靖康六年的盛夏，洞庭湖区的空气凝重得仿佛能拧出水来。持续数月的围困与反围困，将这片鱼米之乡变成了巨大的角斗场。宋军大营内，经过紧锣密鼓的准备，战争机器已完成了最后的调试，一股肃杀之气弥漫开来。新打造的数十艘“车轮舸”和“赤马舟”静静地停泊在新建的水寨中，这些船吃水浅、转向灵，船身包裹着浸湿的皮革，船头装有坚固的撞角，两侧设有防护火攻的挡板，船舷边挂满了用于钩拒和反制水鬼的撩钩、铁蒺藜。由归附渔民和原官军水师混编、并经严格操练的水军士卒，脸上少了几分初来的惶惑，多了几分历经磨砺后的沉毅。沿湖修筑的数十座营垒、烽燧遥相呼应，如同一条逐渐收紧的锁链，将烟波浩渺的洞庭湖，特别是叛军的老巢君山及其周边水域，牢牢锁住。粮道畅通，军械充足，只待那决胜的一刻。
而打破僵局的关键，也终于在万众期待中悄然抵达。来自应天秦王府直属“影卫”的三位高人，在一个月色朦胧的夜晚，秘密进入了宋军大营。为首者道号“玄玦”，是一位身形清瘦、目光如古井般深邃的老道，据说精擅雷法，能驱邪破妄；其两位助手，一为中年坤道，善使符箓丹药，一为沉默寡言的壮汉，专司各种破解机关障眼法的器械。宋江、卢俊义、诸葛长风与之密议至深夜。玄玦真人并未多言，只确认了方百花法术大抵源于牟尼教残卷，借助药物、幻术及洞庭水系特有的地脉瘴气惑人，其法坛核心必在君山某处隐秘之地，需以正法破其根基。
与此同时，被围困日久的君山大寨内，气氛日益压抑。储存的粮草日渐减少，盐巴、药材更是紧缺。原本充足的鱼获，因宋军水寨封锁和不断袭扰而锐减。更致命的是，长期的围困和压抑，使得叛军内部原本被胜利和狂热掩盖的矛盾开始浮现。大圣天王杨幺性情愈发暴躁，主张集结剩余力量，与宋军决一死战，杀出一条血路。而军师钟会则显得更为忧虑，他审时度势，认为硬拼无异于以卵击石，暗中开始思忖退路，甚至可能与寨外有过某种隐秘的接触，其麾下部分心腹也开始人心浮动。唯有天师方百花，依旧每日在设于君山腹地幽深洞穴中的法坛上作法，试图以邪术扭转乾坤，但眉宇间也难掩一丝焦躁与不安。
决战的导火索，由一场精心策划的诱敌水战点燃。宋江采纳诸葛长风之谋，派出一支由新式车轮舸组成的船队，佯装巡弋，故意露出破绽，驶近君山水域。杨幺闻报，果然中计，亲率水军主力出击，意图吃掉这支“孤军”。湖面上，双方战船再次纠缠在一起，箭矢交错，火罐横飞。正当战况焦灼之际，方百花的身影出现在君山临湖的一处高崖上，她披发仗剑，口中念念有词，四周骤然阴风怒号，湖面泛起诡异的绿雾，雾气中隐隐传来金铁交鸣与鬼哭神嚎之声，直扑宋军船队。不少宋军士卒顿感头晕目眩，眼前出现恐怖幻象，攻势为之一滞。
就在这关键时刻，位于宋军后方一艘不起眼的楼船上，玄玦真人冷哼一声，拂尘一挥，两名助手立刻行动。那坤道迅速焚化数道紫色符箓，符灰融入清水，由力士以特制喷筒向空中激射，化作一片清蒙蒙的雨雾，迎向那绿色妖氛。同时，那沉默汉子点燃了几个陶罐，罐中冒出浓烈呛鼻、混合了硫磺、雄黄、女子秽物等至阳至秽之物的烟雾，顺风飘向君山方向。玄玦真人则步罡踏斗，手掐雷诀，口中真言如黄钟大吕，与方百花那诡异的咒文抗衡。只见那绿色妖雾遇到清雨秽烟，竟如滚汤泼雪般迅速消散，空气中的腥臭与压抑感也随之骤减。崖上的方百花如遭重击，身形一晃，喷出一口鲜血，法坛上的法器接连炸裂。妖法被破，叛军水师眼见“天师”神术失效，顿时军心大乱，斗志崩溃。杨幺见势不妙，只得怒吼着下令撤退，宋军水师趁势掩杀，击沉俘获敌船数十艘，大获全胜。此战，不仅重创了叛军水师，更彻底打破了方百花妖法不可战胜的神话，宋军士气大振。
