太安二年（癸亥年，公元303年 ）
春天正月，李特悄悄渡过长江攻打罗尚，罗尚布置在水上的军队一下子就四散逃跑了。蜀郡太守徐俭眼看打不过，就献出少城投降，李特顺利占领少城。李特下令军队只取用马匹充作军用物资，不侵扰抢夺百姓财物，还赦免了少城境内的人，把年号改为建初。罗尚带着残部退守太城，没办法只能派使者向李特求和。当时，蜀地百姓为了自保聚在一起建立了很多坞堡，看到李特势力大，也都纷纷向李特表示归附。李特派使者去安抚这些坞堡，但因为军队粮草不足，就把六郡的流民分散到各个坞堡找吃的。
李特的弟弟李流劝他说：“这些坞堡刚归附，人心不稳，最好把他们大姓人家的子弟抓来当人质，再集结兵力防守，以防万一。”李流还写信给李特的司马上官惇说：“接受投降的人要像对待敌人一样谨慎，可不能大意！”李特的儿子前将军李雄也这么劝。但李特却生气地说：“大局已定，现在就该好好安抚百姓，干嘛还要怀疑猜忌他们，把人都逼反了？”
这时，朝廷派荆州刺史宗岱、建平太守孙阜率领三万水军去救罗尚。宗岱让孙阜当先锋，大军直逼德阳。李特赶紧派李荡、李璜和德阳太守任臧一起去抵挡。宗岱和孙阜的军队来势汹汹，那些刚归附李特的坞堡又开始动摇，暗中打起了别的主意。益州兵曹从事任睿对罗尚说：“李特把人分散找吃的，现在骄傲轻敌又没有防备，这可是老天爷给我们消灭他的机会！咱们可以偷偷和各个坞堡约定好时间，里应外合一起攻打，肯定能赢！”罗尚觉得这主意不错，就让任睿晚上用绳子从城墙上吊出去，到各个坞堡传达计划，约定二月十日一起动手。任睿还假装向李特投降，李特问他城里情况，任睿骗他说：“城里粮食快没了，就剩些财物了。”任睿又请求回家看看，李特同意了，他回去后就把情报告诉了罗尚。二月，罗尚带兵突袭李特军营，各个坞堡也按约定一起动手，李特的军队被打得大败，李特和李辅、李远都被杀了，尸体还被焚烧，首级送到洛阳示众。剩下的流民们都吓坏了，李流、李荡、李雄赶紧收拢残兵，退到赤祖坚守。李流自称大将军、大都督、益州牧，驻守东宫，李荡和李雄驻守北营。另一边，孙阜攻破德阳，抓获硕，任臧只能退守涪陵。
三月，罗尚派督护何冲、常深等人攻打李流，涪陵百姓药绅也起兵响应。李流和李骧去抵挡常深，让李荡、李雄去对付药绅。何冲趁机攻打北营，氐族人苻成、隗伯在北营里叛变，响应何冲。李荡的母亲罗氏披上铠甲亲自上阵，隗伯砍伤了她的眼睛，但罗氏反而越战越勇。眼看北营就要被攻破，幸好李流等人打败了常深、药绅，带兵回来支援，和何冲大战一场，把何冲打得大败，苻成、隗伯带着手下逃到罗尚那里。李流他们乘胜追击到成都，罗尚只能又关起城门死守。李荡在追击敌人时，不幸中矛身亡。
朝廷派侍中刘沈带着符节，统领罗尚、许雄等人的军队去讨伐李流。刘沈走到长安时，河间王司马颙把他留下当军师，派席薳代替他去。
李流因为李特、李荡接连战死，宗岱、孙阜的大军又快到了，心里特别害怕。李含劝他投降，李流就同意了；但李骧、李雄反复劝阻，李流根本不听。夏天五月，李流派儿子李世和李含的儿子李胡去孙阜军营当人质。李胡的哥哥李离当时是梓潼太守，听说后，从梓潼骑马飞速赶回来想劝阻，可惜没赶上。李离回来后，和李雄商量偷袭孙阜的军队，李雄说：“现在也只能这么办了，可李流和李含不同意，怎么办？”李离说：“那就直接把他们拉上一起干！”李雄一听很高兴，两人就去对流民们说：“咱们之前在蜀地得罪了不少人，现在要是投降，肯定只有任人宰割的份。不如咱们齐心协力偷袭孙阜，说不定还能有荣华富贵！”大家都觉得有道理，就跟着李雄和李离行动，果然把孙阜的军队打得大败。正好这时宗岱在垫江去世，荆州的军队也只好撤退了。李流特别惭愧，这才发现李雄有大本事，以后军中大事都交给他处理。
新野庄王司马歆当官太严厉急躁，惹得当地少数民族很不满。义阳的蛮族人张昌聚集了几千人，准备造反。荆州接到朝廷壬午年诏书，要征调勇猛的士兵去益州讨伐李流，这些被征的兵叫“壬午兵” 。老百姓都害怕去那么远的地方打仗，谁都不想去。朝廷催得特别急，还规定经过的地方，如果士兵停留超过五天，当地的高级官员就要被撤职。所以郡县官员都亲自去驱赶百姓参军，但这些人刚被赶走没多远，就又聚在一起当起了强盗。当时江夏粮食大丰收，有好几千外地人来这里讨生活。张昌就趁机骗这些人，还把自己名字改成李辰，在安陆石岩山招募人手，很多流民和逃避兵役的人都去投奔他。江夏太守弓钦派兵去讨伐，结果打了败仗。张昌接着进攻江夏郡城，弓钦又被打败，只能和部将朱伺逃到武昌。司马歆派骑督靳满去讨伐，靳满也被打得落荒而逃。
