批皈依天主教的忠实信徒，叶向高则属于第二批加入该教派的教徒。当三人阅毕那份详实的供词后，他们面色凝重，沉默不语，继而齐刷刷地跪倒在地，向着朱由校叩头，只求一死以谢罪，以此来表达内心深深的忏悔之意。
于朱由校而言，令其倍感欣慰与庆幸的是，此三人并未牵涉进这起案件当中。当然，这份幸运同样眷顾着远在山东的孙元化。若暂且撇开徐光启仨师徒不谈，实际上，叶向高打从一开始之所以选择对朱由校俯首称臣，仅仅是为了守护东林党那至关重要的根基罢了。随着时间的推移，他心中那颗富强大明王朝的理想终于战胜了内心的贪婪，使得他最终与守旧的东林党划清了界限，彻底的站在了朱由校这一边。所以，已经被守旧东林党抛弃的他也属于被清理的对象。
天启四年十月十九日早朝，由工科都给事中宋应星与礼科都给事中陈奇瑜发起的弹劾案彻底将耶稣会打入了历史的尘埃，随着一桩桩一件件证据确凿的证词被公之于众，那些参与了推翻朱由校，颠覆大明王朝阴谋的官绅阶级这次再也没有那么好运，可以逃脱被审判的下场。
这次朱由校没有再心慈手软，他大开杀戒。只要是参与了颠覆大明王朝统治的欧罗巴人，没有一人能够得以幸免，那一座座精美威严的教堂全部被推倒。至于涉案的明朝人，不管是官绅阶级，还是皇家勋贵，通通被处以极刑。
据后世统计，天启四年发动的倒耶稣会行动，导致了六百余欧洲传教士的死亡，一千多名跟随传教士来明朝淘金的欧洲人连带被处决。除此之外，六万多名明朝官绅，皇室勋贵及其家属被牵连，同样死于这场阴谋之中。
对于士绅，朱由校尚且还保留了理智，没有学习老祖朱棣那般株连十族，但是，也使出了株连三族的大棒子。但是，对于涉案的皇室勋贵们，他可就没客气了。湖南的岷王朱禋洪家族、湖北的楚王朱华奎家族数千人通通被削爵关进了凤阳，两位亲王直接被刺死。要知道这两位亲王可都是太祖朱元璋时期的亲王，朱由校也是毫不眨眼的说杀就杀，说废就废。就别提同属主谋的新建伯王先通（王守仁的后裔）、应城伯孙廷勋、兴安伯徐汝孝、安乡伯张光灿、隆平侯张国彦、阳武侯薛濂、西宁侯宋裕德等勋贵家族都被关入了凤阳。而勋贵本人自然同样是被赐死。
朝中大臣、前官员被处死的那就更多了，几乎朝中所有的东林党官员全被处以极刑或者流放五千里等手段。
内阁阁臣老臣王象乾、吏部尚书王在晋、刑部左侍郎乔允升、右侍郎孙鼎相、大理寺右少卿惠世扬等朝中要员全部致仕。
江苏巡抚蔡复一、安徽巡抚孙居相、翰林院庶吉士侯恪、工部主事陆之祺、陆怀玉、刑部主事应朝玉等被削职为民，永不录用。
国子监这座大明最高学府，同样也是重灾区，将近一千多名学子受长辈牵连而被削籍、处死。大明读书人十去其三，官场十去其四。
这场谋逆案直到天启六年才彻底平息。至此，顽固的江南士绅阶级几乎为之一空，再也没有人能阻止朱由校一系列的改革和称霸天下的决心。