南宋年间，临安城外的清泉村，本是个宁静祥和的小村落，村民们男耕女织，日子虽不富裕，却也安乐。村子中央有一口古井，井水清澈甘甜，滋养着一代又一代的村民，大家都对这口井敬爱有加，视其为村子的命根子。
然而，近来村子里却怪事连连。先是村里的牲畜莫名失踪，接着一些村民开始生病，浑身无力、面色苍白，找遍了村里的郎中，也瞧不出个所以然来。更诡异的是，那口古井里的水渐渐变得浑浊不堪，还散发着一股刺鼻的恶臭，村民们喝了这水后，病情愈发严重。
村民们人心惶惶，纷纷猜测是不是得罪了井神，于是凑钱买了丰盛的祭品，在井边摆上，虔诚地祭拜，祈求井神息怒，保佑村子平安。可祭拜之后，情况不仅没有好转，反而更加糟糕了。牲畜失踪得更多，生病的村民也越来越多，整个村子都被一层阴霾笼罩着。
就在村民们陷入绝望之时，济公摇着他那把破蒲扇，哼着小曲，慢悠悠地走进了清泉村。他穿着一件破破烂烂的僧袍，头发乱蓬蓬的，脸上总是挂着那副玩世不恭却又充满智慧的笑容。村民们见是个疯疯癫癫的和尚，起初并未在意，但济公却主动凑上前去，询问村子里的情况。
一位年长的村民叹了口气，将村子里发生的怪事一五一十地告诉了济公。济公听后，眯着眼睛，若有所思地说：“阿弥陀佛，此事定有蹊跷，待贫僧去那古井瞧瞧。”
村民们见济公主动要管这事，心中燃起了一丝希望，纷纷带着他来到了古井边。济公围着古井转了几圈，又凑近井口闻了闻，然后突然哈哈大笑起来。村民们被他的笑声弄得一头雾水，一位村民忍不住问道：“活佛，您为何发笑？这村子都快遭殃了，您还有心思笑。”
济公止住笑声，说：“诸位莫急，贫僧笑是因为这怪事的根源已找到了。这井里啊，藏着个妖怪。”村民们一听，吓得脸色苍白，纷纷往后退了几步。济公接着说：“这妖怪不知从何处而来，躲在这井里兴风作浪，吸食牲畜的精气，还污染井水，让村民们生病。”
村民们焦急地问：“活佛，那可如何是好？您一定要救救我们村子啊！”济公拍了拍胸脯说：“大家放心，贫僧既然来了，定不会让这妖怪继续作恶。不过，要降服这妖怪，还得大家的帮忙。”
村民们连忙点头说：“活佛但说无妨，只要我们能做到的，一定尽力。”济公说：“你们去准备一些公鸡血、黑狗血，再找一些粗壮的绳子和一个大网兜。”村民们不敢怠慢，立刻分头去准备。
不一会儿，东西都准备齐了。济公让村民们将公鸡血和黑狗血混合在一起，然后倒入井中。顿时，井里传来一阵“咕噜咕噜”的声音，还冒出一股股黑烟。济公大声喊道：“大家快用绳子将网兜系好，放在井口，等那妖怪一出来，就将它网住。”
村民们按照济公的吩咐，紧张地等待着。过了一会儿，只见井里一道黑影闪过，紧接着，一个面目狰狞的妖怪从井里飞了出来。这妖怪身形巨大，浑身长满了鳞片，眼睛散发着幽绿的光芒，嘴里还吐着信子，看起来十分可怕。
妖怪刚一出来，就被等待在井口的网兜牢牢网住。它在网兜里拼命挣扎，发出阵阵怒吼，但怎么也挣脱不开。济公走上前去，双手合十，口中念念有词，然后大喝一声：“孽障，还不束手就擒！”说着，从腰上解下一个葫芦，将妖怪收了进去。
村民们见妖怪被收服，纷纷欢呼起来，对济公感激不已。济公笑着说：“阿弥陀佛，大家莫要只顾着高兴。这妖怪虽已收服，但井水还需净化。”于是，他又让村民们从远处引来清澈的泉水，倒入井中，反复冲洗。
经过几天的努力，古井里的水终于又变得清澈甘甜，散发着一股淡淡的清香。村民们喝了这水后，身体也逐渐康复，村子又恢复了往日的宁静与祥和。
为了感谢济公的救命之恩，村民们凑钱为济公建了一座小庙，将他供奉起来。而济公巧破妖井案的故事，也在清泉村以及周边地区流传开来，成为了人们口中传颂的佳话，激励着人们要勇敢地面对困难，相信正义终将战胜邪恶。