张昌占领江夏后，到处散布谣言说：“马上会有圣人出现，来当百姓的君主。”他找到山都县的小吏丘沈，给他改名叫刘尼，谎称是汉朝皇室后代，还拥立他当皇帝，说：“这就是圣人！”张昌自己当相国，伪造凤凰现世、得到玉玺这些祥瑞的假象，把年号定为神凤，祭祀天地的礼仪、服饰颜色，全都仿照汉朝的旧例。谁敢不参加他的队伍，就灭谁全家，当地百姓和士人吓得都只能顺从。张昌还到处传谣言：“长江、淮河以南都造反了，朝廷派大军来，要把这些人全杀光！”大家你传我、我传你，人心惶惶。长江、沔水一带的人纷纷起兵响应张昌，短短一个月，他的队伍就发展到三万人，这些人都戴着红帽子，用马尾做成假胡须。朝廷派监军华宏去讨伐，结果在障山被张昌打败。
司马歆向朝廷上书说：“造反的贼人有好几万，头戴红帽，满脸毛发，拿着武器横冲直撞，根本挡不住。请朝廷下令让各路军队分三路来支援！”朝廷任命屯骑校尉刘乔为豫州刺史，宁朔将军刘弘为荆州刺史。又让河间王司马颙派雍州刺史刘沈率领一万州兵，再加上征西府的五千人，从蓝田出发去讨伐张昌。但司马颙不听命令；刘沈自己带着州兵到了蓝田，司马颙还强行把他的军队夺走。于是刘乔驻扎在汝南，刘弘和前将军赵骧、平南将军羊伊驻扎在宛城。张昌派部将黄林率领两万人进攻豫州，被刘乔打退。
一开始，司马歆和齐王司马冏关系很好，司马冏失势后，司马歆害怕了，就主动和大将军司马颖结交。张昌造反后，司马歆上表请求去讨伐。当时长沙王司马乂已经和司马颖有矛盾了，他怀疑司马歆和司马颖一起谋划什么坏事，就不允许司马歆出兵，结果张昌的势力越来越大。从事中郎孙洵对司马歆说：“您身为地方长官，肩负着保境安民的重任，既然上表请求出兵，直接去做又有什么不行？现在让这些坏人越来越嚣张，以后不知道还会惹出多大的祸事，这哪符合您保卫皇室、稳定一方的职责啊！”司马歆准备出兵时，王绥又说：“张昌这些小毛贼，派个副将去就能收拾他们，何必违抗诏令，您还亲自去冒险呢！”等张昌打到樊城，司马歆才出兵抵抗，结果军队一下子就溃散了，司马歆也被张昌杀了。朝廷只好让刘弘代替司马歆担任镇南将军，都督荆州诸军事。六月，刘弘任命南蛮长史陶侃为大都护，参军蒯恒为义军督护，牙门将皮初为都战帅，进军占据襄阳。张昌集合兵力包围宛城，打败赵骧的军队，杀了羊伊。刘弘只能退守梁城。张昌又进攻襄阳，但没能打下来。
李雄进攻汶山，杀了太守陈图，占领了郫城。秋天七月，李流把军队转移到郫城驻扎。蜀地的百姓为了躲避战乱，要么进坞堡自保，要么向南逃到宁州，要么向东逃到荆州。城里面空荡荡的，野外也看不到人烟，李流的军队抢不到东西，士兵们又饿又累。只有涪陵的一千多户人家，跟着青城山的隐士范长生。平西参军徐舆劝罗尚，让自己当汶山太守，好联合范长生一起讨伐李流。罗尚不同意，徐舆一气之下，出城投降了李流，李流任命他为安西将军。徐舆又去劝说范长生资助李流粮草，范长生答应了，李流的军队这才重新振作起来。
当初，李含觉得长沙王司马乂势力小，肯定会被齐王司马冏杀掉，他就想以此为借口讨伐司马冏，然后废掉皇帝，拥立大将军司马颖，让河间王司马颙当宰相，这样自己就能掌握大权了。没想到司马冏反而被司马乂杀了，司马颖和司马颙还各自镇守一方，事情没按李含的计划发展。司马颖仗着自己有功，变得骄横奢侈，朝廷各项事务都乱了套，比司马冏掌权时还糟糕；他还嫌司马乂在朝廷里碍事，想把他除掉。当时皇甫商又成了司马乂的参军，他哥哥皇甫重是秦州刺史。李含就劝司马颙说：“皇甫商受司马乂重用，皇甫重肯定不会听别人的，得早点除掉他们。您可以上表请求把皇甫重调到朝廷里任职，等他路过长安的时候抓住他。”皇甫重知道了这个阴谋，就公开向尚书台发出檄文，调动陇上的军队讨伐李含。司马乂觉得刚打完仗，不想再起冲突，就派使者下诏让皇甫重撤兵，还征召李含当河南尹。李含接受征召，但皇甫重就是不听诏命，司马颙就派金城太守游楷、陇西太守韩稚等率领四郡的兵力去攻打皇甫重。司马颙还偷偷让李含和侍中冯荪、中书令卞粹谋杀司马乂；皇甫商得知消息后，告诉了司马乂，司马乂立刻把李含、冯荪、卞粹抓起来杀了。骠骑从事诸葛玫、前司徒长史牵秀吓得都逃到邺城去了。
