对于首届内阁所开展的安内工作，无论是年轻的皇帝朱由校，还是满朝的文武大臣们，心中都充满了认可之情。如今的大明朝，在历经一番整顿之后，吏治方面取得了显着的成效，得到了极大程度的恢复。尽管期间爆发了令人震惊的天主教案，但仔细分析下来，此事与天启朝本身并无太大关联。实际上，这些闹事之人早在十几二十年之前便已悄然埋下隐患，只是恰好在天启朝时提前浮出水面，并被彻底挖掘了出来。
然而，这场风波所带来的影响无疑是极为巨大的，其所引发的一系列后果也堪称严重至极。这些人的所作所为险些将历经千年才好不容易形成的精英士绅阶层一举摧毁。不过，对于朱由校以及整个大明皇室而言，这反倒成为了一则喜讯。毕竟，千百年来，绝大部分的知识都牢牢掌控在这些士绅阶级手中，底层的穷苦百姓若想要凭借自身努力实现咸鱼翻身，可谓难如登天。
要知道，千年来，不管文武事，都是非常耗费钱财的，没有雄厚的财力支持，穷苦百姓要想翻身，只有三条路可以走。要么你天资卓越，碰上了赏识你的人；要么你入赘商贾之家，成为他们家族的一员；要么接受商贾的资助，成为他们敛财的帮凶。除此之外，再无第四条路可以走。
经过此次沉重的打击，曾经为祸明末时期的东林党士绅阶级几近被扫荡一空，甚至连那一直隐秘潜伏于大明境内长达二十余年之久的耶稣会势力也未能幸免，被连根拔起。至此，困扰大明已久的内部忧患已然消除大半，接下来摆在朱由校面前最为紧迫的任务便是思考如何能让广大的大明百姓不仅能够填饱肚子，还可以吃得更好、更有质量。
这也是他对第二届内阁设置的工作要求，他期盼的政府官员，不光要为了当官而当官，更期盼他们将百姓放在心上，做一个为百姓谋福利的好官。
随着武之望等医学院名医的调理，朱由校与众多后妃的身子逐渐恢复健康。但是对于四个还处于幼儿阶段的两子两女却并没有任何好转。
先是天启五年正月二十二日，朱由校的次女朱淑婉偶感风寒，夭折。随后半年里，包括皇太子朱慈烨在内的两儿一女均因各种疾病夭折。
也正因如此，朱由校才会下旨从重、从严处置那些耶稣会与东林党余孽。原本判流放的为满门抄斩，判满门抄斩的改为夷三族，夷三族的改为灭九族。
也正是这个原因，原本立志想连任一届首辅的叶向高大病一场，上表辞呈。同时，次辅孙承宗、阁臣史继偕也同时上表辞呈。不过，均被朱由校驳回。
在这三个人当中，最令朱由校感到痛心疾首的，莫过于帝师孙承宗那无法理解自己的态度。要知道，朱由校对这位帝师可是寄予了极高的期望的。原本，他打算让孙承宗来负责组建第二届内阁。然而，现实却给了朱由校当头一棒。当孙承宗毅然决然地递上那份辞呈时，朱由校心中的希望之火瞬间被浇灭得无影无踪。无奈之下，他只得斩断这份念想，将关注的焦点转向了徐光启。
天启五年二月，内廷终于传出一道旨意：正式任命阁臣徐光启担任天启五年科举考试的主考官。与此同时，还有一支堪称豪华的副主考阵容一同登场——户部尚书李长庚、吏部尚书来宗道、礼部尚书何熊祥以及左都御史袁可立。他们将携手合作，共同迎接天启朝的第二次科举大考。
值得一提的是，这届科举考试出现了一个前所未有的情况。由于南方地区受到天主教案的冲击和影响，导致参加此次科举的南方考生数量竟然历史性地低于北方考生。据统计，此番进京赶考的举人总数仅仅只有五百余人。再算上来自国子监的六百多名学生，那些在新军中历经了整整三年锤炼的一千多位学子，以及皇家书院里的一百多人，这些人才构成了天启五年科举考试的全部参与者。
要知道，如今的人数相较于天启二年那浩浩荡荡的四千多人而言，可是足足减少了将近一半啊！然而，面对如此局面，朱由校却丝毫没有流露出半点气馁之色。
在一个万籁俱寂的深夜，月光如水洒落在宫殿的窗棂之上。朱由校端坐在御书房内，与徐光启、张维贤、顾秉谦等几位朝廷重臣展开了一场深入而又坦诚的促膝长谈。他们围坐在一起，烛光摇曳，映照出众人凝重而专注的面容。
这场谈话持续了数个时辰，期间众人各抒己见，就当前国家取材面临的种种问题和挑战进行了详尽地探讨。最终，在经过深思熟虑之后，朱由校于天启五年三月毅然决然地下达了一道足以改写历史进程的圣旨。
这份圣旨犹如一道惊雷划破长空，震惊朝野。其内容明确规定，全国十八个省份外加辽东都司的学政使们必须将算术和科学两门学科纳入到学子们必修的科目之中。
与此同时，郑重宣布将于九月正式成立一所名为“皇家军官学校”的军事学府。此校的招生对象涵盖了全军范围内的队长、表现优异的官兵，以及来自各省的文科、武科举人。学制设定为三年，而招生考试的主要内容则侧重于军阵排布、战略战术以及算术能力等方面。此次计划招收学生的数量为一千人，并且从今往后每年都会按照这个规模进行一次招生选拔。待到三年学业期满，所有学员都需参加严格的毕业考试。只有那些成绩合格者才有资格被直接下放到军队当中，担任少尉副排长一职，肩负起保家卫国的重任，成为军队建设不可分割的重要分子。
这所军官学校有着与国子监同等地位，等同于给了勋贵家族、皇室家族旁系子弟另一个就业选择项。文科举子身份对他们而言可能有些高不可攀，可武举举子，新军优秀官兵名额如果都拿不到，那就证明了你就是一根废柴，那么学校大门就不会为你敞开。
这也是朱由校对勋贵集团打开的方便之门，至于能否接住朱由校抛来的橄榄枝，那就看这些人的子嗣是否值得他下力气拯救了。