（时间范围）从己酉年（公元 409 年）到庚戌年（公元 410 年），共两年时间。
晋安帝司马德宗义熙五年（己酉，公元 409 年）
春季，正月，庚寅朔日（初一）
南燕主慕容超举行朝会，召见群臣，感叹宫廷太乐（掌管音乐歌舞的机构）人员不齐备，商议劫掠晋朝百姓来补充歌舞艺人。领军将军韩讠卓劝谏说：“先帝（慕容备德）因旧都（长安、邺城）沦陷，才在三齐地区（今山东半岛）积蓄力量。陛下不招纳贤才、让百姓休养生息，等待北魏出现可乘之机来恢复先祖基业，反而去侵犯劫掠南方邻国，增加仇敌，这样做可行吗！” 慕容超说：“我的计划已经定了，不用跟你多说。”
辛卯日（初二），东晋宣布大赦。
庚戌日（二十一日），东晋任命刘毅为卫将军、开府仪同三司。刘毅喜爱人才，当世名流无不聚集在他门下，唯独扬州主簿、吴郡人张邵不去。有人问张邵原因，他说：“刘主公（刘裕）是当代人杰，还用得着多问吗！”
后秦王姚兴派弟弟平北将军姚冲、征虏将军狄伯支等人率领四万骑兵进攻夏王刘勃勃。姚冲抵达岭北（今陕西礼泉以北）后，谋划返回袭击长安，因狄伯支不同意而作罢；随后姚冲用毒酒杀死狄伯支灭口。
姚兴派使者册封谯纵为大都督、相国、蜀王，加授九锡（古代帝王赐给重臣的最高礼遇），允许他按照君主的礼仪自行任命官员。
二月
南燕将领慕容兴宗、斛谷提、公孙归等人率领骑兵侵犯宿豫（今江苏宿迁东南），攻克城池后大肆劫掠，挑选两千五百名男女百姓交给太乐，教他们学习歌舞。公孙归，是公孙五楼的哥哥。当时，公孙五楼担任侍中、尚书，兼任左卫将军，独揽朝政大权，他的宗族亲信都身居要职，朝廷内外的王公大臣没有不畏惧他的。慕容超论定宿豫之战的功劳，封斛谷提等人都为郡公或县公。桂林王慕容镇劝谏说：“这几个人，使百姓劳苦、军队疲惫，给国家结下仇敌，有什么功劳值得封爵？” 慕容超发怒，不回答。尚书都令史王俨谄媚侍奉公孙五楼，连年多次升迁，官至左丞。国人为此编了句谚语：“想封侯，事五楼。” 慕容超又派公孙归等人侵犯济南（今山东济南），俘虏一千多名男女百姓后离去。从彭城（今江苏徐州）以南，百姓都修筑堡垒聚集起来自卫。朝廷下诏任命并州刺史刘道怜镇守淮阴（今江苏淮安），防备南燕入侵。
乞伏炽磐前往上邽（今甘肃天水）拜见后秦太原公姚懿，彭奚念趁机出兵讨伐乞伏炽磐。乞伏炽磐听说后大怒，没向姚懿告辞就返回，迎击彭奚念，击败了他，随后包围枹罕（今甘肃临夏）。乞伏乾归跟随姚兴前往平凉（今甘肃平凉西北）；乞伏炽磐攻克枹罕，派人告诉乞伏乾归，乾归逃回到苑川（今甘肃兰州榆中东北）。
冯翊人刘厥聚集几千人，占据万年（今陕西西安临潼东北）发动叛乱，后秦太子姚泓派镇军将军彭白狼率领东宫禁兵讨伐，斩杀刘厥，赦免了他的残余党羽。将领们请求发布露布（古代捷报），上奏表炫耀斩杀的首级数量，姚泓不允许，说：“主上把国家后事托付给我，我却不能遏制叛乱，应当自责请罪，还敢炫耀功劳自夸吗！”
姚兴从平凉前往朝那（今宁夏固原东南），得知姚冲的阴谋后，赐姚冲死。
三月
刘裕上奏表请求讨伐南燕，朝廷大臣都认为不可行，只有左仆射孟昶、车骑司马谢裕、参军臧熹认为一定能攻克，劝说刘裕出征。刘裕任命孟昶监管中军留府事务（负责后方留守）。谢裕，是谢安的侄孙。
当初，前秦苻氏败亡时，王猛的孙子王镇恶逃奔晋朝，被任命为临澧令。王镇恶不擅长骑马射箭，却有谋略，善于决断，喜欢谈论军国大事。有人把王镇恶推荐给刘裕，刘裕和他交谈后非常赏识，留他过夜。第二天早晨，刘裕对僚属说：“我听说‘将门出将’，王镇恶确实如此。” 当即任命王镇恶为中军参军。
恒山（今河北保定曲阳西北）发生山崩。
夏季，四月
乞伏乾归前往枹罕，留下世子乞伏炽磐镇守，收拢部众两万人，迁都到度坚山（今甘肃兰州榆中东北）。
雷声震击北魏天安殿的东厢房。北魏君主拓跋珪对此感到厌恶，命令左校用冲车撞击东、西厢房，把它们全部毁坏。起初，拓跋珪服用寒食散（古代一种丹药），时间久了，药性发作，性格变得暴躁不安，喜怒无常，到这时更加严重。再加上灾异多次出现，占卜的人大多说宫廷内部会发生紧急变故。拓跋珪忧虑烦闷，有时几天不吃饭，有时通宵不睡觉，反复回想一生的成败得失，常常自言自语不停。他怀疑群臣和身边的人都不可信，每当百官上前奏事，他就追记对方过去的过错，随即处死；其余的人，有的因脸色变化，有的因呼吸不匀，有的因走路姿势不合礼仪，有的因言辞稍有差错，他都认为是心中藏有恶意，从外表显露出来，常常亲手杀死他们，死者的尸体都陈列在天安殿前。朝廷官员人人自危，百官只求苟免灾祸，不再互相监督管理；盗贼公然横行，街巷之间，行人稀少。拓跋珪也知道这种情况，却说：“我故意放纵这种情况，等度过灾年，再重新清理整治罢了。” 当时，群臣都害怕获罪，大多不敢接近拓跋珪，只有着作郎崔浩恭敬勤勉，从不懈怠，有时甚至整天不回家。崔浩，是吏部尚书崔宏的儿子。崔宏从未违背拓跋珪的旨意，也不谄媚阿谀，所以崔宏父子唯独没有被责罚。
夏王刘勃勃率领两万骑兵进攻后秦，劫掠平凉地区的七千多户少数民族部落，进军驻守依力川（今甘肃平凉东南）。
己巳日（十一日），刘裕从建康出发，率领水军从淮河进入泗水。五月，抵达下邳（今江苏徐州邳州南），留下船只和军用物资，率领步兵向琅邪（今山东临沂北）进军。所经过的地方都修筑城池，留下士兵防守。有人对刘裕说：“燕人如果堵塞大岘山（今山东潍坊临朐西南，是进入山东半岛的要道）的险要地段，或者坚壁清野（烧毁粮草，转移百姓），我们大军深入敌境，不仅会无功而返，还可能无法撤回，怎么办？” 刘裕说：“我已经考虑得很周全了。鲜卑人贪婪，没有长远打算，前进时贪图劫掠的利益，后退时吝惜田里的庄稼，他们认为我们孤军深入，不能持久，只会进据临朐（今山东潍坊临朐），退守广固（今山东潍坊青州西北，南燕都城），一定不会据守险要、坚壁清野，我敢向各位保证。”
