原来，自嘉靖始，明朝与蒙古边境之间便停止了大规模的战争，许多失地的汉人逃往了蒙古草原，大面积的牧场被开垦为农田，改变了牧场的生态环境。原本生活在草原上的老鼠生存空间被压缩，人与鼠接触的机会大大增加。
同时，明朝末年恰又是旱灾频发的年代，万历期间曾有过三次大旱且均引发瘟疫。
虽然瘟疫得到了处理，但当时的医者并没有找到病根，加上小冰河时期的异常气候变化，加上连年的战争不断，使得朝廷根本没有实力和精力从根本上解决瘟疫。
加上，朱由校继位前后的几年里，逃荒保命的不只是难民，老鼠也需到处寻找食物，较大数量的老鼠进入人类的居住地也就顺理成章了。鼠疫杆菌通过寄存在它们身上的跳蚤将病毒传染给了难民，而难民的迁徙流动又使病毒延伸到更大的地域。
作为此次抗疫的领头者，张介宾的眼神中透露出坚定和执着，每一个动作都充满了对患者的关爱 。他仔细地询问患者的症状，耐心地倾听他们的诉求，不放过任何一个细节 。尽管疫情严峻，条件艰苦，但张介宾始终坚守在岗位上，从未有过一丝退缩 。他深知，自己的每一次诊断、每一张药方，都可能成为患者活下去的希望 。
在与新任山西巡抚张秉文密谈过后，不光是山西所有出省的通道均被封闭，连县府之间的所有联系都被阻拦。各地采取了只进不出的原则。虽然这种做法很残忍，但为了保住其他地区百姓的安危，大明的未来，有些决定必须要做。
于是，大量的粮食物资、中草药被四面八方运往山西省边境，然后再由山西驻军运往全省各地。
山西省的五府三州几十个县被要求，采取全面隔离的方法。首先便是组织城中身体健康的百姓戴着口罩，棉质手套，将城中屎尿、垃圾堆积如山的环境较差的地方全部打扫的干干净净。同时，张贴告示，禁止随地大小便，并在城中修建了无数个公共厕所。最后，派出衙役全天候的守在城中的水源地，禁止一切动物污染水源以及百姓随意前来打水，等等。
随后，便是最重要的，那便是消灭病根——老鼠。
于是，各地纷纷上演了花样灭鼠。
有的地方采取了老祖宗的土方法，他们采用封堵鼠洞和用水淹淹的办法来消灭老鼠。然而，这两种方法效率都相当低下。正如俗话所说，龙生龙，凤生凤，老鼠的孩子自然会打洞。老鼠天生具备这种能力，即便一个老鼠洞被堵住了，其他老鼠洞仍然会重新出现。用水或热水腌制老鼠的效果也有限，老鼠不仅有可能逃脱，有时人们甚至会因无法区分蛇洞和鼠洞而遭到误伤。
在某些地区，人们会选择使用毒药来消灭老鼠。而最为常见的老鼠药便是砒霜，这种毒药不仅对老鼠具有致命的杀伤力，同样也能致人死亡。然而，由于其毒性极强，在使用过程中，人们自身也面临着相当大的风险。事实上，在许多地方都曾发生过不仅老鼠被毒死，甚至连人也不幸中毒身亡的悲惨案例。
与使用毒药相比，有些地方则采取了一种更为温和的灭鼠方法——利用小猫来捕捉老鼠。特别是像小狸猫这样的品种，它们天生具有敏锐的捕猎本能，能够让老鼠无处藏身。这种方式相对安全，且不会对人类造成直接威胁。
当然，在众多灭鼠方法中，最为常用的还是捕兽夹。这种工具虽然简单，但却十分有效。不过，无论采用何种方式，各地的人们似乎都难以将老鼠完全根除。尽管如此，随着环境卫生状况的改善以及对防鼠工作的日益重视，疫情得到了非常好的控制。
除了灭鼠，那些因为鼠疫而死的动物、人类的尸体都被采取了火化后集中掩埋的形式处理，也进一步隔绝了病毒的扩散。
此外，随着越来越多具有抑制疫情作用的中草药被广泛应用，各地上报的死亡病例数量也逐渐减少。在教会山西的医者如何有效防治疫情之后，专家组马不停蹄地启程前往同样遭受疫情肆虐的陕西地区。
这波疫情持续到了天启十七年（1637年）五月，终于得到了有效的遏制。
为了避免影响到其他省份，秦晋两省百姓做出了巨大的牺牲。在这波持续了四年的疫情中两省共计死亡了一百万人。更难能可贵的是，即便是被关在家中等死，他们也没有趁机出来闹事，将自己身上的病毒传染给更多的无辜百姓。为了养活两省近八百万百姓，朝廷是投入了巨大的资源，差点没有被整破产了。
疫情虽然得到了遏制，但却始终无法彻底消除。但防疫专家的一系列操作，成功的遏制了疫情的蔓延，有效的控制了疫情。
为此，内阁更是将此次成功防疫的案例，整合成了一本防疫守则，分发给了全国三十余个省份。
无数的公共厕所，无数的垃圾堆满天、屎尿臭不可闻的犄角旮旯均被各地衙门组织人手处理干净。各个城市的卫生建设得到了极大的加强，也算是不幸中的大幸。
两省百姓为了疫情做出了巨大的牺牲，而朝廷自然也是尽力的去挽救和弥补自己的过错。
除了两年的抗疫时期，无数的物资和药草被无偿的运送至了两省各地。朝廷更是下旨免除了两省未来五年的所有赋税。
除此之外，为了集合更多的物资运用到两省。加上征东大将军、安远伯戚金的病逝，朝廷无奈暂停了在日本的征伐，将兵力收缩至了近畿与中部一线，此举也给了德川幕府一个喘息的机会，为后面的不利战事埋下了伏笔。
除此之外，西北的满桂也停下了征服伊犁平原的脚步，喀尔喀蒙古的明军也停住了脚步，随后，满桂和卢象升两人便被调回京师述职。
可以说，十年来明朝咄咄逼人的军势被这波疫情给极大的遏制住了。同样，也给了如今大明周边所有敌人一个喘息的机会，特别是失去了天皇这个最佳挡箭牌的德川幕府。
天启十四年（1634年）明正天皇被俘，与其同时被俘的还有整个天皇家族。
历史可追溯至公元前660年的神武天皇至如今被俘的明正天皇，两千二百余年的国祚，彻底在朱由校的手中被断绝。自此，日本再也没有了天皇的称谓。
为了表彰征东大军的功绩，病逝于前线的安远伯戚金被明廷追封为了定远武王。其长子戚元功晋丰为了世袭罔替的定远侯。
回京就任阁臣的孙传庭被敕封为振武伯；新宁伯潭弘业晋升崇安侯；忠贞伯秦良玉晋升忠贞侯。
随着戚金的病逝，孙传庭的回国述职，秦良玉被朱由校册封为了新任的征东大将军，马世龙、尤世功、祖大寿三人被晋升为中将，并有三人分别组建了第一集团军、第二集团军、第三集团军。九州第一集团军改编为了第四集团军，四国第二集团军改编为了第五集团军，长州第三集团军改编为了第六集团军。
在抽调回国十个近卫师之后，在日的明军以及仆从军兵力还是达到了五十六万之巨。