张昌的手下石冰带人攻打扬州，把扬州刺史陈徽打得大败，扬州各郡都落入敌手。石冰又率军攻破江州，他的部将陈贞等人接连攻下武陵、零陵、豫章、武昌、长沙等地。临淮人封云也起兵攻打徐州，响应石冰。一时间，荆、江、扬、豫、徐五个州的大片土地，都被张昌势力占据。张昌随意任命州郡长官，这些人大多是凶狠的盗贼、品行恶劣的小人，只知道四处抢劫百姓。
刘弘派陶侃等人到竟陵攻打张昌，刘乔也派部将李杨等人进攻江夏。陶侃多次和张昌交战，把张昌打得落花流水，前后斩杀敌军数万人。张昌只能逃到下俊山，他的残部全部投降。
陶侃年轻的时候，父亲早逝，家里很穷，只做了郡里的督邮小官。长沙太守万嗣路过庐江，见到陶侃，觉得他很不一般，还让自己的儿子和陶侃交朋友。后来陶侃被推举为孝廉，到了洛阳，豫章国郎中令杨晫把他推荐给顾荣，陶侃这才渐渐有了名气。这次平定张昌叛乱后，刘弘对陶侃说：“我以前给羊祜羊公当参军时，他说我以后能坐到他的位置。现在看来，你以后肯定能接替我的职位！”
刘弘之前退守梁城时，征南将军范阳王司马虓派前长水校尉张奕去掌管荆州。刘弘到了荆州，张奕不肯交出权力，还发兵抵抗。刘弘只好出兵讨伐，杀了张奕。当时荆州很多地方官职空缺，刘弘上书朝廷请求自己选人补缺，朝廷同意了。刘弘按照大家的功劳和品德，根据才能授予官职，大家都觉得他办事公平公正。刘弘上表推荐皮初补任襄阳太守，可朝廷认为皮初虽然立了功，但威望不够，想让刘弘的女婿、前东平太守夏侯陟当襄阳太守。刘弘发公文说：“治理一个地方，就应该以这个地方的利益为重。要是非得任用亲戚才行，那荆州十个郡，难道要找十个女婿来当官吗？”他又上表说：“夏侯陟是我的姻亲，按照旧规矩不能在我管辖的地方任职；皮初立了功，应该得到奖赏。”朝廷最后同意了他的建议。刘弘在荆州鼓励百姓种地养蚕，放宽刑罚，减轻赋税，官府和百姓都过上了好日子，老百姓都很爱戴他。
河间王司马颙听说李含等人被杀，马上起兵讨伐长沙王司马乂。大将军司马颖也向朝廷上表，请求去讨伐张昌，朝廷同意了。等他听说张昌已经被平定，就想和司马颙一起攻打司马乂。卢志劝他说：“您之前立了大功，却主动交出权力、辞让恩宠，当时大家都很称赞您。现在应该把军队驻扎在城外，穿着文官的衣服进京朝见皇帝，这才是成就霸业的做法。”参军邵续也说：“兄弟就像人的左右手。您想对抗天下的敌人，却先砍掉自己一只手，这能行吗？”但司马颖根本不听。八月，司马颙和司马颖一起上表说：“司马乂论功行赏不公平，还和右仆射羊玄之、左将军皇甫商独揽朝政，杀害忠良大臣，请皇帝杀掉羊玄之、皇甫商，让司马乂回到自己的封国。”皇帝下诏书说：“司马颙竟敢大动干戈，进攻京城，我要亲自率领六军，铲除这些叛逆之人。任命司马乂为太尉，都督中外诸军事，抵御叛军。”
司马颙任命张方为都督，让他率领七万精兵，从函谷关向东直逼洛阳。司马颖则带兵驻扎在朝歌，任命平原内史陆机为前将军、前锋都督，让北中郎将王粹、冠军将军牵秀、中护军石超等人率领二十多万大军，南下进攻洛阳。陆机是从外地来投奔司马颖的，一下子就成了诸将之首，王粹等人心里都不服气。白沙督孙惠和陆机关系好，劝陆机把都督的职位让给王粹。陆机说：“那样他们会觉得我犹豫不决、两边讨好，反而更快招来灾祸。”还是接受了任命。司马颖把军队从朝歌一直排到河桥，战鼓声响彻数百里。
乙丑日，皇帝来到十三里桥。太尉司马乂派皇甫商率领一万多人，在宜阳抵抗张方。己巳日，皇帝把军队撤回宣武场，庚午日，驻扎在石楼。九月丁丑日，军队又屯驻在河桥。壬子日，张方突袭皇甫商，把他打败。甲申日，皇帝把军队驻扎在芒山。丁亥日，皇帝前往偃师；辛卯日，驻扎在豆田。大将军司马颖进军到河南，凭借清水作为屏障，修筑营垒。癸巳日，羊玄之又担心又害怕，最后去世了。皇帝把军队撤回城东；丙申日，前往缑氏，攻打牵秀，把他打得落荒而逃，还大赦天下。张方趁机进入京城，烧杀抢掠，死了上万人。
李流病重，对将领们说：“骁骑将军李骧仁爱明智，本来足以成就大事；但前将军李雄英勇威武，大概是有上天相助，你们以后都听李雄的指挥吧。”李流死后，众人推举李雄为大都督、大将军、益州牧，在郫城处理军政事务。李雄让武都人朴泰去骗罗尚，引诱他来袭击郫城，说自己愿意做内应。罗尚派隗伯带兵攻打郫城，朴泰约定以举火为信号。李骧在半路设下伏兵，朴泰在城外架起长梯。隗伯的士兵看到火起，争先恐后地顺着梯子往上爬，李骧突然发起攻击，把隗伯打得惨败。李骧的军队连夜追击到成都城下，假装高呼万岁，喊着：“已经拿下郫城了！”趁机冲进少城。罗尚这才发现中计，赶紧退守太城。隗伯受了重伤，被李雄活捉，李雄却赦免了他的死罪。李骧又去攻打犍为，切断了罗尚的运粮通道，还抓获并杀了犍为太守龚恢。