南燕主慕容超听说晋军来攻，召集群臣商议对策。征虏将军公孙五楼说：“晋军轻便勇猛，利于速战，不能和他们正面交锋。应当据守大岘山，让晋军无法进入，拖延时间，消磨他们的锐气，然后挑选两千精锐骑兵，沿海向南进军，切断晋军的粮道；另外命令段晖率领兖州的军队，沿山东下，前后夹击晋军，这是上策。或者命令各郡县官员依据险要地形自卫，除了保留必要的物资储备外，其余全部烧毁，铲除田里的庄稼，让晋军没有物资可掠夺，他们孤军深入，没有粮食，又无法交战，十天一个月之内，就能坐待晋军溃败，这是中策。如果放纵晋军进入大岘山，再出城迎战，这是下策。” 慕容超说：“今年岁星在齐地（南燕疆域），从天道推算，我们不战自胜。晋军远道而来，疲惫不堪，从人事来看，他们也不能持久。我占据五州之地，拥有富庶的百姓，数万精锐骑兵，田里的庄稼遍布原野，为什么要铲除庄稼、迁徙百姓，削弱自己呢！不如放纵晋军进入大岘山，用精锐骑兵冲击他们，还怕不能取胜吗！” 辅国将军广宁王贺赖卢苦苦劝谏，慕容超不听，贺赖卢退下后对公孙五楼说：“如果真这样做，亡国就没多久了！” 太尉桂林王慕容镇说：“陛下如果认为骑兵适合在平地作战，应当出兵大岘山迎战，就算战败，还能退守；不该放纵敌人进入腹地，坐待敌人围攻，这太像刘璋（东汉末年益州牧，迎刘备入蜀，最终亡国）了。今年国家灭亡，我一定会为国而死。您是中原士人，到时又要沦为异族统治下的文身之人（指被少数民族统治）了。” 慕容超听说后大怒，把慕容镇关进监狱。随后，慕容超撤回莒城（今山东日照莒县）、梁父（今山东泰安东南）的守军，修缮广固的城墙壕沟，挑选士兵战马，准备抵抗晋军。
刘裕率军通过大岘山，没遇到南燕军队的抵抗。刘裕抬手指向天空，脸上露出喜悦的神色。身边的人问：“您还没见到敌人就先高兴，为什么？” 刘裕说：“军队已经通过险要地段，士兵有必死的决心；田里还有未收割的庄稼，我们没有缺粮的担忧。敌人已经落入我的手掌心了。” 六月，己巳日（十二日），刘裕抵达东莞（今山东临沂沂水东北）。慕容超先派公孙五楼、贺赖卢以及左将军段晖等人，率领五万步兵骑兵驻守临朐，听说晋军已进入大岘山，亲自率领四万步兵骑兵前往临朐会合，让公孙五楼率领骑兵进据巨蔑水（今山东潍坊临朐境内的弥河）。晋军前锋孟龙符与公孙五楼交战，击败了他，公孙五楼撤退。刘裕用四千辆战车组成左右两翼，并排前进，与南燕军队在临朐以南交战，直到傍晚，胜负还未分。参军胡籓对刘裕说：“燕军把全部兵力都投入战场，临朐城中的守军一定很少，希望能派一支奇兵从小路夺取临朐城，这就像当年韩信破赵（背水一战，奇袭赵营）的战术。” 刘裕派胡籓以及谘议参军檀韶、建威将军河内人向弥，暗中率领军队绕到南燕军队后方，进攻临朐，还故意声称是从海路赶来的轻装部队。向弥身穿铠甲，率先登城，于是攻克临朐。慕容超大惊，单人匹马逃到城南，投奔段晖。刘裕趁机指挥军队奋勇进攻，南燕军队大败，斩杀段晖等十多名大将，慕容超逃回广固，晋军缴获了南燕的玉玺、皇帝车驾以及象征皇权的豹尾。刘裕乘胜追击，抵达广固，丙子日（十九日），攻克广固外城，慕容超收拢部众退守内城。刘裕修筑长墙包围内城，墙高三丈，挖掘三道壕沟；同时安抚接纳投降归附的人，选拔贤才俊士，汉族人和少数民族人都很高兴。于是，晋军依靠齐地的粮食储备，停止了从长江、淮河地区的漕运。
慕容超派尚书郎张纲向后秦求救，同时赦免桂林王慕容镇，任命他为录尚书事、都督中外诸军事，召见他，向他道歉，并询问对策。慕容镇说：“百姓的心意，都寄托在君主身上。如今陛下亲自率领大军，却战败逃回，群臣离心离德，士兵百姓士气低落。听说后秦自身也有内患（指刘勃勃的威胁），恐怕没时间分兵救援我们。逃回来的散兵还有几万人，应当拿出全部金银布帛来引诱他们，再决一死战。如果上天保佑我们，一定能打败敌人；如果不能，战死也是光荣的，比起关起城门等待灭亡，不是更好吗！” 司徒乐浪王慕容惠说：“不对。晋军乘胜而来，气势百倍，我们用战败的士兵去对抗他们，不是很困难吗！后秦虽然和刘勃勃相持，却不足以成为祸患；而且后秦和我们分别占据中原，形势如同唇齿相依，怎么会不来救援！只是不派大臣出使，就不能求得重兵，尚书令韩范被燕、秦两国看重，应当派他去求救。” 慕容超听从了慕容惠的建议。
秋季，七月
东晋加授刘裕为北青、冀二州刺史。
南燕尚书略阳人垣尊和弟弟京兆太守垣苗，翻越城墙投降刘裕，刘裕任命他们为行参军。垣尊、垣苗都是慕容超信任重用的亲信大臣。
有人对刘裕说：“张纲有精巧的构思，如果能让张纲制造攻城器械，广固一定能攻克。” 恰逢张纲从长安求救返回，泰山太守申宣抓住张纲，把他送给刘裕。刘裕让张纲登上楼车（古代攻城时用于观察敌情的高台战车），命令他环绕广固城呼喊：“刘勃勃大败后秦军，后秦没有兵力来救援你们了！” 城中的南燕人无不惊慌失色。每当江南有援军或使者抵达广固，刘裕总是暗中派兵在夜里迎接，第二天，让援军举着旗帜、敲着战鼓进城，北方地区前来归附刘裕、手持兵器或背负粮食的百姓，每天有上千人。晋军对广固的包围越来越紧，张华、封恺都被刘裕抓获，慕容超请求割让大岘山以南的土地，向晋朝称臣，刘裕不答应。
