在那个动荡不安的时代，朱由校深知乱世需用重典的道理。早在他初登皇位之时，这个观念就已经深深地烙印在他的脑海里。
为了彻底收拾江南地区的乱局，朱由校精心挑选了一支强大的钦差团队。这支团队以都察院右都御史何吾驺、军情总局副局长骆养性和大理寺左少卿阮大铖为首，他们都是经验丰富、能力出众的官员。
而随同他们一同前往江南的，还有一支特殊的军队——近卫第1师。这支军队全部由皇家和勋贵子弟组成，是皇帝的亲卫军，其规模之大，令人瞩目。这支超规格的师队共有一万五千人，而且每个士兵都身挂勋职，虽然历经了二十余年的沧桑，人员也换了十余批，但在荣誉军长朱由校亲自干预下，号称帝国最强师的1师和2师，同为全国军队精英中的精英。
由于四省情报调查使司事先已经收集到了足够充分的证据，所以当这钦差团队抵达南京后，便立刻按照事情的轻重缓急展开了抓捕行动。
近卫第1师，这支被百姓们戏称为“抄家专业户”的军队，一到南京便迅速行动起来。他们根据钦差行辕提供的清单，分成了十几个队伍，分别前往浙江、安徽、江西以及江苏的各个州府。
在接下来的半年时间里，一场惊心动魄的大搜捕在江南地区展开。一个以诗会友为名的叛党复社逐渐浮出水面。这个复社，实际上是原来东林党的继承者，他们企图通过各种手段来扰乱社会秩序，对朝廷构成严重威胁。
而他们的触角更是伸进了各省军队当中，眼见事不可为，他们鼓动了江苏两个营，浙江、江西一个营，安徽两个团，并以此为骨干迅速武装了一支五万余人的叛军。
一次简单的抓捕居然演变成了叛乱，而且还是异常波及四省的叛乱，这是朱由校与内阁绝对意料不到的事情。
可此时大明帝国采取的是外紧内松策略，也就是绝大多数军队都布置在国境线，而内陆省份都只有一个或者两个由卫所兵演化，如今基本上都是训练不充分的军队，其战斗力可想而知的低下。
所以，哪怕以他们为骨干武装起来的五万大军，撑死了也就是一支农民武装。
不过，很快就让朱由校诧异的是，这支叛军很快攻占了四省武库，将存储在武库的上万支已被淘汰的火绳枪全部分发到了起义军手中。
随着事态不断升级，朱由校终于沉不住气了。
他于天启二十三年（1643年）二月，下了一份旨意给赋闲在家颐养天年的，已经七旬高龄的夏国公熊廷弼。封其为平叛总指挥，急调湘军63、64两个师，配合驻扎京畿地区的第8、12、15三个师，奔赴江南平叛。
三月初，吴彤带着数百内厂特务拜访了京城定国公府和魏国公府。随后的几日间，近卫第2师，被撤职、复员了两千余官、兵。京畿地区第11师、13师合计五千余人被撤职、复员。淮王朱常清、益王朱慈炲被被削去王位，终身监禁于凤阳府。数万余叛军围攻南京、扬州、杭州、南昌。湘军通过长江水运，自鄱阳湖登陆，两日后突然出现在南昌城外，打了围城的上万叛军一个措手不及，叛军不战自溃，南昌解围。
三月中旬，魏国公徐弘基、定国公徐允祯、成山侯王道宁、宁阳侯陈光裕、怀远侯常明良、定远侯邓文明、武安侯郑之俊、丰城侯李开先、定西侯蒋维恭、永康侯徐锡胤、遂安伯陈伟、诚意伯刘孔昭、襄城伯李国桢、平江伯陈治安、清平伯吴遵周、崇信伯费尚檝、惠安伯张庆臻、靖远伯王永恩、伏羌伯毛承祚等十九位世袭勋贵全部落网。三个京营师通过海运运抵通州。
四月初，礼部左侍郎汪乔年、户部尚书周延儒、陕西巡抚李待问、黑龙江巡抚高第、江苏巡抚何如宠、江苏布政使李继贞等朝野大大小小五百余官员，全部落网。12师击败了数千叛军，扬州解围。
四月底，分封在河南怀庆的郑王朱翊铎、湖北襄阳襄王朱由栋、湖北蕲州荆王朱慈烟（1642年病故）三王一系全部被内卫逮捕并发配至凤阳，由宗人府负责审理这三王的涉案情况。
围攻南京的叛军在城中近卫1师与增援而来的8师联手击败，南京解围。
五月初，杭州解围。
七月，除了数股百余人级别的叛军逃入深山老林、太湖、鄱阳湖藏匿外，四省叛乱基本被平定。
八月，想要为勋贵们求情的英国公张维贤，数次被朱由校拒见，最终遗憾的病死于床榻，享年七十有三。
九月，心中有愧的朱由校携皇太子朱慈炜亲临英国公府灵堂，祭拜了这位扶持自己登基的老臣，并在灵堂待到了第二日清晨才回宫。
十月，早已卧榻数年之久的英国公世子张之级病逝。
英国公府连着三个月的两场白事，彻底让朱由校破防。
十一月，朱由校下旨，恩赐英国公张维贤夫妇葬入他的德陵。并于功德林周边重建一座明初太祖朱元璋首创的功臣阁。并将张维贤的塑像，生者虚位，放在了第二十二个位置上，徐光启的雕像被放置在了第二十三位。（朱元璋时期有二十一位）
十二月，英国公世孙，年仅二十八岁的张世泽被册封为新任英国公、太子太保、内务府（龙骧商会）总管大臣。
天启二十四年（1644年）正月，五百余各级官员在北京菜市口被凌迟处死，三百余官员被流放至东西伯利亚，上万家眷被流放至南洋群岛。
五千余商贾、两千余士绅在随后被押解至菜市口砍头，五万余家眷被流放至南洋群岛。
二月，朱由校下旨，终止了读书人所有的优待政策。
三月，下旨，自天启二十六年（1646年）开始，废除施行了千年的科举制度。天启二十四年至二十五年六月前，各省、中央各部、各司、皇家银行、内务府等各级官府、衙门必须上报需求情况，并汇总至礼部、吏部、都察院凭此来确定二十六年需要招收官员的数量，并向朝野公布，并于天启二十六年由礼部出卷，各省学子在各省指定地点进行招聘考试。
自天启二十九年（1649）年始，三年一次的汇聚北京参加科举考试的制度，将被改为一年一次由各省巡抚衙门自行组织招聘考试，试卷统一由礼部出卷。
自此，大明帝国科举制度正式向现代公务员考试制度转变，同时也为天启十二年（1632年）推出的十九年应试教育正名。