石超带兵逼近缑氏。冬天十月壬寅日，皇帝回到皇宫。丁未日，在东阳门外打败牵秀。大将军司马颖派将军马咸去支援陆机。戊申日，太尉司马乂奉皇帝之命，和陆机在建春门交战。司马乂的司马王瑚让几千骑兵把戟系在马身上，向马咸的军阵发起冲锋，马咸的军队顿时大乱，马咸也被活捉斩杀。陆机的军队全线崩溃，士兵们逃到七里涧，死的人堆积如山，连河水都被堵住流不动了。司马乂的军队斩杀了陆机军中大将贾崇等十六人，石超也仓皇逃走。
太监孟玖很受大将军司马颖的宠信，他想让自己的父亲当邯郸县令，左长史卢志等人都不敢反对，右司马陆云却坚决不同意，说：“邯郸县令这个职位，向来是给有资历的公府属官的，哪能让宦官的父亲来当！”孟玖因此对陆云怀恨在心。孟玖的弟弟孟超，率领一万人担任小督。还没开战，孟超就纵容手下士兵四处抢劫，陆机把带头抢劫的人抓了起来。孟超竟带着一百多铁骑，直接冲到陆机的指挥旗下，把人抢走，还回头对陆机骂道：“你这个南方佬，配当都督吗！”陆机的司马孙拯劝陆机杀了孟超，陆机却没有动手。孟超到处散布谣言说：“陆机要造反！”他还写信给孟玖，说陆机首鼠两端，故意不抓紧作战。到了打仗的时候，孟超不听从陆机指挥，独自轻率出兵，结果战败身亡。孟玖怀疑是陆机杀了孟超，就在司马颖面前诬陷陆机，说：“陆机对长沙王司马乂有二心！”牵秀向来喜欢讨好孟玖，将军王阐、郝昌，还有帐下督公师藩，都是孟玖推荐给司马颖的，他们也一起帮着孟玖诬陷陆机。司马颖勃然大怒，派牵秀带兵去抓陆机。参军事王彰劝说道：“这次出兵，敌我强弱悬殊，普通人都知道肯定能赢，何况陆机这么聪明的人呢！只是因为陆机是南方吴地人，殿下您重用他，北方的老将就都嫉妒他罢了。”但司马颖根本不听。陆机听说牵秀带兵来了，脱下军装，戴上白色便帽，和牵秀见面，还写了封信向司马颖辞别。随后，他叹息道：“华亭的鹤鸣声，以后再也听不到了！”牵秀还是杀了他。司马颖又把陆机的弟弟、清河内史陆云，平东祭酒陆耽，还有孙拯都抓起来关进了监狱。
记室江统、陈留蔡克、颍川枣嵩等人上书说：“陆机谋略不足导致战败，杀了他也就罢了。但要说他谋反，大家都知道不是这么回事。应该先彻查陆机谋反的证据，如果真有实据，再杀陆云等人也不迟。”江统等人不停地恳求，司马颖犹豫了三天。蔡克去见司马颖，在他面前叩头，额头都流血了，说：“陆云被孟玖刁难，远近的人都知道。现在要是真杀了他，我实在为您感到惋惜！”跟着蔡克进去求情的僚属有几十人，大家都流着眼泪苦苦相求，司马颖也有些不忍心，脸上露出想赦免陆云的神色。这时孟玖把司马颖拉进内室，催促他赶紧杀掉陆云、陆耽，还下令灭了陆机三族。狱吏对孙拯严刑拷打几百次，把他的两个脚踝都打得露出骨头，孙拯始终坚持说陆机是冤枉的。狱吏知道孙拯是个忠义之人，就对他说：“二陆被冤枉，谁不知道啊！您就不能为自己的性命考虑考虑吗？”孙拯仰天长叹说：“陆机兄弟，都是世间少有的奇才，我承蒙他们赏识关爱，现在既然不能救他们的命，怎么忍心再去诬陷他们呢！”孟玖等人见孙拯不肯屈服，就叫狱吏伪造了孙拯的认罪书。司马颖杀了陆机之后，心里常常后悔，等看到这份伪造的认罪书，大喜过望，对孟玖等人说：“要不是你们忠心，怎么能查清这个大奸贼！”于是又下令灭了孙拯三族。孙拯的学生费慈、宰意两人跑到监狱，想证明孙拯的清白，孙拯劝他们说：“我坚守道义，不能辜负二陆，死是我命中注定的；你们何必这样呢！”费慈、宰意说：“您既然不辜负二陆，我们又怎么能辜负您呢！”两人坚持为孙拯喊冤，孟玖又把他们也杀了。
太安二年，太尉司马乂带着皇帝攻打张方。张方的士兵远远看到皇帝的车驾，吓得掉头就跑，张方军队大败，死伤五千多人。败退后，张方的手下都慌了，想趁夜逃跑。张方却很镇定：“胜败是常事，会用兵的人能反败为胜。咱们现在反而往前扎营，打他们个措手不及！”当晚，他就悄悄率军逼近洛阳，在离城七里的地方筑起好几层营垒，还从外面运粮，把后勤安排得明明白白。
