飞行船在奥拉夫地区的晨雾中穿行，船舱里飘着岩米鱼羹的余香。小刚正蹲在厨房角落，用黑曜山谷方向采集的 “黑曜米” 熬粥 —— 这种米粒泛着淡灰光泽，煮出来的粥带着淡淡的岩石清香，他还特意加了一勺蜜香镇的蜂蜜，中和米的厚重感。“大家快尝尝！黑曜米能抗饿，等下到了山谷，说不定要走很久的路！”
吉利蛋用翅膀托着木碗，把粥分给每个人。皮卡丘捧着碗，小爪子沾了点粥，先凑到鼻子边闻了闻，才小口小口地吃起来，吃到一半突然想起什么，跳上小智的膝盖，把碗递过去，要和他分着吃。小智笑着舀了一勺喂给它，指尖不小心碰到它的小爪子，皮卡丘舒服地眯起眼睛，尾巴轻轻扫过他的手腕。
“丰缘信物的红光更亮了！” 小霞突然指着小智口袋，土黄色的信物此刻像一颗跳动的火星，红光透过布料，在船板上投出一道模糊的轨迹，“应该快到黑曜山谷了！” 她放出星露鱼，星露鱼的淡蓝鳞片立刻映出空气中极淡的暗能波动，鱼鳍微微颤抖，似乎在预警。
超梦的红色光带贴在船舷上，感知着外界的能量：“前方十公里有人类聚落的气息，还有…… 被暗能干扰的宝可梦波动。” 拉蒂欧斯立刻展开翅膀，飞到船外侦查，片刻后回来，用超能力在空气中画出画面 —— 一座依山而建的小村落，周围的树木叶子泛着不正常的灰黄，几只宝可梦在村口焦躁地踱步，身上缠绕着淡淡的黑纹。
“是黑曜村！” 莎莉娜翻出奥拉夫地区的简易地图，“地图上说，这个村子靠着黑曜山谷，村民靠采集山谷里的‘黑曜晶’为生，应该对山谷很熟悉！”
飞行船降落在黑曜村外的空地上，刚落地就听到一阵急促的 “汪汪” 声 —— 一只通体棕黑的 “黑曜犬” 从村口冲出来，它的爪子上沾着泥土，眼睛里布满血丝，身上缠绕的黑纹比拉蒂欧斯画的更明显，看到生人，立刻露出獠牙，发出威胁的低吼。
“别过来！它被暗能影响了！” 一个穿着粗布外套的中年男人跑过来，手里拿着一根顶端嵌着黑曜晶的木棍，他是黑曜村的村长阿黑，额头上满是汗珠，“昨天开始，村里的宝可梦突然变得暴躁，连最温顺的黑曜兔都开始攻击人，我们用黑曜晶试着安抚，可没用……”
小智靠近黑曜犬时，丰缘信物的红光突然爆发，信物表面的暗能纹路与黑曜犬身上的黑纹产生共鸣：“是暗能组织留下的！他们应该在村子附近活动过，暗能残留影响了宝可梦！” 超梦的光带探向村子深处，很快发现几处新鲜的脚印 —— 脚印边缘沾着暗能结晶的碎屑，和岩音镇发现的一致。
“主线和支线又缠在一起了！” 小智迅速分工，“超梦、拉蒂欧斯，你们去追查脚印的线索，看看能不能找到暗能组织的营地；我、小霞、莎莉娜，先帮村民安抚暴躁的宝可梦！”
小霞第一个冲上去，她让宝石海星在黑曜犬周围展开 “水流环”，淡蓝的水流包裹住黑曜犬，冰凉的触感让它的躁动稍缓。“星露鱼，用‘水波动’！别太用力，重点是中和暗能！” 星露鱼游进水流环，鱼鳍轻轻拍打水面，蓝色的水纹像温柔的手，一点点拂过黑曜犬身上的黑纹，黑纹的颜色渐渐变淡。
