在成功解决高木警官被绑架一案后，柯南和伙伴们还未来得及好好喘息，新的风云又起。知名舞台剧女演员牧树里收到了怪盗基德的预告函，她所拥有的珍贵珠宝“命运的宝石”——一枚璀璨夺目的蓝宝石戒指，被基德锁定为目标。令人惊讶的是，这封预告函竟是送给工藤新一的。
毛利侦探事务所接到了牧树里的委托，毛利小五郎毫不犹豫地接下了保护宝石的工作。他戴上老花镜，将预告函平铺在桌面上，仔细地研究每一个字，又结合怪盗基德过往的作案风格，反复权衡后推断基德会在舞台剧演出的最后一天盗取宝石。“基德那家伙，总是喜欢在最关键的时候出手，制造出最轰动的效果，这次也不会例外。”毛利小五郎摸着下巴，自信满满地说道。
演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀来到剧场观看舞台剧。与此同时，工藤夜一和灰原哀也替代受邀的工藤优作和工藤有希子来到了现场。剧场内灯光璀璨，舞台上的演员们正在进行着精彩的表演，华丽的服饰和动人的剧情吸引着观众们的目光。就在众人沉浸在精彩的舞台表演中时，怪盗基德竟大胆地假扮成工藤新一现身了。柯南一眼就识破了基德的伪装，毕竟他自己就是工藤新一只是被灌了毒药而已。可他既要保护宝石，又不能通过暴露身份去拆穿基德，只能紧紧地盯着这个假工藤新一，一刻也不敢松懈，他的眼神仿佛能洞察基德的每一个意图。
舞台上的剧情逐渐走向高潮，演员们的表演愈发投入，台下的观众也看得如痴如醉。而台下的柯南神经却紧绷到了极点，他的手心微微出汗，时刻警惕着基德的行动。就在舞台剧落幕前，假工藤新一突然消失在众人的视线中。柯南立刻追了上去，然而剧场内人群涌动，混乱不堪，人们在散场时相互推挤，柯南在追逐过程中还是让基德逃脱了。就在大家以为宝石已经失窃时，工藤夜一却巧妙地让“命运的宝石”得以保全。原来，工藤夜一早就察觉到了基德的计划，他通过对基德过往作案手法的研究以及现场的一些细微线索，提前做出了防范。在基德动手之前，他就采取了行动，成功守护住了宝石。“哼，想在我眼皮子底下偷走宝石，基德，你还嫩了点。”工藤夜一嘴角微微上扬，露出一丝得意的笑容。
牧树里对毛利侦探一行以及工藤夜一、灰原哀的帮助感激不已，为表感谢，她邀请众人前往北海道函馆的别墅度假，同行的还有其他几位舞台剧演员。众人欣然接受了邀请，一同搭乘飞机前往函馆。飞机平稳地飞行在高空中，机舱内一片祥和。乘客们有的在轻声交谈，有的在闭目养神，阳光透过窗户洒在人们身上，营造出一种宁静的氛围。
然而，这份平静并没有持续太久，一场精心设计的杀人剧悄然在机舱里上演。一名演员被发现死在了飞机的卫生间里，现场呈现出密室状态，这让整个机舱瞬间陷入了恐慌。乘客们的惊呼声此起彼伏，恐惧的情绪在机舱内迅速蔓延。柯南意识到，自己不仅要时刻警惕怪盗基德再次混入人群盗取宝石，还要解开这起复杂的飞机密室杀人事件。
柯南迅速冷静下来，他宛如一位经验丰富的老侦探，有条不紊地开始勘查案发现场。他蹲下身，仔细观察死者身旁的奇怪粉末，那些粉末呈现出一种奇异的淡蓝色，在灯光下闪烁着微弱的光泽。死者的表情似乎也透露出一丝惊恐，双眼微微瞪大，嘴唇微微张开，仿佛在临死前看到了极其可怕的东西。同时，卫生间的门锁有被破坏的痕迹，但却不像是强行撬开的，锁芯处的划痕十分整齐，像是用一种特殊的工具造成的。柯南在周围寻找线索时，还发现了一枚不属于死者的纽扣，纽扣材质看起来颇为高档，上面刻有精致的花纹，应该来自一件昂贵的衣物。