司马乂打赢后，根本没把张方放在眼里。等听说张方营垒建好，十一月带兵去攻打，结果吃了败仗。朝廷里有人觉得司马乂和司马颖是兄弟，说不定能靠谈判和解，就派中书令王衍去劝司马颖，提议像当年周公召公那样“分陕而治”。司马颖根本不买账。司马乂又写信跟他摆事实讲道理，司马颖直接回：“杀了皇甫商等人，我就退兵！”司马乂当然不同意。司马颖一怒之下进逼京城，张方更是决开千金堨，城里的水碓全干了。没办法，朝廷只能征发王公贵族的奴婢舂米，让三品以下没去打仗的男子，只要满十三岁都得服劳役，连家奴都被拉去当兵。洛阳城里公私财物耗尽，一石米涨到一万钱，皇帝的诏书出了洛阳城就没人听了。
骠骑主簿祖逖给司马乂出主意：“刘沈这个人又忠诚又果断，雍州的兵力足够对付河间王司马颙。您让皇帝下诏书，让刘沈偷袭司马颙，他一着急，肯定会把张方叫回去救自己！”司马乂觉得这招妙，马上照做。刘沈接到诏书后四处发檄文，周边好几个郡都起兵响应，很快集结了一万多人杀向长安。司马乂还派皇甫商偷偷带着皇帝诏书，让游楷等人撤兵，命令皇甫重讨伐司马颙。可惜皇甫商走到新平，碰上了恨他的外甥，被外甥告密，司马颙派人抓住他杀了。
十二月，议郎周玘和长沙王矩在江东起兵，讨伐石冰。他们推举前吴兴太守顾秘当总指挥，发檄文号召各州郡，把石冰任命的官员全杀了。会稽的贺循、广陵的华谭，还有丹扬的葛洪、甘卓都起兵响应。石冰派羌毒带几万兵抵抗，被周玘斩杀，石冰只能逃到寿春。征东将军刘准吓得手足无措，这时广陵度支陈敏站出来：“这些人造反都是被逼的，就是一群乌合之众，我带军保证能打败他们！”刘准给陈敏增派兵力，让他出战。
同一时间，李雄猛攻罗尚。罗尚军队没粮食，留牙门张罗守城，自己趁夜沿着牛鞞水向东逃跑。张罗直接开城投降。李雄进了成都，士兵们饿得不行，只能跑到鄓县挖野芋充饥。朝廷因为许雄讨伐叛军时畏缩不前，把他召回治罪。
安北将军王浚看天下大乱，想抱鲜卑的大腿，把两个女儿分别嫁给段务勿尘和素怒延，还上表请求封段务勿尘为辽西公。另一边，毛诜死后，李睿逃到五苓夷首领于陵丞那里。于陵丞找李毅求情，李毅答应不杀李睿，结果李睿一到就被李毅杀了。于陵丞大怒，带着各部族反过来攻打李毅。
尚书令乐广的女儿是成都王王妃，有人在司马乂面前说乐广的坏话。司马乂去质问，乐广神色不变：“我怎么可能为了女儿，不顾五个儿子的性命？”但司马乂还是半信半疑。
永兴元年正月，乐广因为忧虑过度去世。长沙王司马乂多次打败司马颖，前后杀敌六七万人，而且对皇帝一直毕恭毕敬。但洛阳城里粮食越来越少，东海王司马越怕事情办砸，趁夜联合殿中将领抓了司马乂，第二天就假传圣旨把他关进金墉城，还大赦天下改了年号。城门一开，殿中将士发现城外敌军也没多厉害，后悔了，又想劫出司马乂抵抗司马颖。司马越怕夜长梦多，想杀了司马乂。黄门侍郎潘滔拦住他：“别急，有人会收拾他。”转头就给张方通风报信。张方马上从金墉城抓走司马乂，回营后竟把他活活烤死，连张方的士兵都觉得不忍心。
司马乂死后，公卿大臣都跑到邺城向司马颖谢罪。司马颖进了一趟洛阳，又回邺城坐镇，被封为丞相；东海王司马越当上尚书令。司马颖派石超带五万兵驻守洛阳十二城门，把以前得罪过他的人全杀了，还换掉了所有宿卫士兵，让卢志当中书监留在邺城，帮自己遥控朝廷。
河间王司马颙本来在郑县给司马颖助威，听说刘沈起兵，赶紧退回渭城，派虞遵夔迎战，结果战败。司马颙吓得逃回长安，火急火燎召回张方。张方撤退时，抢掠了洛阳一万多奴婢，路上没粮食，甚至杀人混着牛马肉吃。
刘沈渡过渭水和司马颙交战，司马颙屡战屡败。刘沈派衙博、皇甫澹带五千精兵偷袭长安，一路杀到司马颙营帐前。可惜后续部队没跟上，冯翊太守张辅趁机拦腰截击，杀了衙博和皇甫澹，刘沈只能收兵。张方派敦伟夜袭，刘沈军队溃散，自己也被抓。面对司马颙，刘沈慷慨陈词：“君臣大义比私人恩情重要，我宁可死也不违背皇命！”司马颙气得把他先鞭打后腰斩。新平太守张光曾给刘沈出谋划策，被抓后反而说：“都怪刘沈不听我的，才让你有今天！”司马颙欣赏他的胆量，不仅没杀，还请他吃饭，上表封他当右卫司马。
罗尚逃到江阳后，派人向朝廷报告情况，被授权统领巴东、巴郡、涪陵，收税养兵。他派李兴向刘弘借粮，刘弘的下属觉得路途远，荆州自己也不富裕，只肯给五千斛。刘弘大手一挥：“天下一家，给三万斛！以后西边就没后顾之忧了！”罗尚这才保住性命。李兴想留下当刘弘的参军，刘弘没收他的委任状，硬把他打发回去，还派何松带兵驻扎巴东支援。当时十多万流民涌入荆州，刘弘给他们分田发种子，提拔贤才，流民们终于安定下来。