后秦王姚兴派使者对刘裕说：“慕容氏与我们是邻国，一向友好，如今晋军进攻紧急，后秦已派十万精锐骑兵驻守洛阳；如果晋军不撤军，我们将长驱直入，进攻晋军。” 刘裕叫来后秦使者，对他说：“告诉你们的姚兴：我攻克南燕之后，会休整三年，然后夺取关中、洛阳。现在如果你们敢自己送上门来，就赶紧来！” 刘穆之听说后秦使者到来，骑马赶去见刘裕，而使者已经离去。刘裕把对使者说的话告诉刘穆之，刘穆之责备他说：“平时无论大事小事，您都让我参与谋划，这件事应当仔细考虑，怎么能仓促回答！您说的话不仅不能威慑敌人，反而会激怒他们。如果广固还没攻克，羌人（指后秦）突然来攻，不知道您怎么应对？” 刘裕笑着说：“这是军事机密，不是您能理解的，所以没跟您说。用兵贵在神速，如果姚兴真能前来救援，一定害怕我们知道，怎么会先派使者来，说这种大话！这不过是他虚张声势罢了。晋军很久没有出征了，姚兴看到我们讨伐齐地（南燕），心里已经开始畏惧，自保都来不及，怎么能救援别人呢！”
乞伏乾归重新登上西秦王位，宣布大赦，改年号为更始，公卿以下官员都恢复原来的职位。
在北魏的慕容氏家族有一百多家，谋划逃跑，拓跋珪把他们全部杀死。
当初，北魏太尉穆崇和卫王拓跋仪曾埋伏武士，谋划刺杀拓跋珪，没有成功；拓跋珪爱惜他们的功劳，隐瞒了这件事，没有追究。等到拓跋珪生病，大量诛杀大臣，拓跋仪因自我怀疑而逃跑，被追兵抓获。八月，拓跋珪赐拓跋仪死。
封融向刘裕投降。
九月，东晋加授刘裕为太尉，刘裕坚决推辞。
后秦王姚兴亲自率军进攻夏王刘勃勃，抵达贰城（今陕西榆林靖边西北），派安远将军姚详等人分别监督粮草运输。刘勃勃趁机突然来袭，姚兴害怕，想率轻装骑兵前往姚详的营地。右仆射韦华说：“如果陛下的车驾一动，军心就会恐慌，一定会不战自溃，而且不一定能赶到姚详的营地。” 姚兴与刘勃勃交战，后秦军队大败，将军姚榆生被刘勃勃俘虏，左将军姚文宗等人奋力作战，刘勃勃才撤退，姚兴返回长安。刘勃勃又进攻后秦的敕奇堡、黄石固、我罗城，全部攻克，把七千多户百姓迁徙到大城（今内蒙古鄂尔多斯杭锦旗东南），任命丞相右地代兼任幽州牧，镇守大城。
当初，姚兴派卫将军姚强率领一万步兵骑兵，跟随韩范前往洛阳，与姚绍的军队会合，共同救援南燕；等到姚兴被刘勃勃打败，就召回姚强的军队，让他返回长安。韩范感叹说：“上天要灭亡燕国啊！” 南燕尚书张俊从长安返回，投降刘裕，趁机劝刘裕说：“燕人所依靠的，是认为韩范一定能请来后秦援军，如今如果能让韩范归降，把他展示给燕人看，燕国一定会投降。” 刘裕于是上奏表推荐韩范为散骑常侍，并且写信招降他。长水校尉王蒲劝韩范逃奔后秦，韩范说：“刘裕从平民崛起，消灭桓玄，恢复晋朝皇室；如今他出兵讨伐南燕，所到之处，燕军崩溃，这恐怕是上天授予他的使命，不是人力能阻挡的。燕国灭亡后，接下来就会轮到后秦，我不能再遭受亡国的屈辱了。” 于是韩范向刘裕投降。刘裕让韩范环绕广固城示众，城中燕人的人心更加离散沮丧。有人劝慕容超诛杀韩范的家人，慕容超因韩范的弟弟韩讠卓忠心耿耿，没有二心，就赦免了韩范的全家。
冬季，十月
段宏从北魏逃奔刘裕。
张纲为刘裕制造攻城器械，用尽各种精巧的方法。慕容超大怒，把张纲的母亲吊在城墙上，将她肢解。
西秦王乞伏乾归册立夫人边氏为王后，立世子乞伏炽磐为太子，仍然命令炽磐都督中外诸军事、录尚书事。任命屋引破光为河州刺史，镇守枹罕；任命南安人焦遗为太子太师，让他参与商议军国大事。乞伏乾归说：“焦先生不仅是有名的儒者，更是能辅佐帝王的人才。” 他对乞伏炽磐说：“你对待焦先生，应当像对待我一样。” 乞伏炽磐在焦遗的床前下拜。焦遗的儿子焦华非常孝顺，乞伏乾归想把女儿嫁给他，焦华推辞说：“凡是娶妻的人，都是想和妻子一起侍奉父母。如今以公主的尊贵身份，下嫁给我这样的平民，实在不是合适的匹配，我担心自己无法承担家务，这不是我所希望的。” 乞伏乾归说：“你的品行，是古人的风范，我的女儿不配勉强你。” 于是任命焦华为尚书民部郎。
北燕王高云因自己没有功德却身居高位，内心感到不安，常常豢养壮士作为心腹亲信。宠臣离班、桃仁专门掌管宫廷警卫，高云赏赐给他们的财物数以万计，衣食起居都和他们相同，但离班、桃仁贪得无厌，仍然心怀不满。戊辰日（十三日），高云在东堂上朝，离班、桃仁怀揣宝剑，手持文书进入，声称有事情启奏。离班抽出宝剑刺杀高云，高云用几案抵挡，桃仁从旁边夹击，杀死高云。
冯跋登上洪光门观察局势变化，帐下督张泰、李桑对冯跋说：“这两个小子能有什么作为，请让我们为您斩杀他们！” 于是二人拔剑冲下城门，李桑在西门斩杀离班，张泰在庭院中杀死桃仁。众人推举冯跋为主君，冯跋把职位让给弟弟范阳公冯素弗，冯素弗不接受。冯跋于是在昌黎（今辽宁朝阳）即位为天王，宣布大赦，下诏书说：“陈氏取代姜氏（指战国时田氏代齐），没有改变齐国的国号。我们应当沿用‘燕’作为国号。” 改年号为太平，追谥高云为惠懿皇帝。冯跋尊奉母亲张氏为太后，册立妻子孙氏为王后，立儿子冯永为太子，任命范阳公冯素弗为车骑大将军、录尚书事，孙护为尚书令，张兴为左仆射，汲郡公冯弘为右仆射，广川公冯万泥为幽、平二州牧，上谷公冯乳陈为并、青二州牧。冯素弗年轻时豪爽侠义，行为放荡，曾向尚书左丞韩业求婚，韩业拒绝了他。等到冯素弗成为宰辅大臣，对待韩业却更加优厚。他喜欢提拔出身名门的旧臣，为人谦恭节俭，以身作则，百官都敬畏他，评论者称赞他有宰相的气度。
北魏君主拓跋珪准备立齐王拓跋嗣为太子。按照北魏的旧例，凡是立太子，总要先杀死太子的母亲，于是拓跋珪赐拓跋嗣的母亲刘贵人死。拓跋珪召见拓跋嗣，告诉他说：“汉武帝杀死钩弋夫人，是为了防止母后干预朝政、外戚作乱。你将要继承皇位，我特意效仿古人，这是为国家长远考虑。” 拓跋嗣生性孝顺，悲痛哭泣，无法自制。拓跋珪对他发怒。拓跋嗣返回住处，日夜哭泣，拓跋珪知道后，再次召见他。身边的人对拓跋嗣说：“皇上非常愤怒，您如果进去，后果难测，不如暂时躲避一下，等皇上怒气消退后再进去。” 拓跋嗣于是逃到外面躲藏起来，只有帐下侍从代人车路头、京兆人王洛儿两人跟随他。