经此一役，叛军元气大伤，困守孤山。宋江、卢俊义认为总攻时机已到。是日拂晓，洞庭湖上战鼓震天，宋军对君山发动了最后的雷霆一击。水路上，以车轮舸为先锋，庞大的车船楼船紧随其后，船上装备的床子弩、旋风炮（改进型叠叠炮）向君山水寨倾泻着箭雨和火弹，试图强行打开水门。卢俊义亲率一支由死士组成的突击队，乘快船冒着矢石，直扑水寨缺口。陆地方向，吴麟指挥步卒，在扎西骑兵的策应下，对君山陆上营垒发起了潮水般的猛攻。云梯、冲车、挖掘地道，各种手段齐出，战斗从黎明持续到午后，每一寸土地的争夺都异常惨烈。
杨幺知已是最后关头，率亲兵死战不退，与攻入寨中的卢俊义部展开血腥的肉搏。这位洞庭湖的水上枭雄，确实骁勇异常，一双铁桨挥舞得泼水不进，连伤宋军数员裨将。最终，卢俊义亲自出手，两人在尸山血海中展开巅峰对决。卢俊义的枪法如龙，杨幺的双桨似虎，厮杀数十回合，卢俊义卖个破绽，诱得杨幺猛扑，随即一枪如电，刺穿其咽喉，将这祸乱洞庭数年的大圣天王挑于马下。主帅战死，叛军彻底崩溃。钟会见大势已去，欲化妆乘小舟逃走，被早已盯紧他的扎西骑兵在湖岸擒获。
君山主寨虽破，但魔女方百花却在混战中，利用对地形的熟悉和些许残存幻术，悄然遁入君山深处错综复杂的洞穴之中，不知所踪。宋江立即下令彻底搜山，同时派遣精干小队，由熟悉江湖伎俩的原梁山头目带队，配合影卫高手，依据缴获的图纸和俘虏口供，对可能藏身的密道、洞穴进行拉网式搜查。数日后，方百花在一条隐秘的地下暗河出口处，被埋伏的影卫和宋江派出的高手联手擒获。这位曾以妖术蛊惑万千民众的魔女，最终也难逃覆灭下场。
洞庭湖之战，历时数月，终以官军的彻底胜利告终。宋江、卢俊义迅速安民，甄别叛军，首恶严惩，胁从经教育后大多遣散归农，并开仓放粮，赈济在战乱中饱受摧残的百姓，荆湖秩序逐渐恢复。
杨幺、钟会、方百花等一众叛军首脑被装入囚车，重兵押送至应天。经三法司会审，杨幺已死，戮尸传首；钟会被判斩立决；而罪大恶极、以妖术惑众、对抗朝廷的方百花，则被判处极刑——凌迟。行刑之日，应天菜市口人山人海，方百花在万千百姓的唾骂声中受刑三日而死，其下场极大地震慑了所有潜在的邪教分子和叛乱者。
秦王府内，蔡攸仔细聆听了张浚关于平定洞庭湖之乱的详细奏报。他首先对宋江、卢俊义、吴麟、扎西等将领的功绩给予了高度肯定，不吝赏赐，尤其是宋江、卢俊义，经此一役，其统兵之能和忠诚愈受倚重。然而，蔡攸的喜悦之下，是更深沉的思虑。他对张浚、秦桧等心腹重臣叹道：“杨幺虽平，然其所以能一呼百应，根源在于吏治不清，民生多艰。此次平乱，耗资巨万，本应用于北伐的粮饷器械，为此役所分润者甚众，若北疆战事因此有失，悔之何及？”他深刻认识到，仅靠武力镇压，犹如扬汤止沸，必须加速推行以“富民强兵”为核心的新政，整顿吏治，减轻民负，方能根除乱源。同时，此战也暴露了宋军在水战、特别是应对非常规手段（如妖术、复杂地形作战）上的不足，以及对后方维稳监控的巨大需求。洞庭湖的烽火熄灭了，但它留下的警示和教训，以及因此消耗的国力，都将深刻地影响着这个新生王朝未来的走向，尤其是那场关乎国运的北伐之战。