二月，司马颖上表废掉皇后羊氏，幽禁在金墉城，还把皇太子司马覃贬为清河王。陈敏和石冰交战几十次，虽然石冰兵力是他十倍，却屡战屡败。陈敏和周玘合攻建康，石冰逃到封云那里，结果被封云的司马张统斩杀，扬、徐二州终于平定。周玘、贺循功成身退，一句赏赐都没要。朝廷任命陈敏为广陵相。
河间王司马颙向朝廷上表，提议立丞相司马颖为皇太弟。朝廷批准后，司马颖不仅成了皇太弟，还继续担任丞相，掌管全国军事，同时宣布大赦天下。皇帝的车马、服饰等用品都搬到了邺城，一切规格照着当年魏武帝曹操的标准来。司马颙被封为太宰、大都督和雍州牧，前太傅刘实被任命为太尉，但刘实以年老为由坚决推辞。
当上皇太弟的司马颖越来越骄奢，宠信的小人把持朝政，渐渐失去人心。司空东海王司马越，联合右卫将军陈眕，还有长沙王司马乂的旧将上官巳等人，密谋讨伐司马颖。
这年七月初三，陈眕带兵冲进云龙门，假传圣旨召集三公百官和宫中侍卫，宣布讨伐司马颖。石超见势不妙，赶紧逃到邺城报信。七月初五，朝廷宣布大赦天下，恢复羊皇后和太子司马覃的地位。七月初六，司马越带着皇帝亲自北伐，自己担任总指挥，还征召前侍中嵇绍前来护驾。有人提醒嵇绍：“这次去凶多吉少，你有没有好马？”嵇绍严肃地说：“臣子保护皇帝，生死都要在一起，要马有什么用！”
司马越发檄文召集各地军队，响应的人蜂拥而至。等大军到安阳时，已经有十多万人，邺城上下一片恐慌。司马颖召集手下商量对策，东安王司马繇说：“天子亲自来讨伐，咱们应该放下武器，穿素服出去请罪。”司马颖不听，派石超带五万人迎战。折冲将军乔智明劝司马颖去迎接皇帝，司马颖生气地说：“你平时挺明白事理，现在主上被小人胁迫，你居然想让我束手就擒？”
陈眕的两个弟弟陈匡、陈规从邺城逃到皇帝军中，说邺城的军队已经人心涣散。司马越等人信以为真，放松了警惕。结果七月二十六日，石超的军队突然杀到，皇帝的军队在荡阴惨败。皇帝脸颊受伤，还中了三箭，百官和侍卫全都逃散。嵇绍穿着朝服，下马登上皇帝的车辇，用身体保护皇帝。乱兵把他拉到车辕处要杀他，皇帝大喊：“这是忠臣，别杀！”乱兵却说：“奉太弟的命令，只不杀陛下一人！”还是把嵇绍杀了，鲜血溅到皇帝的衣服上。皇帝后来掉到草丛里，连传国玉玺都丢了六个。石超把皇帝带到军营，皇帝饿坏了，石超给他水喝，手下人献上秋桃。司马颖派卢志去迎接皇帝，第二天，皇帝进了邺城，司马颖宣布大赦天下，改年号为建武。有人想给皇帝洗衣服，皇帝说：“这是嵇侍中的血，别洗！”
陈眕、上官巳等人带着太子司马覃留守洛阳。司马越逃到下邳，徐州都督东平王司马楙不让他进城，司马越只好逃回东海。司马颖看在司马越是宗室长辈的份上，下令招他回来，司马越根本不理。前奋威将军孙惠写信劝司马越联合各地藩王，共同扶持皇室。司马越觉得有道理，任命孙惠为记室参军，让他参与谋划。北军中候苟曦逃到范阳王司马虓那里，司马虓以皇帝名义任命苟曦为兖州刺史。
当初，司马颖、司马颙、司马冏起兵讨伐赵王司马伦时，王浚手握重兵却首鼠两端，禁止手下人响应三王的招募。司马颖一直想收拾他，但没找到机会，其实王浚也在盘算着怎么对付司马颖。司马颖派右司马和演担任幽州刺史，秘密让他杀掉王浚。和演勾结乌桓单于审登，计划约王浚去蓟城南的清泉游玩，趁机动手。结果那天突降暴雨，兵器都被淋湿，计划泡汤。审登觉得王浚有上天保佑，就把和演的阴谋告诉了王浚。王浚立刻和审登秘密整兵，还联合并州刺史东嬴公司马腾一起围攻和演，将其杀死，王浚自此掌控幽州军队。司马颖以皇帝名义征召王浚，王浚干脆联合鲜卑段务勿尘、乌桓羯朱，还有司马腾一起起兵讨伐司马颖。司马颖派北中郎将王斌和石超迎击。
司马颖记恨东安王司马繇之前劝他投降的建议，八月初五，把司马繇抓起来杀了。司马繇的哥哥琅邪恭王司马觐去世后，儿子司马睿继承爵位。司马睿沉稳机敏，当时担任左将军，和东海参军王导关系很好。王导是王敦的堂弟，见识深远。他看朝廷内乱不断，就经常劝司马睿回到自己的封国。司马繇死后，司马睿正在邺城陪皇帝，担心被牵连，想偷偷逃走。司马颖之前就下令各关卡禁止贵族出城，司马睿到河阳时，被守关官吏拦住。幸好随从宋兴及时赶到，用马鞭敲着司马睿开玩笑说：“伙计，官府禁止贵族通行，你也被拦住了？”官吏以为他是普通人，这才放行。司马睿到洛阳后，接上太妃夏侯氏一起回到封国。丞相从事中郎王澄揭发孟玖贪污谋利的事，劝司马颖杀了他，司马颖照做了。