当初，拓跋珪前往贺兰部时，见到献明贺太后的妹妹容貌美丽，就向贺太后请求娶她为妻。贺太后说：“不行。她过于美丽，一定会带来灾祸。而且她已经有丈夫了，不能强夺。” 拓跋珪暗中派人杀死她的丈夫，然后娶了她，生下清河王拓跋绍。拓跋绍凶恶无赖，喜欢在街巷里游荡，抢劫行人取乐。拓跋珪对他很愤怒，曾把他倒悬在井中，直到他快死了才拉上来。齐王拓跋嗣多次教导责备他，拓跋绍因此与拓跋嗣不和。
戊辰日（十月十三日），拓跋珪斥责贺夫人，把她囚禁起来，准备杀死她。恰逢天色已晚，没能决定。贺夫人暗中派人告诉拓跋绍说：“你怎么救我？” 拓跋珪平时残忍，身边的人个个惶恐不安。拓跋绍当时十六岁，夜里，与帐下侍从以及宦官、宫女几人密谋，翻墙进入宫中，抵达天安殿。身边的人呼喊：“有贼！” 拓跋珪惊慌起身，想找弓箭佩刀却没找到，最终被拓跋绍杀死。
己巳日（十四日），宫门直到中午还没打开。拓跋绍假传诏书，召集百官到端门前，让他们面向北方站立。拓跋绍从宫门缝隙中对百官说：“我有叔父，也有兄长，公卿们想追随谁？” 众人惊愕失色，没人回答。过了很久，南平公长孙嵩说：“追随大王（拓跋绍）。” 众人这才知道拓跋珪已死，却不知道死因，没人敢出声，只有阴平公拓跋烈大哭着离开。拓跋烈，是拓跋仪的弟弟。于是朝廷内外人心惶惶，人人都有二心。肥如侯贺护在安阳城北点燃烽火，贺兰部人都前往投奔，其他部落也各自聚集兵马。拓跋绍听说人心不安，拿出大量布帛赏赐王公以下官员，只有崔宏不接受。
齐王拓跋嗣听说变故后，从外面返回，白天躲藏在山中，夜里住在王洛儿家。王洛儿的邻居李道暗中供给拓跋嗣饮食，民间渐渐有人知道这件事，都高兴地互相转告；拓跋绍听说后，逮捕李道，将他处死。拓跋绍招募人寻找拓跋嗣，想杀死他。猎郎叔孙俊和与皇室疏远的宗室拓跋磨浑，自称知道拓跋嗣的下落，拓跋绍派两名帐下侍从和他们一起前往；叔孙俊、拓跋磨浑出城后，立即抓住那两名侍从去见拓跋嗣，将他们斩首。叔孙俊，是叔孙建的儿子。王洛儿为拓跋嗣往返平城，与大臣们联系，夜里，把情况告诉安远将军安同等人。众人听说后，纷纷响应，争相出城迎接拓跋嗣。拓跋嗣抵达平城城西，卫士抓住拓跋绍，把他献给拓跋嗣。拓跋嗣杀死拓跋绍和他的母亲贺氏，还诛杀了拓跋绍的帐下侍从以及参与内应的宦官、宫女十多人。其中最先动手杀害拓跋珪的人，大臣们把他剁成肉酱分食。
壬申日（十七日），拓跋嗣即位为皇帝，宣布大赦，改年号为永兴。追尊刘贵人为宣穆皇后，此前被罢免回家、不参与朝政的公卿大臣，全部召回任用。诏令长孙嵩与北新侯安同、山阳侯奚斤、白马侯崔宏、元城侯拓跋屈等八人，坐在止车门右侧，共同处理朝政，当时的人称之为 “八公”。拓跋屈，是拓跋磨浑的父亲。拓跋嗣因尚书燕凤曾侍奉过代王拓跋什翼犍，让他与都坐大官封懿等人入宫陪伴讲论经书，出宫参与商议政事。任命王洛儿、车路头为散骑常侍，叔孙俊为卫将军，拓跋磨浑为尚书，都赐予郡公或县公的爵位。拓跋嗣询问旧臣中谁是先帝（拓跋珪）的亲信，王洛儿说是李先。拓跋嗣召见李先，问：“你凭什么才能和功劳被先帝看重？” 李先回答：“臣没有才能，也没有功劳，只是因为忠诚正直才被先帝看重。” 拓跋嗣下诏任命李先为安东将军，让他经常住在宫中，以备咨询。朱提王拓跋悦，是拓跋虔的儿子，有罪在身，内心疑虑恐惧。闰十一月，丁亥日（初三），拓跋悦怀揣匕首入宫侍奉，准备作乱。叔孙俊察觉他举止异常，伸手拉住他，搜查他的怀中，找到匕首，于是杀死拓跋悦。
十二月，乙巳日（二十一日），太白星侵犯虚宿、危宿（天文现象，古人认为是不祥之兆）。南燕灵台令张光劝南燕主慕容超投降，慕容超亲手杀死张光。
柔然侵犯北魏。
晋安帝司马德宗义熙六年（庚戌，公元 410 年）
春季，正月，甲寅朔日（初一）
南燕主慕容超登上天门（广固内城的城门），在城上召见群臣。乙卯日（初二），慕容超与宠妃魏夫人登上城墙，看到晋军兵力强盛，两人握手相对而哭。韩讠卓劝谏说：“陛下正遭遇危难，应当努力自强，来鼓舞士兵百姓的斗志，怎么反而像小儿女一样哭泣呢！” 慕容超擦去眼泪，向韩讠卓道歉。尚书令董铣劝慕容超投降，慕容超发怒，把他囚禁起来。
北魏长孙嵩率领军队讨伐柔然。
北魏主拓跋嗣因郡县中的豪强地主大多成为百姓的祸患，用优厚的诏书征召他们入京。百姓留恋故土，不愿迁徙，地方长官强迫他们前往，于是一些无赖少年逃亡聚集，到处盗贼横行。拓跋嗣召集 “八公” 商议说：“我想为百姓铲除祸害，可地方长官不能安抚，反而让局势混乱。如今犯法的人已经很多，不能全部诛杀，我想大赦来安抚他们，怎么样？” 元城侯拓跋屈说：“百姓逃亡做强盗，不惩罚却赦免，这是君主向百姓妥协，不如诛杀首恶，赦免其余党羽。” 崔宏说：“圣明的君主治理百姓，关键在于让他们安定，不是与他们较量胜负。大赦虽然不是正道，却可以灵活施行。拓跋屈想先诛杀后赦免，关键是这两种方法都不能消除隐患，不如一次大赦就平定局势！如果赦免后还有人不服从，再诛杀也不晚。” 拓跋嗣听从了崔宏的建议。二月，癸未朔日（初一），派将军于栗磾率领一万骑兵讨伐不服从命令的人，所到之处都被平定。
南燕贺赖卢、公孙五楼挖地道出击晋军，没能击退敌人。广固城长期关闭，城中男女大多因缺粮生病，腿脚浮肿，出城投降的人接连不断。慕容超乘车登上城墙，尚书悦寿劝慕容超说：“如今上天帮助敌人作恶，士兵疲惫憔悴，我们独守这座孤城，又没有外援的希望，天时人事已经很明显了。如果国运已尽，即使是尧、舜也会退位，陛下难道不考虑变通的办法吗！” 慕容超叹息说：“国家兴亡，是天命。我宁可持剑战死，也不能投降求生！”
