混沌星被摧毁后，联盟的三元联合舰队在宇宙中进行了全面巡查，发现部分偏远星系仍残留着少量混沌基因。这些残留的混沌基因虽然浓度较低，不足以引发大规模危机，但长期存在，仍会缓慢侵蚀生物的基因链，导致基因紊乱，威胁联盟的基因安全。
“残留的混沌基因具有‘潜伏性’，会隐藏在生物的基因链中，在特定条件下被激活，引发二次侵蚀。” 艾拉在紧急会议上展示着检测数据，“目前，已有 12 个偏远星系的生物出现了轻微的基因紊乱，虽然不致命，但如果不及时净化，会逐渐扩散。”
王启立刻下令启动 “混沌基因残留净化计划”，由三元联合舰队和多元共生科研团队共同执行。计划分为三个阶段：第一阶段，对所有星系进行全面检测，确定混沌基因残留的分布区域；第二阶段，对残留浓度较高的星系，部署三元稳定净化炮，进行集中净化；第三阶段，对残留浓度较低的星系，派遣移动净化小队，进行精准净化。
三元联合舰队分成 12 支检测小队，前往联盟的所有星系进行检测。检测小队配备了最新的混沌基因检测仪，能精准检测出生物基因链中的混沌基因残留。经过一周的全面检测，小队确定了混沌基因残留的分布：12 个偏远星系的残留浓度较高，需要集中净化；30 个星系的残留浓度较低，需要精准净化；其余星系没有发现混沌基因残留。
集中净化阶段，三元联合舰队将 12 支净化小队部署在残留浓度较高的星系，每支小队配备一台移动三元稳定净化炮。净化炮启动后，三色能量束覆盖整个星系，中和、净化残留的混沌基因。“净化效果显着，星系内生物的基因紊乱症状正在快速缓解！” 净化小队的队长报告道。
但在净化一个名为 “蛮荒星系” 的偏远星系时，出现了意外。蛮荒星系的生物长期生活在恶劣环境中，基因链本身就不稳定，混沌基因残留与他们的基因链深度融合，集中净化可能会导致基因链崩溃。“我们不能用常规的集中净化，否则会伤害到蛮荒星系的生物。” 净化小队的科研人员说道。
多元共生科研团队立刻调整方案，研发出 “温和净化剂”—— 这种净化剂由本源基因能量、域外稳定能量、能量型流动能量融合而成，能温和地剥离生物基因链中的混沌基因残留，不会伤害原生基因。“温和净化剂就像‘基因清洁剂’，能精准清除混沌基因，保护原生基因的完整性。” 李明介绍道。
移动净化小队带着温和净化剂，前往蛮荒星系进行精准净化。小队的科研人员为每只受影响的生物注射温和净化剂，混沌基因残留被逐渐剥离、净化，生物的基因链恢复稳定，没有出现任何不良反应。“太神奇了！我的身体感觉轻松多了！” 一名蛮荒星系的生物说道。
精准净化阶段持续了一个月，30 个残留浓度较低的星系全部净化完毕。为了确保没有遗漏，三元联合舰队进行了二次检测，确认联盟的所有星系都已彻底清除混沌基因残留。“混沌基因残留净化计划圆满完成，联盟的基因安全得到了保障！” 王启在议会中宣布道。
但净化计划的成功，也让联盟意识到，混沌基因可能不是偶然出现的。“混沌星的形成，可能与宇宙的‘基因熵增’有关。” 王承平分析道，“宇宙的基因能量在长期流动中，可能会出现熵增现象，导致基因结构紊乱，形成混沌基因。如果不建立长期的基因熵增监测机制，未来可能还会出现新的混沌星。”
议会一致同意，建立 “宇宙基因熵增监测系统”，由三元联合科研团队负责研发。监测系统整合了三种文明的技术：联盟的基因网络监测技术，能实时监测基因能量的流动；域外的基因稳定技术，能检测基因结构的稳定性；能量型的能量感知技术，能检测能量的熵增程度。监测系统部署在宇宙基因网络的所有节点，能提前预警基因熵增现象，防止混沌基因再次出现。
“宇宙基因熵增监测系统，是联盟基因安全的‘长效保险’。” 王启说道，“它能让我们从被动应对，转变为主动预防，确保联盟的基因安全长期稳定。”
混沌基因的残留与净化，让联盟的三元融合更加深入，技术更加先进，基因安全保障体系更加完善。王启看着屏幕上显示的 “全域基因安全” 数据，心里明白：联盟的多元共生之路，就是在不断应对危机、解决问题中前进。每一次危机，都让联盟更加团结、更加成熟；每一次突破，都让联盟的多元共生体系更加完善。而未来，无论遇到什么挑战，联盟都能依靠三元融合的力量，守护好宇宙的基因平衡，让多元共生的新征程，永远稳步向前。