上官巳在洛阳胡作非为，河南尹周馥（王浚的堂弟）和司隶满奋等人想杀了他。结果事情泄露，满奋等人被杀，周馥逃走才保住性命。司马越讨伐司马颖时，司马颙派右将军张方带两万人去支援。张方听说皇帝已经到了邺城，就奉命镇守洛阳。上官巳和苗愿带兵抵抗，被打得大败。太子司马覃趁夜袭击上官巳和苗愿，两人逃走，张方进入洛阳。司马覃到广阳门迎接，见到张方就下拜，张方赶紧下车扶起他。随后，张方又把司马覃和羊皇后废了。
司马颖之前上表，让匈奴左贤王刘渊担任冠军将军，监管匈奴五部军事，驻扎在邺城。刘渊的儿子刘聪，勇猛过人，博览经史，擅长写文章，能拉开三百斤的硬弓。二十岁时到京城，和许多名士结交，司马颖任命他为积弩将军。
刘渊的堂祖父右贤王刘宣对族人说：“汉朝灭亡后，咱们单于只剩个空名号，没有一寸土地；其他王侯，和普通百姓没什么区别。现在咱们虽然人少了些，但也还有两万人，怎么能甘心被人奴役上百年！左贤王刘渊英明神武，要是上天不想复兴匈奴，就不会生出他这样的人。现在司马家兄弟自相残杀，天下大乱，正是恢复呼韩邪单于大业的好时机！”于是大家商量，推举刘渊为大单于，派呼延攸到邺城告诉他这个消息。
刘渊向司马颖请求回去参加葬礼，司马颖不同意。刘渊就让呼延攸先回去，告诉刘宣等人召集匈奴五部和其他胡人，表面上说是帮助司马颖，实际上准备反叛。等王浚、司马腾起兵后，刘渊劝司马颖：“这两人势力嚣张，手下有十多万人，靠您现有的兵力恐怕挡不住。我回去召集五部人马，帮您解决麻烦。”司马颖担心：“五部的人真能召集起来吗？就算能，鲜卑、乌桓也不好对付。我想带着皇帝回洛阳避一避，再发檄文号召天下，用正义之名讨伐他们，你觉得怎么样？”刘渊说：“殿下是武皇帝的儿子，对皇室有大功，威望恩德远播四海，谁不愿意为您卖命？召集五部轻而易举！王浚、司马腾不过是小人物和远亲，哪是您的对手！您一旦离开邺城，就是向人示弱，到时候洛阳也回不去；就算到了洛阳，权力也不在您手里了。您只管稳住军心，我保证用两部人马打败司马腾，再用三部人马杀了王浚，他们的脑袋很快就能挂起来示众！”司马颖听了很高兴，封刘渊为北单于，还让他参与丞相府事务。
刘渊回到左国城后，刘宣等人正式拥戴他为大单于。短短二十天，就聚集了五万人马，以离石为都城，任命刘聪为鹿蠡王。刘渊派左于陆王刘宏带五千精锐骑兵，去和司马颖的部将王粹会合，抵抗司马腾。结果王粹先被司马腾打败，刘宏只能无功而返。
王浚和司马腾合兵攻打王斌，大获全胜。王浚让主簿祁弘担任前锋，在平棘打败石超，然后乘胜进军。侦察兵到了邺城附近，城里人心惶惶，官员们四处奔逃，士兵也纷纷溃散。卢志劝司马颖带着皇帝回洛阳，当时还有一万五千士兵。卢志连夜安排，眼看天快亮就要出发，程太妃却舍不得离开邺城，司马颖也犹豫不决。没等他拿定主意，军队就彻底溃散了。司马颖只好带着几十个亲信，和卢志一起，用牛车拉着皇帝往洛阳逃。走得太匆忙，大家身上没钱，幸好一个小黄门的包袱里有三千私钱，皇帝下旨借来，路上买点饭吃。晚上睡觉，皇帝盖着小黄门的布被，用瓦盆吃饭。到温县时，皇帝想去拜谒先帝陵墓，结果鞋子丢了，只能穿随从的鞋，拜谒时忍不住痛哭流涕。
过黄河时，张方派儿子张罴带三千骑兵，拉着马车来迎接皇帝。到芒山下，张方亲自带一万多骑兵来接。张方要行拜礼，皇帝赶紧下车拦住他。回到洛阳后，逃散的官员士兵慢慢回来一些，朝廷才勉强恢复点样子。八月十八日，朝廷再次大赦天下。
王浚带兵进了邺城，他的士兵烧杀抢掠，死了不少人。王浚派乌桓人羯朱去追司马颖，一直追到朝歌也没追上。王浚回蓟城后，发现鲜卑士兵抢了很多汉族妇女，就下令：“谁藏人就砍头！”结果八千多被抢的妇女，因为无处可去，被逼着投进易水淹死。
东嬴公司马腾向拓跋猗借兵打刘渊。拓跋猗和弟弟拓跋猗卢合兵，在西河打败刘渊，又和司马腾在汾东结盟后撤军。刘渊听说司马颖丢了邺城逃走，叹气说：“不听我的话，活该溃败，真是个废物！但我答应过帮他，不能不管。”他准备出兵打鲜卑、乌桓，刘宣等人劝他：“晋人把咱们当奴隶，现在他们自己人打起来，是老天要帮咱们复兴匈奴大业。鲜卑、乌桓和咱们是同族，可以当帮手，为啥要打他们？”刘渊一听有道理，说：“好！大丈夫要学汉高祖、魏武帝，呼韩邪单于那点成就有啥可学的！”刘宣等人赶紧磕头：“您的志向，我们远远比不上！”