黑曜犬突然挣脱水流环，朝着小霞扑过来 —— 暗能让它失去了理智。小霞下意识地后退，却没注意身后的石头，眼看就要摔倒，小智突然伸手扶住她的胳膊：“小心！” 他的掌心贴着她的手肘，温热的触感让小霞瞬间冷静下来，她立刻调整指令：“宝石海星，用‘泡沫光线’！减缓它的速度！”
泡沫光线落在黑曜犬周围，形成一层柔软的泡沫，阻碍了它的行动。星露鱼趁机游到它脚边，水波动再次覆盖上去，这次黑纹明显开始消散，黑曜犬的眼神渐渐恢复清明，喉咙里发出委屈的 “呜呜” 声。小霞松了口气，回头对小智笑了笑：“刚才谢谢你，不然我就要被它扑到了。”
另一边，莎莉娜正蹲在村口的老树下，安抚一只蜷缩的 “黑曜兔”。这只兔子的耳朵耷拉着，身上的黑纹让它瑟瑟发抖，看到人来，吓得往树洞里钻。莎莉娜没有急着靠近，而是让百合根娃娃释放 “治愈波动”，淡绿色的光芒笼罩住树洞，又从背包里掏出一块混了岩音石粉的香薰石，点燃后放在洞口。
“别怕，这是温暖的香味，不会伤害你。” 莎莉娜轻声说，她放出星茧蛹，星茧蛹的银白茧身泛着荧光，慢慢爬到树洞边，用触角轻轻碰了碰黑曜兔的耳朵。黑曜兔先是一颤，随即闻到香薰的甜香，渐渐放松下来，从树洞里探出头，用鼻子蹭了蹭星茧蛹的茧身。
“太好了，它不害怕了！” 莎莉娜高兴地回头，却发现小智站在身后，手里拿着一块黑曜晶，“你怎么过来了？小霞那边没事了吗？”
“小霞已经安抚好黑曜犬了，我帮你拿了块黑曜晶。” 小智把黑曜晶递过去，“村长说黑曜晶能中和暗能，你试试放在香薰石旁边，效果可能更好。” 莎莉娜接过黑曜晶，冰凉的晶体贴着掌心，她把它放在香薰石旁，果然，黑曜晶泛出淡灰光芒，与香薰的绿色光芒交织，黑曜兔身上的黑纹很快就消失了。
“谢谢你，小智。” 莎莉娜的脸颊泛起微红，她把星茧蛹抱起来，“你看，星茧蛹好像更喜欢黑曜晶的光芒，刚才它的茧身亮了一下，说不定快进化了。” 小智凑近看了看，星茧蛹的茧上确实有几道细微的光纹，像在积蓄能量，他笑着点头：“等它进化了，肯定更厉害，到时候帮我们对抗暗能组织！”
主线的追查也有了进展。超梦和拉蒂欧斯跟着脚印，在黑曜村后山的山洞里发现了暗能组织的临时营地 —— 地上散落着几个空的暗能结晶瓶，石壁上画着一个奇怪的符号，和丰缘信物上的暗能纹路相似。拉蒂亚斯用超能力扫描山洞，发现石壁深处有一道暗门：“里面有很强的暗能波动，还有…… 原始核心的气息！”
超梦的光带推开暗门，里面是一间狭窄的石室，石室中央放着一块破碎的黑曜晶，晶体内嵌着一丝淡金色的能量 —— 正是原始核心的碎片！但碎片周围缠绕着厚厚的暗能，像一层黑色的壳，把金色能量包裹住。“暗能组织应该是想提取碎片的能量，却失败了，才把它留在这里。” 超梦的光带试图驱散暗能，却发现暗能里混着某种特殊的结晶，比之前遇到的更顽固。
“需要大家一起合力！” 拉蒂欧斯立刻返回村子，把消息告诉小智。众人赶到山洞时，丰缘信物的红光与石室里的原始核心碎片产生强烈共鸣，信物表面的土黄色光芒暴涨，与碎片的金色能量遥相呼应。
“小霞，星露鱼的水波动负责稀释暗能；莎莉娜，星茧蛹的治愈波动保护碎片，别让它被暗能侵蚀；超梦、拉蒂欧斯兄妹，我们用能量托住碎片！” 小智的指令清晰有力，众人立刻行动起来。
