春深时节，南京城外的格物院新址已初具规模。与旧日偏居一隅的院落不同，这片由皇帝特批、占地广阔的园区，俨然一座新兴的“学问之城”。高耸的观测塔楼、冒着淡淡蒸汽的实验工坊、排列整齐的藏书阁与计算房，以及往来其间身着统一棉布袍服的研究人员，无不彰显着一种与旧式书院迥然不同的气象。
在王贞仪的主持下，格物院的组织结构已日趋完善，不再仅是零散的“奇技巧器”研究，而是系统性地划分为“天文算学”、“物理机械”、“化学格致”、“生物农医”及“地质矿冶”五大部。每部下又设若干专科，由该领域颇有建树的“首席格物士”带领团队进行专项攻坚。研究的课题，也从早期相对简单的器械改良，转向更为基础与宏大的领域：如提高蒸汽机效率的理论研究、植物杂交育种的系统性实验、基于三角函数的大地测量、乃至利用电解法尝试制备未知金属……
然而，随着研究日益深入，两个尖锐的问题摆在了林川与王贞仪面前。
其一，是研究经费的巨量消耗与成果转化的不确定性。一台大型蒸汽动力压力机的建造、一次远赴云贵的地质勘探、一间配备玻璃器皿和精密天平的化学实验室，其花费动辄数以万两白银计。尽管沈万三力排众议，从海关收入及新兴工商业税收中划拨专款设立“格物发展基金”，但朝野间质疑之声从未停歇。
“陛下！格物院年耗银巨万，所为何物？那蒸汽机轰鸣数年，未见其利，先见其耗！所谓电解、杂交，更是闻所未闻，与国计民生何益？此等投入，无异于泥牛入海！”朝堂上，总有官员以此攻讦。
其二，则是研究成果如何能快速、有效地惠及国计民生，而非仅仅停留在论文与模型阶段。一台效率提升三成的织机图纸，若无人投资制造、无人推广使用，便只是一纸空文；一种抗病力更强的稻种，若无法送到千万农户手中，便毫无价值。
为解决第一个问题，林川与王贞仪商议后，在议会提出了《格物院成果评议与预算审核条例》。规定格物院各研究部，每年需向由议会、户部及各界代表组成的“格物咨议局”提交年度研究计划与预算申请，详细阐述其研究目的、预期成果及潜在价值，接受质询与审核。同时，建立“阶段性成果评估”机制，对长期项目进行中期考核，确保经费有效使用。此举虽增添了文书工作，却在制度上为格物院的持续发展提供了保障，也部分平息了朝堂的非议。
针对第二个问题，则更为复杂。沈万三提出借鉴“大明银行”模式，设立“格物兴业社”，这是一个半官方的机构，旨在充当格物院与民间工商业之间的桥梁。“兴业社”负责评估格物院那些具有市场前景的成果，通过授权专利、技术入股、甚至直接贷款投资等方式，吸引和协助商人、工坊主将新技术转化为商品。同时，“兴业社”也负责收集民间遇到的技术难题，反馈至格物院，引导研究方向更贴近实际需求。
然而，这一机制的推行，却遭遇了意料之外的阻力。
阻力并非直接来自守旧派，而是来自格物院内部和民间工匠阶层。
在格物院内部，一部分醉心于纯理论研究的格物士，对将学问与“铜臭”挂钩颇为抵触。一位钻研天体运行的老格物士便曾对王贞仪抱怨：“王首席，吾等观天测地，探究宇宙至理，此乃格物之本真！如今却要吾等去向商贾兜售机巧，计算锱铢，斯文何在？”
而在民间，许多靠祖传手艺吃饭的工匠，则对格物院推出的新式工具、新工艺怀有深深的恐惧与敌意。南京城着名的“金箔世家”传人李金锤，就曾带着族中子弟，举着祖传的锤子、砧子，到格物院门口抗议。因为格物院机械部刚刚试验成功一种水力驱动的轧金机，效率是其手工捶打的百倍。
“你们这是要绝了我们金箔行的根啊！”李金锤老泪纵横，“祖宗传下的手艺，就要毁在这些铁疙瘩手里了！”
面对内外的压力，王贞仪展现出了卓越的领导力与远见。她对内召集全体格物士，恳切陈词：“诸位同僚，格物致知，终极目的乃是‘利用厚生’！若我们的学问不能使国家强盛、百姓富足，与故纸堆中的空谈何异？蒸汽之力，可推动织机，亦可推动舰船；天文测算，可窥宇宙奥秘，亦可导航远洋。学问之用，存乎一心！与工商结合，非是自贬身价，而是让格物之光，照亮更广阔的天地！”
对外，她亲自接待了李金锤等人，并未强行推销轧金机，而是邀请他们参观格物院，展示轧金机如何能制造出厚度均匀、品质远超手工的金箔。同时，她提出由“格物兴业社”提供低息贷款，帮助李金锤的家族工坊引进这台机器，并安排格物院学生指导他们操作维护，将其传统锤金技艺中的诀窍，用于机器参数的微调，使产品质量更上一层楼。
“李老师傅，”王贞仪真诚地说，“机器不是要取代您，而是要成为您更得力的帮手。您看，用它打出的金箔，岂不是更好？您家的招牌，只会更加响亮。往后，您不必再辛苦捶打，可以专心于图案设计、品质把控，将金箔卖到更远的地方，甚至海外去！”
李金锤将信将疑，但在王贞仪的诚意和实实在在的机器面前，最终选择了尝试。数月后，李家工坊出产的金箔因其优异的品质和相对低廉的价格，迅速打开了市场，甚至获得了宫廷采购的订单。李金锤也从最初的反对者，变成了新技术的拥护者，主动与格物院合作，改进机器。
李金锤的转变，成为一个有力的示范。“格物兴业社”逐渐运转起来，一批诸如改良农具、新式染料、防水布等成果开始走向市场，创造出实实在在的财富。格物院，这个曾经被视为“奇技巧器”之所，正在以一种潜移默化而又坚定有力的方式，成为推动大明这艘古老巨轮向前航行的重要引擎之一。格物兴邦，不再是一句空洞的口号，而是化为了车间里机器的轰鸣、田野间增长的收成、以及国库中日益丰盈的税收。