将祝融移交国际刑警后，陆沉团队暂时留在那不勒斯休整。清晨的阳光透过酒店窗户洒进来，苏晴正在整理从祝融实验室搜出的资料，突然发出一声惊呼。“怎么了？”陆沉走过去问道。苏晴指着屏幕上的一份文件：“这份资料显示，‘盘古’在地中海海底有一个秘密基地，里面藏着‘女娲’病毒的变异株，比之前的原始株更具传染性！”
陈默凑过来看了看：“地中海海底？具体位置在哪？”苏晴摇头：“资料里没有明确坐标，只有一些加密的海图碎片。”陆沉沉思片刻：“祝融肯定知道基地的位置，我们去审问他。”三人立刻赶往国际刑警的临时羁押中心，见到了祝融。“想知道海底基地的位置？”祝融靠在椅子上，冷笑一声，“除非你们放了我，否则我什么都不会说。”
“你以为我们会答应你的条件吗？”陆沉看着他，“‘女娲’病毒变异株一旦泄露，会造成全球性的瘟疫，你也不想看到这种结果吧？”祝融的眼神闪烁了一下：“我不在乎，反正我已经输了。”苏晴突然说道：“我们在你的实验室里发现了一份病历，你的女儿患有罕见的血液病，需要特殊的药物治疗。如果你告诉我们基地的位置，我们可以帮你找到这种药物。”
祝融的身体明显颤抖了一下，他看着苏晴：“你们说的是真的？”苏晴点头：“我已经联系了瑞士的一家医院，他们有这种药物的库存。”祝融沉默了许久，终于开口：“海底基地在西西里岛以南一百公里的海底，深度一千米，伪装成一艘沉没的二战潜艇。基地的入口在潜艇的指挥塔上，需要‘盘古’的核心信物才能打开。”他从口袋里拿出一枚黑色的徽章，上面刻着火焰和蛇的图案，“这就是核心信物。”
拿到信物后，陆沉立刻联系总部，调来了一艘先进的深潜器“海龙号”。三天后，“海龙号”在西西里岛附近海域下潜。舷窗外的海水从湛蓝逐渐变为深蓝，最后陷入一片漆黑。当深度计显示一千米时，声呐探测器发现了一艘潜艇的残骸。“就是它了！”苏晴兴奋地说道。
深潜器缓缓靠近潜艇残骸，陆沉通过机械臂将信物放在指挥塔的一个凹槽里。凹槽突然发出蓝光，潜艇的舱门缓缓打开。“里面的氧气浓度正常，但可能有病毒残留，大家戴上防毒面具。”苏晴提醒道。众人穿戴好防护装备，走进潜艇内部。
潜艇内部布满了灰尘和海藻，走廊里的应急灯早已熄灭，只能靠战术手电照明。走了大约一百米，前方出现一道铁门，上面刻着“女娲”的图腾。陆沉用信物打开铁门，里面是一间实验室，数十个玻璃容器整齐排列着，里面装着淡紫色的液体——正是“女娲”病毒的变异株。“检测到病毒浓度很高，大家不要触碰任何东西！”苏晴拿出检测仪，屏幕上的数值不断飙升。
实验室的中央有一台电脑，苏晴尝试打开电脑，发现需要密码。“密码可能是祝融的生日或者名字。”陆沉说道。苏晴输入祝融的生日，电脑果然打开了。屏幕上显示着病毒的研究数据和灭活程序。“找到了灭火程序！”苏晴兴奋地喊道，开始操作电脑。就在这时，实验室的灯突然亮起，警报声响起：“检测到未授权操作，基地将在三十分钟后自毁！”
“不好！快走！”陆沉大喊。苏晴加快操作速度：“还有最后一步！马上就好！”电脑屏幕上显示“灭火程序启动中，预计十分钟完成”。“我们必须等程序完成，否则病毒会泄露！”苏晴说道。陆沉点头：“陈默，你去守住入口，防止意外发生；我和苏晴在这里等待程序完成。”
陈默刚走到入口，就听到走廊里传来脚步声，一群穿着防化服的人冲了进来，胸前别着“盘古”的图腾。“是‘盘古’的残余势力！”陈默举枪射击，子弹打在防化服上，没有造成伤害。“他们的防化服能防弹！”陈默大喊。陆沉立刻拿出定向炸药，贴在走廊的承重柱上：“等他们靠近再引爆！”
当敌人靠近时，陆沉引爆炸药，走廊的天花板坍塌，挡住了敌人的去路。“程序完成了！”苏晴大喊。三人立刻冲向深潜器，当他们钻进深潜器，关闭舱门的瞬间，海底基地发生了剧烈爆炸，冲击波将深潜器推向海面。
浮出海面时，阳光格外刺眼。苏晴看着屏幕上的检测数据：“病毒已经被成功灭活，基地也被摧毁了。”陆沉松了口气，突然发现远处的海面上出现了一艘游艇，游艇上挂着“盘古”的旗帜。“是‘盘古’的人！”陈默说道。陆沉拿起望远镜，看到游艇上站着一个熟悉的身影——竟然是之前逃脱的“黄帝”戴维·金的副手！“看来‘盘古’的核心成员还没有全部落网。”陆沉的眼神变得坚定，他知道，这场与“盘古”的较量，还有很长的路要走。