情人节的风波刚平息不久，东京都政坛又掀起了滔天巨浪。威望颇高的朝仓都知事收到了一封措辞冰冷的恐吓信：
＞ **“对于你那4年执政中桀骜不驯的态度，上天将给予惩罚！”**
信笺上没有署名，只有这充满恶意的宣言。警方高度重视，目暮警官带队加强了对都知事的安保。柯南通过毛利小五郎得知此事，心头警铃大作——这种措辞，绝非普通恐吓。
翌日清晨，一声震耳欲聋的爆炸撼动了东京！由朝仓都知事亲自剪彩、刚刚开通的一条重要新地下铁隧道，在通勤高峰前被炸毁！浓烟滚滚，隧道结构严重受损，万幸的是，由于柯南提前提醒警方加强了对新开通线路的夜间巡查，爆炸发生时隧道内并无列车通行，避免了惨重的人员伤亡。
消息传来，举国震惊。朝仓都知事震怒之余，也感到了刺骨的寒意。犯人未能取其性命，下一次袭击必将更加疯狂，目标可能不仅是都知事本人，甚至会波及无辜市民！
警视厅压力空前巨大。柯南将自己关在工藤宅的书房（名义上是阿笠博士家），利用新一的电脑权限，疯狂检索朝仓都知事过去四年的执政记录，尤其是他担任国土交通大臣时期的重大决策。一个被尘封的项目浮出水面——位于新泻县北部、五年前竣工的北泽水坝！
“北泽水坝…为了建设这个巨型水坝，整个北泽村沉入湖底，村民被迫迁离故土…”柯南的手指在键盘上飞速敲击，调出当年的新闻报道和抗议记录，“强烈的反对声浪…补偿纠纷…村民的怨恨…难道犯人就在这些被迫迁移的原村民之中？或者…是当年反对派的核心人物？”
线索指向了新泻县。而一个巧合的时间点引起了柯南的注意：五天后，正是北泽村沉没五周年的日子，当地将在原村庄附近的迁移地（新北泽町）举行纪念仪式。这无疑是一个绝佳的、嫌疑人可能现身的机会！
柯南立刻说服毛利小五郎接受新北泽町町长的邀请，以“名侦探受邀参加纪念活动并考察当地治安”的名义前往。同行的自然少不了小兰、柯南，以及被柯南以“阿笠博士亲戚的孩子需要照顾”为由硬拉来的灰原哀（志保）。得知此行可能与重大案件有关，且可能涉及水坝和地质，灰原哀也罕见地没有反对。
新北泽町坐落在群山环抱之中，空气清冽，但弥漫着一丝难以言喻的沉重。五年前的迁移，给这片土地刻下了深深的伤痕。纪念活动现场聚集了不少人，有白发苍苍的原村民，有地方官员，也有媒体。
柯南的目光锐利地扫视着人群，寻找着任何可疑的迹象或与恐吓信、爆炸案可能相关的人物。同时，灰原哀也低声提醒：“这里的地质结构…水坝建成后，山体稳定性需要高度关注。”
就在柯南专注调查时，他无意间听到了几位年轻人的谈话，他们看起来大约二十岁左右，神情复杂地聚在一起。
“没想到五年了，我们又回到这附近…”
“是啊，为了纪念…也是为了告别吧。”
“冬马…要是他也能来就好了。”
“别提了！都是因为那次事故…”
**“冬马”？“事故”？** 柯南的侦探直觉瞬间绷紧。他装作天真好奇的样子靠近：“呐呐，大哥哥大姐姐，你们在说什么事故呀？”
这五位儿时玩伴——性格开朗的山尾溪介、沉稳的远野瑞树、活泼的冰川尚吾、温柔的立原冬美以及略显阴郁的武藤岳彦——看着眼前这个戴眼镜的小男孩，犹豫了一下，还是由立原冬美（她正是冬马的姐姐）带着悲伤讲述了八年前的往事：
八年前的一个雪天，他们五人（当时还是小学生）和冬马一起在附近的山上玩耍。归途中，一辆失控的汽车冲下悬崖，司机当场死亡。而冬马，为了捡回被风吹走的帽子，不幸被卷入，坠落悬崖，虽然保住了性命，却成了植物人，在附近的医院沉睡了整整八年。那天，正是和今天一样的日子，2月x日（设定为与恐吓信事件接近的时间）。这场悲剧，加上后来村庄因水坝被淹没，给这群年轻人心中留下了双重阴影。
柯南敏锐地察觉到，在讲述往事时，山尾、武藤等人的眼神闪烁，冰川尚吾更是带着一丝不易察觉的烦躁。他们之间似乎存在着某种因事故而产生的隔阂、愧疚，甚至是…愤恨？