就在清婉医馆发展得如火如荼之时，皇宫中的贵人却得了一种怪病。宫中御医们束手无策，听闻清婉医馆的名声后，皇帝下旨命清婉医馆的医师入宫诊治。清婉的大弟子领命前往。
大弟子仔细诊断过后，心中已有了计较。但他深知宫廷险恶，稍有不慎就会招来杀身之祸。他谨慎开方用药，并每日亲自照料。在他的精心医治下，贵人的病情逐渐好转。
此事之后，清婉医馆更是声名远扬，皇帝赏赐众多。这引得其他医馆更加嫉妒，甚至联合起来想要陷害清婉医馆。他们买通了宫里的一个小太监，偷偷在药材中下毒，企图嫁祸给清婉医馆。然而，清婉医馆的弟子们心思缜密，很快发现了端倪并揭露真相。皇帝大怒，严惩了那些心怀叵测之人。从此，再也无人敢轻易招惹清婉医馆，清婉医馆稳稳地扎根于医学界，传承清婉的医德医术，济世救人。几年后，边境突发疫病。清婉医馆主动请缨前往救治。大弟子带着几个得力助手日夜兼程赶到边境。那里哀鸿遍野，百姓们痛苦不堪。
他们迅速设立临时医棚，开始诊治病人。可是当地物资匮乏，药材短缺。正在众人焦急之际，曾经被清婉医馆治好的那位贵人传信过来，原来她一直记挂着清婉医馆的恩情。她暗中安排人运送大批药材到边境支援。
在充足的药材供应下，大弟子结合当地气候病症改进药方。经过数月努力，终于控制住了疫病。边境百姓感恩戴德，纷纷称赞清婉医馆妙手回春。
消息传回京城，皇帝龙颜大悦，再次赏赐清婉医馆。而清婉医馆也因为此次善举，吸引了更多有志学医之人前来拜师学艺。清婉医馆日益壮大，其救死扶伤之名传遍天下，成为当之无愧的医界翘楚，继续秉持初心，悬壶济世。一日，清婉医馆迎来一位神秘客人。此人一袭黑袍，面容隐藏在阴影之下。他自称知晓一味绝世奇药的配方，此药若制成，可延年益寿，起死回生。清婉医馆上下虽半信半疑，但本着医者探索之心，决定一试。
大弟子带领众师弟师妹四处寻找配方所需草药。然而，随着探寻深入，他们发现许多采药者莫名失踪。调查后竟牵扯出一个邪教组织，他们故意放出假消息，妄图利用清婉医馆收集邪恶仪式所需物品。
大弟子当机立断，将计就计，一边假装继续采药，一边通知官府。最终，配合官府一举剿灭邪教。经此一事，清婉医馆不仅毫发无损，还意外获得一些珍稀草药。他们用这些草药研制出几种新药，免费发放给穷苦百姓。清婉医馆的声誉愈发高涨，就连邻国之人都慕名而来求医。清婉医馆始终坚守初心，在医界不断发光发热，传承医道，书写属于自己的传奇。清婉医馆日益兴旺，前来求医之人络绎不绝。
然而，这也引来了一些人的嫉妒。城中另一家医馆的主人，一直眼红清婉医馆的名声。于是，他派人暗中散布谣言，称清婉医馆的成功不过是运气罢了，还污蔑清婉的弟子们偷学他家医术。
清婉的大弟子站了出来，他拿出师父留下的医书病案，邀请城中有名望的医者一同查看。众人发现清婉医馆的医术独到而精湛，皆是清婉一生心血所成。
那些谣言不攻自破，那家恶意中伤的医馆反而声誉受损。清婉的弟子们更加坚定信念，谨遵师嘱。他们不仅治病救人，还将清婉的事迹编成医书附录，让更多人知晓。随着时间推移，清婉医馆成为了医界圣地，每年都有各地医者前来学习交流，清婉的仁德精神就这样世世代代传承下去。