丁亥日（初五），刘裕率领全部兵力攻城。有人说：“今天是‘往亡日’（古代认为不宜出兵的日子），不利于进军。” 刘裕说：“我们前往，敌人灭亡，有什么不利！” 下令从四面猛攻。悦寿打开城门，迎接晋军入城，慕容超与身边几十名骑兵翻墙突围逃跑，被晋军追上抓获。刘裕列举他拒不投降的罪状，慕容超神色自若，一言不发，只把母亲托付给刘敬宣。刘裕因广固久攻不下而愤怒，想把城中百姓全部活埋，把他们的妻子女儿赏赐给将士。韩范劝谏说：“晋朝皇室南迁后，中原大乱，士民无依无靠，强者就归附谁，既然成为君臣，就必须为君主尽力。这些人都是世家大族，是先帝的遗民；如今朝廷的军队前来讨伐，却要把他们全部活埋，让他们去哪里安身呢！我担心西北的百姓从此再也没有盼望复国的希望了。” 刘裕脸色一变，向韩范道歉，但还是斩杀了王公以下三千人，没收一万多户人家为奴婢，拆毁广固的城墙，把慕容超押送到建康，斩首示众。
臣司马光评论说：晋朝自从渡过长江以来，声威势力日渐衰弱，戎狄横行，像老虎一样吞噬中原。刘裕开始率领朝廷军队平定东方，却不在此时表彰礼遇贤才，安抚疲惫的百姓，宣扬仁爱的风气，清除残暴的政令，让士民向往归附，遗民翘首以待，反而肆意屠杀来发泄愤怒。看他的所作所为，连苻氏、姚氏（前秦、后秦的统治者）都不如，难怪他不能统一四海，成就伟大的功业，这难道不是因为他虽有智勇却没有仁义吗！
当初，徐道覆听说刘裕北伐南燕，劝卢循乘虚袭击建康，卢循不同意。徐道覆亲自到番禺劝说卢循：“我们本来住在岭南，难道要在这里终老，把地盘传给子孙吗？只是因为刘裕难以对抗罢了。如今刘裕把军队停在坚固的城池下，没有返回的日期，我们用这些渴望回乡的敢死士兵袭击何无忌、刘毅等人，易如反掌。不抓住这个机会，却苟求一时的安定，朝廷始终把您视为心腹之患；如果刘裕平定南燕后，休整军队一年多，用诏书征召您，他亲自率军驻守豫章，派将领率领精锐部队越过南岭，即使您有神武之才，恐怕也难以抵挡。今天的机会，千万不能错过。如果先攻克建康，摧毁朝廷的根基，刘裕即使南返，也无能为力了。您如果不同意，我就率领始兴的部众直接进攻寻阳。” 卢循很不乐意采取这一行动，却又无法反驳徐道覆的计划，于是听从了他。
起初，徐道覆派人在南康山（今江西赣州南）砍伐造船木材，运到始兴后低价出售，当地人争相购买，木材大量囤积，却没人怀疑他的意图；到这时，徐道覆把木材全部取出用来建造战船，十天就完成了。卢循从始兴出发，侵犯长沙，徐道覆侵犯南康（今江西赣州）、庐陵（今江西吉安）、豫章（今江西南昌），各地的太守、内史都弃城逃跑。徐道覆顺长江东下，战船和武器装备非常精良。
当时，攻克南燕的消息还没传到建康，朝廷紧急征召刘裕回京。刘裕正商议留在下邳，经营司州（今河南中部）、雍州（今陕西中部），恰逢收到诏书，于是任命韩范为都督八郡军事、燕郡太守，封融为勃海太守，檀韶为琅邪太守；戊申日（二十六日），率领军队返回。檀韶，是檀祗的哥哥。过了很久，刘穆之声称韩范、封融谋反，把他们都杀了。
安成忠肃公何无忌从寻阳率领军队抵抗卢循。长史邓潜之劝谏说：“国家的安危，就在这一战。听说卢循的战船很多，势力处于上游，应当挖开南塘（建康城南的堤坝），坚守豫章、寻阳两座城池等待他们，他们一定不敢绕过我们远攻建康。我们养精蓄锐，等他们疲惫老化后再进攻，这是万全之策。如今把成败寄托在一战上，万一失利，后悔就来不及了！” 参军殷阐说：“卢循率领的部众，都是三吴地区的旧贼，身经百战，还有斗志；始兴的溪族士兵，勇猛善斗，不能轻视。将军应当留在豫章，向所属城池征兵，等军队集结后再交战，还不算晚。如果用现在这些兵力轻率进军，恐怕一定会后悔。” 何无忌不听。三月，壬申日（二十日），何无忌与徐道覆在豫章相遇，贼军命令几百名强弩手登上西岸的小山拦射晋军。恰逢西风猛烈，把何无忌乘坐的小船吹向东岸，贼军乘风用大战船逼近，晋军随即溃散。何无忌厉声喊道：“拿我的苏武节来！” 符节送到后，他手持符节督战。贼军云集而来，何无忌神色不屈，紧握符节战死。于是朝廷内外震动恐惧，大臣们商议想护送安帝向北逃跑，投靠刘裕；不久得知贼军还没到，才停止。
西秦王乞伏乾归进攻后秦的金城郡（今甘肃兰州），攻克城池。
夏王刘勃勃派尚书金纂进攻平凉。后秦王姚兴率军救援平凉，进攻金纂，将他杀死。刘勃勃又派侄子左将军刘罗提攻克定阳（今陕西延安富县），活埋后秦将士四千多人。后秦将领曹炽、曹云、王肆佛等人各自率领几千人逃到内地，姚兴把他们安置在湟山（今甘肃兰州榆中西南）和陈仓（今陕西宝鸡陈仓）。刘勃勃侵犯陇右（今甘肃东部），攻破白崖堡（今甘肃平凉崇信东南），随后进逼清水（今甘肃天水清水），略阳太守姚寿都弃城逃跑，刘勃勃把清水的一万六千户百姓迁徙到大城（今内蒙古鄂尔多斯杭锦旗东南）。姚兴从安定（今甘肃平凉泾川）追击，追到寿渠川（今地不详），没能追上，只好返回。
当初，南凉王秃发傉檀派左将军枯木等人讨伐沮渠蒙逊，劫掠临松（今甘肃张掖肃南东南）一千多户百姓后返回。沮渠蒙逊讨伐南凉，抵达显美（今甘肃武威凉州西北），迁徙几千户百姓后离去。南凉太尉俱延再次讨伐沮渠蒙逊，大败而回。这个月，秃发傉檀亲自率领五万骑兵讨伐沮渠蒙逊，在穷泉（今甘肃张掖东南）交战，秃发傉檀大败，单人匹马逃回。沮渠蒙逊乘胜进军包围姑臧，姑臧人因之前王钟等人谋反被诛杀的事而恐慌，纷纷溃散，一万多户夷人、汉人投降沮渠蒙逊。秃发傉檀害怕，派司隶校尉敬归和儿子秃发佗到沮渠蒙逊那里做人质，请求讲和，沮渠蒙逊答应了。敬归走到胡坑（今甘肃武威东南）时，逃回姑臧，秃发佗被追兵抓获，沮渠蒙逊迁徙南凉八千多户百姓后离去。南凉右卫将军折掘奇镇占据石驴山（今甘肃武威天祝西南）反叛。秃发傉檀既害怕沮渠蒙逊的逼迫，又担心岭南（姑臧以南）被折掘奇镇占据，于是迁都到乐都（今青海海东乐都），留下大司农成公绪镇守姑臧。秃发傉檀刚出城，魏安（今甘肃武威古浪东）人侯谌等人就关闭城门作乱，聚集三千多家百姓，占据姑臧南城，推举焦朗为大都督、龙骧大将军，侯谌自称凉州刺史，向沮渠蒙逊投降。
