巴勒斯坦，约旦河西岸，一片被隔离墙切割的古老橄榄树林。夜色中，推土机的轰鸣声与远处的枪声交织。林夕，一名因在跨国援助项目中侵吞物资并伪造难民营死亡名单而被国际组织除名的华裔后勤官员，为了躲避追查和牟取暴利，加入了一个由当地武装派别控制的、利用冲突地带混乱进行非法挖掘的走私团伙。头目是凶悍的本地人卡利德，手下鱼龙混杂。
在一次趁乱挖掘疑似古代村落遗址时（实为盗墓），他们在一棵被炮火炸裂的半枯老橄榄树下，发现了一个被树根紧紧缠绕的陶瓮。陶瓮造型古朴，瓮口被一种黑色的、类似沥青的物质密封，瓮身刻满了扭曲的、如同痛苦人形的图案。树根刺穿了瓮壁，仿佛在汲取其中的东西。空气中弥漫着橄榄树脂、硝烟和一种难以言喻的甜腻腐臭。
团伙里的老农阿卜杜勒，看到陶瓮后脸色骤变，划着祈祷手势，用阿拉伯语急促低语：「‘Umm al-Suud’！灾厄之母！里面装着古代的瘟疫和怨恨！快埋回去！用盐和橄榄油净化这块地！」但卡利德认为里面可能是古董或金币，强令砸开陶瓮。瓮身碎裂的瞬间，没有财宝，只有一团黑红色的、仿佛仍在微微蠕动的粘稠泥土，散发出令人作呕的浓烈恶臭。当夜，卡利德在守夜时突发狂乱，用铲子砍死了两名手下后，将自己活埋在了那个土坑里，死状凄惨。
队伍陷入恐慌与内斗。林夕负责处理那堆邪门的秽土。当他戴着橡胶手套触碰那团泥土时，一股刺骨的寒意和强烈的恶心感直冲头顶。那泥土仿佛有生命般，微微收缩了一下。深夜，在废弃的石屋中，他鬼使神差地取了一小块泥土放在桌上。在昏暗的油灯下，他惊恐地发现那泥土表面的纹理，竟隐约构成一张张扭曲尖叫的人脸。
他的梦境变得窒息而恐怖。他梦见自己深陷于无边无际的、湿冷粘稠的血色泥沼中，无数枯瘦的手臂从泥中伸出，将他向下拖拽。一个由烂泥和破碎肢体组成的、散发着恶臭的女性形象拥抱他，进行着令人窒息的交合，过程充满了被吞噬和腐烂的极致痛苦，却有一种沉沦于终极污秽的病态快感。醒来时，他浑身冷汗，口中满是泥土的腥味和腐败的甜味，床单上沾着几块来历不明的黑红色湿泥。
幸存者开始出现怪病。一名队员皮肤溃烂，流出黑血，哀嚎着死去。另一名队员精神错乱，疯狂吞食泥土，最后腹胀如鼓而亡。林夕恐惧地意识到，这些人的症状出现前，他都曾因资源争夺或口角而对这些人产生过强烈的怨恨，而口袋里的那一小块秽土，总会微微发热。
林夕试图将秽土丢弃，但它总会诡异地回到他的行李中。绝望中，一种扭曲的共生关系形成了。他尝试将自己的血滴在秽土上。血液瞬间被吸收，泥土的颜色变得更深，仿佛饱餐一顿。作为回报，一股关于植物枯萎、水源污染和疾病传播的邪恶“知识”涌入他的脑海。他甚至能模糊感知到周围人的健康状况，找到其弱点。
他利用这“知识”，在一次与敌对团伙争夺水源的冲突中，让对方多人莫名染上恶疾，不战而溃。但代价是，他自身的健康状况开始恶化，伤口难以愈合，散发出一股若有若无的腐臭。他开始畏惧洁净的水，喜欢待在潮湿肮脏的环境。对正常食物感到恶心，却对腐烂的水果和生肉产生渴望。脑中的低语（直接源于泥土）越来越清晰，那自称为“土地之癌”的存在，催促他传播更多的污秽与疾病，以换取“力量”。
