南宋绍熙年间，灵隐镇突发一场怪异的瘟疫。这瘟疫来势汹汹，染病之人先是浑身发热、头痛欲裂，紧接着皮肤上便会出现一块块紫黑色的斑痕，不过三日，便会气绝身亡。镇上的大夫们使尽浑身解数，开出的药方却毫无效果，一时间，灵隐镇人心惶惶，大街小巷弥漫着绝望的气息。
济公云游至此，瞧见镇上这般凄惨景象，心中十分不忍。他摇着那把破蒲扇，大摇大摆地走进了一家医馆。医馆里，几位大夫正愁眉苦脸地围坐在桌前，对着满桌的药方唉声叹气。
济公笑嘻嘻地走上前去，说道：“几位施主，莫要发愁，贫僧或许能治好这瘟疫。”
一位年纪较大的大夫抬起头，上下打量了济公一番，见他衣衫褴褛、疯疯癫癫，不屑地说：“你这疯和尚，莫要在此胡言乱语。我们这些行医多年的大夫都束手无策，你又能有什么办法？”
济公却不恼，依旧笑着说：“施主，这瘟疫看似凶险，实则另有隐情。贫僧愿去病人家中一探究竟，若能治好病人，诸位再信贫僧也不迟。”
几位大夫听了，觉得不妨让他一试，便指了一位病情较重的病人住处，让济公前往。
济公来到病人家中，只见病人躺在床上，面色如紫金，呼吸微弱。病人的家属围在床边，哭得泣不成声。济公安慰了他们几句，便开始仔细查看病人的症状。他先是摸了摸病人的额头，又看了看病人的舌苔，最后盯着病人皮肤上的紫黑色斑痕，陷入了沉思。
过了一会儿，济公突然眼睛一亮，他转身对病人的家属说：“你们快去准备一些新鲜的艾草、薄荷和苍术，再打一盆清水来。”
家属们虽然疑惑，但还是照着济公的话去做了。不一会儿，东西都准备齐了。济公将艾草、薄荷和苍术放入清水中，浸泡了一会儿后，用一块干净的布蘸着药水，轻轻地擦拭病人的身体。
擦完身体后，济公又从怀中掏出一个破布包，里面装着一些黑乎乎的药丸。他喂病人吃下一颗药丸，然后坐在床边，静静地观察着病人的反应。
大约过了半个时辰，病人的脸色渐渐有了血色，呼吸也变得平稳起来。又过了一会儿，病人竟然缓缓地睁开了眼睛，虚弱地说：“我……我感觉好多了。”
病人的家属见状，惊喜万分，他们纷纷跪在地上，向济公磕头谢恩：“多谢活佛救命之恩！多谢活佛救命之恩！”
济公连忙将他们扶起，说：“不必客气，救人一命，胜造七级浮屠。不过，这瘟疫的根源还未找到，若不彻底铲除，还会有更多的人染病。”
说完，济公便离开了病人家中，开始在镇上四处寻找瘟疫的源头。他走遍了灵隐镇的每一个角落，终于在镇外的一口古井旁停了下来。
这口古井是灵隐镇的主要水源，镇上的人们都靠这口井的水生活。济公凑近古井，仔细一闻，发现井水中散发着一股刺鼻的腐臭味。他向井里望去，只见井水浑浊不堪，隐隐还能看到一些黑色的东西在水中晃动。
济公心中明白，这瘟疫的源头就在这口古井里。他推测，定是有人在井中投放了毒物，才会导致瘟疫爆发。
为了证实自己的猜测，济公回到医馆，将几位大夫召集到一起，对他们说：“诸位施主，贫僧已找到瘟疫的源头，乃是镇外的那口古井被人投了毒。如今之计，需先将井水净化，再让百姓们服用解药，方可治愈瘟疫。”
几位大夫听了，半信半疑。但他们见济公确实治好了病人，便决定相信他一次。他们按照济公的吩咐，准备了一些明矾和草药，来到古井旁，将明矾和草药放入井中，用竹竿搅拌了一番。
接着，济公又回到医馆，和几位大夫一起研制解药。他们用艾草、薄荷、苍术等多种草药，经过一番精心调配，终于制成了大量的解药。
济公和几位大夫带着解药，挨家挨户地给百姓们发放，并告诉他们如何服用。同时，他们还提醒百姓们，在瘟疫未彻底消除之前，不要饮用生水，要将水煮沸后再喝。
在济公和几位大夫的努力下，灵隐镇的瘟疫逐渐得到了控制。染病的人越来越少，痊愈的人越来越多。不过几日，镇上又恢复了往日的生机。
百姓们对济公感激不已，他们纷纷拿出自家最好的食物和礼物，要送给济公。济公却一一婉拒，他说：“贫僧云游四方，只为普度众生。这不过是贫僧应尽之责，诸位不必如此客气。”
说完，济公又摇着那把破蒲扇，哼着小曲儿，继续他的云游之旅去了。而他在灵隐镇智治瘟疫的故事，也在民间流传了下来，成为了一段佳话。