她们婉拒赏赐，只求皇帝能重视民间疾苦，多多开设医馆，培养良医。皇帝应允，并赐给她们一块令牌，可以自由出入宫廷和各地官府，方便行医济世。带着这份特殊的礼物，二人又踏上新的旅程，心怀慈悲，继续书写她们的传奇善举。离开都城没多远，二人就遇到一群流民。这些流民大多面黄肌瘦，疾病缠身。秦墨和苏如烟立刻用皇帝所赐令牌进入当地官府，请求援助。官府却推诿敷衍，称粮食短缺难以救助。二人见状，决定自掏腰包先安置流民。
她们利用令牌召集当地一些略通医术之人帮忙，同时教授他们治病救人的知识。然而，此举引起了城中富商的不满，他们担心流民聚集影响生意，便暗中使坏，散播二人妖言惑众的谣言。一时间人心惶惶。
但秦墨和苏如烟并未退缩，她们拿出皇宫令牌表明身份，还当众救治好了几个重病流民以证医术。百姓们这才相信她们。之后，她们一边行医一边揭露富商恶行。皇帝得知此事后，严惩了富商并大力支持她们开设医馆之事。于是，秦墨和苏如烟在此地成功建立起第一座医馆，收了不少学徒，向着她们行医济世的目标又迈进了一大步。随着医馆逐渐走上正轨，秦墨和苏如烟打算前往下一个城镇。临行前，一位神秘人送来一封密信，警告她们不要再到处惹事生非，不然性命堪忧。二人相视一笑，并未将此放在心上。
到达下一个城镇后，发现这里流行一种怪病，患病者全身长满红斑且奇痒无比。二人迅速展开调查，发现水源被污染乃是罪魁祸首。正当她们准备着手治理水源时，当地官员受权贵指使百般阻挠。原来，背后的权贵与控制水源的水商勾结，不想让真相大白。
秦墨和苏如烟没有放弃，她们趁夜悄悄潜入水源处探查，取得证据后直接闯入官府大堂，亮出皇帝令牌。官员大惊失色，不得不配合她们整治水源、医治病患。而那权贵也受到了应有的惩罚。经此一事，二人的名声更加响亮，越来越多的地方欢迎她们前去行医济世，她们所到之处，皆充满希望之光，离她们心中理想的医疗普及天下的愿景又近了一步。二人再次出发前往新的城镇。途中，遇到一位老妇人晕倒在路边，她们赶忙施救。老妇人醒来后，千恩万谢，告知她们前方城镇正闹瘟疫。秦墨和苏如烟听闻加快脚步赶到那里。
刚进城，就看到一片死寂景象。许多人家大门紧闭，街上偶有几个人也是满脸绝望。二人找到一处空地开始施诊赠药。可是药材消耗太快，当地的药铺却抬高价格不肯出售。秦墨心生一计，她拿着皇帝令牌去找药铺老板，警告若不低价售药，定将其劣迹上报朝廷。老板害怕，只好照办。
就在疫病快要得到控制之时，一伙强盗闯入城镇抢劫药材和食物。秦墨和苏如烟组织民众反抗，苏如烟利用自己的智慧设置陷阱，秦墨则凭借功夫与强盗周旋。最终强盗被击退。
经过这次事件，城镇恢复生机，人们感激不已。秦墨和苏如烟又在这里留下徒弟传承医术，随后又朝着下一个未知的地方进发，继续她们伟大的行医之路。