这时候，荆州的官兵抓住并斩杀了张昌，他的同党全部被灭三族。
李雄觉得范长生德高望重，蜀地百姓都敬重他，想迎他当君主，自己称臣。范长生坚决推辞，将领们就一致请李雄称帝。这年冬天十月，李雄自称成都王，大赦天下，改年号为建兴。他废除晋朝的法律，只定了七条新规矩。封叔父李骧为太傅，哥哥李始为太保，李离为太尉，李云为司徒，李璜为司空，李国为太宰，阎式为尚书令，杨褒为仆射。尊母亲罗氏为王太后，追封父亲李特为成都景王。李雄觉得李国、李离有谋略，遇事都先问他们的意见。而李国、李离对李雄也越发恭敬。
刘渊把都城迁到左国城，匈奴人和汉人来投奔的越来越多。刘渊对手下说：“汉朝统治天下很久，百姓都念着它的好。我是汉朝的外甥，和汉室约为兄弟，哥哥死了弟弟继承，有何不可？”于是定国号为“汉”。刘宣等人劝他称帝，刘渊说：“现在天下还没平定，先学汉高祖称汉王吧。”他称汉王后，大赦天下，改元元熙。追尊蜀汉后主刘禅为孝怀皇帝，供奉西汉高祖、文帝、武帝等八位皇帝的神位祭祀。立妻子呼延氏为王后，封刘宣为丞相，崔游为御史大夫，还任命了一堆官员。崔游坚决不肯做官。
陈元达年轻时就有志气，刘渊以前招他，他不理。刘渊称汉王后，有人问他：“你不怕被治罪吗？”陈元达笑着说：“我了解刘渊，他也懂我的心，估计过两天诏书就来了。”果然当晚，刘渊就派人来请他。陈元达辅佐刘渊后，经常进谏，退朝就把谏言草稿销毁，连家人都不知道内容。
刘曜天生白眉毛，眼睛发红光，从小聪明有胆识，父母早亡，由刘渊抚养长大。长大后身材魁梧，性格豪爽，不爱与人合群。他爱读书、会写文章，能一箭射穿一寸厚的铁板。他常把自己比作乐毅、萧何、曹参，当时没人认可，只有刘聪看重他，说：“永明（刘曜字）是汉光武帝、魏武帝那样的人物，萧何他们哪比得上！”
晋惠帝回到洛阳后，张方手握重兵独揽朝政，司马颖彻底没了权力。范阳王司马虓、东平王司马楙等人上书说：“司马颖没本事，该降为小封王，留他一条命。司马颙该管好关中，地方官员任免都交给他；朝廷大事，让他多提意见。张方虽然为国效力，但不懂变通，该让他回长安，官职照旧。司马越、王戎忠心，该让他们处理朝政。王浚立了大功，该给他更高地位，镇守北方。我们这些藩王尽力保卫皇室，陛下就能安稳治国了。”
张方的士兵在洛阳抢得差不多了，军心浮动，都想回长安。张方想逼皇帝迁都，但怕皇帝和大臣们不同意，就打算骗皇帝出城再劫持。他请皇帝去拜谒宗庙，皇帝拒绝了。十一月乙未日，张方带兵冲进皇宫，要用马车接皇帝走。皇帝吓得躲到后花园竹林里，被士兵拖出来，哭着上了车。张方在马上磕头说：“现在盗贼太多，禁卫军太少，陛下去我的军营，我拼死保护您。”当时大臣们都跑了，只有卢志在旁边，劝皇帝：“陛下，现在只能听张将军的。”皇帝到了张方军营，张方又让士兵装车运走宫女和财宝。士兵们趁机强占后宫女子，哄抢官府财物，把宫殿里的流苏、帷帐都割下来当马垫。魏晋两朝积攒的财宝，被抢得一干二净。张方还想烧了宗庙和宫殿，断了大家回洛阳的念想，卢志劝他：“当年董卓烧洛阳，骂名百年没散，咱可别学他！”张方才作罢。
皇帝在张方军营待了三天，就被挟持着，带着司马颖、豫章王司马炽等人去长安。王戎吓得逃去郏县。司马颙带着三万官员、士兵在霸上迎接，要给皇帝磕头，皇帝赶紧拦住。皇帝到长安后，把征西将军府当皇宫。荀藩、刘暾、周馥等人留在洛阳，成立临时朝廷，叫“留台”，和长安朝廷分称“东、西台”。留在洛阳的朝廷宣布大赦，恢复“永安”年号，重新立羊皇后。
罗尚把军队转移到巴郡，派兵去蜀地抢掠，抓走了李骧的妻子昝氏和儿子李寿。
十二月丁亥日，朝廷下诏，让司马颖以成都王身份回家，改立司马炽为皇太弟。晋惠帝兄弟二十五人，当时活着的只剩司马颖、司马炽和吴王司马晏。司马晏没本事，司马炽性格温和爱学习，所以司马颙选了他。朝廷又封司马越为太傅，和司马颙一起辅佐皇帝，王戎参与朝政，还任命了一堆官员。司马颙想靠这些安排平息各方矛盾，司马越却推辞不肯当太傅。朝廷又让司马颙总管全国军事，张方为中领军、录尚书事，兼任京兆太守。
司马腾派聂玄攻打刘渊，在大陵交战，聂玄惨败。刘渊派刘曜攻打太原，占领了泫氏、屯留等城；又派乔曦攻打西河，拿下介休。介休县令贾浑宁死不降，被乔曦杀害。乔曦还想强占贾浑妻子宗氏，宗氏痛骂乔曦，也被杀死。刘渊听说后大怒：“如果天道有灵，乔曦别想有后代！”他把乔曦撤职降四级，收殓贾浑尸体厚葬。