斯里兰卡，康提城外的潮湿山区，考古队的临时营地灯火通明。林夕，一名因学术丑闻而前途尽毁的华裔青年考古学家，只能屈就于这支由三流大学组织的、旨在追逐轰动效应的商业考古队。队长是个唯利是图的美国人，队员则多是凑数的本地人。他们的目标，是寻找一座传说中湮灭的、供奉着邪异“夜叉”的古寺。
在一次鲁莽的爆破后，一处隐蔽的洞穴显露出来。林夕作为队里唯一稍有专业知识的人，被派下去探查。洞穴深处，空气凝滞，弥漫着浓郁的檀香和尘土味。借助头灯的光束，他看到一尊被藤蔓缠绕的黑色木质雕像——并非慈悲的佛像，而是一尊三头六臂、面容扭曲、呈现愤怒相的夜叉神像。神像的木质漆黑发亮，仿佛浸透了时光。最引人注目的是，神像的胸口镶嵌着一片鸡蛋大小、色泽暗沉却隐隐有光华流转的深紫色檀木。
当地雇来的老向导看到照片后，脸色骤变，在电话里用僧伽罗语急促地警告：“那是‘雅卡’，林中的恶灵！不能碰，尤其是它心口的‘卡鲁米塔’（黑暗之心）！会带来噩运！”但队长利欲熏心，强令林夕取下那片檀木。
当林夕的手指触碰到冰冷木质的瞬间，一股强烈的怨恨和绝望情绪如同电流般窜入他的身体——那是对打扰其安宁的无尽愤怒。他勉强取下檀木，当晚，队长就在营地因“意外”被落石砸中头部，死状凄惨。混乱中，林夕鬼使神差地将那片冰冷的檀木藏进了自己的行李。
回到科伦坡的廉价旅馆，林夕才开始仔细端详那片檀木。它质地细腻，散发着持久的、近乎甜腻的檀香，但那香气闻久了却让人头晕恶心。檀木内部仿佛有暗色的纹路在缓慢流动。他将檀木放在床头，当夜便陷入了无尽的噩梦。
梦中，他不再是学者，而是化身为丛林中的狩猎者，追逐、撕扯着活物，体验着最原始的杀戮快感。梦境血腥而真实，醒来后口中甚至残留着铁锈味。更让他不安的是，梦中交织着淫邪的仪式场景，那尊夜叉神像活了过来，与他在血泊中交媾，极致的痛苦与欢愉交织。早晨醒来，他常发现身上出现莫名的抓痕和淤青，床单上有时会沾有暗红色的、类似干涸血迹的斑点，以及几片腐烂的树叶。
他意识到这片檀木的邪异，试图将其丢弃，但每次扔掉后，它总会以各种不可思议的方式（比如出现在他的外套口袋，或快递包裹里）回到他身边。恐惧之下，他找到当地一座香火鼎盛的寺庙，向一位看起来德高望重的僧侣求助。僧侣看到檀木后，眼中闪过惊惧，连诵佛号，告诫他这是被强大“雅卡”邪灵依附的“不祥物”，需立即放入寺庙的舍利塔中封印。然而，当林夕犹豫着是否要交出檀木时，他脑中响起一个充满诱惑的低沉声音：“它能给你力量……报复那些毁掉你的人……”
对学术圈那些陷害他的人的恨意，混合着檀木的低语，最终战胜了恐惧。林夕没有交出檀木，反而开始尝试与之“沟通”。他用自己的血滴在檀木上，血液瞬间被吸收，檀木的光泽似乎更妖异了一分。渐渐地，他发现自己的感知变得敏锐，甚至能模糊地感知到他人的恶意与欲望。他利用这种能力，匿名散播谣言，精心设计陷阱，让远在国内的仇敌接连遭遇麻烦，事业受损。
