大阪之旅的惊险与震撼尚未完全从心头散去，米花町的日常便裹挟着新的风暴席卷而来。这一次，不再是充满谜团的连环杀人，而是一场赤裸裸的、震动整个东京的暴力犯罪——米花银行四菱支行的运钞车抢劫案！
劫匪动作极其专业、迅速，配合默契。他们利用烟雾弹和催泪瓦斯制造混乱，在极短时间内制服了押运员，劫走了整整十亿日元现金！整个过程不超过三分钟，随后如同人间蒸发般消失无踪。警方在现场只找到几枚弹壳和劫匪仓促遗落的一个空钱袋，线索寥寥。
这起恶性案件成为了新闻焦点，也引起了柯南的高度警觉。如此高效、冷酷、不留痕迹的手法，绝非普通劫匪所能为。他隐约嗅到了一丝熟悉而危险的气息——那种属于黑暗的、组织特有的精密与无情。
利用博士家的设备，他悄悄侵入了银行附近被警方忽略的、一个老旧便利店的民用监控系统（警方注意力都在主干道和银行自身的监控上）。在反复回放、逐帧分析后，他捕捉到了一个极其关键的瞬间：在劫案发生前十分钟，一辆黑色的保时捷356A，如同幽灵般短暂地停在距离银行两个街区外的巷口！
保时捷356A！琴酒的爱车！
柯南的心脏瞬间被冰冷的恐惧攫住！果然是他们！黑衣组织！这起抢劫案，是组织的手笔！那十亿日元，是组织的活动资金！
他立刻将线索匿名发送给目暮警部，并着重强调了这辆可疑的保时捷。警方迅速展开排查，但琴酒如同狡猾的毒蛇，早已消失在城市错综复杂的脉络中。
案件调查陷入僵局。警方公布了其中一名女性劫匪模糊的侧脸画像，向社会征集线索。柯南盯着那张画像，总觉得有些莫名的熟悉感，却一时想不起在哪里见过。
几天后，一个看似偶然的发现，将线索串联了起来。柯南在陪兰去超市采购时，无意中看到收银台旁贴着的“员工风采”栏里，一张熟悉的面孔让他如遭雷击！
广田雅美！米花银行四菱支行的新晋职员！而她的侧脸轮廓，与警方公布的劫匪画像高度吻合！更重要的是，柯南终于想起了为什么觉得她眼熟——他曾在一次偶然的机会，看到过一张宫野明美（灰原哀的姐姐）学生时代的旧照片！虽然气质和装扮截然不同，但五官底子极其相似！
宫野明美！她化名广田雅美，潜伏在银行内部！她是组织的人！她参与了抢劫！不，从她略显紧张和忧郁的眼神来看，她更像是……被胁迫的棋子？或者……她有自己的计划？
柯南立刻展开调查。他跟踪广田雅美（明美），发现她行为异常谨慎，似乎在躲避着什么。她租住在米花町一处偏僻的旧公寓楼里。柯南利用小孩子的身份，在公寓附近“玩耍”，试图寻找更多线索。他发现明美似乎和一个叫“广田健三”的男人有联系（后来得知是化名，真名岸井），此人形迹可疑，可能是她的同伙之一。
一个阴沉的下午，天空飘着冰冷的细雨。柯南再次来到明美租住的旧公寓附近。他有一种强烈的预感，事情即将迎来高潮。组织绝不会让知道内情的人长久地活着，尤其是像明美这样可能怀有二心的人。
他躲在公寓楼对面一栋废弃楼房的二楼窗口，用博士特制的高倍望远镜监视着明美房间的窗户和楼下入口。
时间一分一秒流逝，空气仿佛凝固般沉重。突然！
那辆如同噩梦般的黑色保时捷356A，如同嗅到血腥味的鲨鱼，悄无声息地滑入公寓楼前狭窄的街道，停在了一个视觉死角！车门打开，两个穿着黑色风衣、如同死神般的身影走了下来——琴酒！伏特加！
冰冷的恐惧瞬间攥紧了柯南的心脏！他们来了！来灭口的！
只见伏特加走到公寓楼入口处，似乎在安装着什么。是炸弹？！还是干扰装置？琴酒则靠在车边，点燃了一支烟，银色的长发在阴雨中显得格外阴森，冰冷的眼神扫视着周围，如同在欣赏猎物的垂死挣扎。
柯南心急如焚！明美还在里面！他必须做点什么！他迅速拨通明美公寓的公用电话（之前调查得知的号码）。
电话接通了！
“喂？”明美的声音传来，带着一丝疲惫和警惕。
“快跑！雅美小姐！不，宫野明美！”柯南压低声音，语速飞快，用上了变声器模拟成年男性的声音，“组织的人来了！就在楼下！琴酒和伏特加！他们是来杀你的！从后门或者窗户逃走！快！”
电话那头沉默了瞬间，随即传来明美倒吸冷气的声音，然后是椅子被撞倒的声响！她显然被这突如其来的警告吓到了，但也明白了事态的严重性！
“谢……谢谢你！”明美的声音带着颤抖，但似乎也有一丝决绝，“但是……我必须拿到那笔钱……为了……” 她的话没说完，电话似乎被匆忙挂断了。
“笨蛋！钱重要还是命重要！”柯南急得差点喊出来！他放下望远镜，准备冲下楼去阻止，或者至少制造混乱！他不能眼睁睁看着明美被杀！
就在这时，异变陡生！