刘裕抵达下邳，用船装载军用物资，亲自率领精锐步兵返回。到山阳（今江苏淮安）时，听说何无忌战败身亡，担心京城失守，就脱下铠甲，加速行军，与几十人赶到淮河岸边，向路人询问朝廷的消息，路人说：“贼军还没到，如果刘公回来，就没什么可担心的了。” 刘裕大喜。准备渡江时，风势猛烈，众人都觉得困难。刘裕说：“如果天命帮助国家，风就会自行停止；如果不是这样，淹死又有什么妨碍！” 当即下令登船，船刚移动，风就停了。渡过长江后，抵达京口，众人这才安心。夏季，四月，癸未日（初二），刘裕抵达建康。因江州失陷，上奏表请求交回印绶，朝廷下诏不同意。
青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘籓、并州刺史刘道怜各自率领军队进入建康保卫。刘籓，是兖州刺史刘毅的堂弟。刘毅听说卢循侵犯，准备率军抵抗，却生病卧床；病愈后，准备出发。刘裕写信给刘毅说：“我过去多次讨伐妖贼，熟悉他们的战术变化。贼军刚获得胜利，锐气不可轻视。如今我这边修造战船即将完成，准备和你一起进军。平定贼军后，上游的重任，都交给你。” 又派刘籓前往劝说阻止他。刘毅发怒，对刘籓说：“过去只是因为一时的功劳推举他罢了，你难道真以为我不如刘裕吗！” 把信扔在地上，率领两万水军从姑孰（今安徽马鞍山当涂）出发。
卢循起初入侵时，派徐道覆进攻寻阳，自己率军攻打湘中（今湖南中部）各郡。荆州刺史刘道规派军队迎战，在长沙战败。卢循进军到巴陵（今湖南岳阳），准备进攻江陵。徐道覆听说刘毅即将到来，派人快马告诉卢循说：“刘毅的军队很强大，成败关键就在这一战，应当合力击败他。如果这一战胜利，江陵就不值得担心了。” 卢循当天从巴陵出发，与徐道覆合兵东下。五月，戊午日（初七），刘毅与卢循在桑落洲（今江西九江东北长江中）交战，刘毅的军队大败，他弃船上岸，率领几百人步行逃跑，其余部众都被卢循俘虏，丢弃的军用物资堆积如山。
起初，卢循抵达寻阳时，听说刘裕已经返回，还不相信；攻克刘毅的军队后，才确认消息，他和党羽们相视失色。卢循想退回寻阳，攻取江陵，占据江州、荆州来对抗朝廷。徐道覆认为应当乘胜直接进攻建康，坚持争辩。卢循犹豫了几天，最终听从了徐道覆的建议。
己未日（初八），朝廷宣布大赦。刘裕招募百姓当兵，赏赐标准和当初京口起兵时相同。征发百姓修筑石头城（今江苏南京城西）。有人建议分兵防守各渡口要地，刘裕说：“贼众我寡，如果分兵驻守，就会让敌人摸清我们的虚实；而且一处失利，就会动摇三军的士气。如今把军队聚集在石头城，根据情况随时应对，既让敌人无法判断我们的兵力多少，又能集中力量。如果后续军队逐渐集结，再慢慢商议其他策略。”
朝廷听说刘毅战败，人心惶惶。当时北伐的军队刚返回，将士大多受伤生病，建康的士兵不足几千人。卢循攻克江州、豫州（刘毅驻守的地区）后，拥有十多万士兵，战船车马绵延百里，楼船高达十二丈，战败逃回的人争相诉说贼军的强盛。孟昶、诸葛长民想护送安帝渡过长江，刘裕不同意。起初，何无忌、刘毅南征时，孟昶预料他们一定会战败，后来果然如此。到这时，孟昶又认为刘裕一定无法抵抗卢循，众人大多相信他的话。只有龙骧将军东海人虞丘进在朝廷上反驳孟昶等人，认为不会这样。中兵参军王仲德对刘裕说：“明公您是顺应天命的辅臣，刚建立大功，威震天下，妖贼乘虚入侵，如今听说您凯旋归来，一定会溃散。如果您先逃跑，就会和普通人一样，普通人发号施令，怎么能威慑众人！如果这个计划被采纳，我请求从此告辞。” 刘裕非常高兴。孟昶坚持请求不已，刘裕说：“如今重要的藩镇沦陷，强大的贼军逼近，人心恐惧，没有坚定的意志；如果一旦迁都，就会土崩瓦解，江北又怎么能到达呢！即使能到达，也不过是延长几天寿命罢了。如今士兵虽然少，但足够一战。如果能取胜，君臣就能共享太平；如果厄运必定到来，我会战死在宗庙门前，实现我历来以身报国的志向，不能躲藏在民间苟且求生。我的计划已经决定了，你不要再多说！” 孟昶因自己的建议不被采纳而愤怒，又认为一定会战败，于是请求自杀。刘裕发怒说：“你姑且再打一仗，死又何必着急！” 孟昶知道刘裕最终不会采纳他的建议，就上奏表自责说：“刘裕北伐时，众人都不同意，只有我赞同他的计划，导致强贼乘虚而入，国家危急，这是我的罪过。谨以此表向天下人谢罪！” 封好奏表后，孟昶服毒自杀。
乙丑日（五月十四日），卢循率军抵达淮口（今江苏南京西北，秦淮河入长江处），朝廷内外实行戒严。琅邪王司马德文担任都督宫城诸军事，驻守中堂皇（皇宫中的殿堂）；刘裕驻守石头城（今江苏南京城西），其他将领也各自有驻守的地方。刘裕的儿子刘义隆才四岁，刘裕派咨议参军刘粹辅佐他，镇守京口（今江苏镇江丹徒）。刘粹，是刘毅的同族弟弟。
刘裕看到百姓靠近水边观望贼军，对此感到奇怪，就问参军张劭原因。张劭说：“如果您（持节钺，代指刘裕）还没回来，百姓连逃跑都来不及，哪有心思观望？现在他们是不再害怕了啊。贼军如果从新亭（今江苏南京江宁南）直接进军，其锋芒锐不可当，我们应当暂时回避，胜负还难以预料；如果他们回船停泊在西岸，就一定会被我们擒获。”
徐道覆请求从新亭到白石（今江苏南京江宁西北）一带烧掉船只上岸，分几路进攻刘裕。卢循却想求万全之策，对徐道覆说：“我们大军还没到，孟昶就已经闻风自杀；从大势来看，建康用不了几天就会自行崩溃。现在要在一天内决胜负，冒险求利，既不是必胜的办法，还会损伤士兵，不如按兵不动等待时机。” 徐道覆因卢循多疑、缺乏决断，感叹道：“我最终还是被卢公耽误了，事情肯定成不了；要是我能为真正的英雄效力，平定天下都不在话下。”
