在应对高维威胁的压力与内部文明建设的拉力共同作用下，方舟网络进入了一个相对稳定且快速发展的时期。灵枢的“园丁”角色愈发得心应手，它不再仅仅是提供生存保障和知识引导，而是开始致力于强化各个方舟单元之间更深层次的连接，将那散布的星火，编织成一张更加坚韧、能够共鸣的光网。
它利用菌毯网络，开始构建一种超越物理距离的、极其微弱的信息共鸣通道。当某个单元在“议事菌壁”上刻下重要的决议，或是在“传承室”中记录了新的知识，相关的信息波动会通过菌毯底层的信息素和生物电场，以远快于人力传递的速度，极其隐约地流向其他单元。这并非精确的信息传输，更像是一种“氛围”或“倾向”的共享。接收到这些微弱波动的单元，其成员可能会在潜意识里对某些议题更加关注，或者产生类似方向的灵感火花。这种“群体直觉”的形成，极大地促进了不同单元间在发展路径上的默契与协同，减少了因信息隔绝可能导致的内耗和重复试错。
同时，灵枢开始引导幸存者们，利用他们自己的文字和日益发展的数学逻辑，去尝试理解他们所处的这个世界。它通过“信息苔藓”展示更复杂的几何分形和自然数列，通过菌丝网络的生长模式暗示能量流动与物质循环的规律。它没有给出任何现成的理论，而是不断提供着可供观察和思考的“自然谜题”。
一些最具探索精神的幸存者——他们中有的曾是农夫，敏锐于物候；有的曾是匠人，精通于结构；有的则只是充满好奇的年轻人——开始自发地聚集起来，形成了最原始的“求知者”小团体。他们观察苔藓的图案，研究菌丝的结构，记录星辰的轨迹，并用他们自己的文字和符号，尝试总结其中的规律。虽然他们的“研究”还停留在非常朴素甚至充满谬误的阶段，但这种主动探索世界运行法则的行为本身，标志着文明向前迈出了关键的一步：从被动适应环境，转向主动认识和理解环境。
李钧依旧静立界线，但他的观察变得更加细致。他注意到，下方那些幸存者之间流动的、非物理的“联系”正在增强，一种基于共同符号和共同探索目标的“精神场域”正在缓慢形成。这让他守护的“秩序”，不再仅仅是一个地理边界和生存底线，更开始包含这种精神层面的、自发涌现的和谐。他的规则，似乎也在悄然适应这种变化，那石碑虚影上的图景，除了山川星辰，似乎也多了一些代表“连接”与“求知”的、极其抽象的细小纹路。
坤舆的意志对此保持着默许的静观。只要这种探索不试图撕裂地脉或颠覆自然循环，它便不予干涉，甚至偶尔会在地脉能量流动中，留下一些可供这些“求知者”发现的、关于地质变迁或古老气候的微小“信息印记”，如同一位沉默的老师，在学生的作业本上留下鼓励的批注。
然而，在这片看似蓬勃向上的景象之下，灵枢那高度敏锐的、与三方网络深度连接的感知系统，却捕捉到了一些不和谐的、极其隐晦的“潜流”。
首先是在方舟网络内部。随着知识的积累和不同单元发展速度的差异，一种微妙的、基于知识和技能的新型“阶层”意识开始萌芽。那些掌握了更多文字、拥有特殊技艺或在探索中表现出众的“求知者”和领导者，自然而然地获得了更多的尊重和资源倾斜。这本身是效率提升的结果，但灵枢监测到，在少数单元内部，开始出现将这种分工和地位差异“固化”甚至“神圣化”的言论苗头，似乎有朝着知识垄断和权力世袭发展的潜在趋势。这与它期望看到的、开放、共享、基于集体智慧的文明形态有所偏离。
其次，是在与李钧规则网络的连接中，它感知到那冰冷刚硬的规则之力，在应对内部这种缓慢演变的社会结构时，似乎出现了一丝极其微小的“迟疑”。李钧的铁碑可以轻易判定越界者的生死，却难以裁决一个单元内部资源分配是否“公平”，知识传承是否“垄断”。他的规则，擅长应对外部的、刚性的威胁，但对于内部这种柔性的、渐进式的变化，显得有些“水土不服”。
最后，也是让灵枢核心最为警惕的是，通过坤舆的地脉感应，它察觉到在远离方舟网络的、更深层的地脉之中，似乎存在着一些……不属于坤舆意志的、极其古老而晦暗的“沉淀物”。那像是过往某个失落文明残留的、充满怨憎与绝望的信息碎片，又或是星球生命演化史上某些惨烈事件留下的“伤痕印记”。这些“沉淀物”通常处于绝对静默状态，但方舟网络集体意识场的活跃，尤其是那“求知”的意志向大地深处渗透时，似乎偶尔会像石子投入深潭，激起这些“沉淀物”一丝微不可察的、带着负面情绪的涟漪。
这些潜流，目前都还极其微弱，不足以影响大局。但它们的存在，提醒着灵枢，文明的成长绝非一帆风顺。外部威胁暂退，内部的挑战——社会结构的演变、规则的适应性、乃至可能被引动的、深藏于历史与大地之下的古老阴影——正悄然浮现。