力量带来的快感令人沉醉，但代价也随之而来。他对正常食物失去兴趣，却对生肉产生渴望。他的肤色变得暗淡，眼白常布血丝，眼神变得阴鸷。那片檀木仿佛活了过来，边缘生出细小的、如同血管般的暗红色纹路，甚至会在夜深人静时微微搏动。更可怕的是，他感到后背肩胛骨下方又痒又痛，鼓起两个硬块，仿佛有什么东西要破体而出。
一次，在与一名知晓他过去、并以此威胁他的记者发生激烈冲突时，林夕在盛怒中捏紧了口袋里的檀木。一股狂暴的力量涌入身体，他竟徒手将对方打致重伤。看着倒地呻吟的记者，林夕非但没有恐惧，反而涌起一股残忍的快意。当晚，噩梦升级。他梦见自己亲手剖开了那个记者的胸膛，掏出血淋淋的心脏大嚼。醒来后，他惊恐地发现，那片檀木上的暗红纹路已蔓延如蛛网，并且……它似乎比之前厚了一点，仿佛在生长。
林夕终于明白，这片檀木在吸收他的负面情绪和生命力，甚至可能想把他变成某种容器。他想起老向导和僧侣的警告，极度恐慌下，他通过黑市找到一位隐居的、据说精通“霍拉”巫术的降头师。降头师是个枯瘦如柴、眼神疯狂的老太婆。她看到檀木后，眼中露出贪婪与恐惧交织的光芒。
“它醒了……‘坎达耶’的碎片……”老太婆嘶哑地说，“它选中了你做它的‘新土’。普通方法没用了，只有一个办法……‘移花接木’。”她要求林夕准备一只刚断气的黑猫、大量的黑胡椒、酸柠檬以及一枚从难陀佛陀像下偷来的铜钱。仪式需在月亏之夜进行。用猫血混合其他材料制成药膏，涂满林夕全身，尤其是后背鼓包处。然后将檀木置于偷来的铜钱上，由降头师念咒，尝试将邪灵暂时逼入铜钱封印。但老太婆强调，此法极度危险，施术者也可能遭反噬，且成功率不足一成。
月亏之夜，密室内烛光摇曳。药膏涂身，带来灼痛与奇痒。降头师开始念诵古怪咒文，檀木剧烈震颤，发出嗡鸣。林夕后背的鼓包疯狂跳动，剧痛钻心。就在咒文达到高潮时，老太婆突然惨叫一声，双眼翻白，口吐黑沫倒地抽搐——她遭受了致命反噬。仪式中断的瞬间，林夕手中的檀木猛地变得滚烫，他感到一股冰冷庞大的意识强行冲入他的大脑，后背的皮肤传来撕裂般的剧痛……
林夕在剧痛中昏迷，醒来时发现自己躺在街头，浑身污秽，那片檀木不见了。降头师已死，密室如同被飓风席卷。他以为自己自由了，仓皇逃回国内。
最初几个月似乎风平浪静。他找了份普通工作，试图回归平凡。但很快，怪事再现。他总闻到若有若无的檀香，特别是在情绪激动时。他对肉类，尤其是带血的牛排，产生难以抑制的渴望。更让他恐惧的是，他的后背开始出现大片类似树皮的粗糙纹路，并且，在纹路的中心，两个小小的、坚硬的、如同嫩芽般的凸起，正在悄然生长。
一天深夜，他被后背的剧痒惊醒。他挣扎着爬到浴室镜子前，扭头发疯般地想看清自己的后背。在昏暗的灯光下，他惊恐地看到，后背的皮肤下，那两个凸起似乎又长大了一点，并且……它们的顶端，隐隐裂开了一道细微的缝隙，就像两枚等待萌发的……种子。
窗外，月光惨白。林夕瘫倒在地，绝望地意识到，那枚檀木或许从未离开。它只是换了一种方式，将更深的根须，扎进了他的血肉与灵魂深处，耐心等待着破土而出的那一刻。而他现在这具躯壳，究竟是林夕，还是那片邪木培育新生的苗床？