然而平静并未持续太久。一天夜里，苏瑶正在整理药材，突然听到外面传来一阵喧哗声。出去一看，竟是一群官差再次围住了医馆。原来，上次陷害失败之人不甘心，买通了一位官员，以医馆窝藏逃犯为由前来搜查。
苏瑶心中气愤不已，李轩也眉头紧皱。就在众人焦急之际，那位曾经被医馆救治的朝中重臣赶了过来。原来他听闻此事，特来相助。这位重臣质问带队官差可有实证，官差们支支吾吾答不上来。重臣当场斥责了妄图诬陷之人，并警告他们不要再行不义之举。
经过这次风波，苏瑶和李轩意识到，仅靠善良行医难以完全抵御恶意。于是他们一边继续济世救人，一边结交一些正义之士。医馆在他们的经营下名声更盛，而那些心怀叵测者再也不敢轻易来招惹，苏瑶和李轩终于得以安心守护医馆。
但苏瑶知道，暗处的危险依然存在。一日，城中突发疫病。苏瑶和李轩决定全力救助染病之人。他们四处寻找草药，研制药方。不少同行嫉妒他们医馆的声誉，不肯出借药材。幸好结交的正义之士纷纷伸出援手。
就在疫情快要控制住时，有人暗中投毒，使得病情更加复杂难治。苏瑶心急如焚，日夜守在病人身边观察症状。李轩则悄悄调查投毒之人。
终于，李轩发现线索指向一家竞争医馆。那家医馆主人害怕被苏瑶医馆抢走所有生意，才出此下策。李轩找到证据后，并没有直接告发。而是将证据摆在那人面前，劝诫他医者仁心。那人羞愧难当，拿出自家珍藏的药材帮忙抗疫。
这场疫病过后，苏瑶和李轩的医馆声名远扬至周边城镇。越来越多有志于学医之人前来拜师。苏瑶和李轩挑选了品行端正的徒弟悉心教导，希望他们将来能秉持正义之心行医济世，从此医馆再无大的波澜，岁月静好。
然而，平静的日子没过多久，皇宫内传出消息，皇后身染重病久治不愈。皇上听闻苏瑶和李轩医术高明，便传旨命二人进宫诊治。苏瑶和李轩虽不愿卷入宫廷纷争，但皇命难违。
进宫后，他们发现皇后并非患了疑难杂症，而是中毒已久。在诊治过程中，苏瑶察觉到宫中暗流涌动，似有多方势力不想皇后康复。每一次用药，都会遭到莫名阻拦或破坏。
李轩暗中调查，竟发现是一位贵妃所为。她觊觎后位已久，若皇后病逝，她便可上位。苏瑶和李轩深知此事凶险，一旦揭露真相，恐有杀身之祸。但医者的良知驱使他们不能坐视不管。
他们巧妙设局，故意透露假的治疗方案，引那贵妃上钩。待其露出马脚，再将证据呈给皇上。皇上大怒，严惩了贵妃。皇后病愈后，对苏瑶和李轩感激不尽，赏赐众多。苏瑶和李轩婉拒大部分赏赐，只求皇上允许他们平安返回医馆。自此之后，医馆在宫中也有了名气，来求医的达官贵人更多起来，但他们始终坚守初心，平等对待每一位患者。