当众人以为事情平息时，邻国宫廷却借此发难，欲要关闭医馆。秦墨据理力争，提出当着众人面重新医治患者以证清白。在她妙手回春之下，患者康复如初。民众看到此景，纷纷指责宫廷故意刁难。宫廷无奈，只得放弃打压医馆。经此一难，秦墨医馆名声更盛，各国前来求学之人络绎不绝，秦墨也得以更好地传承医道。然而，树大招风，医馆的昌盛引来了朝中一位大臣的嫉妒。这位大臣暗中勾结江湖上的恶势力，企图破坏医馆的声誉。
一天夜里，一群蒙面人闯入医馆，毁坏药材、捣毁器具，还打伤了几位学徒。秦墨得知后，心急如焚，她一面安排救治受伤的学徒，一面着手调查此事。
很快，她便发现了大臣的阴谋。秦墨没有畏惧，她决定主动出击。她收集了大臣勾结恶势力的证据，联合一些正直的官员，在朝堂上弹劾这位大臣。
在铁证面前，大臣百口莫辩，最终受到了应有的惩罚。医馆在秦墨的努力下，不仅恢复了往日的生机，还得到了朝廷的支持。秦墨也因此结识了更多志同道合的人，她的医道之路更加宽广，继续书写着一段段救死扶伤的传奇故事。 就在秦墨以为医馆能安稳发展时，新的危机悄然降临。那位大臣的余党不甘心失败，竟买通了医馆里一名心怀不满的学徒。这学徒在药里动了手脚，导致一位重症患者病情恶化。一时间，医馆外聚集了许多不明真相的百姓，纷纷指责医馆草菅人命。秦墨又一次陷入困境，她深知若不尽快查明真相，医馆声誉将毁于一旦。她亲自检查每一味药材，仔细询问患者症状和用药情况。终于，在蛛丝马迹中发现了那名学徒的破绽。秦墨将证据摆在众人面前，真相大白，余党和那学徒受到惩处。经过这次风波，秦墨更加谨慎，她完善了医馆的管理和监督制度。医馆在一次次磨难中愈发坚韧，秦墨也成为了医界传奇，她的故事在民间广为流传。
然而，平静并未持续太久。一日，秦墨收到一封匿名信，信中警告她若不停下医馆的扩张，将会有更可怕的事情发生。秦墨眉头紧锁，她知道这背后必定还有更大的阴谋。
就在这时，宫里传来消息，皇上龙体抱恙，各大医馆都被要求举荐名医进宫诊治。秦墨所在医馆自然也在举荐之列。秦墨本不想蹚这趟浑水，但想到若医馆拒绝，定会惹来更多猜忌和麻烦。
于是，她挑选了几位得力的学徒一同进宫。进宫后，秦墨发现皇上的病症十分蹊跷，似乎并非单纯的身体不适。在诊治过程中，她更是察觉到周围有一双双充满敌意的眼睛在盯着自己。秦墨明白，这次进宫，不仅是一场医术的考验，更是一场暗藏杀机的宫斗博弈，而她必须凭借自己的智慧和医术，在这重重危机中为医馆和自己闯出一条生路。