在真理之匙恢复纯净的短暂安宁中，万界同盟的科研团队在寰宇织法者遗迹深处，发现了一台布满量子纹路的古老装置——「以太相位引擎」。这台由星尘与法则碎片锻造的引擎，表面镌刻着警示：“升维者，必承受认知崩解之痛”。经研究证实，引擎能将特定区域提升至更高维度，在那里混沌造物的低维攻击将失去效用，且能以全新视角观测到真理之匙散落在各维度的隐匿残片。
当熵钥主宰残留的意识孵化出的混沌植物开始侵蚀周边世界泡时，秦佳豪决定启用以太相位引擎。但启动需要庞大的能量源，魔法大陆贡献出魔网核心，修真界祭出聚灵大阵，银河联邦则拆卸了数座反物质反应堆。启动瞬间，引擎表面的纹路迸发刺目光芒，将以星树枢纽为中心的整片星域包裹进旋转的六芒星状能量场。
升维过程如同撕开现实的幕布。联军成员目睹自己的躯体在高维空间中呈现出无数个叠加态，零枢的机械义肢分解成由时间线编织的流光，弦音的银丝网络延展成跨越时空的立体拓扑结构。但随着维度提升，认知污染也愈发严重，部分成员开始看见违背逻辑的景象：方形的火焰吞噬圆形的黑暗，死去的战友以孩童形态在虚空中歌唱。
抵达四维空间后，联军发现混沌造物在这个维度显露出真实形态——那些看似实体的怪物实则是由概率云构成的不稳定结构体。他们追踪到真理之匙的残片化作漂浮的菱形晶体，每个晶体都折射出不同宇宙的未来图景。但晶体周围环绕着被称作「维度掠食者」的恐怖存在，它们形如流动的彩虹，却能瞬间将物质降维成二维碎片。
在探索过程中，以太相位引擎突然发出过载警报。原来升维引发的能量潮汐，正在吸引更高维度的未知存在——宇宙背景辐射中开始浮现诡异的几何图案，星树枢纽的永恒之种在高维视角下显露出扭曲的根系。为防止局势失控，秦佳豪决定带领小队深入真理之匙核心残片所在的「因果回廊」，那里的时间与空间规则完全不同，前一秒的敌人可能成为后一秒的盟友。
在因果回廊深处，熵钥主宰的残余意识化作无数个镜像分身。每个分身都掌握着不同维度的权柄，有的能操控空间折叠，有的则能逆转因果链。秦佳豪启动引擎的「相位共振」功能，将小队成员的能力与高维法则融合：零枢的机械身躯与量子纠缠态结合，实现瞬间跨维度传送；弦音的银丝在四维空间中编织出能切割概率云的「因果刃」。
当联军最终收集齐真理之匙残片，以太相位引擎却拒绝降维——它的核心已被更高维度的存在侵蚀，开始按照自身意志改写现实。危急时刻，幻眠进入引擎的意识空间，发现这里是由无数记忆构筑的迷宫。通过唤醒引擎中寰宇织法者的残留意识，她得知只有将升维的能量反向注入混沌源头，才能彻底摧毁熵钥主宰的污染。
秦佳豪带领众人冒险将引擎对准混沌植物生长的世界泡，启动「维度坍缩」程序。随着能量倾泻，混沌造物在维度落差中纷纷崩解，真理之匙重新聚合。但引擎在完成使命后彻底失控，将整片星域抛向未知维度。宇宙某处，一个目睹这场战斗的神秘观测者，缓缓转动手中的棱镜，将高维战争的余波折射成新的混沌方程式，新一轮的维度博弈悄然拉开序幕。
当整片星域被抛向未知维度，联军在剧烈震荡中陷入昏迷。秦佳豪苏醒时，发现自己漂浮在一片由液态星光构成的「维度夹缝」中，身旁的队友们身上缠绕着发光的纹路，那些纹路竟在不断重组，将他们的装备与能力进行着未知的融合——零枢的机械臂长出了魔法符文，弦音的银丝表面流转着修真界的灵气。
远处，破碎的真理之匙正在与永恒之种产生共鸣，释放出的波动在虚空中勾勒出星图。通过星图，他们发现此刻所处的维度是宇宙诞生初期的「雏形空间」，这里没有稳定的物理法则，物质与能量以最原始的形态相互碰撞。更令人不安的是，熵钥主宰的残余意识竟寄生在一颗不断膨胀的「概念黑洞」中，黑洞表面浮现着万界同盟成员们最恐惧的记忆画面。
为寻找返回主宇宙的方法，联军循着星图指引，闯入一座由「可能性晶体」构成的巨型迷宫。这些晶体能将人的潜在想法具象化，有的成员面对的是自己成为混沌主宰的幻象，有的则遭遇早已牺牲的亲友。幻眠在探索中意外发现，晶体深处封存着寰宇织法者留下的「维度坐标罗盘」，但罗盘核心缺失了关键部件——「时间齿轮」。
此时，以太相位引擎突然自主启动，投射出全息影像。影像中的寰宇织法者解释，雏形空间存在着「时间之河」，齿轮就藏在逆流而上的终点。但时间之河的水流蕴含着「认知湮灭」的力量，触碰到水流的人会逐渐忘记自己的存在。秦佳豪将自身的因果之力与引擎结合，打造出能短暂抵御时间侵蚀的「记忆锚点」，带领众人踏入时间洪流。
在逆流过程中，联军遭遇了由熵钥主宰制造的「记忆吞噬者」。这些怪物形如扭曲的时钟，能将人的记忆碎片剥离并转化为攻击。战斗中，一位机械修仙人的记忆被吞噬，竟当场退化回孩童状态，只会用稚嫩的声音念叨着战斗口诀。关键时刻，零枢将自己的部分意识数据注入孩童体内，才让其恢复战斗能力。
终于抵达时间之河源头，众人发现「时间齿轮」被锁在一座由因果律构成的牢笼中。牢笼的开启条件是解开「因果悖论谜题」：若要拿到齿轮，就必须先摧毁齿轮；若不摧毁，就永远无法拿到。秦佳豪通过多次因果重构，创造出「因果循环」的特殊状态——在拿到齿轮的瞬间，将其传送到过去的自己手中，成功破解谜题。
装上时间齿轮后，维度坐标罗盘启动，联军定位到返回主宇宙的通道。但此时熵钥主宰完全苏醒，操控概念黑洞将整片雏形空间卷入混乱漩涡。秦佳豪与队友们将真理之匙、永恒之种和罗盘的力量结合，发动「维度共振炮」，在黑洞表面轰出缺口。在撤退过程中，弦音为掩护众人，独自留下用银丝网络缠住黑洞边缘，她的身影在剧烈的能量冲击下渐渐透明化。
成功返回主宇宙后，万界同盟发现星树枢纽因维度旅行发生异变——永恒之种开始结出蕴含高维力量的果实，真理之匙则悬浮在枢纽上空，成为能观测其他维度的「眼睛」。而在宇宙暗处，那个手持棱镜的神秘观测者将新生成的混沌方程式投入星门，喃喃自语：“游戏的第二幕，该换个更有趣的剧本了……” 与此同时，在联军的庆功宴上，秦佳豪收到了一条来自未知维度的信息，署名是消失的弦音，内容只有一句话：“别担心，我在时间的褶皱里找到了新的乐谱。”