工藤夜一则在机舱内四处询问其他乘客，试图从他们的口中获取一些有用的信息。他穿梭在狭窄的过道中，耐心地与每一位乘客交流。他了解到，死者生前与同剧组的一位演员曾有过激烈的争吵，原因似乎是关于角色的竞争。那位演员一直渴望出演主角，但死者却凭借出色的演技和人脉关系获得了这个机会，两人为此产生了极大的矛盾。而这位与死者争吵的演员，在案发后神情显得格外紧张，一直低着头，不敢与他人对视。
灰原哀凭借她的专业知识，对现场发现的粉末进行了初步分析。她从随身携带的小型检测工具中取出一个特制的试管，小心翼翼地收集了一些粉末，放在显微镜下观察。她推测这些粉末可能是一种特殊的药物，或许与死者的死亡有着密切的关系。从粉末的分子结构来看，这是一种人工合成的毒药，毒性极强，只需微量就能致人死亡。她还发现，死者的伤口并不像是普通凶器所致，更像是某种带有毒性的暗器造成的，伤口周围呈现出一种奇怪的黑色，这是毒药侵蚀的痕迹。
就在柯南等人全力调查案件时，飞机上的两名机长突然中毒昏迷。飞机瞬间失去了驾驶员，开始失控地在空中摇晃。机舱内的乘客们尖叫连连，陷入了极度的恐惧之中。一些乘客紧紧抓住座椅扶手，脸色苍白；一些乘客则大声哭泣，祈求着奇迹的发生。情况万分危急，必须立刻有人来操控飞机降落，否则所有人都将面临机毁人亡的结局。
经过短暂的商议，最终决定由小兰和工藤夜一来操控飞机降落。柯南深知此时时间紧迫，他迅速从口袋里掏出地图，在狭小的空间里展开，仔细地寻找着合适的降落地点。他的眼神在地图上飞速移动，额头冒出了细密的汗珠。就在他一筹莫展之际，步美天真地指着地图上的一个地方说：“柯南，你看这个码头好大呀，飞机能不能降落在那里呢？”柯南顺着步美指的方向看去，心中一喜，这个码头的长度和位置似乎都符合飞机降落的条件。“步美，你可真是帮了大忙了！”柯南兴奋地说道。
然而，要在码头降落飞机并非易事，还需要有明显的跑道标识。这时，怪盗基德再次出现，他站在飞机的机翼上，如同一位潇洒的侠客。他利用自己的智慧和技巧，通过无线电设备引来了警车车队。警车们从四面八方疾驰而来，整齐地排列在码头上，用车灯为飞机模拟出了跑道的位置。基德的身影在灯光的映照下显得格外神秘，他的嘴角带着一丝自信的微笑。
柯南急忙用变声器以新一的身份给小兰打电话，他尽量让自己的声音听起来镇定而有力：“小兰，别害怕，你可以的。按照我说的做，我们一定能成功降落。”电话这头，小兰紧紧握着操纵杆，她的手心已满是汗水，指关节因为用力而泛白。但听到新一的声音，心中还是涌起了一股勇气。“新一，我会努力的！”小兰坚定地回答道。
通话期间，工藤夜一在一旁协助小兰，他一边按照柯南的指示操作仪器，一边不停地叫着：“新一哥哥，下一步怎么做？”由于工藤夜一和工藤夜一的哥哥工藤新一都接受过父亲工藤优作的驾驶培训，对飞机的操作并不陌生，他凭借着自己的记忆和技能，全力配合着小兰。他的眼神专注地盯着仪表盘，双手熟练地操作着各种按钮，仿佛与飞机融为一体。
飞机在小兰和工藤夜一的操控下，缓缓朝着码头降落。可就在即将降落的关键时刻，飞机的起落架却出现了故障，无法正常放下。柯南在电话那头迅速思考着应对之策，他冷静地说：“小兰，夜一，不要慌张，尝试手动操作起落架。在仪表盘的左下角，有一个红色的按钮，旁边标有‘起落架手动’的字样，按下它试试。”
小兰和工藤夜一按照柯南的指示，在飞机仪表盘上寻找手动操作起落架的按钮。飞机离码头越来越近，每一秒都充满了紧张和惊险。窗外的景物飞速掠过，风声呼啸着灌进机舱。终于，工藤夜一找到了按钮，他用力按下，起落架缓缓放下。齿轮转动的声音在寂静的机舱内格外清晰，仿佛是希望的钟声。
