深夜，一声凄厉的尖叫划破寂静。众人赶到仓库二楼，看到了令人毛骨悚然的一幕：武田信一被数根坚韧的钢丝悬吊在房梁上，身体扭曲成一个诡异的姿势，脸上凝固着极度的恐惧。更骇人的是，他的身体被大量坚韧、粘稠的白色丝线（事后鉴定为特殊的高强度人造蛛丝）缠绕捆绑，整个人仿佛被一只巨大的蜘蛛捕获、吸干了血液般干瘪。现场没有明显的搏斗痕迹，唯一的线索是窗户大开，以及仓库外泥地上一些模糊不清、类似某种多足生物拖行的痕迹——一切都指向了那个恐怖的传说：“蜘蛛仙”的诅咒。
毛利小五郎第一时间认定是“蜘蛛仙”作祟或是外人潜入作案。但平次和柯南立刻排除了超自然因素，他们敏锐地发现了关键点：
1. **钢丝的来源：** 现场使用的钢丝非常特殊，是制作大型傀儡专用的高强度线材，整个宅邸只有傀儡师武田勇三的工作室有大量存货。
2. **丝线的特性：** 缠绕尸体的“蛛丝”并非天然，而是某种化学合成的、具有高粘性和强度的特制丝线。勇三的工作室也有类似的试验品。
3. **死亡时间与地点：** 根据尸僵和现场环境，信一是在仓库被杀害并布置成那样的。凶手对宅邸结构非常熟悉。
4. **动机的阴影：** 平次和柯南很快从根岸管家和纱奈隐晦的话语中，拼凑出武田家一个深埋的悲剧：多年前，信一和勇三的妹妹，美丽温柔的武田美莎，因为无法忍受家族的压抑和某种难以启齿的欺辱（暗示与信一和勇三有关），最终在绝望中于这间仓库上吊自杀。罗伯特听到美莎的名字时，身体几不可察地僵硬了一下，眼神深处闪过一丝深沉的痛楚，但被他迅速用低头掩饰过去。
嫌疑似乎直接指向了与信一有旧怨、且拥有作案工具和知识的武田勇三。勇三性格孤僻暴躁，面对质问时情绪激动，言辞闪烁，更增加了他的嫌疑。罗伯特则表现得像一个完全被吓坏、不知所措的外国人，甚至主动提供自己“案发时在房间整理照片”的不在场证明（但无人能确切证实）。他的无害形象和路痴属性，让包括毛利在内的多数人都将他排除在嫌疑人之外。
就在调查陷入僵局，勇三被暂时看管起来后，悲剧再次发生。这次是武田勇三！他同样被以极其相似的手法——钢丝悬吊、特殊蛛丝缠绕——杀害在自己的工作室里。现场同样布置得宛如蜘蛛巢穴，并且留下了一张用血画着蜘蛛图案的诡异纸片。
连续两人以“蜘蛛仙”诅咒的方式被杀，恐惧彻底吞噬了武田家。就在人心惶惶之际，一场突如其来的暴雨倾盆而下。远山和叶因为担心独自在房间的纱奈姐妹，冒雨跑向主屋。在连接主屋和工作室的露天回廊上，意外发生了！
一个穿着黑色雨衣、身形模糊的身影如同鬼魅般从雨幕中冲出，手中寒光一闪，直刺向和叶！和叶惊恐地僵在原地，眼看就要遭遇不测！
“和叶！危险！” 紧随其后的平次目眦欲裂，但距离太远，雨势太大，他根本来不及救援！
就在这千钧一发之际——
“咻！”
一声极其轻微的破空声穿透雨声。一道黑影（一枚小石子或特制弹丸）以惊人的精准度击中了袭击者持刀的手腕！
“呃啊！”袭击者痛呼一声，凶器脱手飞出。他惊骇地看了一眼石子飞来的方向——那里只有一片被雨水打得哗哗作响的漆黑树林，仿佛吞噬一切的深渊。一股被猛兽锁定的寒意瞬间笼罩了他，他不敢再有丝毫停留，捂着受伤的手腕，毫不犹豫地转身，几个起落便消失在狂暴的雨幕深处，动作迅捷得完全不像之前表现出的笨拙。
“和叶！你没事吧？”平次冲上前，一把将惊魂未定的和叶护在身后，警惕地扫视着袭击者消失的方向和那片幽暗的树林。刚才那精准的一击，那无声无息的存在感……平次的心头猛地一跳，一个名字浮上脑海：工藤悠真！只有那个神秘莫测、一直在暗中活动的家伙，才有可能在这种时候、以这种方式出现！