经过双方数月的协商、探讨。天启六年十二月，明国与蒙古科尔沁左右翼六部、蒙古内喀尔喀扎鲁特部、巴林部，外喀尔喀札萨克图汗部等九部签订了《北京友好协议》。
其中科尔沁左右翼六部、蒙古内喀尔喀扎鲁特部、巴林部等八部正式并入明朝，而外喀尔喀札萨克图汗部仅是与明朝修复了双方之间的关系，比如互开互市，开展自由贸易等。
对此，朱由校及朝廷并没有强求。他相信要不了多久，当外喀尔喀诸部看到加入明朝的这八部贵族、牧民都能过上好日子，自然就会坐不住的。
为了表示对八部加入明朝的奖励，明廷于天启七年元月正式下旨，成立蒙古自治领，并设置了以汉总督为首的汉蒙总督府。同时册封八部首领为郡王衔，世袭罔替。同时将八个部落重组为六十四旗，每个旗主同时被封为世袭罔替的伯爵。为了表示臣服，各部落、旗允许明军驻扎军队，并同意明廷征调蒙古人为军。
为了表彰吴克善在推动蒙古八部入明的过程中做出的杰出贡献，明廷封其为克勤郡王，首任蒙古自治领蒙籍总督，而汉籍总督明廷则交给了近卫军中将军长满桂。
这八个部落有着六万平方公里面积的草场，它地处大兴安岭中段东坡，地理位置得天独厚。他们的加入，为明朝带来了源源不断的战马，更是为大明朝彻底解决为祸数百年的北方危机，使得明朝终于可以腾出手来收拾周边那些不老实的小弟。
他们的投奔，不光是让明朝有了一个优良的战马提供地，更是为明朝带来了六万户，三十余万牧民。而正因为他们的投靠，使得察哈尔部彻底沦为了两面被明朝包围，一面被左翼土默特部，一面被外喀尔喀蒙古包围的瓮中之鳖。其四面均为敌人，犹如秋后的蚂蚱，蹦跶不了多久了。
为了应对察哈尔部的威胁，明廷派出了新组建一年的九十六至一百等五个装备了燧发枪的骑兵师。这五个与传统的骑兵师不同的是，为了减轻战马的负担使得骑兵可持续长途奔袭，特意取消了厚重的锁子甲，改为了最新研制出来的棉甲。
这种棉甲是一种外层为棉布，内层为薄铁片的防护装备，既具有较好的防护性，又相对轻便，适合火器部队以及骑兵长途奔袭作战所用。
明朝在漠南大草原成立蒙古自治领，这一重大消息如同巨石投入平静的湖面，激起了层层涟漪。这消息自然是瞒不住野心勃勃的林丹汗，这位素有大志、一心想要在草原上成就一番霸业的人物，本就对各方势力的消长极为敏感。明蒙合并意味着草原上的势力格局发生了巨大的变化，原本松散的力量开始凝聚，这无疑对他的野心构成了潜在的威胁。
随即，察哈尔与明朝在宣大、辽东地区开始发生了一些小打小闹的摩擦。或许是边境上的一些牧民为了争夺水草资源而发生的小冲突，又或许是贸易往来中一些小小的纠纷。但这些看似不起眼的摩擦，却如同星星之火，在野心与利益的催化下，逐渐有了燎原之势。随着时间的推移，摩擦的规模不断加剧。双方的小股部队开始在边境频繁遭遇，冲突也从最初的口角与推搡，演变成了真刀真枪的厮杀。战场上，喊杀声震耳欲聋，刀光剑影闪烁不停，鲜血染红了脚下的土地。曾经双方之间的蜜月期，就像那转瞬即逝的美梦，即将随之结束。
而此时，顺义王卜石兔的心中也满是不满。他原本对明朝攻占河套这一举措抱有别样的期待。在他的设想中，明朝能够出动强大的军队，帮助他征服盘踞在此的鄂尔多斯部落。他幻想着，借助明朝的力量，自己能够在这片土地上重新树立起权威，扩大自己的势力范围。然而，现实却给了他沉重的一击。明军展现出了超乎他想象的强大实力，他们仅仅依靠自己的力量，就消灭了拥有十几万人口的一个大部落。那一场场激烈的战斗，鄂尔多斯部落的顽强抵抗在明军的铁蹄与利刃下土崩瓦解。这是卜石兔万万没想到的，他的幻想瞬间破灭，取而代之的是深深的警惕。
这种警惕心如同藤蔓一般，在他的心中不断蔓延生长。他开始重新审视与明朝的关系，思考着自己的未来之路。就在这时，野心勃勃的林丹汗向他抛出了橄榄枝。林丹汗敏锐地察觉到了卜石兔的不满与警惕，他深知，如果能够拉拢卜石兔，那么他们就能够形成一股更为强大的力量，共同对抗明朝。于是，林丹汗派遣使者，带着丰厚的礼物与诱人的承诺，来到了卜石兔的营帐。卜石兔在经过一番深思熟虑后，逐渐与林丹汗走到了一起。双方开始频繁地进行秘密会谈，商讨着联合抗明的计划。他们在营帐中，对着地图指指点点，谋划着如何在战场上击败明军，如何重新划分势力范围。一时间，双方有联合一起抗明的趋势，草原上仿佛又将掀起一场血雨腥风。
不过，这些消息自然是逃不出明廷的军情局密探的视线。明廷的军情局如同一张庞大而细密的网，遍布在各个角落。那些密探们，有的伪装成商人，在草原上的集市中穿梭，收集着各种情报；有的则潜伏在部落中，与牧民们打成一片，从他们的只言片语中获取有用的信息。当他们得知卜石兔与林丹汗有联合抗明的趋势后，立刻将消息传递回了明廷。
明廷得知这一消息后，也没有丝毫放松对两部的监视之举。他们在边境线上增设了更多的哨所，派遣了更多的斥候，密切关注着两部的一举一动。然而，此时的明廷也面临着诸多难题。奴儿干都司的女真势力尚未彻底重回大明怀抱，那些重新被夺回的领土，就像刚刚愈合的伤口，还需要时间来慢慢调养。在这片广袤的土地上，女真各部虽然表面上归顺了明朝，但他们的内心深处，或许还隐藏着一些不满与反抗的情绪。明廷需要花费大量的时间和精力，去整合这些重新被夺回的领土，去安抚那些女真部落的人心。
因此，在权衡利弊之后，明廷采取了安抚政策。他们派遣使者，带着大量的赏赐与友好的信件，前往卜石兔和林丹汗的部落，试图缓和双方之间的紧张关系，避免一场大规模战争的爆发。
可惜！收效甚微。明朝与土默特部、察哈尔部之间的战争是无法避免了。