飞机的轮胎与码头地面接触的瞬间，发出了一阵刺耳的摩擦声。飞机在码头上滑行了一段距离后，终于稳稳地停了下来。机舱内爆发出一阵欢呼声，所有乘客都为这次死里逃生而激动不已。一些乘客喜极而泣，相互拥抱；一些乘客则欢呼着，感谢着小兰和工藤夜一。
降落之后，小兰以为刚刚通话的是怪盗基德假扮的新一，她想起自己在通话中对新一深情告白的那些话，顿时羞红了脸。她的脸颊如同熟透的苹果，心中满是羞涩和尴尬。而工藤夜一则调皮地来了一句：“小兰姐姐啊不未来嫂子好啊。”说完便被害羞的毛利兰追着打。工藤夜一边跑边说：“未来嫂子好凶啊，哥哥这是找了一个母老虎吗？”机舱内的紧张氛围在这欢声笑语中渐渐消散，大家都为成功脱险而感到庆幸。
柯南看着眼前的场景，心中也松了一口气。但他知道，这一系列事件背后似乎隐藏着更深的秘密。怪盗基德为何会对“命运的宝石”如此执着，飞机上的密室杀人案又是谁策划的，这一切是否都有着某种关联？柯南的眼神变得坚定起来，他决定继续深入调查，揭开这些谜团背后的真相。
此时，警方也赶到了码头，对飞机上的密室杀人案展开了正式调查。柯南、工藤夜一和灰原哀决定留下来协助警方，他们相信，只要大家齐心协力，一定能找出真正的凶手，解开这一连串复杂事件的谜团。
警方对飞机上的每一位乘客都进行了详细的询问，收集了大量的证词。柯南和工藤夜一则再次回到案发现场，试图寻找更多被遗漏的线索。他们如同两只敏锐的猎犬，仔细检查了卫生间的每一个角落，甚至还查看了飞机的通风管道，希望能从中发现一些蛛丝马迹。
在通风管道里，柯南发现了一个小型的发射器，这个发射器看起来像是用来发射暗器的。它的材质是一种特殊的合金，质地坚硬且轻便，上面还刻有一些奇怪的符号。柯南推测，凶手可能就是通过这个发射器，在卫生间外将带有毒药的暗器射向死者，然后利用某种方法制造了密室的假象。“看来凶手是有备而来，这个发射器应该是特制的。”柯南一边观察一边说道。
工藤夜一则在死者的座位附近找到了一本笔记本，笔记本上记录着一些与舞台剧相关的信息，还有一些奇怪的符号和数字。经过一番研究，他们发现这些符号和数字似乎与一个神秘的组织有关。那些符号像是一种特殊的密码，而数字则可能代表着某些时间或者地点。难道这个神秘组织与此次的杀人事件以及怪盗基德的行动都有关系？“这背后的水很深啊，我们得小心行事。”工藤夜一皱着眉头说道。
灰原哀在对死者的衣物进行检查时，发现死者的衣领上有一个微小的标志，这个标志与之前在山崎废品回收公司发现的电子设备上的标志极为相似。那是一个由三个相互交织的三角形组成的图案，线条简洁而富有神秘感。这一发现让众人意识到，这起飞机上的杀人案可能与之前高木警官所调查的“x 计划”有着千丝万缕的联系。“看来这个神秘组织的势力比我们想象的还要庞大，涉及的范围也更广。”灰原哀严肃地说道。
随着调查的深入，越来越多的线索指向了同剧组的一位名叫山本的演员。山本在案发前后的行踪十分可疑，有人看到他在案发前鬼鬼祟祟地在卫生间附近徘徊，而且他与死者之间的矛盾也最为突出。警方迅速对山本展开了全面的调查，发现他近期与一些身份不明的人有过频繁的接触。这些人都是通过一些加密的通讯方式与山本联系，行踪极为隐秘。