一次，团伙的新头目怀疑林夕私藏财物，严刑拷打他。在极度的痛苦和秽土低语的煽动下，林夕将一小块泥土偷偷混入头目的饮水袋。几天后，头目全身溃烂流脓，在极度痛苦中死去，尸体迅速腐烂，吸引了成群的苍蝇。林夕在恐惧中，竟感到一种操控他人生死的冰冷快意。
连续的恐怖死亡让团伙分崩离析。老阿卜杜勒找到了几乎与废墟融为一体的林夕，看着他身上开始出现的溃烂伤口和那团仿佛变大了少许的秽土，老人绝望地说：「你成了‘瘟疫之母’的使者！她在用你的身体散播死亡！必须在正午烈日下，用最干燥的橄榄木和苦艾草点燃大火，将这秽土彻底烧成灰！」
方法是在隔离墙附近无人地带的一片空地上，用石头围起火塘。将秽土置于柴堆顶端，阿卜杜勒会念诵古老的驱病咒文。林夕必须站在上风处，忍受烈日灼烤和秽土中邪灵释放的疾病幻觉与诱惑，直到泥土被烧成无机物。阿卜杜勒警告，焚烧会产生剧毒恶臭，邪灵会垂死挣扎，必须坚守心神。
正午，阳光炙烤着焦土。咒文响起，火焰升腾。当秽土被投入火中时，竟发出如同千万人痛苦呻吟的嘶嘶声！火焰瞬间变成诡异的绿色，散发出令人窒息的恶臭，周围的地面似乎有黑红色的液体渗出。林夕感到头晕目眩，邪灵向他展示瘟疫灭世的幻象，许诺给他支配死亡的力量。灼热与疫病感交织，他几乎呕吐昏厥。
就在秽土在火中开始收缩变白时，隔离墙方向突然响起枪声和爆炸声——冲突升级了！一颗流弹击中阿卜杜勒，老人当场死亡。燃烧的秽土猛地炸开，一团浓稠的黑红色烟雾如同活物般扑向林夕，将他笼罩！
林夕在弥漫的恶臭和硝烟中昏迷，被后来进入该地区的联合国观察员发现。他身患重病，但奇迹般生还。那团秽土似乎已焚毁。经过长期隔离治疗，他身体康复，但留下了严重的后遗症：免疫系统脆弱，对某些气味异常敏感，皮肤上留下无法消退的暗色斑块。
他被遣返回国，隐居在城乡结合部，在一家废品处理站工作。他以为自己摆脱了诅咒。但每当阴雨天气，空气中弥漫着潮湿的霉味时，他身上那些暗色斑块就会隐隐发痒，甚至渗出少许无色无味的粘液。他发现自己对腐烂的东西有种异常的亲切感，甚至能加速有机废物的分解。
一天，处理站接收了一批从冲突地区运来的、被污染的废弃医疗用品。在处理一袋沾染了干涸血迹和药液的纱布时，林夕手上的斑块突然传来一阵剧烈的灼热感。他下意识地捏紧那团纱布，几分钟后，当他摊开手掌，纱布竟已化为一把黑色的、毫无生机的灰烬，而他掌心的斑块，似乎变得更深、更湿润了。
窗外下起了雨，雨水冲刷着废品堆，散发出泥土的气息。林夕感到一种莫名的安宁。他低头看着自己的双手，那上面布满的暗色斑块，仿佛某种古老而饥饿的根系，正在透过他的皮肤，静静地呼吸。那场净火，真的消灭了瘟疫之母吗？还是说，那场爆炸，只是将一颗更微小、更隐蔽的“种子”，深深地植入了他的血肉之中？