沐英与李文忠遂相商，决意向朱元璋请旨以整顿福建。
二人精心备妥奏章，陈明福建当下倭患之严峻，及官员、士绅与倭寇勾结致军民合作艰难之情形，恳请陛下恩准其整治福建吏治民生、肃清倭患诸事。
奏章呈上，二人于营中翘首以盼。
未几，旨意下达，朱元璋准其所奏，令二人全权负责福建整顿事宜，赐其便宜行事之权。
沐英与李文忠接旨后，当即调兵遣将，规划整顿之策。
沐英与李文忠既奉旨整顿福建，一众心怀叵测之士绅豪族及官员，自知其贪腐勾结倭寇之行将遭清算，遂暗中串联，密谋抵抗。
这些人暗中遣心腹与倭寇相通，以重金相诱，策动倭寇趁乱侵袭。
倭寇闻之，觉有机可乘，遂纠集大队贼寇，驾船直逼福建沿海。
与此同时，士绅豪族与官员在城中散布谣言，蛊惑民心，扰乱治安，致使百姓人心惶惶，城中乱象丛生。
他们又暗中掣肘沐英与李文忠之部署，使整顿诸事进展维艰。
沐英与李文忠面对内忧外患之局，并未慌乱。
一面急调军队，严守海防，抵御倭寇来袭；一面派人彻查谣言源头，严惩造谣生事者，以稳民心。
并着手深挖内奸，誓要将这些勾结外敌、祸乱地方之徒一网打尽。
沐英与李文忠见此乱象，知姑息不得，遂在福建大开杀戒。
对于那些公然勾结倭寇、煽动祸乱的士绅豪族，一经查实，绝不留情。
军中士卒依令行事，将为首的几家豪族府邸团团围住，但凡参与谋逆者，不论男女老幼，一概诛杀。
一时间，血溅当场，尸首横陈，府邸内外一片肃杀。
对那些与倭寇不清不楚的官员，二人亦毫不手软。
在公堂之上，罗列其罪证，当堂宣判，重者立斩于市，以儆效尤。
其人头高悬于城门，鲜血滴下，警示着众人。
而对于那些被裹挟、受蛊惑参与扰乱治安的民众，沐英与李文忠则是区别对待。
若认罪态度良好，主动揭发士绅豪族与官员的恶行，便从轻发落；但若是执迷不悟，继续为乱，同样难逃一死。
如此雷霆手段之下，福建之地人人自危，往日里那些妄图抵抗的势力，此刻已被震慑得噤若寒蝉。
然而，这场大开杀戒虽血腥，却也迅速稳定了局势，为后续彻底肃清倭患、整顿福建奠定了基础。
时日稍过，沐英与李文忠已将福建通敌之辈大体肃清。
然与之相应，朝堂之上，弹劾二人之奏亦渐次增多。
究其缘由，乃利益纠葛所致，此不必赘述。
对于此类弹劾，朱元璋置若罔闻。朝臣见状，竟以忠奸之论相胁，妄图迫使朱元璋有所行动。
朱元璋闻朝臣以忠奸之辨相胁，龙颜大怒。
在他看来，此等行径分明是以下犯上，竟敢以言辞试探君威，实乃不知天高地厚。
当即，朱元璋下旨，将那些带头威胁他的官员尽数缉拿。
朝堂之上，都卫司瞬间将涉事官员控制。
这些官员此刻方知恐惧，却已悔之晚矣。
公堂之上，朱元璋亲自审问，怒斥他们竟敢以这等荒谬之论，妄图左右天子决策，此乃大不敬之罪，侮辱天颜，罪无可恕。
言罢，朱元璋下令将这些官员即刻斩首。
一时间，刑场上血花飞溅，一颗颗人头落地。
此消息传出，满朝文武无不胆寒，再无人敢轻易进言弹劾沐英与李文忠，朝中也因这场杀伐，陷入了一片死寂。
胡惟庸见状，岂敢出头。此时若稍有动作，无疑自寻死路，必死无疑。
士林于各地纷纷指摘朱元璋此举。
士林众议纷纭，皆称圣上此举有失宽仁，屠戮朝臣，实乃滥用君威，置国法纲纪于不顾，以一己之怒，行雷霆杀伐，恐寒天下士子之心，非明君所为，长此以往，国将不国。
如此行径，或致朝堂人人自危，政风倾颓，天下亦难安矣。
朱元璋闻士林如此非议，顿时龙颜大怒，拍案而起，喝道：“竖儒安敢妄议！”
当即欲下旨严惩士林众人，以正视听。
此时，马皇后闻知此事，赶忙前来。
见朱元璋怒不可遏，马皇后劝道：“重八，士林虽言语过激，然皆为读书人，陛下若贸然严惩，恐于陛下圣名有损。
以天下为怀，当以宽仁为本，若因一时之怒，处置过重，恐适得其反，还望陛下三思。”
朱元璋听了马皇后所言，怒色渐消，终是强压怒火，暂按下惩处之念。
山东曲阜孔家，见朱元璋未对士林之举有所后续严惩，愈发倨傲。
及朱元璋邀其族人入仕，孔家推辞之态，较前更为决然。
朱元璋于宫中，召朱标前来，道：“标儿，曲阜孔家对咱邀其入仕，竟愈发决绝，且因咱未处置士林，便如此倨傲，你对此事有何看法？”
朱标思索片刻，拱手道：“父皇，孔家传承久远，于士林颇具威望。儿臣以为，其或恃此自重。然父皇心怀天下，若以强硬手段，恐致士林震动。不如徐徐图之，以恩义化之，彰显父皇求贤若渴之心，或能改观。”
朱元璋微微点头，又皱眉道：“但此等倨傲之态，长此以往，必成隐患。若不以儆效尤，恐天下效之。”
朱标忙道：“父皇所言极是，可寻一折中之法。既显父皇威严，亦不失怀柔之道，如此或能两全。”
朱元璋陷入沉思，缓缓道：“标儿之言，咱当细思。此事关乎朝廷与士林，不可不慎。”
孔家曾受元朝册封，面对大明，却态度冷淡，全无尊崇之意，此举令朱元璋颇感颜面无光。
若非治国理政需仰仗读书人，朱元璋早欲大开杀戒，以正纲纪、立天威。
朱标见状，进言于朱元璋道：“父皇，孔家于天下读书人中，声望甚隆。
若贸然动武，恐寒天下读书人心。
依儿臣之见，可先遣朝中德高望重之臣，携厚礼往曲阜，以尊崇之态，再邀孔家入朝，详陈父皇求贤若渴之意与大明宏图。
若孔家仍拒，彼时再以礼法相责，晓以大义，公布其拒明事元之过往，使天下皆知其非。
如此，既不失父皇仁德之名，亦能正纲纪，令其有所忌惮。”