天启十七年末，朱由校下旨对十二监、四司、八局进行了彻底的改革。
首先，将十二监整合为了司礼监、内官监、尚膳监、都知监、神宫监；四司整合为惜薪司、钟鼓司；八局整合为兵仗局、内织染局、酒醋面局、浣衣局。
二十四监被撤并为十一监，多余出的三万太监、宫女被放出宫归家。当然，鉴于他们为皇室效力了终身，朱由校还是下令每人都给了一笔丰厚的养老费。
朱由校也清楚，为宫内服务了一辈子的三万太监、宫女，肯定与社会完全脱节。宫女还好，一般都是姿色上乘，一般出宫都还能找到好归宿。
太监不同，没有谋生的能力，又不能结婚生子，后半辈子铁定孤苦伶仃。为此，他还是令龙骧商会将这些太监吸收过去，按照个人的能力进行了妥善的安置。
一番改革之后，宫廷内监精简了半数以上，内宦队伍也裁撤了半数。
在对内廷进行改革的同时，他还废除了土贡制度。
明代地方向皇室和中央政府无偿提供的物资统称为“上供物料”,具体又可分为“上供”和“物料”两种。之后,又出现了“额办”、“额外派办”和“不时坐派”等名目,土贡扰民日深。之后,随着明代社会经济的发展,到了明代中后期,“土贡征银”成为一种普遍的社会现象。
明代的土贡物品可谓包罗万象,主要有纺织品、药品、日常生活用品、珍禽异兽、家禽、铜、铁、皮革、纸等。关于土贡的管理,明代土贡由户部统一管理和征收。
在征收的途径上,明代土贡主要来源于官府收购、里甲民户或专门的贡户供办和官办手工业制造三种途径。明代土贡进贡的方法主要有按田粮和按里甲征收两种。土贡物品的运输主要依靠专门的运输机构:马快船和递运所。在入库和支用方面,进贡物品分别藏于内承运库、内府供用库、光禄寺库等库中,以供皇室对各种物料的需求和消费。而贡品的支出主要用于皇室日常生活用品、祭祀及赏赐等。
山东是明代中央政府财政收入的重要来源地。明代山东土贡是山东地区人民在赋税交纳之外,又向明朝政府和皇室进贡本地土特产品的一种物品缴纳形式。明代山东土贡物品的类型主要包括药物、皮张、禽畜、翎毛、石料、金属以及日常生活用品等。本文结合明代山东部分府县土贡征收情况,归纳出其主要特点有:种类相对有限、“贡所非产”的现象不明显、“土贡折银”现象、土贡数量很大以及山东曲阜地区孔氏的减免特权等。
废除土贡制度，等于直接减轻了地方百姓身上的枷锁，朱由校继位以来，朝廷财政支出中多了一项非常重要的名目，那便是采购支出，而这就是用于官府、宫廷收购土贡所用。但是，这仅仅只是改变了一部分现状。
比如，宫廷需求的药物、皮张、禽畜、翎毛、石料、金属以及日常生活用品等大部分还是以上贡形式进入内库。这次一并被废除。
他还将目光投向了内库。
内府凡十库：内承运库，贮缎匹、金银、宝玉、齿角、羽毛，而金花银最大，岁进百亿元上下。广积库，贮硫黄、硝石。甲字库，贮布匹、颜料。乙字库，贮胖袄、战鞋、军士裘帽。丙字库，贮棉花、丝纩。丁字库，贮铜铁、兽皮、苏木。戊字库，贮甲仗。赃罚库，贮没官物。广惠库，贮钱钞。广盈库，贮纻丝、纱罗、绫锦、?绢。六库皆属户部，惟乙字库属兵部，戊字、广积、广盈库属工部。又有天财库，亦名司钥库，贮各衙门管钥，亦贮钱钞。供用库，贮粳稻、熟米及上供物。以上通谓之内库。
其中，最为核心的便是内承运库，也就是内库或是内帑。全国三十省，超过八成以上的金银矿山，九成的煤矿，六成的铁矿，均是龙骧商会旗下。也就是说这些矿山的收益几乎全部归入了内帑中。
要知道，连皇家银行都是由内帑衍生出来的，可想而知，内帑得有多富有。
朱由校经过一番深思熟虑之后，做出了最终的裁定。独留内承运库也就是内帑，其余的所有库房全部彻底纳入六部管辖。也就是说，原来这些库是由哪个部管的，如今这些库全部就归入那个部所有，内廷不再插手这些库房的管理。
做出这些决定，朱由校并没有与外廷有过过多的沟通和商议，就直接拍板了。
这些库房的收入未来都将被纳入朝廷的财政收入，相信也能部分的缓解朝廷的财政赤字。
最后，朱由校将目光投向了龙骧商会。
龙骧商会如今已然成长为一个令人瞩目的庞然大物，其规模和影响力之大，堪称大明王朝的唯一独角兽。据不完全统计，该商会一年的营业额早已突破了上万亿这个惊人数字。
在其庞大的商业版图中，几乎涵盖了全国各地的煤矿、铁矿、金银矿等重要资源产业，以及丝绸、茶叶、粮食、食盐等与民生息息相关的行业。这种近乎垄断的经营模式，使得商会在经济领域拥有着无与伦比的话语权和掌控力。
然而，正如现代人所熟知的那样，独有经济并非一种健康的经济模式。随着时间的推移，这种模式所带来的危害也开始逐渐显现出来。
如今的大明王朝，不仅仅是普通百姓在为商会辛勤劳作，就连朝廷也无法幸免。全国的工商业未能迎来大规模的爆发式增长，很大程度上正是因为商会的触角已经延伸到了所有的行业领域。
在这样的环境下，私有工商业面临着巨大的竞争压力。毕竟，有人的地方就必然存在竞争，而面对如此强大的独角兽，私有工商业又如何能够与之抗衡呢？这无疑是一种降维打击，使得其他企业在市场竞争中处于绝对的劣势地位。
可以说，当初龙骧商会给国家和百姓带来的利益有多大，如今它所造成的危害就有多大。这种情况对于大明王朝的经济发展和社会稳定都产生了深远的影响，亟待采取有效措施加以解决。