柯南和工藤夜一找到了山本，对他进行了单独询问。山本一开始还试图狡辩，他眼神闪烁，说话吞吞吐吐，极力否认自己与案件有关。但在柯南和工藤夜一严密的推理和证据面前，他的心理防线逐渐崩塌。柯南详细地阐述了案件的经过，从发现的线索到推理出的作案手法，每一个细节都清晰无比。工藤夜一则展示了山本与那些身份不明的人联系的证据，让山本无从抵赖。最终，山本承认了自己的罪行。原来，他是受一个神秘组织的指使，为了获取死者手中关于“x 计划”的一些重要信息，才策划了这起杀人事件。
然而，关于这个神秘组织的具体情况，山本却知之甚少。他只知道这个组织势力庞大，行事极为隐秘，一直在暗中策划着一些危险的阴谋。他们通过威胁和利诱的手段，迫使一些人为他们效力。组织的高层成员都隐藏在黑暗之中，很少有人见过他们的真面目。柯南、工藤夜一和灰原哀意识到，他们面临的挑战远未结束，这个神秘组织很可能就是“x 计划”的幕后黑手，而怪盗基德的行动或许也与这个组织有着某种关联。
在解决了飞机上的密室杀人案后，柯南等人并没有停下调查的脚步。他们决定顺着现有的线索，继续深入追查这个神秘组织。回到东京后，柯南和工藤夜一再次研究了从山本那里获取的信息，试图找出这个神秘组织的更多线索。他们将那些奇怪的符号和数字输入到电脑中，利用各种解密软件进行分析。同时，他们还对山本提到的那些与他联系的人的通讯记录进行了深入挖掘，希望能从中找到突破口。
灰原哀则对之前在山崎废品回收公司发现的电子设备进行了更深入的分析。她在实验室里，借助先进的仪器，对设备的硬件和软件进行了全面的检测。她发现这些设备不仅具备监听和数据窃取功能，还能与一个特定的网络进行连接。这个网络的加密系统极为复杂，采用了多层加密算法，普通的解密手段根本无法破解。经过一番努力，灰原哀凭借着她卓越的技术能力，成功破解了这个网络的加密系统，进入了一个神秘的数据库。
在这个数据库里，他们发现了一些关于“x 计划”的详细信息。原来，“x 计划”是这个神秘组织策划的一场大规模的商业破坏行动，旨在通过窃取全球重要企业的核心技术和商业机密，引发全球经济动荡，从而实现他们不可告人的政治和经济目的。数据库中详细记录了“x 计划”的目标企业名单，以及针对这些企业的攻击计划和时间表。这些目标企业涉及多个领域，包括科技、金融、能源等，一旦他们的核心技术和商业机密被窃取，将会对全球经济秩序造成毁灭性的打击。
为了阻止“x 计划”的实施，柯南、工藤夜一和灰原哀与警方紧密合作，制定了一系列应对措施。他们首先对与“x 计划”相关的可疑人员和组织展开了全面的监控和打击，通过警方的力量，对这些人员的行踪进行密切跟踪，对他们的通讯进行实时监听，防止他们进一步实施破坏行动。同时，警方还对一些可疑的场所进行了突击检查，查封了一些与神秘组织有关的据点，缴获了大量的作案工具和文件。
同时，柯南和工藤夜一还通过各种渠道，收集关于这个神秘组织的情报。他们联系了国际刑警组织以及一些在情报界的朋友，向他们通报了目前掌握的情况，并请求他们的协助。国际刑警组织迅速响应，在全球范围内展开了调查，与各国警方分享情报，共同追踪神秘组织的踪迹。柯南和工藤夜一也亲自参与到情报收集工作中，他们深入到一些与神秘组织可能有关的地下交易场所，与一些线人进行接触，获取了一些珍贵的线索。
经过一段时间的努力，他们终于锁定了这个神秘组织的几个重要据点。这些据点分布在不同的城市，有的隐藏在繁华都市的写字楼中，有的则位于偏远山区的废弃工厂里。警方迅速组织了一次大规模的突袭行动，对这些据点展开了攻击。柯南、工藤夜一和灰原哀也一同参与了行动，为警方提供技术支持和推理分析。