刘裕登上石头城眺望卢循的军队，起初看到贼军船只驶向新亭，他回头看身边的人，脸色都变了；不久贼军回船停泊在蔡洲（今江苏南京西南长江中），他才松了口气，露出喜悦神色。于是各路军队逐渐集结。刘裕担心卢循发动突袭，采纳虞丘进的建议，砍伐树木在石头城、淮口一带设置栅栏，修缮越城（今江苏南京秦淮河南），又修筑查浦（今江苏南京西南）、药园（今江苏南京雨花台附近）、廷尉（今江苏南京附近）三座堡垒，都派兵驻守。
刘毅沿途经过蛮地、晋地，勉强保住自己的性命，跟随他的人又饿又累，死亡的有十分之七八。丙寅日（十五日），刘毅抵达建康，等待朝廷处分。刘裕安慰鼓励他，让他负责朝廷内外的留守事务。刘毅请求自我贬官，朝廷下诏将他降为后将军。
北魏长孙嵩率军抵达漠北后返回，柔然军队追击，把他包围在牛川（今内蒙古乌兰察布兴和西北）。壬申日（二十一日），北魏主拓跋嗣向北进攻柔然。柔然可汗社仑听说后，仓皇逃跑，在路上病死；他的儿子度拔还年幼，部众于是拥立社仑的弟弟斛律，号称 “蔼苦盖可汗”。拓跋嗣率军返回参合陂（今内蒙古乌兰察布凉城东北）。
卢循在长江南岸埋伏军队，派老弱士兵乘船向白石进军，声称要率领全部军队从白石步行上岸。刘裕留下参军沈林子、徐赤特驻守南岸，阻断查浦通道，下令他们坚守不动；自己则和刘毅、诸葛长民率军向北出兵抵抗。沈林子说：“妖贼说的这话，未必是真的，我们应该严密防备。” 刘裕说：“石头城地势险要，而且淮河一带的栅栏很坚固，留下你在这里，足够守住了。” 沈林子，是沈穆夫的儿子。
庚辰日（五月二十九日），卢循焚烧查浦，进军到张侯桥（今江苏南京西南）。徐赤特准备出兵进攻，沈林子说：“贼军声称去白石，却多次来挑战，他们的意图很明显。我们兵力少，打不过他们，不如守住险要地形，等待大军增援。” 徐赤特不听，执意出战。卢循的伏兵突然出动，徐赤特大败，独自驾着一条船逃往淮北（今江苏南京长江以北）。沈林子和将军刘钟依靠栅栏奋力作战，朱龄石率军赶来救援，贼军才撤退。卢循率领精锐部队大举上岸，抵达丹阳郡（今江苏南京江宁东南）。刘裕率领各路军队快速返回石头城，斩杀徐赤特，然后脱下铠甲休整。过了很久，才出兵在南塘（今江苏南京秦淮河以南）列阵。
六月，朝廷任命刘裕为太尉、中书监，加授黄钺（古代帝王赐给重臣的仪仗，象征专杀之权）；刘裕接受了黄钺，其余官职则坚决推辞。朝廷任命车骑中军司马庾悦为江州刺史。庾悦，是庾准的儿子。
司马国璠和弟弟司马叔璠、司马叔道逃奔后秦。后秦王姚兴问他们：“刘裕刚诛杀桓玄，辅佐晋室，你们为什么要来投奔我？” 三人回答说：“刘裕削弱皇室权威，我们宗族中但凡有自己奋发图强的人，都会被他除掉。他即将成为国家的祸患，比桓玄还厉害啊。” 姚兴于是任命司马国璠为扬州刺史，司马叔道为交州刺史。
卢循劫掠各县，却没抢到什么物资，对徐道覆说：“军队已经疲惫了，不如返回寻阳（今江西九江），合力夺取荆州（今湖北江陵），占据天下三分之二的地盘，再慢慢和建康对抗。” 秋季，七月，庚申日（初十），卢循从蔡洲向南返回寻阳，留下党羽范崇民率领五千人占据南陵（今安徽芜湖繁昌南）。甲子日（十四日），刘裕派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史兰陵人蒯恩、中军咨议参军孟怀玉等人率领部众追击卢循。
乙丑日（十五日），北魏主拓跋嗣返回平城（今山西大同）。
西秦王乞伏乾归讨伐越质屈机等十几个部落，降服二万五千人，把他们迁徙到苑川（今甘肃兰州榆中东北）。八月，乞伏乾归重新定都苑川。
沮渠蒙逊讨伐西凉，在马庙（今甘肃酒泉东南）击败西凉世子李歆，擒获西凉将领朱元虎后返回。西凉公李暠用二千斤银、二千两金赎回朱元虎；沮渠蒙逊归还了朱元虎，于是和李暠结盟，率军返回。
刘裕返回东府（今江苏南京东南），大力整治水军，派建威将军会稽人孙处、振武将军沈田子率领三千人从海路袭击番禺（今广东广州，卢循的老巢）。沈田子，是沈林子的哥哥。众人都认为 “海路艰难遥远，难以到达，而且分走现有兵力，不是当前紧急的事”。刘裕不听，命令孙处说：“大军在十二月初一定能击败妖虏，你到那时要先摧毁他们的巢穴，让他们逃跑后无处可归。”
谯纵派侍中谯良等人前往后秦朝见，请求出兵讨伐晋朝。谯纵任命桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，率领二万人侵犯荆州；后秦王姚兴派前将军苟林率领骑兵与他们会合。
江陵自从卢循东下后，就得不到建康的消息，盗贼四处兴起。荆州刺史刘道规派司马王镇之率领天门太守檀道济、广武将军彭城人到彦之入援建康。檀道济，是檀祗的弟弟。
王镇之抵达寻阳时，被苟林击败。卢循听说后，任命苟林为南蛮校尉，分给他兵力，让他乘胜讨伐江陵，还声称徐道覆已经攻克建康。桓谦在路上招募旧部和义士，投奔他的百姓有二万人。桓谦驻守枝江（今湖北宜昌枝江），苟林驻守江津（今湖北荆州江陵南），两个敌寇逼近江陵，江陵的官民大多怀有二心。刘道规于是召集将士说：“桓谦现在就在附近，我听说各位中有不少人有离开的打算。我从东边带来的文武官员，足够办成大事；如果有人想走，我绝不禁止。” 于是夜里打开城门，直到天亮都不关闭。众人都敬畏服从，没有一个人离开。