星露鱼的水波动像细雨般落在暗能外壳上，蓝色的水纹一点点渗透进去，暗能的颜色开始变浅；星茧蛹的治愈波动形成一层绿色的保护膜，裹住原始核心碎片，防止它被暗能伤害；超梦的红色光带、拉蒂欧斯的蓝色气流、拉蒂亚斯的紫色超能力交织在一起，托着碎片慢慢升起；小智则握紧丰缘信物，土黄色的光芒注入碎片，金色能量渐渐挣脱暗能的束缚，在石室里绽放出温暖的光芒。
“成功了！” 小霞激动地拍手，星露鱼也跟着跃出水面，溅起的水花沾在她的脸颊上，她却毫不在意，眼睛紧紧盯着碎片，“这就是原始核心的碎片吗？比想象中更温暖！”
莎莉娜轻轻碰了碰碎片的光芒，脸上露出温柔的笑容：“星茧蛹好像很喜欢这个能量，你看它的茧身！” 星茧蛹的银白茧身此刻泛着金色的光纹，茧的顶端出现一道细小的裂痕，似乎有什么东西要破茧而出。
就在这时，丰缘信物突然吸收了碎片的一部分能量，表面映出一幅完整的地图 —— 黑曜山谷深处有一个 “黑曜祭坛”，暗能组织的首领正带着手下往那里赶，祭坛中央，赫然放着另一块更大的原始核心碎片！
“他们的目标是集齐碎片，在黑曜祭坛唤醒暗能！” 超梦的语气凝重，“我们必须尽快赶到祭坛，阻止他们！”
离开山洞时，黑曜村的村民们早已在门口等候，阿黑手里拿着一袋黑曜晶和一张手绘的山谷地图：“这是我们村的‘守护黑曜晶’，能抵抗暗能，还有这张地图，标注了去祭坛的近路，希望能帮到你们！”
当晚，众人在黑曜村外露营。小刚用黑曜米和原始核心碎片附近采集的 “金光草” 做了 “金光饭团”，饭团泛着淡淡的金色，吃起来带着温暖的能量。小霞把星露鱼放在浅水区，用守护黑曜晶帮它强化水波动，星露鱼的鳞片此刻泛着蓝金交织的光芒，看起来更加强壮；莎莉娜则守在星茧蛹身边，星茧蛹的茧裂得更大了，偶尔能看到里面淡紫色的翅膀尖，莎莉娜轻声说：“别急，我们等你进化。”
小智坐在篝火旁，手里拿着丰缘信物和村长送的地图，眉头微微皱着。小霞走过来，递给他一杯温热的黑曜米茶：“别太担心，我们有这么多伙伴，一定能阻止暗能组织的。” 她的指尖碰到他的手背，带着淡淡的暖意，小智抬头看向她，笑着接过茶杯：“谢谢你，小霞。有你们在，我一点都不害怕。”
莎莉娜也走过来，把一块新做的香薰石放在他身边：“这是用金光草和黑曜晶粉做的，能让人保持清醒，等下赶路的时候用。” 她的声音很轻，却带着坚定的力量，“星茧蛹进化后，肯定能帮上大忙，我们一起加油。”
小智看着身边的两人，又看了看篝火旁玩耍的皮卡丘、星露鱼，还有静静待在莎莉娜怀里的星茧蛹，心里充满了力量。丰缘信物的红光映着他的脸颊，地图上的黑曜祭坛不再是可怕的目的地，而是他们守护羁绊的战场。
夜色渐深，飞行船再次启航，朝着黑曜山谷深处飞去。船舱里，星茧蛹的茧身泛着越来越亮的光芒，丰缘信物的红光指引着方向，而伙伴们的笑声和宝可梦的叫声，成了对抗黑暗最温暖的力量 —— 他们知道，一场硬仗即将到来，但只要彼此相伴，就没有克服不了的困难。