在这场惊心动魄的突袭行动中，警方遭遇了神秘组织如铜墙铁壁般的顽强抵抗。神秘组织的成员们犹如武装到牙齿的猛兽，配备了先进得令人咋舌的武器和装备，他们负隅顽抗，妄图螳臂当车，阻止警方的进攻。然而，警方凭借着无坚不摧的实力和天衣无缝的周密计划，如庖丁解牛般逐步突破了他们的防线。柯南犹如智多星下凡，利用他那如诸葛孔明般的智慧，为警方制定了详尽无遗的作战计划，如明灯照亮了前方的道路，指出了敌人的软肋和可能的逃跑路线。工藤夜一则身先士卒，在前线与警方并肩作战，他的身手矫健如猎豹，帮助警方轻而易举地制服了多名敌人。灰原哀则在后方稳如泰山地提供技术支持，她通过破解敌人那固若金汤的通讯系统，为警方提供了如及时雨般的实时情报，让警方能够见风使舵，及时调整战术。
在激烈的战斗中，警方成功捣毁了神秘组织的几个重要据点，缴获了大量与“x 计划”相关的文件和设备。这些文件详细记录了“x 计划”的具体内容和实施步骤，以及神秘组织的组织结构和成员名单。设备则包括一些先进的黑客工具和数据存储设备，里面存储着大量的机密信息。然而，神秘组织的核心成员却在行动前逃脱了。他们似乎提前察觉到了警方的行动，在警方到达之前就已经转移了。
柯南等人并没有气馁，他们继续追踪这些核心成员的行踪。他们对缴获的文件和设备进行了详细的分析，试图从中找到核心成员的下落。同时，他们还对神秘组织的通讯记录进行了深入研究，希望能发现他们新的联络方式和藏身之处。在一次偶然的机会中，柯南发现了一个与神秘组织有关的秘密联络点。这个联络点隐藏在一个老旧的仓库里，周围布满了监控设备和陷阱。
柯南和工藤夜一决定乔装打扮后潜入这个秘密联络点。他们深知此次行动充满危险，但为了揭开神秘组织的真面目，阻止“x 计划”，他们没有丝毫退缩。柯南戴上了一副破旧的帽子，将帽檐压得很低，遮住了大半张脸，还粘上了假胡须，扮成了一个落魄的流浪汉；工藤夜一则穿着一件满是油污的工作服，背着一个工具包，佯装成维修工人。
两人小心翼翼地接近仓库，尽量避开那些隐藏的监控设备。工藤夜一凭借着敏锐的观察力，发现了监控设备的盲区，他们顺着盲区的路线，悄无声息地靠近仓库大门。仓库大门紧闭，工藤夜一从工具包里取出一些特制的工具，开始小心翼翼地撬锁。经过一番努力，门锁终于被打开，两人轻轻推开门，闪身进入仓库。
仓库内光线昏暗，弥漫着一股陈旧的气息。四周摆放着各种杂物，中间有一张破旧的桌子，上面放着一些文件和通讯设备。柯南和工藤夜一迅速靠近桌子，开始查看那些文件。文件中包含了一些关于神秘组织下一步行动的线索，以及他们与其他犯罪团伙的联系信息。然而，这些信息大多都经过了加密处理，需要花费时间破解。
就在他们专注于文件时，突然听到了一阵脚步声。柯南和工藤夜一立刻警惕起来，迅速找地方藏好。只见几个神秘组织的成员走进了仓库，他们低声交谈着，语气中透露出一丝焦虑。柯南和工藤夜一竖起耳朵，努力听着他们的对话。
“这次警方的行动太突然了，我们损失惨重，老大让我们尽快转移剩下的资源，准备实施备用计划。”其中一个成员说道。
“备用计划？可是那需要大量的资金和技术支持，我们现在来得及准备吗？”另一个成员担忧地问。
“没办法，只能尽力而为了。上头已经在想办法筹集资金，技术方面也在联系那些专家。”
听到这里，柯南和工藤夜一意识到情况紧急。他们必须尽快将这些信息传递给警方，阻止神秘组织的备用计划。趁着那些成员还在交谈，两人悄悄地从仓库的另一个出口离开了。