雍州刺史鲁宗之率领几千人从襄阳（今湖北襄阳）赶赴江陵。有人说鲁宗之的心意难以揣测，刘道规却单人匹马前去迎接他，鲁宗之深受感动，十分喜悦。刘道规让鲁宗之留守江陵，把他当作心腹托付，自己则率领各路军队进攻桓谦。将领们都说：“现在远出讨伐桓谦，胜负难料。苟林近在江津，窥探我们的动静，如果他来攻城，鲁宗之未必能守住；万一失利，大事就全完了。” 刘道规说：“苟林愚蠢懦弱，没什么奇计，他知道我离开不远，一定不敢攻城。我现在去进攻桓谦，到了就能攻克；等他犹豫要不要来的时候，我已经返回了。桓谦战败后，苟林会吓破胆，哪有时间来攻城！而且鲁宗之单独防守，怎么会支撑不了几天！” 于是快速进军攻打桓谦，水路、陆路同时推进。桓谦等人大规模部署水军，加上步兵、骑兵，在枝江交战。檀道济率先冲锋，攻破敌阵，桓谦等人大败。桓谦独自驾船逃奔苟林，刘道规追击，将他斩杀。返回时，刘道规抵达涌口（今湖北荆州江陵东南），讨伐苟林，苟林逃跑，刘道规派咨议参军临淮人刘遵率领部众追击。当初，桓谦抵达枝江时，江陵的官民都给桓谦写信，告知城内虚实，想做内应；这时这些信被查获，刘道规却全部烧掉，看都不看，众人于是彻底安心。
江州刺史庾悦任命鄱阳太守虞丘进为先锋，多次击败卢循的军队，进军占据豫章（今江西南昌），断绝了卢循的粮道。九月，刘遵在巴陵（今湖南岳阳）斩杀苟林。
桓石绥趁卢循入侵之机，在洛口（今湖北襄阳东南）起兵，自称荆州刺史；征阳县令王天恩自称梁州刺史，袭击并占据西城（今陕西安康西北）。梁州刺史傅韶派儿子魏兴太守傅弘之讨伐桓石绥等人，将他们全部斩杀，桓氏家族从此灭亡。傅韶，是傅畅的孙子。
西秦王乞伏乾归进攻后秦的略阳（今甘肃天水秦安）、南安（今甘肃定西陇西东南）、陇西（今甘肃定西临洮）等郡，全部攻克，把二万五千户百姓迁徙到苑川和枹罕（今甘肃临夏）。
甲寅日（九月十九日），北魏将拓跋珪安葬在盛乐金陵（今内蒙古呼和浩特和林格尔西北），谥号为 “宣武”，庙号为 “烈祖”。
刘毅坚决请求追击卢循，长史王诞秘密对刘裕说：“刘毅已经战败，不宜再让他立功。” 刘裕听从了王诞的建议。冬季，十月，刘裕率领兖州刺史刘籓、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等人向南进攻卢循，任命刘毅监管太尉留府事务，后方的所有事情都委托给他。癸巳日（二十九日），刘裕从建康出发。
徐道覆率领三万人赶赴江陵，突然抵达破冢（今湖北荆州江陵东南）。当时鲁宗之已经返回襄阳，来不及召回，江陵人心大为震动。有人传言卢循已经平定京城，派徐道覆来当荆州刺史，但江汉地区的官民感激刘道规之前焚烧书信、不追究内应的恩德，没有再怀二心。刘道规让刘遵另外率领一支游军（机动部队），自己在豫章口（今湖北荆州江陵东南）抵抗徐道覆，先锋部队失利；刘遵从外围侧面袭击，大败贼军，斩首一万多级，贼军投水而死的几乎全部灭绝。徐道覆独自驾船逃回湓口（今江西九江东）。当初，刘道规让刘遵率领游军时，众人都认为强敌当前，只担心兵力不足，不该分割现有兵力，把军队放在无用的地方。等到击败徐道覆，最终依靠的却是游军的力量，众人才心服口服。
鲜卑族仆浑、羌族句岂、输报、邓若等部落，率领二万户百姓投降西秦。
王仲德等人听说刘裕大军即将到达，在南陵进攻范崇民，范崇民的战舰在长江两岸分别驻扎。十一月，刘钟亲自去侦察贼军，天降大雾，贼军用钩子钩住了他的船。刘钟趁机率领手下进攻船门，贼军急忙关闭船门抵抗。刘钟于是慢慢退回，和王仲德一起进攻范崇民，范崇民逃走。
癸丑日（十一月十九日），益州刺史鲍陋去世。谯道福攻陷巴东（今重庆奉节），杀死守将温祚、时延祖。
卢循驻守广州的军队，没有防备海路。庚戌日（十二月十六日），孙处从海路突然抵达，恰逢大雾，晋军从四面进攻，当天就攻克了广州城。孙处对外安抚当地旧民，诛杀卢循的亲党，整兵严守，又分派沈田子等人进攻岭南（今广东、广西一带）各郡。
刘裕驻军雷池（今安徽安庆望江东南），卢循声称不进攻雷池，要顺长江直下。刘裕知道卢循想决战，十二月，己卯日（十五日），率军进军大雷（今安徽安庆望江）。庚辰日（十六日），卢循、徐道覆率领几万军队沿江而下，船只前后相连，看不到尽头。刘裕出动全部轻装战船，率领各军合力攻击；又分派步兵、骑兵驻守西岸，岸上的军队投掷火把焚烧贼船，烟火冲天。卢循的军队大败，逃回寻阳；准备前往豫章时，又全力设置栅栏阻断左里（今江西九江都昌西北）。丙申日（十二月初二），刘裕的军队抵达左里，无法前进。刘裕指挥军队准备作战时，手中的指挥竿突然折断，旗帜沉入水中，众人都感到奇怪和害怕。刘裕笑着说：“往年覆舟之战（指讨伐桓玄时的一场战役），旗帜竿也折断过，现在又这样，贼军一定能被击败！” 随即下令进攻栅栏，向前推进。卢循的军队虽然拼死抵抗，却无法阻挡。卢循独自驾船逃跑，被杀和投水而死的贼军共有一万多人。刘裕接纳投降的贼兵，赦免了那些被逼迫跟随卢循的人，派刘籓、孟怀玉率领轻装部队追击卢循。卢循收集散兵，还有几千人，直接返回番禺；徐道覆则逃到始兴（今广东韶关）防守。刘裕暂任建威将军褚裕之为广州刺史。褚裕之，是褚裒的曾孙。刘裕返回建康。刘毅讨厌刘穆之，常常在和刘裕闲谈时说刘穆之权力太大，刘裕却因此更加亲近信任刘穆之。
北燕广川公冯万泥、上谷公冯乳陈，自认为是皇室宗族，又有大功，认为应当入朝担任辅政大臣。燕王冯跋因两人镇守藩镇、责任重大，很久不征召他们入朝，两人都心怀怨恨。这一年，冯乳陈秘密派人告诉冯万泥说：“我有一个重要计划，希望和叔父一起谋划。” 冯万泥于是逃到白狼（今辽宁朝阳喀左西南），和冯乳陈一起反叛。冯跋派汲郡公冯弘和张兴率领二万步兵、骑兵讨伐他们。冯弘先派使者向两人晓谕祸福；冯万泥想投降，冯乳陈却不同意。张兴对冯弘说：“贼军明天会出战，今晚一定会来劫营，我们应当做好防备。” 冯弘于是秘密下令，让每人准备十束干草，储备火种，埋伏军队等待贼军。当天夜里，冯乳陈果然派一千多名壮士来劫营，晋军的火把同时点燃，伏兵突然出击，把贼军全部俘获斩杀。冯万泥、冯乳陈害怕，出城投降，冯弘将两人全部斩杀。冯跋任命范阳公冯素弗为大司马，改封辽西公；任命冯弘为骠骑大将军，改封中山公。