九月初八，明舰抵达加里曼丹岛北部，苏禄国的吉达城，在放下第67师之后，舰队重新起航，于初九清晨抵达文莱帝国首都，文莱城外的海湾。
文莱皇帝阿都贾里鲁阿巴，自睡梦中被惊醒。范文程采取了先礼后兵的策略，派遣了几名使者进入了文莱城。使者对阿都贾里鲁阿巴下了最后通牒，要么举国投向明朝，要么拿起手中的武器试着抵抗下大明王师。
很快，两天过后，南洋舰队主力舰上的炮手们，迅速为大炮褪去炮衣，给大炮填充弹药，随后将大炮推入到了炮位，做好了炮击文莱城的准备。
正当颜思齐下令开炮时，从文莱城中出来了一群高举白旗的人。
九月十一日，文莱帝国皇帝阿都贾里鲁阿巴宣布投降明朝。
当天，明军68师在文莱湾登陆，并进入了文莱城，在解除了文莱军队的武装之后，范文程这才施施然缓步进入文莱首都。
三天后，也就是九月十四日，101师、102师在文莱官员的陪同下，逐步接手文莱帝国其余城市。
十月初一，范文程代表明廷正式与文莱皇帝阿都贾里鲁阿巴签署《大明文莱条约》。
条约内容为：一、废除文莱帝国名号，更国名为文莱苏丹国。阿都贾里鲁阿巴也于天启二十一年（1641年）被朱由校册封为文莱郡王。
二、大明握有苏丹王位继承决定权和外交权，并规定未经大明同意，文莱不得拥有军队。
三、大明将派驻官员掌管文莱的一切政务。
四、文莱保留除文莱城周边六千平方公里土地，作为文莱苏丹国的固有领土。除此之外的所有领土将成立由汉人管理的沙拉越和沙巴两个府。
自此，文莱的一切内政、外交和国防大权都落入大明人手中。名义上文莱仍是一个苏丹国，但实质上其彻底沦为了大明的殖民地。
十一月，沙拉越府和沙巴府正式成立，范文程亲自奔赴两地，并召集了当地的马来族酋长举行了一场闭门会议。十二月，十个菲律宾民团与数万汉人随着船队抵达两府。
天启二十一年（1641年）正月，婆罗洲三发苏丹国、南巴瓦苏丹国、坤甸苏丹国遣使向范文程表示愿意臣服明朝。
二月，明67、101师，102师正式出兵南加里曼丹，三发、南巴瓦、坤甸、苏禄以及被明国收编的文莱苏丹军合计六万余人马随同明军开始在加里曼丹岛的征伐战。
首先，以明67师为首的第一路军，配合着苏禄军，部分文莱军，合计四万人，以67师师长黄得功为指挥使，这股明军越过伊兰山脉，沿着海岸线，行军十余日后，抵达贝劳苏丹国。
不甘失去权利的贝劳苏丹在都城贝劳集结了全国所有兵力，准备与来犯的明国人展开殊死搏斗。
黄得功并不是孤军深入，在苏拉威西海，也就是贝劳城外海，还有一支由二十余艘军舰组成的辅助军团。
这支小型舰队拥有着三艘五百吨级战舰，舰只上四门三十二磅炮与十门二十四磅炮在南洋群岛绝对称得上庞然大物。
在一分舰队司令郑芝龙的一声令下，二十艘军舰上，数百门火炮疯狂的倾泻着炮弹。瞬间，贝劳城陷入了一片火海之中。
这座依托海港修建的土石城堡，从来没有经历过如此猛烈的热兵器洗礼，一天不到的时间，靠海的那一面城墙便消失在了众人的目光中。
城池中，四分之一的木制建筑被炮弹摧毁，军民死伤无数。
还没等陆军正式发动攻城战，城中便举起了白旗。
二月底，六万明军不费吹灰之力彻底拿下了贝劳苏丹国全境。
同月，一支由明101师为主力，融合了文莱苏丹国投降军队的三万明军，如同一股汹涌的洪流，翻过伊兰山脉，踏入了马来族达雅克苏丹国的领土。
然而，101师师长郑维城并没有像黄得功那样幸运。当他率领着大军进入这片陌生的土地时，数万达雅克人民在苏丹的号召下，毅然决然地与明国人展开了一场惊心动魄的丛林战。
这些达雅克人展现出了惊人的智慧和勇气。他们巧妙地利用了伊兰山脉的地形优势，无数的丛林和河流成为了他们天然的掩护。他们手持简陋的弓弩，却能在茂密的植被中如鱼得水，与武装到牙齿的明军展开了一场你来我往的激烈对抗。
这些土着并不在乎一城一地的得失，他们深知在这片广袤的山林中，有着无尽的资源等待他们去发掘。他们根本不惧怕茂密的丛林和高山峻岭会让他们找不到食物。相反，正因为他们的武器简陋，山林中无数的竹林便成为了他们取之不尽、用之不竭的弹药来源地。
尽管明军在装备和训练上占据优势，但面对达雅克人的顽强抵抗，他们也逐渐陷入了被动。这场战争变得异常胶着，双方互有胜负。
最终，即使这路明军成功地攻占了达雅克苏丹国的所有城镇，但此起彼伏的袭击却从未停歇。达雅克人如同幽灵一般，在山林中穿梭，给明军带来了无尽的困扰和威胁。
消息很快传入了范文程的耳中，作为一名毫无缚鸡之力的文官，他最终选择了不顾自身的安危，果断的亲临达雅克城。
在详细的询问了郑维城以及底下的军官之后，范文程将自己关在了苏丹王宫内三天。
三天后，他走出王宫，并给明军下达了一条未来备受争议的绝户计。
将101师拆分成以连为单位，配合一千文莱军，组成二十七路剿匪军。并限期三个月时间，肃清达雅克境内所有抵抗力量。
范文程指出，这抵抗力量的意思为，但凡手中拿有木棍、铲子、菜刀，身上服装有异于其他土着百姓的，皆可当做敌人。
自此，明军在加里曼丹岛开始了为期三个月，被后世称之为达雅克大屠杀的剿匪行动。
短短三个月时间里，原本有着五万余人口的达雅克苏丹国，在这场轰轰烈烈的剿匪行动中，死亡了超过两万人，还有两万人要么钻入了深山老林，要么改头换面逃入了其他苏丹国成为了难民。同样的，这场激烈的剿匪行动，给101师带来了千余人的伤亡，同行的文莱军也死伤了五千左右。
这一仗，彻底让明军警醒过来，他们可是侵略军，他们的友好只能够给予那些愿意服从明国统治的百姓，而不是那些冷不丁给你来上一箭的抵抗军。