三元基因网络的稳定运行和跨模式家庭的繁荣，让联盟的多元共生体系达到了新的高度。但就在联盟享受和平与繁荣时，宇宙基因地图突然监测到一组异常的 “基因紊乱信号”，这组信号来自宇宙的深处，既不属于共生型、非共生型，也不属于能量型，而是一种 “混沌型基因”—— 这种基因没有固定的结构，能随机转化为任何基因模式，具有极强的破坏性。
“混沌型基因是宇宙诞生初期的原始基因，早已消失在宇宙中，不知道为什么会突然出现。” 艾拉的深层感知扫过信号源头，脸色凝重，“这种基因能侵蚀任何类型的基因链，将其转化为混沌型，导致基因链崩溃，生物死亡。目前，信号源头附近的三个星系，已经出现了生物大规模死亡的现象。”
王启立刻召开紧急会议，联合联盟、域外、能量型三种文明的代表，共同商议应对方案。“混沌型基因的破坏力极强，能跨越三种基因模式进行侵蚀，三元基因网络的能量隔离层根本无法阻挡。” 克里尔展示着监测数据，“如果不尽快阻止，混沌型基因会沿着三元基因网络扩散，最终导致整个宇宙的基因秩序崩溃。”
域外首领的脸色也变得严肃：“混沌型基因是所有文明的共同敌人。我们愿意全力合作，共享我们的基因稳定技术，帮助抵御侵蚀。”
能量型文明的流光也表示：“我们的能量传导技术能暂时中和混沌型基因的活性，为你们争取时间。”
王启做出决策：“由联盟、域外、能量型文明组成‘三元联合舰队’，前往混沌型基因的信号源头，寻找基因的产生原因；多元共生科研团队联合三种文明的科研人员，研发‘混沌基因净化技术’，寻找混沌型基因的弱点；共生守护队在联盟全域部署基因防火墙，延缓混沌型基因的扩散。”
三元联合舰队由王启亲自指挥，乘坐 “三元溯源号”，朝着信号源头飞去。舰队由三种文明的战舰组成：联盟的共生战舰提供本源能量支持，域外的非共生战舰提供稳定防御，能量型的流动战舰提供快速机动和能量中和，三种战舰协同作战，形成了强大的战斗力。
舰队抵达信号源头时，眼前的景象让所有人都感到震撼：一颗巨大的 “混沌星” 悬浮在虚空中，星体表面没有任何固定的形态，不断扭曲、变化，散发着强烈的混沌型基因信号。混沌星的周围，已经有三颗行星被混沌基因侵蚀，表面没有任何生命迹象，只有黑色的混沌能量在流动。
“混沌星是混沌型基因的源头，它的核心正在不断产生混沌基因，扩散到宇宙中。” 艾拉的深层感知穿透混沌星，“我能感知到，混沌星的核心是一个‘混沌基因核心’，正是它在不断制造混沌基因。”
三元联合科研团队立刻开始分析混沌基因的特性。经过研究，他们发现混沌型基因的弱点是 “基因稳定性”—— 混沌基因没有固定的结构，虽然破坏力强，但也容易被稳定的能量压制。“我们可以结合三种文明的技术，研发‘三元稳定净化炮’—— 用联盟的本源能量提供温和支撑，用域外的稳定技术固定混沌基因的结构，用能量型的流动能量将其中和，最终净化混沌基因。” 李明提议道。
联合科研团队在舰队上紧急研发三元稳定净化炮。经过两天的努力，炮体研发成功，安装在 “三元溯源号” 的主炮位置。王启下令：“瞄准混沌星的核心，发射三元稳定净化炮！”
淡金色、黑色、彩色三种能量融合在一起，形成一道三色能量束，击中了混沌星的核心。混沌星剧烈震动，表面的混沌能量开始不稳定，核心的混沌基因产生速度明显下降。“有效！混沌基因的活性在降低！” 监测员大喊道。
但混沌星的核心防御很强，一次攻击无法彻底摧毁混沌基因核心。“需要进行多次攻击，才能彻底净化混沌星。” 虚渊说道。王启下令舰队围绕混沌星，进行持续攻击，同时让能量型战舰释放流动能量，形成能量包围圈，阻止混沌基因向外扩散。
经过三天的持续攻击，混沌星的核心终于被摧毁，混沌基因的产生停止，周围的混沌能量也逐渐被三元能量中和、净化。三颗被侵蚀的行星，在三元能量的修复下，逐渐恢复了生机，虽然没有生命复苏，但已经具备了重新孕育生命的条件。
混沌基因的威胁被化解，三元联合舰队凯旋而归。这次危机的解决，让三种文明模式的合作更加深入，信任更加牢固。域外首领在欢迎仪式上说道：“混沌基因是所有文明的共同敌人，只有团结协作，才能战胜威胁。我们愿意正式加入联盟，成为多元共生体系的一员，共同守护宇宙的基因秩序。”
这个提议得到了联盟所有文明的一致同意。域外文明正式加入联盟，成为联盟的第 69 个成员国，能量型文明也随后正式加入，联盟的多元共生体系，终于形成了共生型、非共生型、能量型三足鼎立的稳定格局。
王启站在共生议会的讲台上，看着三种文明模式的代表，心里充满了成就感。他知道，混沌基因的挑战，是宇宙对多元共生体系的一次考验，而他们成功通过了考验。未来，还会有更多的挑战，但只要三种文明模式团结一心、相互支持，就一定能守护好宇宙的基因秩序，让多元共生的新征程，永远充满希望。