回到警视厅，柯南和工藤夜一将在仓库里听到的消息以及获取的文件交给了警方。警方立刻组织了技术团队对文件进行解密，并根据他们提供的线索，对神秘组织可能的资金筹集渠道和技术专家进行调查。
经过连续几天的紧张工作，警方终于取得了重大突破。他们发现神秘组织计划通过在金融市场上操纵股价，获取巨额资金来支持备用计划。同时，他们还锁定了几个与神秘组织勾结的技术专家，这些专家正在为他们开发一种更强大的网络攻击工具，用于对目标企业进行更精准的打击。
为了阻止神秘组织的阴谋，警方联合金融监管部门，对金融市场进行了严密监控，并制定了一系列应对措施。他们提前布局，准备在神秘组织动手时，给予他们沉重打击。同时，警方还对那些技术专家展开了抓捕行动，防止网络攻击工具落入神秘组织手中。
柯南、工藤夜一和灰原哀也没有闲着。他们继续分析从各个渠道收集到的信息，试图找出神秘组织核心成员的藏身之处。灰原哀通过对神秘组织通讯模式的研究，发现了一些规律，并利用这些规律成功追踪到了一条重要线索。经过一系列的调查和追踪，他们终于确定了神秘组织核心成员的隐匿地点——一座位于海边的豪华庄园。
警方迅速组织了一支精锐的特种部队，准备对这座庄园发动最后的突袭。在行动前，柯南、工藤夜一和灰原哀与特种部队进行了详细的战术讨论。柯南凭借着对神秘组织的了解，为特种部队提供了庄园内部的布局图以及可能存在的陷阱位置；工藤夜一则分享了自己在之前行动中的经验，提醒特种部队注意神秘组织成员可能采取的抵抗方式；灰原哀则为特种部队提供了一些高科技装备，帮助他们更好地应对突发情况。
夜幕深沉，突袭行动悄然展开。特种部队于夜色之中，静默潜行，缓缓靠近庄园。庄园四周岗哨林立，监控密布，然而特种部队凭借精湛技艺与默契协作，巧妙地避开敌人耳目，成功潜入庄园内部。
庄园内一片寂静，但这平静的表象下却隐藏着巨大的危险。特种部队小心翼翼地搜索着每一个房间，不放过任何一个角落。当他们来到庄园的地下室时，终于发现了神秘组织的核心成员。这些成员正围坐在一张桌子前，紧张地讨论着应对警方的策略。
看到特种部队的出现，神秘组织的成员们惊慌失措，但很快便反应过来，拿起武器进行抵抗。一场激烈的枪战在地下室展开，枪声在狭小的空间里回荡。柯南、工藤夜一和灰原哀在后方通过监控设备密切关注着行动的进展，为特种部队提供实时的情报支持。
历经一场惊心动魄的鏖战，特种部队依靠其无坚不摧的战斗力以及天衣无缝的计划，最终击溃了神秘组织的核心要员，并将其一网打尽。在地下室中，警方亦发现了海量与“x 计划”及其备用计划相关的文件和装备，这些铁证如山，足以将神秘组织连根拔起。
随着神秘组织的覆灭，“x 计划”以及他们的备用计划都被成功阻止。全球经济避免了一场巨大的灾难，柯南、工藤夜一和灰原哀再次成为了拯救世界的英雄。他们的名字在世界各地传颂，人们对他们的智慧和勇气赞叹不已。
在这一系列事件之后，柯南和他的伙伴们又如往常一样，回到了那看似风平浪静的生活之中。然而，他们深知，在这个充满未知和危险的世界里，新的挑战犹如汹涌的波涛，随时都可能向他们席卷而来。不过，无论前方等待着他们的是何种艰难险阻，他们都将如同钢铁般坚固，携手并肩，以智慧为剑，以勇气为盾，坚定不移地守护着正义，勇敢地迎接每一个崭新的冒险。而飞机安全脱险的那惊心动魄的一幕，犹如一颗璀璨的星辰，深深地烙印在每个人的心头。那不仅是一次生死攸关的考验，更是他们友谊和勇气的熠熠生辉的见证。在未来的岁月里，他们将继续挥毫泼墨，书写属于自己的壮丽篇章，为了正义与和平，如离弦之箭，一往无前，永不言弃。